感染症調査
ゲノミクスは、病原体進化、宿主と病原体の相互作用および抗生物質耐性の知見を増やしています。ゲノミクスによって、最新の感染症調査、ならびに結核、HIVおよびインフルエンザといった注目を集める疾患の流行や世界的大流行を防ぐために一般の医療専門家が研究で使う手法も、その形を変えています。
現在、病原体を評価する手法には、抗体をベースとする検査、リアルタイムPCR、パルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）および多座シーケンスタイピング（MLST）などがあります。こうした手法は一般に、数が少なく限られた微生物に役立つのみであり、データ解析が主観的になる可能性があります。
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Arming the Outposts in the War Against Ebola
In 2014, the world looked to West Africa, where an Ebola outbreak claimed thousands of lives. To understand how to prevent future outbreaks, we spoke with researchers at the Broad Institute and in Sierra Leone. Their work underscores the need for sensitive tools to identify and monitor infectious disease threats.
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感染症調査のための次世代シーケンサー
次世代シーケンサー（NGS）は、広範で仮説を必要としない手法を提供し、ウイルス、細菌または寄生虫に対して用いることが可能です。次世代シーケンサーによるゲノム解析は、わずか1つのSNPによって異なる病原体株を識別する高分解能の情報を提供するものであり、多くの検査に取って代わる可能性を持っています。
イルミナの次世代シーケンサーテクノロジーは迅速な結果および高いデータ品質を提供しており、感染症専門家により同定、追跡、および集団発生に対応するための最新ツールとして採用されています。
感染症調査のための主要な手法は、全ゲノムシーケンスです。
微生物、メタゲノム、感染症、ウィルスなど研究分野ごとにNGSの論文をまとめた要旨集を無料配布しています。ぜひご利用ください。
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追加のリソース
微生物ゲノム解析アプリケーションガイド
微生物解析にNGSを利用する最大の利点は、培養できない生物など予備知識が得られない場合でもゲノム情報を取得し、1 塩基の解像度で解析できることです。NGSでどのような研究が拡がるか、このガイドでご確認ください。
References
- Lipkin WI (2013) The changing face of pathogen discovery and surveillance. Nat Rev Micobiol 11:133–141.
- Feero WG, Guttmacher AE. (2013) Microbial genomics and infectious diseases. N Engl J Med 365:347–357.
- Bao C-J, Cui L-B, Zhou M-H, Long L, Gao GF (2013) Live-animal markets and Influenza A (H7N9) virus infection. N Engl J Med 10.1056/NEJMc1306100.
- Lienau EK, Strain E, Wang C, Xheng J, Ottesen AR, et al. (2011) Identification of a Salmonellosis outbreak by means of a molecular sequencing. N Engl J Med 364:10.