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Commercial Agriculture

The Value of Genomics in Commercial Agriculture

農業におけるゲノムの価値

商業的農業におけるゲノムの応用は、形質スクリーニングのジェノタイピングに代表されるように、現在の農業、育種の現場で必要不可欠になりつつあります。イルミナのマイクロアレイおよび次世代シーケンス(NGS)テクノロジーは育種研究における動植物の遺伝的メリットの評価および予測をサポートし、選抜や健康に関する重要な決定に必要となる情報を提供します。

ゲノム選抜と形質スクリーニング

ゲノム情報は、選抜育種を含む、商業的農業アプリケーション向けの従来のスクリーニングの大半を置き換えてきました。特定の価値形質に関連する遺伝マーカーは、望ましい特徴をもつ家畜、作物を同定するための大規模なスクリーニングに活用することができます。このスクリーニングは、これまでの育種や繁殖技術では管理が難しい複数の遺伝的要因が関連する形質や、特定が難しい表現型に対して最適なアプローチです。集団を繰り返しスクリーニングすることで、望ましい形質をもつ集団を区分けし、育種ストックとして活用することが可能です。イルミナは、望ましい形質をもつ家畜と農産物のスクリーニングをサポートする、マイクロアレイおよびシーケンスを用いた包括的なソリューションを幅広く提供しています。

ゲノム選抜と商業的農業

次世代シーケンサーとジェノタイピングテクノロジーが動物育種に革新をもたらします。

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Genomic Selection Stories in Commercial Agriculture

Improved Breeding Plans for Beef Cattle
Improved Breeding Plans for Beef Cattle

Sébastian Clairand, manager of the meat sector at Evolution and director of selection company Charolais Univers, and Antoine Chedru, a fourth-generation cattle breeder, discuss how genomic selection has increased gains in beef cattle through improved breeding plans, the ability to select for specific genes, and a quicker, better understanding of a bull’s genetic value.

How Genomic Testing Improves Dairy Cattle Herds
How Genomic Testing Improves Dairy Cattle Herds

General manager of the Canadian Dairy Network Brian Van Doormaal discusses how genomic testing can better define the value of milking cows and improve dairy herds. Brian Anderson, a fifth-generation dairy farmer, shares his own experience with genotyping cows, including doubled production, longer-lasting cows, and the significant benefits genotyping can offer in the future.

How Two Agriculture Cooperatives Are Changing Bovine Assessment

How Two Agriculture Cooperatives Are Changing Bovine Assessment

Evolution and Charolais Univers are taking strides to overcome nutritional and environmental challenges for cows. Their efforts are changing bovine assessment and resulting in hearty, healthy herds.

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Marker-Assisted Backcrossing

マーカーアシストによる戻し交配

商業的農業アプリケーションとしての戻し交配の目的は、干ばつ耐性、高生産性、耐病性など、あるひとつの形質をドナーとなる親から子へ移すことです。イルミナのマイクロアレイやNGSを利用したマーカーアシストによる戻し交配では、簡単にスクリーニングできる遺伝的に関連のあるマーカーを用いて形質遺伝子の伝搬をモニターすることができます。これにより、戻し交配プログラムを大幅に迅速化し、商業的に価値の高い作物や家畜の上市までの時間を短縮することが可能です。

Selective Advantages in Cattle Breeding

As the second largest producer and largest exporter of beef in the world, Brazil has an important role in feeding the global population. We met with José Fernando Garcia, Professor of Genomics at Sao Paulo State University, and other advocates of the use of genomic selection. Hear their thoughts on how to improve zebu breeding in Brazil while reducing the environmental impact.

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Selective Advantages in Cattle Breeding
Traceability in Commercial Agriculture

商業的農業における動物トレーサビリティ

動物の身元確認と家系鑑定は、世界の動物集団のバイオセキュリティにおいて必須です。イルミナのジェノタイピングプラットフォームでは動物を出産から追跡するのに必要なスピード、信頼性およびハイスループットが実現し、必要に応じて柔軟に反復検査を行えます。ジェノタイピングよるハイスループットは、特に大規模生産を必要とする商業的農業アプリケーションに有益です。

感染症の同定

近年動物集団において新規感染症が出現しており、こうした新規病原体の特定のために、これまでの診断手法以外のアプローチを考える大きなきっかけとなりました。スピードとコスト面での利点から、メタゲノム分野において次世代シーケンサーの活用が広がっており、サンプルのスクリーニング、病原体の迅速検出、感染症アウトブレイクの追跡が可能になりました。イルミナのNGSテクノロジーは、商業的農業分野における微生物解析と獣医学診断の不可欠なツールとなっています。

NGSによる食品由来病原体の追跡

MiSeqシステムにより、ラボでは農食品由来の病原体の検査および疫学調査を効率的に実施できました。

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家系鑑別

遺伝マーカーは家畜において親子の関係を理解し、同定するために使用できます。マーカーがひとつだけでは決定的な結果をもたらすことが難しいかもしれませんが、複数のマーカーを使うことで同定率を向上することができます。複数世代の雄、雌が集団にいる系統交配の場合、マーカーの結果はブリーダーがもつ種馬/種牛や母親の知識と組み合わせて家系を同定します。

TruSeq Bovine Parentage Sequencing Panel

このパネルでは、さまざまな肉牛品種や乳牛品種の親子判定に加え、1回のアッセイでその他の遺伝病や経済形質のジェノタイピングも行うことができます。

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Environmental DNA Sequencing

Environmental DNA (eDNA) sequencing is a rapidly emerging method for studying biodiversity without disrupting ecosystems. Potential applications of eDNA include port monitoring, biodiversity surveys, ballast water testing, soil testing, and more.

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Environmental DNA Sequencing

Featured Agrigenomics Stories

French Farmers are Improving Milk by Choosing Healthy Cows
French Farmers are Improving Milk by Choosing Healthy Cows

Read how commercial agriculture is embracing genotyping to enable farmers to enhance the quantity and quality of their milk for cheese production.

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Strengthening Herds With Animals Suited to Different Environmental Situations
Strengthening Herds with Animals Suited to Different Environmental Situations

Genotyping supports the development of strong, healthy, and productive Montéliarde cattle herds. See how selective breeding is playing a part in commercial agriculture to support these Montéliarde herds.

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Animal Genotyping is Transforming the Future of the Agriculture Industry
Animal Genotyping is Transforming the Future of the Agriculture Industry

Genotyping will enable dairy farms to adapt to changing climate and farming conditions, while producing milk that needs less processing.

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GMO Characterization in Commercial Agriculture

GMOの解析

遺伝子組み換え生物(GMO)の分子的解析は、組換えの検出のために利用され、多くの国では規制によって必要とされています。次世代シーケンサーはシンプルであり一貫した結果をもたらすため、これまでの手法であったサザンブロットやPCR産物のシーケンスの優れた代替手法として注目を浴びています。全ゲノムをディープシーケンスすることで、挿入サイト数、各サイトのコピー数、挿入塩基および生来の配列のほか、世代の安定性も決定することができます。

Soil Metagenomics

Soil Metagenomics

Factors such as land management, crop rotation, use of pesticides and fertilizers, temperature, and pH can affect the microbial communities in soil. Understanding and characterizing soil populations can enable regulation of plant performance.

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Additional Resources

テキサスにより良いステーキをもたらす
テキサスにより良いステーキをもたらす

BovineSNP50 BeadChipを用いた遺伝選抜ツールにより、44の牧場でアンガス牛のクオリティを食卓にお届けします。

高密度ジェノタイピングが家畜改良をサポート
高密度ジェノタイピングが家畜改良をサポート

ZoetisはイルミナのBeadChipを使い、家畜生産者に対して家畜の遺伝的構成の改良を可能にしています。

Modern Breeding Programs for the Sunflower
Modern Breeding Programs for the Sunflower

The sunflower industry adopts genomics tools to better inform breeding decisions and improve disease resistance.

農業におけるゲノム選抜
農業におけるゲノム選抜

ゲノム選抜の応用を取り上げ、農業分野におけるNGSの登場以来、達成された最近の成果を概説します。

倍数体のクラスター
倍数体のクラスター

イルミナのGenomeStudioソフトウェアでは、コムギやジャガイモなどの倍数体作物のジェノタイピングデータ解析をサポートします

Enabling Rapid Livestock Improvement
Enabling Rapid Livestock Improvement

Sequencing data from the 1000 Bull Genomes Project is aiding discoveries of positive and negative traits, benefiting herds globally.

Selective Breeding of Goat Herd
Selective Breeding of Goat Herd

AgResearch uses genotyping by sequencing to overcome cost barriers associated with genomic selection in minor livestock species.

Can Applying NGS Lead to Better Beer?
Can Applying NGS Lead to Better Beer?

Collaborators sequenced 96 yeast strains to learn how yeast genetics influence the flavor and quality of beer.