AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2

がんとの関連性が確認されている50個の遺伝子のホットスポットを調べる標的研究パネル。

5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)

アッセイ時間

<1.5時間

ハンズオンタイム

1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨

インプット量

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概要

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2は、Catalogue of Somatic Mutations in Cancer(COSMIC)1 データベースで特定されたように、がんとの関連が知られている50の遺伝子のホットスポット領域にわたる体細胞変異を研究するためのターゲットリシーケンスアッセイです。 

主な特長

  • 関連遺伝子コンテンツ -  50のがん遺伝子と腫瘍抑制遺伝子から約2800のCOSMIC変異をターゲット

  • 迅速で合理化されたワークフロー - わずか1 ngの高品質サンプルまたは10 ngのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルから1日でシーケンス対応ライブラリーを調製

  • 正確なデータ - ローカルまたはクラウドベースの解析を使用して、5%バリアントアリル頻度までの体細胞変異を検出

Cancer HotSpot Panelは、AmpliSeq for Illuminaポリメラーゼ連鎖反応(PCR)ベースのライブラリー調製、イルミナ合成シーケンス(SBS)次世代シーケンス(NGS)テクノロジー、自動解析を含む統合ワークフローの一部です。

このパネルは、肺、結腸、乳房、卵巣、黒色腫、前立腺など、複数のがんタイプ内で高感度なバリアント検出を可能にします。すぐに使えるパネルにより、ターゲットの同定、プライマーの設計、パネルの最適化にかかる時間と労力を節約できます。


仕様


必要な製品

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panelワークフローには、Cancer Hotspot Panel、Library PLUSキット、およびインデックスアダプターが必要です。

/ 結果

アプリケーション

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
iSeq 100 System

16 samples per run (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiniSeq System

Samples per run: mid output: 32, high output: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiSeq System

Samples per run (by reagent kit version): v2 nano: 4, v2 micro: 16, v2: 60, v3: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 TruSight Tumor 15
アッセイ時間 5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 7時間
Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor Solid Tumor Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
コンテンツ仕様 がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット 161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット 固形腫瘍に関連する15の遺伝子から250アンプリコンを増幅
説明 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。

20 ng DNAを用いた固形腫瘍の15の一般的な変異遺伝子に対するNGSアッセイ。 

ハンズオンタイム <1.5時間 <1.5時間 <1.5時間 3.5時間
インプット量 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨

FFPE DNA 20 ng 

システム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム
作用機序 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法
手法 Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing
マルチプレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ 96のデュアルインデックスの組み合わせ 96のデュアルインデックスの組み合わせ 1~24プレックス
核酸の種類 DNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
アンプリコン数 合計207(1プール) 合計553(2プール) (DNAプール:269アンプリコン。 RNAプール:284アンプリコン) 合計4,648、4プール(DNAプール1:1,891アンプリコン。DNAプール2:1,890アンプリコン。RNAプール1:447アンプリコン。RNAプール2:420アンプリコン。)
サンプルタイプ FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue
生物種 ヒト ヒト ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Somatic variants, Insertions-deletions (indels)

パネル (1)

AmpliSeq™ Cancer HotSpot Panel v2 for Illumina®

20019161

50のがん関連遺伝子のホットスポット領域にわたる体細胞変異を評価するターゲットパネル。キットには24の反応が含まれます。Library PLUSおよびインデックス付きアダプターは別売です。

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ライブラリー調製 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24サンプルのラベル付けに十分な24インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96サンプルにラベル表示できる96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、8 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬とプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

イルミナ、セットA、セットB、セットCおよびセットDの4セットのAmpliSeq CDインデックスが含まれます。各セットには96サンプルにラベルを付けるのに十分な96、8 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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アクセサリー製品 (3)

AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

AmpliSeq Library PLUS for Illuminaとペアにすると、96反応に十分な8つの一塩基多型(SNP)ターゲットプライマーペアと1つの性差別プライマーペアが含まれます。迅速かつ正確なサンプル同定を可能にします。ライブラリー調製、プローブパネル、インデックスアダプターは別途ご購入ください。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

AmpliSeq for Illuminaプロトコールを使用したライブラリー構築のために、非染色スライドマウントFFPE組織からDNAを調製するための24の反応を含み、脱パラフィンやDNA精製は必要ありません。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

AmpliSeq for Illuminaライブラリーをシーケンス用に調製する場合のライブラリーノーマライゼーション用のビーズと試薬が含まれます。

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製品名

数量

Unit Price

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

参考文献

  1. Kingsmore S. Catalogue of Somatic Mutations in Cancer – ホームページ。http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic. 2017年10月25日にアクセス。

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