AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3

広範囲のがん型との関連が判明している161種のバリアントを調べるためのターゲットDNA/RNA研究パネル。

5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)

アッセイ時間

<1.5時間

ハンズオンタイム

1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨

インプット量

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概要

AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3は、キナーゼドメインやDNA修復に関与する遺伝子など、主要ながん遺伝子を網羅しています。

主な特長

  • 関連遺伝子の含有量 - 161種類のがん関連遺伝子をターゲット

  • 迅速で合理化されたワークフロー - わずか1 ngの高品質サンプルまたは10 ngのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)インプットサンプルから、1日でシーケンス対応ライブラリーを 調製

  • 正確なデータ - ローカルまたはクラウドベースの解析を使用して、5%までの頻度で体細胞変異 を検出

パネルの内容は、ホットスポット領域、全長遺伝子*、コピー数遺伝子、遺伝子間および遺伝子内融合に及びます。このすぐに使えるパネルは、ターゲットの同定、プライマーの設計、パネルの最適化の時間と労力を節約します。

Comprehensive Panel v3は、AmpliSeq for Illumina polymerase chain reaction(PCR)ベースのライブラリー調製、Illumina sequencing by synthesis(SBS)次世代シーケンサー(NGS)テクノロジー、自動解析を含む統合ワークフローの一部です。

*このパネルでは、イルミナは全長の遺伝子含有量を、遺伝子のコーディング領域の大部分をカバーしていると定義しています。一般的に 、インシリコ カバレッジは> 90%、ほとんどの遺伝子は> 99%です。詳細については、提供された製品 マニフェストファイル を参照してください。


仕様

アプリケーション

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

3 samples per run (high output; assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiSeq System

3 samples per run with v3 reagents (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

NextSeq 550 System

Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 TruSight Tumor 170 TruSight Tumor 15 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2
アッセイ時間 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 約2日 7時間 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)
Cancer type Solid Tumor Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
コンテンツ仕様 161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット 170の遺伝子の完全なコード配列を濃縮するプローブ。151の遺伝子における1塩基変異(SNV)、小さな挿入、および欠失、59の遺伝子における増幅、および55の遺伝子における融合+スプライスバリアントの呼び出し。 固形腫瘍に関連する15の遺伝子から250アンプリコンを増幅 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット
説明 固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。 DNAとRNAの両方からのバリアントコーリング情報を使用して、固形腫瘍の包括的な体細胞バリアント検出研究を実施します。

20 ng DNAを用いた固形腫瘍の15の一般的な変異遺伝子に対するNGSアッセイ。 

固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。
ハンズオンタイム <1.5時間 約10.5時間 3.5時間 <1.5時間 <1.5時間
インプット量 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 40 ngのDNAおよび/またはRNA

FFPE DNA 20 ng 

1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム
作用機序 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法
手法 Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing
マルチプレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ 両方のインデックスセットを使用したDNAに最大32プレックス、RNAに最大16プレックス 1~24プレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ 96のデュアルインデックスの組み合わせ
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA DNA, RNA DNA
アンプリコン数 合計4,648、4プール(DNAプール1:1,891アンプリコン。DNAプール2:1,890アンプリコン。RNAプール1:447アンプリコン。RNAプール2:420アンプリコン。) 合計553(2プール) (DNAプール:269アンプリコン。 RNAプール:284アンプリコン) 合計207(1プール)
サンプルタイプ FFPE Tissue Low-Input Samples, FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue
生物種 ヒト ヒト ヒト ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Gene fusions, Somatic variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Somatic variants, Insertions-deletions (indels) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels)

パネル (1)

AmpliSeq™ Comprehensive Panel v3 for Illumina®

20019109

SNV、インデル、CNV、および遺伝子融合をターゲットとするDNAおよびRNAターゲットパネル。キットには24の反応が含まれます。Library PLUSおよびインデックス付きアダプターは別売です。

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ライブラリー調製 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (7)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24サンプルのラベル付けに十分な24インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96サンプルにラベル表示できる96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、8 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬とプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

イルミナ、セットA、セットB、セットCおよびセットDの4セットのAmpliSeq CDインデックスが含まれます。各セットには96サンプルにラベルを付けるのに十分な96、8 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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Ampliseq™ CD Indexes Large Volume for Illumina® (96 Indexes, 96 Samples)

20019108

AmpliSeq for Illumina CD Indexes Large Volumeは、AmpliSeq for Illumina Exomeまたは自動化されたAmpliSeq for Illuminaライブラリー調製ワークフローを実行する際に便利なように、4つ以上のプールを持つパネルを含むより高い充填量を提供します。

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アクセサリー製品 (3)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

AmpliSeq for Illumina RNA Panels(AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom RNA PanelまたはCommunity RNA Panelsなど)で作業する場合、全RNAをcDNAに変換するための反応ミックスと酵素ブレンドが含まれます。反応の数はパネルによって異なります(例:AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom Panelについては1キットあたり100反応、AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panelについては1キットあたり200反応)。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

AmpliSeq for Illuminaプロトコールを使用したライブラリー構築のために、非染色スライドマウントFFPE組織からDNAを調製するための24の反応を含み、脱パラフィンやDNA精製は必要ありません。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

AmpliSeq for Illuminaライブラリーをシーケンス用に調製する場合のライブラリーノーマライゼーション用のビーズと試薬が含まれます。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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