TruSight Tumor 170

固形腫瘍に関連する170の遺伝子をターゲットとする包括的な次世代シーケンサー(NGS)アッセイ。

約2日

アッセイ時間

約10.5時間

ハンズオンタイム

40 ngのDNAおよび/またはRNA

インプット量

仕様タブで詳細を確認する

The TruSight Tumor 170 bundle kits that contain NextSeq 500/550 v2 sequencing reagents (Catalog nos. OP-101-1003 and 20018621) have been discontinued. The TruSight Tumor 170 Kit with NextSeq v2.5 Reagents (Catalog no. 20028821) is the recommended replacement product. The TruSight Tumor 170 Kit Plus Watson for Genomics (Catalog no. 20018622) has also been discontinued. If you require that analysis, continue to work with IBM directly. Illumina remains committed to providing you with high-quality support and service.

概要

TruSight Tumor 170は、一般的な固形腫瘍に関連する170の遺伝子を評価するNGSアッセイです。

  • DNAとRNAを用いた1回のアッセイで、融合遺伝子、スプライスバリアント、挿入/欠失(Indel)、一塩基変異(SNV)、増幅を評価します

  • わずか40 ngのDNAとRNAインプットで、対立遺伝子頻度5%でバリアントを検出します

  • 高品質および低品質のFFPEサンプルから信頼性の高い小さなバリアントを検出するための、非常に高い感度と特異性を達成できます。

がん関連バリアントの包括的なカバレッジ

単一のサンプルから採取したDNAとRNAを使用して、複数のバリアントタイプを評価し、貴重な組織、時間、リソースを保存することで、シングルアッセイ効率を最大化します。専門家が厳選した、科学的エビデンスに基づくコンテンツは、腫瘍形成に関与する可能性が最も高いバリアントの包括的なカバレッジを研究者に提供します。

DNAとRNAの複合ワークフロー

DNAライブラリーとRNAライブラリーは、多数の種類の体細胞バリアントを効率的に評価するために、同時に調製、シーケンス、解析を行います。

合理化されたデータ解析

シーケンスデータの解析と管理には、BaseSpace Sequence HubのTruSight Tumor 170 Appを使用します。ローカル二次解析は、Dockerベースのソフトウェアで利用できます。 


仕様


必要な製品

NextSeq 500/550 v2.5試薬とPierian解釈ソフトウェアの使用が必要です。

/ 結果

アプリケーション

TruSight Tumor 170は、単一のFFPEサンプルから得られたRNAおよびDNA中のがん関連バリアント(スモールバリアント、増幅、スプライスバリアント、融合遺伝子)を効率的に包括的にカバーします。

ワークフローの例



プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Samples per run (high output): 16 (8 DNA + 8 RNA), 10 if DNA only, 16 if RNA only

2 × 101 bp(推奨最大値)


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

TruSight Tumor 170 TruSight Oncology 500 High Throughput TruSight Oncology 500 TruSight Oncology 500 ctDNA v2
アッセイ時間 約2日 サンプルから結果まで4~5日 サンプルから結果まで4~5日 精製された核酸からバリアントレポートまで<4日
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
Cancer type Solid tumor Pan-cancer, Solid tumor Pan-cancer, Solid tumor Pan-cancer, Solid tumor
コンテンツ仕様 170の遺伝子の完全なコード配列を濃縮するプローブ。151の遺伝子における1塩基変異(SNV)、小さな挿入、および欠失、59の遺伝子における増幅、および55の遺伝子における融合+スプライスバリアントの呼び出し。 523の対象遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。  523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。  オプションのTruSight Oncology 500 HRDキット(日本ではご利用いただけません)には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア(LOH+TAI+LST)により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。  合計1.94 Mbのパネルサイズに対する523遺伝子(完全コード配列)をターゲットとして選択。
• 免疫腫瘍学バイオマーカーのカバレッジ:TMBおよびMSI
• ガイドラインの適用範囲:複数の固形腫瘍タイプに関する主要ガイドラインを幅広く網羅
• 臨床試験のカバレッジ:600件を超える臨床試験(2023年2月現在、Pierian臨床ナレッジベースに基づく)
説明 DNAとRNAの両方からのバリアントコーリング情報を使用して、固形腫瘍の包括的な体細胞バリアント検出研究を実施します。 NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)を使用した合理化されたワークフローから、ガイドラインおよび>1,000件の臨床試験における主要なバイオマーカーを同定するためのハイスループットの包括的なNGSアッセイ。免疫腫瘍学バイオマーカーのMSIおよびTMBのカバレッジが含まれます。 FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行し、一度に最大8サンプルをバッチ処理できるアッセイ。 液体生検サンプル(血漿からのctDNA)の包括的ゲノムプロファイリングにより、がん研究アプリケーション用の固形腫瘍のプロファイリングのための非侵襲的方法を提供します。この液体生検アプローチは、組織ベースのCGPを補完する低侵襲性サンプル収集アプローチを使用して、腫瘍内および腫瘍間の不均一性に関する洞察を提供します。
ハンズオンタイム 約10.5時間 自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間
インプット量 40 ngのDNAおよび/またはRNA DNA 40 ngおよび/またはRNA 40~80 ng DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng cfDNA 20 ng(血漿4 ml)
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer NovaSeq 6000 System
手法 Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Target enrichment
マルチプレックス 両方のインデックスセットを使用したDNAに最大32プレックス、RNAに最大16プレックス 最大16プレックス(SPフローセル)、32プレックス(S1フローセル)、72プレックス(S2フローセル)、192プレックス(S4フローセル) 最大8プレックス Xp-4レーンワークフローを使用して、S2で最大8、S4で最大24、最大16インデックス
Nucleic acid type DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
Specialized sample types Low-input samples, FFPE tissue FFPE tissue FFPE tissue Circulating tumor DNA, Blood
Species category ヒト ヒト ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Gene fusions, Somatic variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Structural variants, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Novel transcripts, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

選択ツール:

TruSight Tumor 170アッセイの遺伝子コンテンツ

TruSight腫瘍170は、170の遺伝子の現在のRefSeqデータベース1に従って、すべてのコーディングエクソンをターゲットにします。このコンテンツには、融合遺伝子およびスプライスバリアント用の55の遺伝子、148の1塩基変異とIndel、59の増幅が含まれます。

ライブラリー調製の複合ワークフロー

DNAサンプルとRNAサンプルは、cDNA合成ステップ(RNA用)と切断ステップ(DNA用)の後、同じワークフローに従います。

FFPEサンプルからのターゲットカバレッジ

さまざまな品質のFFPEサンプルからDNAを抽出し、TruSight Tumor 170を用いて評価し、NextSeq 500システムでシーケンスしました。定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)を用いてサンプル品質を評価し、DNA増幅の可能性を測定しました。ΔCq値は、各DNAサンプルのサイクルしきい値(Ct)からDNAスタンダードのCt値を引いた値を示します。

リソース

サムネール

単一アッセイがDNAとRNAの両方を精査して、単一ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルからのアウトプットを最大化する方法をご覧ください。

TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)

OP-101-1004

FFPEサンプルから170の遺伝子の固形腫瘍プロファイリングを可能にするライブラリー調製および濃縮試薬が含まれます。

Sign in to add to cart or see pricing.

List Price:

Discounts:

TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)

20028821

FFPEサンプルから170の遺伝子の固形腫瘍プロファイリングを可能にするライブラリー調製、濃縮、シーケンス消耗品が含まれます。

Sign in to add to cart or see pricing.

List Price:

Discounts:

表示されている結果 : /

選択中の製品一覧

製品名

数量

Unit Price

よくある質問(FAQ)

ライブラリー調製および濃縮の間、DNAとRNAサンプルは、サンプルの断片化(DNA)およびcDNA合成(RNA)の後、同じワークフローを経ます。これにより、DNAサンプルとRNAサンプルを並行して処理できます。DNAライブラリーとRNAライブラリーは、同じシーケンスランでシーケンスできます。

抽出試薬は、TruSight Tumor 170キットには含まれていません。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit(カタログ番号80234)は、このアッセイの他の抽出方法と比較して、高収量(ng)の核酸を示しています。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPEキットには、RNA抽出中のDNase I消化ステップが含まれています。その他の市販の抽出キットは、お客様の判断で選択できます。

TruSight Tumor 170の性能は、NextSeq 500とNextSeq 550システム、およびラピッドランモードでのHiSeq 2500システムで検証済みです。

イルミナでは、40 ng以上のDNAまたはRNAを添加することを推奨しています。分解度の高いサンプルの場合、最大120 ngのDNAと85 ngのRNAを使用することで、アッセイ性能が向上する可能性があります。

カバレッジは、サンプル品質とマルチプレックスレベルによって異なる場合があります。各分析用に、TruSight Tumor 170アプリが作成したDNA_SampleMetricsReport.txtおよびRNA_SampleMetricsReport.txtファイルをご確認ください。このレポートには、100倍を超えるカバレッジの塩基率を示すメトリクスが含まれています。高品質のDNAサンプル8個と高品質のRNAサンプル8個(16ライブラリー)を用いたシーケンスランでは、100×カバレッジで99%以上の塩基が確認されました。

BaseSpace Sequence Hubクラウド環境で利用可能なTruSight Tumor 170アプリ、またはローカルのDockerアプリを使用して、TruSight Tumor 170ライブラリーを解析します。

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

References

1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation. Nucleic Acids Res. 2016;44(D1):D733-45.

 doi:10.1093/nar/gkv1189

製品情報のリクエスト

当社の製品およびサービスに関する情報、または当社のテクノロジーに関するご質問がございましたら、ぜひお問い合わせください。