NovaSeq Xシリーズの注文
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
TruSight Tumor 170は、一般的な固形腫瘍に関連する170の遺伝子を評価するNGSアッセイです。
TruSight Tumor 170
固形腫瘍に関連する170の遺伝子をターゲットとする包括的な次世代シーケンサー（NGS）アッセイ。
約2日
アッセイ時間
約10.5時間
ハンズオンタイム
40 ngのDNAおよび/またはRNA
インプット量
The TruSight Tumor 170 bundle kits that contain NextSeq 500/550 v2 sequencing reagents (Catalog nos. OP-101-1003 and 20018621) have been discontinued. The TruSight Tumor 170 Kit with NextSeq v2.5 Reagents (Catalog no. 20028821) is the recommended replacement product. The TruSight Tumor 170 Kit Plus Watson for Genomics (Catalog no. 20018622) has also been discontinued. If you require that analysis, continue to work with IBM directly. Illumina remains committed to providing you with high-quality support and service.
概要
がん関連バリアントの包括的なカバレッジ
単一のサンプルから採取したDNAとRNAを使用して、複数のバリアントタイプを評価し、貴重な組織、時間、リソースを保存することで、シングルアッセイ効率を最大化します。専門家が厳選した、科学的エビデンスに基づくコンテンツは、腫瘍形成に関与する可能性が最も高いバリアントの包括的なカバレッジを研究者に提供します。
DNAとRNAの複合ワークフロー
DNAライブラリーとRNAライブラリーは、多数の種類の体細胞バリアントを効率的に評価するために、同時に調製、シーケンス、解析を行います。
合理化されたデータ解析
シーケンスデータの解析と管理には、BaseSpace Sequence HubのTruSight Tumor 170 Appを使用します。ローカル二次解析は、Dockerベースのソフトウェアで利用できます。
仕様
| アッセイ時間 | 約2日 |
|---|---|
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る |
| がんの種類 | 固形腫瘍 |
| コンテンツ仕様 | 170の遺伝子の完全なコード配列を濃縮するプローブ。151の遺伝子における1塩基変異（SNV）、小さな挿入、および欠失、59の遺伝子における増幅、および55の遺伝子における融合＋スプライスバリアントの呼び出し。 |
| 説明 | DNAとRNAの両方からのバリアントコーリング情報を使用して、固形腫瘍の包括的な体細胞バリアント検出研究を実施します。 |
| ハンズオンタイム | 約10.5時間 |
| インプット量 | 40 ngのDNAおよび/またはRNA |
| システム | NextSeq 550システム, NextSeq 500システム, HiSeq 2500 |
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 |
| マルチプレックス | 両方のインデックスセットを使用したDNAに最大32プレックス、RNAに最大16プレックス |
| 核酸の種類 | DNA, RNA |
| 対応サンプルタイプ | 少量インプットサンプル, FFPE組織 |
| 生物種カテゴリー | ヒト |
| テクノロジー | シーケンス |
| バリアントクラス | 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 構造バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） |
必要な製品
NextSeq 500/550 v2.5試薬とPierian解釈ソフトウェアの使用が必要です。
/
件
アプリケーション
TruSight Tumor 170は、単一のFFPEサンプルから得られたRNAおよびDNA中のがん関連バリアント（スモールバリアント、増幅、スプライスバリアント、融合遺伝子）を効率的に包括的にカバーします。
ワークフローの例
プロジェクトの推奨事項
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NextSeq 550システム | Samples per run (high output): 16 (8 DNA + 8 RNA), 10 if DNA only, 16 if RNA only |
2 × 101 bp（推奨最大値） |
関連するアプリケーションとメソッド
次世代シーケンサー（NGS）は、固形腫瘍に関連する大半の遺伝子を評価する包括的な方法を提供します。
イルミナは、医薬品開発パイプラインの多くのフェーズのNGSシステム、製品およびサービスの革新的ポートフォリオを提供しています。
ドキュメント
製品資料
比較する
| TruSight Tumor 170 | TruSight Oncology 500 High Throughput | TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | |
|---|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | 約2日 | サンプルから結果まで4～5日 | サンプルから結果まで4～5日 | 精製された核酸からバリアントレポートまで<4日 |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る |
| がんの種類 | 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 |
| コンテンツ仕様 | 170の遺伝子の完全なコード配列を濃縮するプローブ。151の遺伝子における1塩基変異（SNV）、小さな挿入、および欠失、59の遺伝子における増幅、および55の遺伝子における融合＋スプライスバリアントの呼び出し。 | 523の対象遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 | 523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 オプションのTruSight Oncology 500 HRDキット（日本ではご利用いただけません）には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア（LOH+TAI+LST）により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。 |
合計1.94 Mbのパネルサイズに対する523遺伝子（完全コード配列）をターゲットとして選択。 • 免疫腫瘍学バイオマーカーのカバレッジ：TMBおよびMSI • ガイドラインの適用範囲：複数の固形腫瘍タイプに関する主要ガイドラインを幅広く網羅 • 臨床試験のカバレッジ：600件を超える臨床試験（2023年2月現在、Pierian臨床ナレッジベースに基づく） |
| 説明 | DNAとRNAの両方からのバリアントコーリング情報を使用して、固形腫瘍の包括的な体細胞バリアント検出研究を実施します。 | NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム（研究（RUO）モード）を使用した合理化されたワークフローから、ガイドラインおよび>1,000件の臨床試験における主要なバイオマーカーを同定するためのハイスループットの包括的なNGSアッセイ。免疫腫瘍学バイオマーカーのMSIおよびTMBのカバレッジが含まれます。 | FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム（研究（RUO）モード）で実行し、一度に最大8サンプルをバッチ処理できるアッセイ。 | 液体生検サンプル（血漿からのctDNA）の包括的ゲノムプロファイリングにより、がん研究アプリケーション用の固形腫瘍のプロファイリングのための非侵襲的方法を提供します。この液体生検アプローチは、組織ベースのCGPを補完する低侵襲性サンプル収集アプローチを使用して、腫瘍内および腫瘍間の不均一性に関する洞察を提供します。 |
| ハンズオンタイム | 約10.5時間 |
自動ワークフロー約2.5時間。 手動ワークフロー約10.5時間。 |
自動ワークフロー約2.5時間。 手動ワークフロー約10.5時間。 |
ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間 |
| インプット量 | 40 ngのDNAおよび/またはRNA | DNA 40 ngおよび/またはRNA 40～80 ng | DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng | cfDNA 20 ng（血漿4 ml） |
| システム | NextSeq 550システム, NextSeq 500システム, HiSeq 2500 | NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000システム | NextSeq 550システム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, NextSeq 500システム | NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000システム |
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲット濃縮 |
| マルチプレックス | 両方のインデックスセットを使用したDNAに最大32プレックス、RNAに最大16プレックス | 最大16プレックス（SPフローセル）、32プレックス（S1フローセル）、72プレックス（S2フローセル）、192プレックス（S4フローセル） | 最大8プレックス | NovaSeq X: 4 on 1.5B, 24 on 10B, NovaSeq 6000: 8 on S2, 24 on S4 using Xp-4-Lane workflow, 192 indexes maximum |
| 核酸の種類 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA |
| 対応サンプルタイプ | 少量インプットサンプル, FFPE組織 | FFPE組織 | FFPE組織 | 血中循環腫瘍DNA, 血液 |
| 生物種カテゴリー | ヒト | ヒト | ヒト | ヒト |
| テクノロジー | シーケンス | シーケンス | シーケンス | シーケンス |
| バリアントクラス | 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 構造バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） | 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 新規点転写産物, 構造バリアント, 転写産物バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） | 融合遺伝子, 転写産物バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 体細胞バリアント, 新規点転写産物, 1塩基変異多型（SNP）, 構造バリアント | 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）, 血液腫瘍変異負荷（bTMB）, 血液マイクロサテライト不安定性（bMSI） |
選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングでき、キットの比較や共有も可能です。
図
TruSight Tumor 170アッセイの遺伝子コンテンツ
TruSight腫瘍170は、170の遺伝子の現在のRefSeqデータベース1に従って、すべてのコーディングエクソンをターゲットにします。このコンテンツには、融合遺伝子およびスプライスバリアント用の55の遺伝子、148の1塩基変異とIndel、59の増幅が含まれます。
ライブラリー調製の複合ワークフロー
DNAサンプルとRNAサンプルは、cDNA合成ステップ（RNA用）と切断ステップ（DNA用）の後、同じワークフローに従います。
FFPEサンプルからのターゲットカバレッジ
さまざまな品質のFFPEサンプルからDNAを抽出し、TruSight Tumor 170を用いて評価し、NextSeq 500システムでシーケンスしました。定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）を用いてサンプル品質を評価し、DNA増幅の可能性を測定しました。ΔCq値は、各DNAサンプルのサイクルしきい値（Ct）からDNAスタンダードのCt値を引いた値を示します。
リソース
単一アッセイがDNAとRNAの両方を精査して、単一ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルからのアウトプットを最大化する方法をご覧ください。
TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)
OP-101-1004
FFPEサンプルから170の遺伝子の固形腫瘍プロファイリングを可能にするライブラリー調製および濃縮試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)
20028821
FFPEサンプルから170の遺伝子の固形腫瘍プロファイリングを可能にするライブラリー調製、濃縮、シーケンス消耗品が含まれます。
List Price:
Discounts:
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よくある質問（FAQ）
ライブラリー調製および濃縮の間、DNAとRNAサンプルは、サンプルの断片化（DNA）およびcDNA合成（RNA）の後、同じワークフローを経ます。これにより、DNAサンプルとRNAサンプルを並行して処理できます。DNAライブラリーとRNAライブラリーは、同じシーケンスランでシーケンスできます。
抽出試薬は、TruSight Tumor 170キットには含まれていません。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（カタログ番号80234）は、このアッセイの他の抽出方法と比較して、高収量（ng）の核酸を示しています。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPEキットには、RNA抽出中のDNase I消化ステップが含まれています。その他の市販の抽出キットは、お客様の判断で選択できます。
TruSight Tumor 170の性能は、NextSeq 500とNextSeq 550システム、およびラピッドランモードでのHiSeq 2500システムで検証済みです。
イルミナでは、40 ng以上のDNAまたはRNAを添加することを推奨しています。分解度の高いサンプルの場合、最大120 ngのDNAと85 ngのRNAを使用することで、アッセイ性能が向上する可能性があります。
カバレッジは、サンプル品質とマルチプレックスレベルによって異なる場合があります。各分析用に、TruSight Tumor 170アプリが作成したDNA_SampleMetricsReport.txtおよびRNA_SampleMetricsReport.txtファイルをご確認ください。このレポートには、100倍を超えるカバレッジの塩基率を示すメトリクスが含まれています。高品質のDNAサンプル8個と高品質のRNAサンプル8個（16ライブラリー）を用いたシーケンスランでは、100×カバレッジで99%以上の塩基が確認されました。
BaseSpace Sequence Hubクラウド環境で利用可能なTruSight Tumor 170アプリ、またはローカルのDockerアプリを使用して、TruSight Tumor 170ライブラリーを解析します。
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件
MiSeq Reagent Kit v3
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンスアプリケーションに対応する、高速で、統合されたライブラリー調製のワークフロー。
NextSeq 500/550 v2.5 Kit
Reagent v2.5 Kitは、初期の蛍光強度を維持する耐久性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性と性能が向上しています。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
TruSight Hereditary Cancer Panel
遺伝的がんリスク素因に関連する113の遺伝子および125のSNPにわたる生殖系列変異を評価するターゲットシーケンスパネル。
TruSight RNA Fusion Panel
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）およびその他のがん研究サンプルからの507の遺伝子カバレッジを提供する、包括的な融合遺伝子検出を提供。
TruSight RNA Pan-Cancer Panel
血液、骨髄、ホルマリン固定パラフィン包埋組織など、多種多様なRNAサンプルタイプを用いる遺伝子発現・バリアント検出・融合検出の研究のために、1,385のがん遺伝子をターゲットとします。
References:
1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation. Nucleic Acids Res. 2016;44(D1):D733-45.
doi:10.1093/nar/gkv1189
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