TruSight RNA Fusion Panel

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)およびその他のがん研究サンプルからの507の遺伝子カバレッジを提供する、包括的な融合遺伝子検出を提供。

2.5日

アッセイ時間

11時間

ハンズオンタイム

10 ngトータルRNA、20~100 ng FFPE RNA

インプット量

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概要

TruSight RNA Fusion Panelは、研究用のシングルNGSアッセイで、がんに関連する507の融合遺伝子をカバーし、4日以内にRNA結果を提供します。 

  • 一般的および新規の融合遺伝子を包括的に検出するための業界をリードするコンテンツ

  • ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織を含むすべてのサンプルタイプのために最適化されたRNAシーケンス 

  • 融合遺伝子コールを表示する内蔵ソフトウェア 

がん関連融合遺伝子の包括的ビュー

TruSight RNA Fusion Panelは、シングルアッセイで数百の遺伝子をカバーし、融合遺伝子を1回の検査で検出できる可能性を高めます。

シンプルで合理化されたワークフロー

シンプルな統合ワークフローには、ライブラリー調製、シーケンス、データ解析が含まれ、サンプル数に応じて拡張できます。RNAサンプルをベンチトップシステムでマルチプレックスおよびシーケンスして、ラボのコスト効果を最大化できます。

装置上のソフトウェア

装置上の融合遺伝子コールは、NGSベースの融合検出をラボに提供し、追加のバイオインフォマティクスのサポートはありません。この解析では、検出された融合遺伝子、関連する疾患関連(Mitelmanデータベースで同定)、融合遺伝子をサポートするリードのエビデンスに関するリストを提供します。 


仕様


必要な製品

セットAとセットBの両方のキット試薬を購入する必要があります。各試薬には12の固有のインデックスが含まれます。  

/ 結果

アプリケーション

TruSight RNA Fusion Panelは、血液、骨髄、またはFFPEサンプルを使用して、複数のがん種の507の融合遺伝子に関連する遺伝子を対象に、既知および新規のパートナーとの融合遺伝子検出研究を可能にします。 

ワークフローの例

1
ライブラリー調製
TruSight RNA Fusion Panel

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(推奨最大値)

MiSeq System

8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(推奨最大値)

NextSeq 550 System

24 samples per run (mid output; based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(推奨最大値)


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

TruSight RNA Fusion Panel TruSight Tumor 170 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3
アッセイ時間 2.5日 約2日 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) 5~6時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor Solid tumor Solid tumor Solid tumor
説明 がん研究のための費用対効果の高いNGSソリューションを提供し、固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍など、複数のがんタイプに関与する507の遺伝子を深くカバーします。  DNAとRNAの両方からのバリアントコーリング情報を使用して、固形腫瘍の包括的な体細胞バリアント検出研究を実施します。 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。
ハンズオンタイム 11時間 約10.5時間 <1.5時間 <1.5時間
インプット量 10 ngトータルRNA、20~100 ng FFPE RNA 40 ngのDNAおよび/またはRNA 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1~100 ng、プールあたり10 ngを推奨
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode
手法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing
Nucleic acid type RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
Specialized sample types Low-input samples, FFPE tissue Low-input samples, FFPE tissue FFPE tissue FFPE tissue
Species category ヒト ヒト ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Gene fusions Gene fusions, Somatic variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

選択ツール:

TruSight RNA Fusionキャプチャーケミストリー

TruSight RNA Fusion Panelは、対象領域をトータルRNAから分離するためのシンプルで合理化された方法を提供します。

FISHおよびRT-PCRによるTruSight RNA融合遺伝子検出の一致

TruSight RNA Fusion Panelを用いたFFPEサンプル中の融合遺伝子検出

Trusight RNA Fusion Panelは、高品質または低品質のRNAサンプルタイプかにかかわらず、両方から高いパフォーマンスが得られるように最適化されています。ライブラリー調製には、わずか10 ngのトータルRNA、または20 ngのFFPE RNAが必要です。この低いインプット要件により、限られたサンプル量でも、信頼できるターゲット解析を提供します。

TruSight RNA Fusion Panel Set A (48 samples)

RS-304-1002

シーケンス用の48のトータルRNAサンプル(FFPEを含む)のRNAライブラリー調製および濃縮用のキット試薬 各キットには、2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18、19の12の固有インデックスが含まれます。

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TruSight RNA Fusion Panel Set B (48 samples)

RS-304-1003

シーケンス用の48のトータルRNAサンプル(FFPEを含む)のRNAライブラリー調製および濃縮用のキット試薬 各キットには1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25、27の12の固有インデックスが含まれます。

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TruSight RNA Fusion Oligo Panel

20046101

TruSight RNA Fusion Oligo Panelには、1プレックス濃縮を使用する場合はシーケンス用の96のトータルRNAサンプルに、3プレックス*濃縮を使用する場合はシーケンス用の288のトータルRNAサンプルに十分なオリゴが含まれます。このパネルには、ライブラリー調製は含まれていません。*マルチプレックス濃縮が可能なライブラリー調製ワークフローにのみ適用されます。

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よくある質問(FAQ)

信頼度の高い融合遺伝子コールとは、分割リードスコア、ペアリードスコア、ブレークエンド相同性、およびその他の特徴量の算出値に基づくスコアに基づいて、融合遺伝子が閾値フィルターを満たすことを意味します。

低信頼度の融合遺伝子コールは、融合遺伝子がMitelmanデータベースに反復としてリストされているが、最小閾値スコアに合格または満たさないことを意味します。 

詳細については、Local Run Manager RNA融合遺伝子解析モジュールワークフローガイドを参照してください。 

融合遺伝子スコアは融合遺伝子コールの信頼度を反映しており、0は低い、1は高いことを表します。0.6を超えるスコアは、高信頼度の融合遺伝子コールとして報告されます。

このアッセイは、当社の自動化プロバイダーによって自動化されています。このワークフローの自動化に関心がある場合は、担当のアカウントマネージャーにお問い合わせください。

転写産物の過剰発現や欠失につながる染色体転座は遺伝子発現レベルに反映される可能性がありますが、融合遺伝子は作成されません。Local Run Manager RNA融合遺伝子モジュールは、遺伝子発現の変化の検出用に設計されていません。これらの変化を検出するには、BaseSpace Sequence HubのRNA-Seq Alignmentアプリを推奨します。さらに、DNAでこれらの所見を確認することが推奨されます。 

/ 結果

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