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AmpliSeq for Illumina Focus Panel

固形腫瘍との関連が判明している52種の遺伝子を調べるターゲットDNA／RNA研究パネル。

5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない）

アッセイ時間

<1.5時間

ハンズオンタイム

1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨

インプット量

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AmpliSeq for Illumina Focus Panelは、中止されたTruSight Tumor 26の推奨代替品です。

概要

AmpliSeq for Illumina Focus Panelは、固形腫瘍との関連性が知られている52の遺伝子のバイオマーカー解析のためのターゲットリシーケンスアッセイです。Focus Panelを使用して、研究者はDNAとRNAの両方を同時に解析できます。

主な特長

  • 関連遺伝子コンテンツ - 固形腫瘍に関連する52の遺伝子にわたるバイオマーカーをターゲットにします

  • 迅速で合理化されたワークフロー - わずか1 ngの高品質サンプルまたは10 ngのホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）インプットサンプルから、1日でシーケンス対応ライブラリーを調製

  • 正確なデータ - ローカルまたはクラウドベースの解析を使用して、5%までの頻度で体細胞変異を検出

Focus Panelは、AmpliSeq for Illumina Polymerase Chain reaction（PCR）ベースのライブラリー調製、イルミナのSequence by Synthesis（SBS）次世代シーケンス（NGS）テクノロジー、自動解析を含む統合ワークフローの一部です。

このすぐに使えるパネルは、ターゲットの同定、プライマーの設計、パネルの最適化の時間と労力を節約します。

Ampliseq for Illuminaの詳細はこちら

仕様

アッセイ時間 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない）
がんの種類 固形腫瘍
コンテンツ仕様 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット
説明 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。
ハンズオンタイム <1.5時間
インプット量 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, MiSeqDx システム 研究（RUO）モード, MiniSeq System
作用機序 マルチプレックスPCR法
手法 ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス
マルチプレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ
核酸の種類 DNA, RNA
アンプリコン数 合計553（2プール） （DNAプール：269アンプリコン。 RNAプール：284アンプリコン）
対応サンプルタイプ FFPE組織
生物種カテゴリー ヒト
テクノロジー シーケンス
バリアントクラス 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）

必要な製品

AmpliSeq for Illumina Focus Panelパネルには、DNAとRNAの両方のワークフローが含まれています。 各ワークフローには独自のLibrary PLUS反応およびインデックスアダプターが必要です。RNAワークフローにはcDNA合成も必要です。

/ 件

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

AmpliSeq for Illumina Focus Panel

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 推奨サンプル数 リード長
iSeq 100システム

8 samples per run (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiniSeqシステム

Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiSeqシステム

Samples per run (by reagent kit version): v2 micro: 8, v2: 30, v3: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

関連するアプリケーションとメソッド

ターゲットリシーケンス

ターゲットシーケンスまたはリシーケンスでは、遺伝子のサブセットまたは関心のあるゲノム領域が単離され、シーケンスされるため、ラボのリソースを節約できます。

ライブラリー調製とアレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

病理学とがんの臨床研究

私たちのがん臨床研究ソリューションでは、正確なゲノム情報を提供しており、研究所では複数の遺伝子を1回の試験で解析できます。

ドキュメント

製品資料
  • アプリケーションノート PDF < 1 MB
    5 バージョン
Support documentation

比較する

AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 TruSight Tumor 15
アッセイ時間 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） 5時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） 7時間
がんの種類 固形腫瘍 固形腫瘍 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍
コンテンツ仕様 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット 161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット 固形腫瘍に関連する15の遺伝子から250アンプリコンを増幅
説明 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 20 ng DNAを用いた固形腫瘍の15の一般的な変異遺伝子に対するNGSアッセイ。 
ハンズオンタイム <1.5時間 <1.5時間 <1.5時間 3.5時間
インプット量 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 FFPE DNA 20 ng 
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, MiSeqDx システム 研究（RUO）モード, MiniSeq System NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード MiSeqシステム, iSeq 100システム, MiSeqDx システム 研究（RUO）モード, MiniSeq System MiSeqシステム, MiSeqDx システム 研究（RUO）モード, MiniSeq System
作用機序 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法 マルチプレックスPCR法
手法 ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス
マルチプレックス 96のデュアルインデックスの組み合わせ 96のデュアルインデックスの組み合わせ 96のデュアルインデックスの組み合わせ 1～24プレックス
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA DNA
アンプリコン数 合計553（2プール） （DNAプール：269アンプリコン。 RNAプール：284アンプリコン） 合計4,648、4プール（DNAプール1：1,891アンプリコン。DNAプール2：1,890アンプリコン。RNAプール1：447アンプリコン。RNAプール2：420アンプリコン。） 合計207（1プール）
対応サンプルタイプ FFPE組織 FFPE組織 FFPE組織 FFPE組織
生物種カテゴリー ヒト ヒト ヒト ヒト
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス シーケンス
バリアントクラス 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） 1塩基変異多型（SNP）, 体細胞バリアント, 挿入 欠失（Indel） 体細胞バリアント, 挿入 欠失（Indel）

図

高いカバレッジ均一性とオンターゲットアライメント

さまざまな品質のFFPE組織およびHDサンプルから抽出されたDNAを、AmpliSeq for Illumina Focus Panelを使用して評価し、MiniSeqおよびMiSeqシステムでシーケンスしました。Cqは、FFPE組織からDNAが分離される品質の指標です。

予想されるバリアント頻度と検出されたバリアント頻度の一致率が高い

ホルマリン固定HDサンプルからのDNAをAmpliSeq for Illumina Focus Panelを用いて評価し、MiniSeqおよびMiSeqシステムでシーケンスしました。結果は、予想される検出バリアント頻度間の100%の一致を示しました。

パネル (2)

AmpliSeq™ Focus Panel for Illumina®

20019164

SNV、インデル、CNVおよび遺伝子融合をターゲットとするフォーカスDNAおよびRNAターゲットパネル。キットには24の反応が含まれます。Library PLUSおよびインデックス付きアダプターは別売です。

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Ampliseq™ for Illumina® Focus Panel MiSeq Kit

20024183

AmpliseqフォーカスパネルMiSeqキットには、48サンプル用のライブラリー調製試薬とMiSeqシーケンス試薬が含まれています。これには、2台のAmpliSeq for Illumina® Focus Panel、1台のAmpliseq−(* for Illumina® Library PLUS（96反応）、1台のAmpliseq−(* for Illumina® CD Indexes Set A、および2台のMiSeq Reagent Kits v2 300サイクルが含まれます。

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ライブラリー調製 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24サンプルのラベル付けに十分な24インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96サンプルにラベル表示できる96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、8 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬とプローブパネルは別売りです。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

イルミナ、セットA、セットB、セットCおよびセットDの4セットのAmpliSeq CDインデックスが含まれます。各セットには96サンプルにラベルを付けるのに十分な96、8 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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アクセサリー製品 (4)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

AmpliSeq for Illumina RNA Panels（AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom RNA PanelまたはCommunity RNA Panelsなど）で作業する場合、全RNAをcDNAに変換するための反応ミックスと酵素ブレンドが含まれます。反応の数はパネルによって異なります（例：AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom Panelについては1キットあたり100反応、AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panelについては1キットあたり200反応）。

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AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

AmpliSeq Library PLUS for Illuminaとペアにすると、96反応に十分な8つの一塩基多型（SNP）ターゲットプライマーペアと1つの性差別プライマーペアが含まれます。迅速かつ正確なサンプル同定を可能にします。ライブラリー調製、プローブパネル、インデックスアダプターは別途ご購入ください。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

AmpliSeq for Illuminaプロトコールを使用したライブラリー構築のために、非染色スライドマウントFFPE組織からDNAを調製するための24の反応を含み、脱パラフィンやDNA精製は必要ありません。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

AmpliSeq for Illuminaライブラリーをシーケンス用に調製する場合のライブラリーノーマライゼーション用のビーズと試薬が含まれます。

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NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

TruSight Hereditary Cancer Panel

遺伝的がんリスク素因に関連する113の遺伝子および125のSNPにわたる生殖系列変異を評価するターゲットシーケンスパネル。

iSeq 100試薬

iSeq 100システム用の試薬は、1チャンネルSBSケミストリーとCMOSテクノロジーを備えたすぐに使えるカートリッジで、シンプルかつ低コストのシーケンスを実現します。

AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel

シーケンス固有のターゲットまたは興味のあるゲノムコンテンツにに最適化されたターゲットカスタムリサーチパネル。

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