イルミナゲノミクス研究

NovaSeq Xシリーズの出荷開始により、イルミナの次世代ハイスループットプラットフォームでXLEAP-SBSケミストリーが利用可能になりました。さらに25Bフローセルが利用可能になり、NovaSeq Xソフトウェアアップデート1.2は、デュアルフローセルシーケンスランで最大16テラ塩基を生成できるようになりました。ソフトウェアアップデート1.3では、データ品質と装置のロバスト性が大幅に改善されており、NovaSeq Xプラットフォームの進化を続けています。

DRAGEN v4.3リリースでは、第2世代マルチゲノムマッパーを導入します。この記事では、パンゲノムリファレンスを使用したその手法の進化について考察し、第2世代マルチゲノムマッパーと最新の128サンプルパンゲノムリファレンスを用いて、ゲノムの全ベンチマーク領域とマップ困難領域の両方で、有意な精度の向上を示しています。

リンチ症候群に関連するPMS2遺伝子の病理学的な小バリアント検出は、疑似遺伝子PMS2CLと交絡していますが、DRAGEN 4.3では、全ゲノムシーケンスを使用してPMS2の小バリアント検出を強化するための精緻なアルゴリズムが導入されています。このアプローチを22の非細胞系サンプルに適用することで、予想されるすべてのP/LPバリアントが検出され、この方法は単一または複数コピーのパラローグを持つ他の遺伝子にも拡張できます。