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ターゲットRNAシーケンス

ターゲットRNAシーケンス入門

ターゲットRNAシーケンス(RNA-Seq)は特定の目的転写産物を選択してシーケンスする高精度な手法です。定量的情報および定性的情報の両方が得られます。ターゲットRNA-Seqは、濃縮アプローチまたはアンプリコンベースのアプローチで実現できます。このいずれのアプローチでも、フォーカスした一連の目的遺伝子における遺伝子発現解析が可能です。濃縮アッセイでは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織も含めたさまざまな種類のサンプルにおいて、既知および新規の遺伝子融合パートナーを検出することも可能です。

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ターゲット濃縮RNA-Seqの利点

RNA濃縮により、発現に関する定量的情報が得られ、さらに小さなバリアントや遺伝子融合を検出することができます。RNA濃縮には以下の特長があります:

  • FFPE組織などの難しいサンプルに対応
  • 少ないインプット量(トータルRNAで10 ng、FFPE RNAで20~100 ng)
  • 既知および新規の融合遺伝子パートナーの両方を検出可能
  • 幅広いダイナミックレンジの遺伝子発現プロファイリングが可能

ターゲットアンプリコンRNA-Seqの利点

RNA発現パネルは、目的のRNA配列にフォーカスして設計することも、完全最適化され実験で検証されたパネルにカスタムコンテンツを追加することもできます。

  • 目的の転写産物を測定するための精度と特異性の高い手法を実現
  • 発現差解析、アリル特異的発現の測定、および遺伝子融合の検証のための定性的・定量的情報を提供
  • 数十から数千に及ぶターゲットを同時に測定可能
  • 低品質RNAサンプルやFFPE由来のRNAサンプルに対応
小児白血病におけるがんパスウェイの新たな見解

研究者たちは小児白血病における融合遺伝子の役割を理解するためにTruSight RNA Pan-Cancer Panelを使っています。

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RNA シーケンス検討事項

遺伝子発現プロファイリング、ターゲットRNA発現、small RNA解析、など、それぞれのRNA-Seq実験によって、必要とされるリード長や深度は異なります。このページでは、実験において考慮すべき点をレビューしています。実験計画にご活用ください。

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ターゲットRNA-Seqワークフロー

イルミナのsequencing by synthesis(SBS)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。

ライブラリー調製からデータ解析および生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合されたターゲットRNA-Seqワークフローを提供します。

Gene Panel and Array Finder

プロジェクトに適したシーケンスパネルまたはマイクロアレイを使用してさらに研究を進めてください。

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*Data calculations on file.Illumina, Inc., 2015