特定の目的転写産物にフォーカスしたシーケンス

RNAサンプルにおける遺伝子発現および融合の検出

ターゲットRNAシーケンス

ターゲットRNAシーケンス(RNA-Seq)は特定の目的転写産物を選択してシーケンスする高精度な手法で、定量的情報および定性的情報の両方が得られます。ターゲットRNA-Seqは、濃縮アプローチまたはアンプリコンベースのアプローチで実現できます。このいずれのアプローチでも、フォーカスした一連の目的遺伝子における遺伝子発現解析が可能であり、濃縮アッセイではホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織も含めたさまざまな種類のサンプルにおいて既知および新規の遺伝子融合パートナーを検出することも可能です。

RNA濃縮により、発現に関する定量的情報が得られ、さらに小さなバリアントや遺伝子融合を検出することができます。RNA濃縮には以下の特長があります:

  • ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織などの難しいサンプルに対応
  • 必要なインプット量が少ない(トータルRNAなら10ng、FFPE RNAなら20~100ng)
  • 既知および新規の融合遺伝子パートナーの検出
  • 幅広いダイナミックレンジの遺伝子発現プロファイル
ターゲット濃縮RNAシーケンスの利点

RNA発現パネルは目的のRNAシーケンスにフォーカスして設計することも、完全最適化され実験で検証されたパネルにカスタムコンテンツを追加することもできます。

  • 目的の転写産物を測定するための精度と特異性の高い手法を実現
  • 発現差解析、アリル特異的発現の測定、および遺伝子融合の検証のための定性的・定量的情報を提供
  • 数十から数千に及ぶターゲットを同時に測定可能
  • 低品質RNAサンプルやFFPE由来のRNAサンプルに対応
小児白血病におけるがんパスウェイの新たな見解

研究者たちは小児白血病における融合遺伝子の役割を理解するためにTruSight RNA Pan-Cancer Panelを使っています。

インタビューを読む

SUNY Upstate Medical University(UMU)のPh.D. Frank Middletonは、新たに発見された統合失調症のCNVに起因する発現変異のスクリーニングに焦点を絞った遺伝子パネルを開発しました。Dr. Middletonが統合失調症、双極性障害、および自閉症に関連した数百の遺伝子の解析に、PCRやアレイではなくターゲットRNA-Seqを用いた理由についてご覧ください。

インタビューを読む
ターゲットRNAシーケンスと統合失調症

イルミナの1塩基合成(SBS)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。

イルミナは、業界をリードするシーケンスに加えて、ライブラリー調製からデータ解析および生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合されたターゲットRNA-Seqワークフローを提供します。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップで使用する製品をご覧ください。

TruSeq Targeted RNA Expression Kit

わずか50 ngのRNAインプットからスタートできる中~高プレックスの遺伝子発現プロファイリングのための高度カスタマイズ可能なパネル。FFPE RNAサンプル対応。

TruSight RNA Pan-Cancer

FFPEを含めたさまざまな種類のRNAサンプルにおける遺伝子発現、バリアント、および融合検出のための1385がん遺伝子をターゲットとしたパネル。

TruSight Tumor 170

包括的なパネルで固形がんの進行に関与する一塩基バリアント(SNV)、増幅、および融合を検出できます。

TruSight RNA Fusion

既知および新規の融合遺伝子パートナーを検出する能力で、さまざまな種類のがんにおける遺伝子と関連している融合をターゲットとした遺伝子融合検出パネル。

DesignStudio

使いやすい、ウェブベースのアッセイデザインツール。研究のニーズに合わせてシーケンスコンテンツをカスタマイズできます。

ライブラリー調製キットセレクター ライブラリー調製キットセレクター

プロジェクトの種類、出発材料、および手法またはアプリケーションに基づいて、ニーズに最適なキットをお選びください。

MiniSeqシステム

ターゲットパワー。この堅牢な小型NGSシステムで実績のあるイルミナ品質を実現。1回のランで、最大384のターゲットRNAサンプルに対応。**

MiSeqシリーズ

フォーカスパワー。ターゲットシーケンスと小さいゲノム解析のためのスピードと簡便性。1回のランで、最大384のターゲットRNAサンプルに対応。**

NextSeqシリーズ

フレキシブルパワー。すべてのゲノムに対応するスピードと使いやすさ。1回のランで、最大384のターゲットRNAサンプルに対応。**

HiSeqシリーズ

プロダクションパワー。生産規模ゲノミクスに適したハイスループットと最小限に抑えられたコストを実現。1回のランで、最大6144のターゲットRNAサンプルに対応。**

プラットフォーム比較ツール

シーケンスプラットフォームを比較して、ラボおよびアプリケーションに最適なシステムを見つけてください。

シーケンス試薬

各イルミナシーケンスシステムに適したシーケンス試薬、フローセル、およびバッファーを含むキットをお選びください。

TruSeqターゲットRNAアプリはMiSeq ReporterおよびBaseSpaceで利用可能です。

Local Run Manager

装置内のデータ解析を自動的に実行する使いやすいソフトウェア。

Broad IGV

MITおよびハーバードのBroad研究所によって開発されたゲノムブラウザーで、複雑なバリアント解析用のNGSデータを表示します。

Genomatix Pathway System(GePS)

単一遺伝子または遺伝子のリストに、パスウェイ、疾患、組織、低分子に関するアノテーションデータを関連付けます。

iPathway Guide

差次的遺伝子発現、薬物間相互作用、および疾患の解析。

BaseSpace Sequence Hub

NGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。

BaseSpace Correlation Engine

疾患機序、薬剤標的、およびバイオマーカーの特定をサポートする、キュレーションされたゲノムデータで拡大し続けるライブラリー。

Local Run Manager

装置内のデータ解析を自動的に実行する使いやすいソフトウェア。

Gene Panel Finder

次世代シーケンス(NGS)では、ターゲットリシーケンスのための拡張性、スピード、および解像度が得られます。イルミナのGene Panel Finderは、お客様が目的の遺伝子に最適なイルミナ固定パネルを見つけるのに役立ちます。

最適なパネルを見つける
Gene Panel Finder
がん研究:バリアント検出
がん研究:バリアント検出

ターゲットRNA-Seqを用いて遺伝子発現およびトランスクリプトームの変化をモニタリングすることは、どのバリアントが発現し、腫瘍の発生や進行に影響を及ぼしたかを解明する役に立ちます。がん研究におけるターゲットRNA-Seqの詳細はこちら

創薬およびRNAシーケンス
創薬およびRNAシーケンス

イルミナは、創薬パイプラインのあらゆるフェーズに対応した革新的なゲノムシーケンスソリューションを取り揃えています。選定した2~3のターゲットでデザインしたカスタムパネルから全トランスクリプトームに至るまで、遺伝子発現プロファイルの特性を解明します。創薬におけるNGSの詳細はこちら

複雑な疾患:神経障害
複雑な疾患:神経障害

神経科学に特化して設計されたターゲットRNA発現パネルを使えば、対象母集団において神経変性経路や神経毒性経路に障害が発生しているかどうかを解明する手掛かりが得られます。神経科学研究の詳細はこちら

TruSeqターゲットRNA発現解析用固定パネル(神経変性、p53、アポトーシス、幹細胞など)は販売を終了いたしました。今後はTruSeq Targeted RNA Expressionカスタムパネルのご利用をおすすめいたします。イルミナは、お客様に高品質のサポートとサービスをご提供するために尽力し続けています。

電子メールにてシーケンス手法における最新のニュース、事例研究、アプリケーションなどの情報をご提供します。ぜひご登録ください。
ターゲットRNA-Seq実験の設計
ターゲットRNA-Seq実験の設計

ノーマライゼーション、マルチプレックス、サンプルプール、およびリード予算の設定についてはこちら。

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タッチパネル操作で使えるインフォマティクス
タッチパネル操作で使えるインフォマティクス

NGSデータを容易に解析、保管、共有できる使いやすいツールをご利用ください。

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ターゲットRNA-Seqおよび概日リズム
ターゲットRNA-Seqおよび概日リズム

Missouri-St. Louis大学のDr. HughesはターゲットRNA-Seqを用いて、概日リズムの遺伝機序を解明します。

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ターゲットRNA-Seqについての主要論文
RNA-Seq手法論文集

この概要では、イルミナテクノロジーを利用した最新のRNA-Seq研究論文を取り上げます。

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NextSeq 500システムによるRNA-Seq

柔軟性とコスト効率に優れたRNAシーケンスソリューションにより、生物学に関する理解が深まります。

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ペアエンドRNA-Seq
ペアエンドRNA-Seq

イルミナのすべてのシーケンスシステムでは、新規RNA転写産物や遺伝子融合などの検出を容易にするペアエンドシーケンスを行うことができます。

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ウェビナー:FFPE RNA-Seq
ウェビナー:FFPE RNA-Seq

FFPE RNAシーケンスにおける障壁を克服する方法についてはこちら。

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がんのベールを取り去るTruSight Tumor 170

新しいがん研究アッセイでは、DNAとRNA両方をターゲットとして、小さなバリアント、遺伝子増幅、遺伝子融合、およびスプライスバリアントを検出します。

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*Data calculations on file.Illumina, Inc., 2015

** TruSeqインデックスに基づいて、MiniSeqまたはMiSeqでは最大65ターゲット、NextSeq 500では最大1041ターゲット、ならびにHiSeqではレーンあたり651ターゲット。