RNAライブラリー調製
RNA-Seqライブラリー調製の進歩は、トランスクリプトーム研究に革命をもたらしています。
全トランスクリプトーム
遺伝子や転写物の量を測定し、コーディングRNAやノンコーディングRNAにおける既知および新規の特徴を検出します。ターゲットハイブリダイゼーションでは、豊富なrRNAを除去して、トランスクリプトームの価値の高い部分に焦点を当てます。
mRNA
遺伝子発現の定量化、コーディングトランスクリプトームにおける既知および新規アイソフォームの同定、融合遺伝子の検出、アレル特異的発現の測定が可能です。
RNA濃縮
目的とする遺伝子群にフォーカスして遺伝子発現を解析します。定量的な発現情報のほか、小規模バリアントや遺伝子融合の検出を行います。
RNA Amplicon
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）アンプリコンのウルトラディープシーケンスを活用し、目的とするRNAシーケンスの解析、発現差解析、アレル特異的発現の測定、さらに遺伝子融合の検証を行います。
実験に使うRNAライブラリー調製キットの選択
| アプリケーション | 製品 | 利点 |
|---|---|---|
| シングルセルRNAシーケンス | イルミナシングルセルRNA調製 |
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| トータルRNAシーケンス | Illumina Stranded Total RNA Prep |
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| mRNAシーケンス | Illumina Stranded mRNA Prep |
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| ターゲットRNAシーケンス | Illumina RNA Prep with Enrichment |
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RNAライブラリー調製一覧
| アプリケーション | 全トランスクリプトーム | mRNA | RNA濃縮 |
|---|---|---|---|
| ハンズオンタイム | 3時間未満 | 3時間未満 | 2時間未満 |
| ターンアラウンドタイム | 約7時間 | 6.5時間 | 9時間未満 |
| インプット量 | 1～1,000 ng（標準品質RNA）。10 ng（最適性能、FFPEサンプル）。 | 25～1,000 ng（標準品質RNA） | 10 ng（標準品質RNA）。20 ng（低品質RNA、分解RNA、FFPE由来RNA） |
| 自動化対応 | リキッドハンドリングロボット | リキッドハンドリングロボット | リキッドハンドリングロボット |
| PCRプロトコール | なし | なし | あり |
| ライブラリー定量は必要ですか？ | あり | あり | あり |
| 断片化 | あり | あり | 不要 |
| 製品 | Illumina Stranded Total RNA Prep | Illumina Stranded Total mRNA Prep | Illumina RNA Prep with Enrichment |
これら3つのキットすべてにおいて、384のユニークデュアルインデックスを使用して、1つのNovaSeq S4フローセルに最大384のサンプルをローディングすることで、シーケンスコストを削減し、より高いスループットシーケンスを実現します。
タグメンテーションの利点
ビーズリンクドのトランスポソームタグメンテーションは、当社のライブラリー調製ポートフォリオで利用されている革新的なテクノロジーです。gDNAの同時断片化とイルミナシーケンスプライマーの追加により、オンビーズタグメンテーションは、シーケンス用ライブラリーを、以前よりも迅速に提供できるようになりました。補助の試薬や設備無しでライブラリーをノーマライズする。ターンアラウンドタイムと複雑性の削減
タグメンテーションの詳細はこちら
アダプターライゲーションの説明
NGSライブラリー調製で利用されている主なその他のテクノロジーは、一貫性、高品質データで名高いアダプターライゲーションです。ライブラリーは、gDNAまたはcDNAサンプルを断片化し、両方の断片の端に特製アダプターをライゲーションして調製されます。これらのアダプターには、完全に揃ったシーケンスプライマーハイブリダイゼーションサイトが含まれます。これにより、追加のPCRステップの必要性がなくなるので、プロセスの完全な自動化が可能になります。
アダプターライゲーションの詳細はこちら一緒に購入されることの多い製品
イルミナのライブラリー調製を活用する方法についてお問い合わせください。
お客様のニーズに合わせてご提案いたします。
RNA-Seqライブラリー調製の手法とユースケース
MiSeq i100シリーズによるライブラリーQC
ハイスループットシステムでシーケンスを行う前に、品質を評価し、ライブラリープーリングを最適化します。
2つのキットの概要
2つの定評のあるRNAライブラリー調製キットの厳密な比較をご覧になると、RNAシーケンス研究を実施する研究者にとって関心のある新しい情報が明らかになります。
シングルセルRNA解析により、骨がんの遺伝的要因の可能性を発見
ピッツバーグ大学の研究者は、イルミナのPartek Flowソフトウェアを使用して、骨肉腫の転移に寄与する遺伝子を同定しています
究極のRNAボディマップの構築
数百の細胞タイプと組織を用いた4つの相補的RNA-Seq法は、ヒトトランスクリプトームの最も包括的なアトラスを生成しました。
がん免疫研究のためのRNAシーケンスワークフローの例
ライブラリー調製
シーケンス
解析
DRAGEN RNAパイプライン
二次解析を2時間未満で実施します。
イルミナRNAパイプライン
二次解析から三次解析まで、Illumina Connected Softwareはイルミナのテクノロジーとシームレスに統合し、科学的発見を加速します。
製品選択ツール
ライブラリー調製キットセレクター
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでキットをフィルタリングする。キットを比較、共有、注文します。
適切なキットを見つける
関連ソリューション
インデックス
ラン毎のシーケンスサンプル数を増やし、ユニークデュアルインデックスアダプターを使用して、ハイスループットシーケンスを最適化。
分子バーコード（UMI）
分子バーコード（UMI）は、エラー補正と正確性を提供し、バリアント検出の感度を高めながら、偽陽性のバリアントコールを減らすことができます。
自動化
当社のパートナーは、ハイスループットとロースループットの両方で、自動化メソッドを開発し、ライブラリー調製ポートフォリオを拡大しています。
RNAシーケンス
既知の特徴や新規の特徴を1回のアッセイで検出可能です。これには、転写アイソフォーム、融合遺伝子、1塩基変異などが含まれ、事前の知識は不要です。