RNAライブラリー調製

シンプルでカスタマイズされたRNA-Seqワークフロー

精度の高い結果が得られるRNAライブラリー調製

RNA-Seqライブラリー調製の進歩が、トランスクリプトーム研究に変革をもたらしています。

全トランスクリプトーム

遺伝子や転写産物の存在量を測定し、コーディングおよびノンコーディングRNAの既知の特性と未知の特性も検出することができます。ターゲットハイブリダイゼーションにより大量のrRNAを除去し、トランスクリプトームの価値が高い部分を絞り込めます。

mRNA

遺伝子発現の定量、コーディングトランスクリプトーム中の既知および未知のアイソフォームの同定、遺伝子融合の検出、そしてアリル特異的発現の測定が可能です。

RNA濃縮

対象遺伝子群に絞って遺伝子発現を解析することができます。発現に関する定量的情報が得られ、さらに小さなバリアントや遺伝子融合を検出することができます。

RNAアンプリコン

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アンプリコンのウルトラディープシーケンスを使用すると、目的とするRNAシーケンスの解析、発現差解析、アリル特異的発現の測定、遺伝子融合の検証が可能です。

カスタム濃縮ワークフローに要する時間の比較

タイムラプスビデオでは、わずか2時間のハンズオンタイムで、勤務時間内に完了するRNAまたはDNAワークフローをご紹介します。(DNAワークフローを示しています)

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改良されたRNA-Seqライブラリー調製製品群のご紹介

感染症、がん、遺伝性疾患のRNA研究にこれらのソリューションを用いると、ターンアラウンドタイムの短縮、幅広い研究に対する柔軟性、シーケンスの拡張性が得られます。

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実験に適したRNAキットの選択

アプリケーション 製品 利点
トータルRNAシーケンス Illumina Stranded Total RNA Prep
  • 統合された酵素的RNA除去法により、迅速なワンステップでrRNAとグロビンmRNAを両方とも除去
  • 1つのチューブ内で複数生物種に由来する大量の転写産物を除去でき、混合サンプルにもフレキシブルに対応
  • ヒト、マウス、ラット、細菌、疫学の各サンプルに利用可能
  • 幅広いRNAインプット量、迅速プロトコール、最大384種のUDIによるコスト効率の高いシーケンス
  • ライゲーションメソッドのため、分解サンプルからでも高いカバレッジ均一性と信頼性
  • FFPEサンプルと低品質サンプルでも発現量相対比を測定可能
mRNAシーケンス Illumina Stranded mRNA Prep
  • コスト効率と拡張性が高いコーディングトランスクリプトームのRNAシーケンスでストランド方向の精確な測定が可能
  • 幅広いRNAインプット量、迅速プロトコール、最大384種のUDIによるコスト効率の高いシーケンス
  • 広範なダイナミックレンジで、遺伝子発現をより精確に測定
  • Poly(A)キャプチャー、アダプターとインデックスのライゲーションによる付加
ターゲットRNAシーケンス Illumina RNA Prep with Enrichment
  • 極めて迅速なタグメンテーションによるライブラリー調製で、RNAエクソームなど興味のある多くの転写産物から得られる深い洞察
  • 1回のハイブリダイゼーションステップ
  • 機械的断片化が不要
  • パネルはモジュール方式で便利に
  • 低品質/分解/FFPE組織サンプルに対応
  • オリゴパネルによる呼吸器系ウイルスの検出

全体として、高性能で柔軟性が高く、1日で完了する効率的なワークフローであるため、RNA調製に理想的なソリューションです。

Christopher Noune博士、 Australian Genome Research Facility

RNAライブラリー調製の一覧

アプリケーション 全トランスクリプトーム mRNA RNA濃縮
ハンズオンタイム 3時間未満 3時間未満 2時間未満
ターンアラウンドタイム ~7時間 6.5時間 9時間未満
インプット量 1~1,000 ng(標準品質RNA)。10 ng(最適性能、FFPEサンプル)。 25~1,000 ng(標準品質RNA) 10 ng(標準品質RNA)。20 ng(低品質RNA、分解RNA、FFPE由来RNA)
自動化対応 リキッドハンドリングロボット リキッドハンドリングロボット リキッドハンドリングロボット
PCRプロトコール 不要 不要 含まれる
ライブラリー定量 含まれる 含まれる 含まれる
断片化 含まれる 含まれる 不要
製品 Illumina Stranded Total RNA Prep Illumina Stranded mRNA Prep Illumina RNA Prep with Enrichment

全3種類のキットでは、よりハイスループットのシーケンスを目的に、384種類のユニークデュアルインデックスを使用して最大384サンプルを1個のNovaSeq S4フローセルにロードすることでシーケンスコストを削減できます。

タグメンテーションの利点

ビーズ結合トランスポソームタグメンテーションは、当社のライブラリー調製製品群で使用している画期的な技術です。ビーズ上でのタグメンテーションにより、gDNAの断片化とイルミナシーケンスプライマーの付加を同時に実施することで以前よりも迅速にシーケンスの準備が整ったライブラリーが得られます。補助的な試薬や機器を用いずにライブラリーをノーマライズできます。ターンアラウンドタイムと煩雑さを減らせます。

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アダプターライゲーションについて

NGSライブラリー調製に用いられている別の重要な技術は、以前から一貫性のある高品質なデータで知られているアダプターライゲーションです。gDNAまたはcDNAサンプルを断片化して、得られた断片の両端に専用アダプターをライゲートさせることでライブラリーを調製します。これらのアダプターには、シーケンスプライマーハイブリダイゼーション部位の完全な相補配列が含まれます。そのため、追加のPCRステップが不要となり、アダプターライゲーションプロセスを全自動で進められます。

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よく一緒に購入される製品

イルミナのライブラリー調製製品を最大限に活用する方法についての専門家へのお問い合わせ

お客様のニーズに合わせてご提案いたします。

RNA-Seqライブラリー調製メソッドと使用例

2種類のキットの説明

2種類の定評のあるRNAライブラリー調製キットを厳密に比較することで、RNAシーケンスの研究を実施している研究者は関心のある新たな情報を得られます。

RNAの各種メソッドのポスター

以下を解析するための包括的なNGSメソッド:

  • RNA転写
  • RNA-タンパク質間の相互作用
  • 低濃度のRNA
  • RNA修飾
  • RNA構造
RNAメソッド論文集

この論文集は、長所と短所、論文の要約、参考文献を含む科学文献から集められたさまざまなRNAシーケンスのNGSメソッドについて記載しています。

製品選択用ツール

ライブラリー調製キットセレクター

ニーズに応じた最適なライブラリー調製キットやマイクロアレイをお選びください。メソッド別、生物種別などでキットを絞り込むことができます。キットの比較、共有、注文ができます。

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シーケンスメソッドの探索

RNA転写、低濃度のRNA検出、RNA修飾、RNA構造、RNA-タンパク質間相互作用のためのライブラリー調製メソッドを検索できます。

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関連ソリューション

インデックス

ユニークデュアルインデックスアダプターを用いて、ランあたりのシーケンス可能なサンプル数を増やし、ハイスループットシーケンスを最適化します。

UMI

分子バーコード(UMI)によりエラー補正と精確さを実現し、バリアントの検出感度を上げながら偽陽性のバリアントコールを減らせます。

自動化

イルミナのパートナーは、イルミナのライブラリー調製製品群全体にわたるハイスループットとロースループットの自動化メソッドを開発しました。

RNAシーケンス

転写物アイソフォーム、遺伝子融合、シングルヌクレオチドバリアントなど、事前情報が全くない状態で既知および未知の特性を1回のアッセイで検出できます。