デュアルインデックス配列
正確なデマルチプレックス
ユニークデュアルインデックスは、他のインデックス戦略に比べても最も高い精度で、サンプルあたりのコストやシーケンスライブラリーを削減します。
デュアルインデックス配列について
ユニークデュアルインデックスにより、他のインデックス戦略と比較して、1回のランでシーケンスするサンプル数を増やし、サンプルあたりのコストを削減することができます。ユニークデュアルインデックスのプレート1枚だけで、96サンプルをプーリングすることができます。
デュアルインデックス配列のストラテジー
ユニークデュアルインデックスに加え、デュアルインデックス配列におけるもう一つのストラテジーは、組み合わせデュアルインデックスを使用することです。マルチプレックス用のライブラリーを調製する場合、ユニークデュアルインデックスの使用を推奨します。デュアルインデックスライブラリーにおいて、シーケンスランには二つの追加リードが含まれます。この追加リードにより、ラン後の解析ソフトウェアがより高い精度でデマルチプレックスを行うことができます。
ユニークデュアルインデックス
ウェルプレートでのシーケンス反復を防止するため、ユニークデュアルインデックスでは、サンプルの両端にユニーク識別子を使用しています
ユニークデュアルインデックスのプレート1枚で、96のユニークインデックス1（i7）アダプターと96のユニークインデックス2（i5）アダプターを使用しながら、96サンプルをプーリングすることが可能です。
組み合わせデュアルインデックス
組み合わせデュアルインデックスでは、シーケンスはウェルプレートの列および行で反復されます。
インデックスの組み合わせは、8組のユニークデュアルペアに限定されるため、インデックスアダプターは一部の配列を共有することになります。大半のライブラリーはi7末端またはi5末端での配列を共有します。
ユニークデュアルインデックスを使用する理由
ユニークデュアルインデックスアダプターと組み合わせデュアルインデックスアダプターの比較
ユニークデュアルインデックスのプレート1枚で96サンプルをプーリングすることが可能です。それに対して、組み合わせデュアルインデックスでは、インデックス組み合わせはユニークデュアルペア8組に限定されます。
主なアプリケーションで推奨されるインデックスアダプターおよびライブラリー調製キット
| アプリケーション | ライブラリー調製キット | 推奨されるインデックスソリューション |
|---|---|---|
| 全ゲノムシーケンス | Illumina DNA Prep | IDT for Illumina UD Indexes |
| RNAシーケンス解析 | Illumina Stranded mRNA Prep Illumina Stranded Total RNA Prep |
IDT for Illumina – RNA |
| アンプリコンシーケンス | AmpliSeq for Illuminaパネル | AmpliSeq UD Indexes for Illumina（サンプル数が24以下用） AmpliSeq UD Indexes for Illumina（サンプル数が24以上用） |
| ターゲットDNAエンリッチメント | Illumina DNA Prep with Enrichment | Illumina Nextera UD Indexes向けIDT |
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ユニークデュアルインデックスと分子バーコード（UMI）のどちらを使用するべきなのでしょうか？
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一般的には、デュアルインデックスが望ましい方法です。デュアルインデックスされたシーケンスには追加のサイクルが必要です。試薬キットには追加のサイクルの実行に十分な供給品が含まれています。以下の場合には、シングルインデックスが望ましい可能性があります：
- 機器がデュアルシーケンスに対応していない（HiSeq 1000/1500システム）
- リードが数塩基分より長い必要がある
- 2回目のインデックスの実行に必要な1～2時間を追加で確保することができない
NovaSeq 6000システム
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