デュアルインデックス配列

正確なデマルチプレックス

ユニークデュアルインデックスは、他のインデックス戦略に比べても最も高い精度で、サンプルあたりのコストやシーケンスライブラリーを削減します。

デュアルインデックス配列

デュアルインデックス配列について

ユニークデュアルインデックスにより、他のインデックス戦略と比較して、1回のランでシーケンスするサンプル数を増やし、サンプルあたりのコストを削減することができます。ユニークデュアルインデックスのプレート1枚だけで、96サンプルをプーリングすることができます。

デュアルインデックス配列のストラテジー

ユニークデュアルインデックスに加え、デュアルインデックス配列におけるもう一つのストラテジーは、組み合わせデュアルインデックスを使用することです。マルチプレックス用のライブラリーを調製する場合、ユニークデュアルインデックスの使用を推奨します。デュアルインデックスライブラリーにおいて、シーケンスランには二つの追加リードが含まれます。この追加リードにより、ラン後の解析ソフトウェアがより高い精度でデマルチプレックスを行うことができます。

ユニークデュアルインデックス

ウェルプレートでのシーケンス反復を防止するため、ユニークデュアルインデックスでは、サンプルの両端にユニーク識別子を使用しています

ユニークデュアルインデックスのプレート1枚で、96のユニークインデックス1(i7)アダプターと96のユニークインデックス2(i5)アダプターを使用しながら、96サンプルをプーリングすることが可能です。

組み合わせデュアルインデックス

組み合わせデュアルインデックスでは、シーケンスはウェルプレートの列および行で反復されます。

インデックスの組み合わせは、8組のユニークデュアルペアに限定されるため、インデックスアダプターは一部の配列を共有することになります。大半のライブラリーはi7末端またはi5末端での配列を共有します。

ユニークデュアルインデックスを使用する理由

ユニークデュアルインデックスの利点としては以下の点が挙げられます:

  • マルチプレックスによる効率性の向上
  • 組み合わせデュアルインデックスまたはシングルインデックスに比べて、より多くのインデックスをシーケンスランに含めることで、サンプルあたりのコストを削減できる点
  • 適正製造基準(GMP)の条件に基づき高度に精製・製造されている点
  • カラーバランスに留意して改善された設計
  • ホッピングされたリードをフィルタリングすることで、インデックスホッピングを軽減できる点

イルミナのシーケンスシステムにおいて高い精度を確保する上で欠かせない、ユニークデュアルインデックスの詳細はこちら。

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UDインデックスアダプターとCDインデックスアダプターの比較

ユニークデュアルインデックスアダプターと組み合わせデュアルインデックスアダプターの比較

ユニークデュアルインデックスのプレート1枚で96サンプルをプーリングすることが可能です。それに対して、組み合わせデュアルインデックスでは、インデックス組み合わせはユニークデュアルペア8組に限定されます。

イルミナのインデックスアダプターの説明

Nexteraライブラリー調製は人工トランスポソームを使用してゲノムDNAをタグ付けします。これは、DNAを断片化し、その次に単一ステップでアダプターシーケンスによりDNAにタグ付けを行うプロセスです。限定されたサイクルでのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)ステップは、インサートDNAを増幅するためにアダプターを使用します。PCRステップでは、DNAの両端でインデックスアダプター配列を追加することにより、イルミナのシーケンスプラットフォーム上でプールされたライブラリーのデュアルインデックスされたシーケンスを行うことが可能になります。インデックスアダプターを他のライブラリー調製と併用することはできません。

TruSeqライブラリー調製では、アダプターに組み込んだインデックスを使用して、ハイスループット処理とアプリケーションにおける柔軟性を同時に実現します。汎用的なメチル化アダプター設計は、初回のライゲーションステップでインデックス配列を組み入れることを可能にします。同じTruSeqキットを使用して、あらゆるイルミナのシーケンス機器上でシングルリード、ペアエンド、マルチプレックスシーケンスのためのサンプルを調製することもできます。RNA調製キットとDNA調製キットはどちらも、固有のインデックス配列を含むアダプターが含まれます。このインデックス配列はライブラリー構築プロセスの最初の段階でサンプルの断片とライゲーションしています。これにより、サンプルをプーリングした後、下流の解析で個別に同定することができます。これらのインデックスは一般的に、他のライブラリー調製とも併用できます。

主なアプリケーションで推奨されるインデックスアダプターおよびライブラリー調製キット

アプリケーション ライブラリー調製キット 推奨されるインデックスソリューション
全ゲノムシーケンス Illumina DNA Prep IDT for Illumina UD Indexes
RNAシーケンス解析 Illumina Stranded mRNA Prep
Illumina Stranded Total RNA Prep
IDT for Illumina – RNA
アンプリコンシーケンス AmpliSeq for Illuminaパネル AmpliSeq UD Indexes for Illumina(サンプル数が24以下用)
AmpliSeq UD Indexes for Illumina(サンプル数が24以上用)
ターゲットDNAエンリッチメント Illumina DNA Prep with Enrichment Illumina Nextera UD Indexes向けIDT

Frequently Purchased Together

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ユニークデュアルインデックスと分子バーコード(UMI)のどちらを使用するべきなのでしょうか?

ユニークデュアルインデックスは、インデックスホッピングによるサンプルのミスアライメントを軽減するためにマルチプレックスを行う場合に有益です。UDIは、NovaSeq 6000システムなどのパターン化フローセルを搭載した機器を使用する場合に特に効果を発揮します。

分子バーコード(UMI)は、偽陽性バリアントコールを減らし、バリアント検出の感度を高めることが実証されています。UMIは、DNAおよびcDNAにおけるPCRデュプリケートを削除し、高度にマルチプレックスされたCNVの検出などの低頻度バリアントを検出する上で有益です。分子バーコード(UMI)の詳細はこちら。

シングルインデックスとデュアルインデックスの比較

一般的には、デュアルインデックスが望ましい方法です。デュアルインデックスされたシーケンスには追加のサイクルが必要です。試薬キットには追加のサイクルの実行に十分な供給品が含まれています。以下の場合には、シングルインデックスが望ましい可能性があります:

  • 機器がデュアルシーケンスに対応していない(HiSeq 1000/1500システム)
  • リードが数塩基分より長い必要がある
  • 2回目のインデックスの実行に必要な1~2時間を追加で確保することができない
NovaSeq 6000システム

NovaSeq 6000システム

NovaSeq 6000システムは、最先端の高性能画像をイルミナのパターン化フローセル技術と組み合わせたものです。最新のフローセル設計ではナノウェル間のスペースが減ったため、クラスター密度とデータ出力が大幅に高くなります。

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ワークフローの水準を向上させ最適化するためのイノベーション

デュアルインデックス配列に関する文献

イルミナアダプター配列

本文には、イルミナのライブラリー調製キット数種で使用されるイルミナアダプターのオリゴヌクレオチド配列が含まれています。

インデックス配列のガイド

イルミナ装置におけるシングルインデックス配列やデュアルインデックス配列についてご紹介します。

イルミナアダプタープーリングに関するガイド

本書では、インデックス付きライブラリーをプーリングする際に、イルミナの全システムにおいてカラーバランスを最適化するための推奨方法を説明しています。

イルミナアダプターサポート

IDT for Illumina Unique Dual Indexesについて役に立つリソースやサポート情報を探すことができます。