マルチプレックスシーケンス

より多くのサンプルをより短時間で処理

1回のランあたりのサンプル数を増やし、ハイスループットシーケンスを最適化

サンプルマルチプレックス概要

サンプルマルチプレックスは、マルチプレックスシーケンスとも呼ばれ、イルミナ機器での1回のランで多数のライブラリーをプールし、シーケンスを同時に行うことができます。サンプルのマルチプレックスは、特定のゲノム領域をターゲットとした場合や、より小さなゲノムを扱う場合に有効です。サンプルのプーリングにより、コストや時間の大幅な増加なしに、1回のランで分析できるサンプル数を飛躍的に増やせます。

マルチプレックスシーケンスの場合、次世代シーケンサー(NGS)ライブラリー調製時に、それぞれのDNA断片に個別の「バーコード」シーケンスを付加するため、最終データ解析前に各リードを同定、分類することが可能です。これらのバーコード(インデックス付きアダプター)は、ライブラリー調製キットやアプリケーションに応じて、2つの主要なインデックス戦略のうちの1つに従うことができます。

サンプルマルチプレックスの概念図

マルチプレックスシーケンスのハイライト

  • 高速ハイスループット戦略:1回の実験で大量のサンプルを同時にシーケンスすることができます
  • 費用対効果の高い手法:サンプルのプーリングにより、時間と試薬の使用量を削減し、生産性を向上させます。
  • 解析の簡略化:イルミナデータ解析ソフトウェアを用いた「バーコード」によるサンプルの自動識別
サンプルのマルチプレックスにより微生物研究を促進

研究者たちは、イルミナシーケンサーのスピードとマルチプレックスシーケンス機能を活用し、ミシシッピ川沿いの微生物を同定しています。

インタビューを読む

マルチプレックスシーケンスの関連トピック

デュアルインデックスされたシーケンス

マルチプレックス用のライブラリーを準備する場合、ユニークデュアルインデックスの使用を推奨します。ユニークデュアルインデックスにより、他のインデックス戦略と比較して、1回のランでシーケンスするサンプル数を増やし、サンプルあたりのコストを削減することができます。

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分子バーコード(UMI)

分子バーコード(UMI)は、分子バーコディングの一種で、シーケンス時にエラー補正を行って精度を向上させることができます。UMIを用いたシーケンスにより、偽陽性バリアントコールを減らし、バリアント検出の感度を向上させることができます。

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インデックスホッピングの最小化

マルチプレックスの場合、使用するライブラリ調製方法や使用するシーケンスシステムに関係なく、インデックスホッピングの可能性が存在します。インデックスホッピングの影響を最小限にするためのベストプラクティスを学ぶ。

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Chan Zuckerberg BiohubとNovaSeq 6000システム

Chan Zuckerberg Biohubの研究者たちは、ゲノミクスの分野で革新的な実験を行い、新たな協力関係を築くために活動しています。NovaSeq 6000システムにより、多くのサンプルを束ねて、人々の健康増進に役立つ医学研究を行うことができるようになりました。

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柔軟で拡張性のあるシーケンサー

NovaSeq 6000システムは、拡張性のあるスループットと柔軟性により、すべてのゲノム、シーケンス手法、およびプロジェクト規模に対応します。

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