NovaSeq Xシリーズのご購入
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。
Illumina Stranded mRNA Prepは、新規アイソフォーム、遺伝子融合、アレル特異的遺伝子発現などの特徴を発見するためのコーディングトランスクリプトーム全体の明確で包括的な解析のための合理化されたRNAシーケンス（RNA-Seq）ソリューションを提供します。
Illumina Stranded mRNA Prep
鎖情報を正確に測定し、タンパク質コーディングトランスクリプトームの正確で偏りのない検出のための迅速で費用対効果の高いワークフロー。
6.5時間
アッセイ時間
<3時間
ハンズオンタイム
標準品質トータルRNA25～1,000 ng
インプット量
概要
主な特長
*FFPEサンプルには対応していません
仕様
| アッセイ時間 | 6.5時間 |
|---|---|
| 自動化機能 | 自動液体分注システム |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る |
| コンテンツ仕様 | コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー |
| 説明 | 正確なストランド情報を用いたコーディング・トランスクリプトーム解析用のシンプルで費用対効果の高いソリューション |
| ハンズオンタイム | <3時間 |
| インプット量 | 標準品質トータルRNA25～1,000 ng |
| システム | NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム |
| 作用機序 | ポリAキャプチャー、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 |
| 手法 | mRNAシーケンス |
| マルチプレックス | 最大384のユニークデュアルインデックス |
| 核酸の種類 | RNA |
| 対応サンプルタイプ | FFPE非対応, 少量インプットサンプル |
| 生物種カテゴリー | 哺乳類, ウシ, マウス, ヒト, ラット |
| 生物種詳細 | ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応 |
| ストランド特異性 | ストランド情報あり |
| システム互換性の詳細 | ライブラリー調製は、すべてのイルミナのシーケンスシステムと互換性があるように設計されており、NextSeq 500／550およびNovaSeq 6000システムで広く検証されています。 |
| テクノロジー | シーケンス |
| バリアントクラス | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント |
必要な製品
処理のニーズに合ったライブラリー調製キットのサイズ（16サンプルまたは96サンプル）を選択してください。
ユニークデュアルインデックスは別売りであり、マルチプレックス実行のために必要です。ターゲットシーケンススループットに最適なインデックスオプションを選択してください。セット A、B、C、D を合計して、1 回のランで最大 384サンプルをシーケンスできます。シーケンススループットとマルチプレックスを行う機能は、シーケンサーとフローセル試薬によって異なります。
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件
アプリケーション
Illumina Stranded mRNA Prepは、幅広いサンプルタイプからの標準（非分解）RNAの少ないサンプルインプットで、シーケンス対応トランスクリプトームライブラリーを1日で調製できます。
ワークフローの例
ライブラリー調製
Illumina Stranded mRNA Prep
プロジェクトの推奨事項
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NextSeq 550システム | 中間出力：5 |
2 x 75 bp |
| NextSeq 2000システム | P2：16 |
2 x 75 bp |
| NovaSeq 6000システム | SP：32 |
2 x 75 bp |
関連するアプリケーションと手法
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ドキュメント
製品資料
サポートドキュメント
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| Illumina Stranded mRNA Prep | TruSeq Stranded mRNA | Illumina RNA Prep with Enrichment | Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome | |
|---|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | 6.5時間 | 約10.5時間 | <9時間 | 約7時間 |
| 自動化機能 | 自動液体分注システム | 自動液体分注システム | 自動液体分注システム | 自動液体分注システム |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る | ||
| コンテンツ仕様 | コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー | コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー | Illumina Exome Panelと併用する場合、コーディング・トランスクリプトームをキャプチャー | コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー |
| 説明 | 正確なストランド情報を用いたコーディング・トランスクリプトーム解析用のシンプルで費用対効果の高いソリューション | 正確なストランド情報で、コーディング・トランスクリプトームの明確で包括的なビューを研究者に提供します。 | ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織およびその他の低品質サンプルを含む幅広いサンプルタイプおよびインプットからの標的転写産物の検出と発見を可能にする、再現性のある経済的なソリューション | 低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 |
| ハンズオンタイム | <3時間 | 約4.5時間 | <2時間 | <3時間 |
| インプット量 | 標準品質トータルRNA25～1,000 ng | 0.1～1 ugのトータルRNAまたは10～100 ngの以前に単離されたmRNA（ポリA鎖を有する種由来） | 10 ng RNA、20 ng FFPE RNA | 標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1～1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 |
| システム | NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム | MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム | MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System, NovaSeq 6000システム | NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム |
| 作用機序 | ポリAキャプチャー、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 | オリゴ-dTビーズがポリA鎖をキャプチャー | ビーズ結合トランスポソーム | 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 |
| 手法 | mRNAシーケンス | mRNAシーケンス | mRNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 | 全トランスクリプトームシーケンス, メタトランスクリプトームシーケンス |
| マルチプレックス | 最大384のユニークデュアルインデックス | 1～96 | 最大384のユニークデュアルインデックス | 最大384のユニークデュアルインデックス |
| 核酸の種類 | RNA | RNA | RNA | RNA |
| 対応サンプルタイプ | FFPE非対応, 少量インプットサンプル | FFPE非対応 | 血液, 少量インプットサンプル, FFPE組織 | マイクロバイオームサンプル, 少量インプットサンプル, FFPE組織 |
| 生物種カテゴリー | 哺乳類, ウシ, マウス, ヒト, ラット | 哺乳類, ウシ, マウス, ヒト, ラット | ヒト, ウイルス | マウス, ヒト, ラット, 細菌 |
| 生物種詳細 | ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応 | ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応 | Ribo-Zero Plusは、ヒト細胞質およびミトコンドリアrRNA・マウスrRNA・ラットrRNA・細菌（大腸菌および枯草菌）rRNA・ヒトβグロビン転写産物を含む複数種から豊富な転写産物を除去します Ribo-Zero Plus Microbiomeは、Ribo-Zero Plusが除去した転写産物だけでなく、多様な微生物種、ATCC MSA-2002、MSA-2005、MSA-2006を含む複数種から豊富な転写産物を除去します | |
| ストランド特異性 | ストランド情報あり | ストランド情報あり | ストランド情報なし | ストランド情報あり |
| システム互換性の詳細 | ライブラリー調製は、すべてのイルミナのシーケンスシステムと互換性があるように設計されており、NextSeq 500／550およびNovaSeq 6000システムで広く検証されています。 | |||
| テクノロジー | シーケンス | シーケンス | シーケンス | シーケンス |
| バリアントクラス | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント |
選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
図
パフォーマンスメトリクスの比較
（左）Illumina Stranded mRNA Prepのパフォーマンスメトリクス（右）Illumina Stranded mRNA PrepをTruSeq Stranded mRNAと比較しました。Illumina Stranded mRNA Prepは、特に25 ngのUHR RNAのインプットで優れたパフォーマンスを示しました。
ローインプットでの遺伝子発見の増加
Illumina Stranded mRNA Prepでは、RNAインプットが微量であっても、TruSeq Stranded mRNAと比較してより多くの遺伝子検出が可能になります。検出された遺伝子の数は、サブサンプリングされた30 MペアエンドリードのPFで報告されています。1×カバレッジで検出される遺伝子が多いほど、感度が高くなります。
レガシーキットとの高い一致率
Illumina Stranded mRNA Prepは、（A）100 ng相当のUHR RNAインプット、（B）100 ngに対し、25 ngという少量のUHR RNAインプットでも、TruSeq Stranded mRNAと非常に一致率の高いデータを生成します。
高いデータ一致率
Illumina Stranded mRNA Prepは、（A）25 ngのUHR RNAテクニカルレプリケート間および（B）FFPE RNAインプット量25 ngと100 ng間で高いデータ一致率を達成します。ライブラリーを2 × 74 bpでシーケンスし、30 Mリードにサブサンプリング。BaseSpace RNA-Seq Alignment App を使用してデータ解析を実行。
Illumina Stranded mRNA Prepのワークフロー
Illumina Stranded mRNA Prepは、ハンズオンタイムを短縮した高速ワークフローを実現します。時間は、使用する機器、処理されるサンプル数、自動化手順、またはユーザーエクスペリエンスによって異なる場合があります。
よくある質問（FAQ）
重複遺伝子から遺伝子発現を正確に決定するには、原鎖に見られる情報を保持することが重要です。ストランド RNA-Seqでは、第1および第2のcDNAストランドを区別できるため、第2のストランドは分解でき、第1のcDNAストランド（原鎖）はさらにPCR増幅されます。
ライブラリー調製には6.5時間かかり、ハンズオンタイムは3時間未満です。
Oligo(dT)磁気ビーズは、polyAテールを含むmRNAをキャプチャーして精製します。精製されたmRNAは断片化され、逆転写酵素とランダムプライマーを使用して第一鎖cDNAにコピーされます。第二鎖cDNA合成ステップでは、dUTPがdTTPに置き換わり、鎖特異性を達成します。最後のステップでは、アデニン塩基とチミン塩基を断片末端とアダプターのライゲートに追加します。得られた産物は精製され、シーケンスのために選択的に増幅されます。
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件
ライブラリー調製 (2)
Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation (16 Samples)
20040532
16のライブラリー（16、1プレックスエンリッチメント反応）を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation (96 Samples)
20040534
96ライブラリー（32、3プレックスエンリッチメント反応）を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
インデックスアダプター (8)
Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20091655
Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples) には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20091657
Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20091659
Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20091661
Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20040553
96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20040554
96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20040555
96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20040556
96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
サービス (1)
Illumina Stranded mRNA Library Prep Training
20044765
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MiSeq Reagent Kit v3
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TruSight Oncology 500
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BaseSpace Sequence Hubのご注文
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NextSeq 1000/2000試薬
NextSeq 1000/2000システム用の試薬は、使いやすいカートリッジ形式で提供され、柔軟なシーケンス オプションを実現する複数のフローセル構成を備えています。
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Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
コーディングトランスクリプトームとノンコーディングトランスクリプトーム全体にわたる明確で包括的な解析のための合理化されたRNA-Seqソリューションで、研究の優れた柔軟性を実現します。
Illumina RNA Prep with Enrichment
幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフロー。
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