Illumina Stranded mRNA Library Prep Training
20044765
Illumina Stranded mRNA Prepは効率化を実現したRNA-Seqソリューションであり、トランスクリプトームを明確かつ網羅的に解析することができます。さまざまなサンプルタイプに柔軟に対応し、トータルRNA25 ngという少ないインプット量に対応できます。Illumina Stranded mRNA Prepは、ストランドの向きを精確に測定することができます。また、均一なカバレッジを実現し、未知のアイソフォーム、遺伝子融合、アリル特異的発現といったさまざまな特徴を確実に検出することができます。
Illumina Stranded mRNA Prepは、優れたpolyAキャプチャー効率とカバレッジ均一性の実現に最適です。コーディングトランスクリプトームを、精確にバイアスなしに検出するために必要なシーケンス深度を最小にできます。Illumina Stranded mRNA Prep は、2011年以来9,926報もの文献に引用されているTruSeqライゲーション技術を基にしています。
Illumina Stranded total RNA Prepは、25 ng～1,000 ng*の幅広いRNAインプット量に対応します。
ストランドの向きの情報によって、アンチセンス転写産物の検出、転写アノテーションの促進、アライメント効率の向上が可能です。
7時間以内にシーケンス用のライブラリーを調製します。イルミナ認定の自動化オプションは、当社の自動化パートナーを通じてまもなく利用できます。
1回のランで最大384サンプルをマルチプレックスし、シーケンスできます。（Index Set AとBは現在発売中、Set CとDは近日発売予定）
RNA-Seqは、ある時点でのトランスクリプトームの詳細なスナップショットが得られるため、第一人者が好んで使用するプラットフォームになりつつあります。定量PCRに勝る以下のような多くの利点を備えています。
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NextSeq 550 System | Mid Output: 5 High Output: 16 (based on 25M reads per sample) |
2 × 75 bp |
| NextSeq 2000 System | P2: 16 P3: 40 (based on 25M reads per sample) |
2 × 75 bp |
| NovaSeq 6000 System | SP: 32 S1: 64 S2: 164 S4: 384 (based on 25M reads per sample) |
2 × 75 bp |
| Illumina Stranded mRNA Prep | TruSeq Stranded mRNA | TruSeq RNA Library Prep Kit v2 | Illumina RNA Prep with Enrichment | Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus | |
|---|---|---|---|---|---|
| Assay Time | 6.5 hours | ~10.5 hours | ~10.5 hours | ||
| Automation Capability | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots |
| Content Specifications | Captures the coding transcriptome with strand information | Captures the coding transcriptome with strand information | Captures the coding transcriptome (without strand information) | ||
| Description | A simple, cost-effective solution for analysis of the coding transcriptome with precise strand information | Gives researchers a clear, comprehensive view of the coding transcriptome with precise strand information. | A simple, cost-effective research solution for analysis of the coding transcriptome. | ||
| Hands-On Time | < 3 hours | ~4.5 hours | ~4.5 hours | ||
| Input Quantity | 25-1000 ng standard-quality total RNA | 0.1 – 1 ug total RNA or 10 - 100 ng previously isolated mRNA (from species with polyA tails) | 0.1 - 1 ug total RNA or 10 - 400 ng previously isolated mRNA (from species with polyA tails) | ||
| Mechanism of Action | PolyA capture, ligation-based addition of adapters and indexes | Oligo-dT beads capture polyA tails | Oligo-dT beads capture polyA tails | ||
| Multiplexing | Up to 384 Unique Dual Indexes (UDIs) | 1–96 | Up to 24-plex per lane | ||
| Strand Specificity | Stranded | Stranded | Non-Stranded | Non-Stranded | Stranded |
| Technology | Sequencing | Sequencing | Sequencing | Sequencing | Sequencing |
| Variant Class | Gene Fusions, Novel Transcripts, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Transcript Variants | Gene Fusions, Novel Transcripts, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Transcript Variants | Gene Fusions, Novel Transcripts, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Transcript Variants | Gene Fusions, Novel Transcripts, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Transcript Variants | Gene Fusions, Novel Transcripts, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Transcript Variants |
左：Illumina Stranded mRNA Prepの性能指標右：Illumina Stranded mRNA PrepをTruSeq Stranded mRNAと比較しました。その結果、Illumina Stranded mRNA Prepは、特にインプット量25 ngのUHR RNAで、より優れた性能を示しました。ライブラリーを30Mリードにサブサンプリングし、BaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0.1で解析しました。Duplicateは、4Mのペアエンドリードパスフィルター（PF）にサブサンプリングしたときのものです。
Illumina Stranded mRNA Prepは、少ないRNAインプット量で、TruSeq Stranded mRNAよりも多くの遺伝子を検出することができました。検出遺伝子数は、30MのペアエンドリードPFにサブサンプリングしたときのものです。Illumina Stranded mRNA Prepは、1×のカバレッジでより多くの遺伝子を検出したことから、より高い感度を有すると言えます。
Illumina Stranded mRNA Prepでは、TruSeq Stranded mRNAとの一致率の高いデータが得られます（A：UHR RNAインプット量は両製品とも同じで100 ng、B：UHR RNAインプット量はIllumina Stranded mRNA Prepのほうが25 ngと少なく、TruSeq Stranded mRNAは100 ng）。
Illumina Stranded mRNA Prepは、25 ngのUHR RNAのテクニカルレプリケート間（A）でも、またUHR RNAインプット量25 ngと100 ngとの間（B）でも、高いデータ一致率を示しました。ライブラリーを74bp×2でシーケンスし、30Mリードにサブサンプリングしました。データ解析にはBaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0.1を使用しました。
Illumina Stranded mRNA Prepは迅速ワークフローで、ハンズオンタイムを短縮できます。ハンズオンタイムは、使用する装置、処理サンプル数、自動化手順、ユーザーの経験値によって異なります。
Data Sheet | PDF | 6 versions
Brochure | PDF 1 MB
Illumina library preparation solutions
Brochure | PDF 2 MB
NextSeq 1000 and NextSeq 2000 RNA sequencing solution
Application Note | PDF < 1 MB
Application Note | PDF < 1 MB
Best practices for read trimming for Illumina Stranded mRNA and Total RNA workflows
Technical Note | PDF < 1 MB
Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Checklist Documentation
Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Reference Guide Documentation
Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Documentation
Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Consumables & Equipment Documentation
カスタムプロトコルセレクタ
Generates customized, end-to-end instructions
コーディングおよびノンコーディングトランスクリプトーム研究用の広範な種類のサンプルから迅速にライブラリーを調製して、非常に優れた柔軟性を持って研究を行うことができます。