Illumina Stranded mRNA Prep

鎖情報の正確な測定により、タンパク質コーディングトランスクリプトームを正確かつ偏りなく検出するための迅速で費用対効果の高いワークフロー。

6.5時間

アッセイ時間

<3時間

ハンズオンタイム

標準品質トータルRNA25~1,000 ng

インプット量

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概要

Illumina Stranded mRNA Prepは、新規アイソフォーム、遺伝子融合、アリル特異的発現などの特徴を発見するためのコーディングトランスクリプトーム全体の明確で包括的な解析のための合理化されたRNAシーケンス(RNA-Seq)ソリューションを提供します。

主な特長

  • 鎖配向の正確な測定:アンチセンス転写の検出を可能にし、転写産物のアノテーションを強化し、アライメント効率を向上させます

  • 優れた性能:優れたpolyAキャプチャ効率とカバレッジ均一性を提供し、コーディングトランスクリプトームの正確で偏りのない検出に必要なシーケンス深度を最小限に抑えます。

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  • 低インプットサンプルからの高品質データ:わずか25 ngの高品質RNA*から高感度の結果を達成

  • 迅速なライブラリー調製ワークフロー:TruSeq Stranded mRNAよりも約40%速くライブラリーを調製します。インキュベーション時間の短縮とサンプルクリーンアップステップの短縮により、総アッセイ時間は6.5時間になります

*FFPEサンプルには対応していません


仕様


必要な製品

処理のニーズに合ったライブラリー調製キットのサイズ(16サンプルまたは96サンプル)を選択してください。

ユニークなデュアルインデックスは別売りで、マルチプレックスに必要です。ターゲットシーケンススループットに最適なインデックスオプションを選択してください。セットA、B、C、およびDを一緒に追加して、1回のランで最大384サンプルをシーケンスできます。シーケンススループットとマルチプレックスを行う機能は、シーケンサーとフローセル試薬によって異なります。

/ 結果

アプリケーション

Illumina Stranded mRNA Prepは、幅広いサンプルタイプからの標準(非分解)RNAの少ないサンプルインプットで、シーケンス対応のトランスクリプトームライブラリーを1日で調製できます。

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Mid output: 5
High output: 16
(based on 25M reads per sample)

2 × 75 bp

NextSeq 2000 System

P2: 16
P3: 48
(based on 25M reads per sample)

2 × 75 bp

NovaSeq 6000 System

SP: 32
S1: 64
S2: 164
S4: 384
(based on 25M reads per sample)

2 × 75 bp



関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

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Illumina Stranded mRNA Prep TruSeq Stranded mRNA Illumina RNA Prep with Enrichment Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
アッセイ時間 6.5時間 約10.5時間 <9時間 約7時間
自動化に関する互換性 Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
コンテンツ仕様 コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー Illumina Exome Panelと併用する場合、コーディング・トランスクリプトームをキャプチャー コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
説明 正確なストランド情報を用いたコーディング・トランスクリプトーム解析用のシンプルで費用対効果の高いソリューション 正確なストランド情報で、コーディング・トランスクリプトームの明確で包括的なビューを研究者に提供します。 ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織およびその他の低品質サンプルを含む幅広いサンプルタイプおよびインプットからの標的転写産物の検出と発見を可能にする、再現性のある経済的なソリューション

低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 

ハンズオンタイム <3時間 約4.5時間 <2時間 <3時間
インプット量 標準品質トータルRNA25~1,000 ng 0.1~1 ugのトータルRNAまたは10~100 ngの以前に単離されたmRNA(ポリA鎖を有する種由来) 10 ng RNA、20 ng FFPE RNA

標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1~1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 

システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 ポリAキャプチャー、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 オリゴ-dTビーズがポリA鎖をキャプチャー ビーズ結合トランスポソーム 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 mRNA Sequencing mRNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, mRNA Sequencing Whole-Transcriptome Sequencing, Metatranscriptome Sequencing
マルチプレックス 最大384のユニークデュアルインデックス 1~96 最大384のユニークデュアルインデックス 最大384のユニークデュアルインデックス
核酸の種類 RNA RNA RNA RNA
サンプルタイプ Not FFPE-Compatible, Low-Input Samples Not FFPE-Compatible Blood, Low-Input Samples, FFPE Tissue Microbiome Samples, Low-Input Samples, FFPE Tissue
生物種 Mammalian, ウシ, マウス, ヒト, ラット Mammalian, ウシ, マウス, ヒト, ラット ヒト, Virus マウス, ヒト, ラット, Bacteria
生物種詳細 ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応 ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応

Ribo-Zero Plusは、ヒト細胞質およびミトコンドリアrRNA・マウスrRNA・ラットrRNA・細菌(大腸菌および枯草菌)rRNA・ヒトβグロビン転写産物を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 

Ribo-Zero Plus Microbiomeは、Ribo-Zero Plusが除去した転写産物だけでなく、多様な微生物種、ATCC MSA-2002、MSA-2005、MSA-2006を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 

Strand specificity Stranded Stranded Non-Stranded Stranded
システム互換性の詳細 ライブラリー調製は、すべてのイルミナのシーケンスシステムと互換性があるように設計されており、NextSeq 500/550およびNovaSeq 6000システムで広く検証されています。
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

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パフォーマンスメトリクスの比較

(左)Illumina Stranded mRNA Prepのパフォーマンスメトリクス(右)Illumina Stranded mRNA PrepをTruSeq Stranded mRNAと比較しました。Illumina Stranded mRNA Prepは、特に25 ngのUHR RNAのインプットで優れたパフォーマンスを示しました。

低インプットでの遺伝子発見の向上

Illumina Stranded mRNA Prepでは、RNAインプットが微量であっても、TruSeq Stranded mRNAと比較してより多くの遺伝子検出が可能になります。検出された遺伝子の数は、サブサンプリングされた30 MペアエンドリードのPFで報告されています。1倍のカバレッジで検出される遺伝子が多いほど、感度が高くなります。

レガシーキットとの高い一致性

Illumina Stranded mRNA Prepは、(A)100 ng相当のUHR RNAインプット、(B)100 ngに対し、25 ngという少量のUHR RNAインプットでも、TruSeq Stranded mRNAと非常に一致率の高いデータを生成します。

高いデータ一致

Illumina Stranded mRNA Prepは、(A)25 ngのUHR RNAテクニカルレプリケート間および(B)FFPE RNAインプット量25 ngと100 ng間で高いデータ一致率を達成します。ライブラリーを2 × 74 bpでシーケンスし、30 Mリードにサブサンプリング。データ解析は、BaseSpace RNA-Seq Alignment Appを用いて実施しました。

Illumina Stranded mRNA Prepワークフロー

Illumina Stranded mRNA Prepは、ハンズオンタイムを短縮した高速ワークフローを実現します。時間は、使用する機器、処理されるサンプル数、自動化手順、またはユーザーエクスペリエンスによって異なる場合があります。

よくある質問(FAQ)

重複する遺伝子から遺伝子発現を正確に決定するには、原鎖に見られる情報を保持することが重要です。Stranded RNA-Seqでは、第1および第2のcDNA鎖を区別できるため、第2の鎖は分解でき、第1のcDNA鎖(原鎖)はさらにPCR増幅されます。

ライブラリー調製には6.5時間かかり、ハンズオンタイムは3時間未満です。

Oligo(dT)磁気ビーズは、polyAテールを含むmRNAを捕捉して精製します。精製されたmRNAは断片化され、逆転写酵素とランダムプライマーを使用して一本鎖cDNAにコピーされます。二本鎖cDNA合成ステップでは、dUTPがdTTPに置き換わり、鎖特異性を達成します。最後のステップでは、アデニン塩基とチミン塩基を断片末端とライゲーションアダプターに追加します。得られた産物は精製され、シーケンスのために選択的に増幅されます。

/ 結果

ライブラリー調製 (2)

Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation (16 Samples)

20040532

16のライブラリー(16、1プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation (96 Samples)

20040534

96ライブラリー(32、3プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091655

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples) には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091657

Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091659

Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091661

Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040553

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040554

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040555

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040556

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Illumina Stranded mRNA Library Prep Training

20044765

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

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TruSight Oncology 500

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Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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