TruSeq Stranded mRNA

mRNAからシーケンスライブラリーを調製し、ストランド特異的情報でコーディングトランスクリプトームを明確に把握します。

約10.5時間

アッセイ時間

約4.5時間

ハンズオンタイム

0.1~1 ugのトータルRNAまたは10~100 ngの以前に単離されたmRNA(ポリA鎖を有する種由来)

インプット量

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概要

TruSeq Stranded mRNAは、トランスクリプトーム解析をコーディングするための合理化された費用対効果の高いスケーラブルなソリューションを提供します。幅広いサンプルに対応しています。

ストランドオリエンテーション検出

アンチセンス転写の検出、転写アノテーションの強化、アライメント効率の向上のためにmRNAストランドの配向を精確に測定します。カバレッジの均一性に優れ、代替転写産物、遺伝子融合、アリル特異的発現などの特徴の発見を促進します。

コスト効率が高い

ストランド情報は、RNA転写産物が2つのDNA鎖のどちらから派生したかを同定します。この情報は、特に非ヒトサンプルにおいて転写産物アノテーションの信頼度を高めます。ストランドの起源を同定することで、アライメントするリードの割合を増加させ、サンプルあたりのシーケンスコストを削減します。

スケーラブル

このワークフローにより、スタンダードサンプルと低品質サンプルの両方に対し堅牢な精査を実施でき、幅広い研究デザインに対応するワークフローが可能になります。

高速で自動化に適したワークフロー

イルミナシーケンス用のライブラリーを1日で調製します。イルミナの認定メソッドは、 当社のパートナーを通じて、さまざまな自動化プラットフォームで利用できます。


仕様


必要な製品

イルミナは、お客様のワークフローを柔軟にするモジュラー式の注文製品方式を採用しています。以下のインデックス付きのライブラリー調製製品をご注文いただけます。 

/ 結果

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

TruSeq Stranded mRNA

2
シーケンス

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

RNA Profiling: 13–40 samples per run (based on 10 million reads per sample)
Transcriptome Analysis: 5–16 samples per run (based on 25 million reads per sample)

2 x 75 bp
2 x 75 bp

NovaSeq 6000 System

RNA Profiling (samples per run, dual flow cell): S1: 320, S2:384, S4:768. Limited by index combinations (dual). Based on 10 million reads.
Transcriptome Analysis (samples per run, dual flow cell): S1: 128, S2: 256, S4: 768. Limited by index combinations (dual). Based on 25 million reads. 

≤ 2 × 100 bp
≤ 2 × 100 bp


関連するアプリケーションとメソッド


本製品の用途例

Mount SinaiのIcahn School of Medicineの研究者たちは、がん、不妊症、自己免疫疾患の秘密を解き明かすために、mtDNA、piRNA、TCRレパートリーの多様性を研究しています。

RNA-SeqとHLAタイピングは、ターゲットディスカバリープラットフォームの性能を向上させ、効率性を高めています。

比較する

TruSeq Stranded mRNA Illumina Stranded mRNA Prep Illumina RNA Prep with Enrichment
アッセイ時間 約10.5時間 6.5時間 <9時間
Automation capability Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
コンテンツ仕様 コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー コーディング・トランスクリプトームをストランド情報でキャプチャー Illumina Exome Panelと併用する場合、コーディング・トランスクリプトームをキャプチャー
説明 正確なストランド情報で、コーディング・トランスクリプトームの明確で包括的なビューを研究者に提供します。 正確なストランド情報を用いたコーディング・トランスクリプトーム解析用のシンプルで費用対効果の高いソリューション ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織およびその他の低品質サンプルを含む幅広いサンプルタイプおよびインプットからの標的転写産物の検出と発見を可能にする、再現性のある経済的なソリューション
ハンズオンタイム 約4.5時間 <3時間 <2時間
インプット量 0.1~1 ugのトータルRNAまたは10~100 ngの以前に単離されたmRNA(ポリA鎖を有する種由来) 標準品質トータルRNA25~1,000 ng 10 ng RNA、20 ng FFPE RNA
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム, NovaSeq 6000 System
作用機序 オリゴ-dTビーズがポリA鎖をキャプチャー ポリAキャプチャー、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 ビーズ結合トランスポソーム
手法 mRNA sequencing mRNA sequencing mRNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
マルチプレックス 1~96 最大384のユニークデュアルインデックス 最大384のユニークデュアルインデックス
Nucleic acid type RNA RNA RNA
サンプルタイプ Not FFPE-Compatible Not FFPE-Compatible, Low-Input Samples Blood, Low-Input Samples, FFPE Tissue
Species category Mammalian, ウシ, マウス, ヒト, ラット Mammalian, ウシ, マウス, ヒト, ラット ヒト, Virus
生物種詳細 ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応 ポリA鎖を持つあらゆる種の高品質RNAに対応
Strand specificity Stranded Stranded Non-stranded
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

選択ツール:

テクニカルリプリケート

FFPE組織のテクニカルリプリケートは高い一致率を示し、堅牢なライブラリー調製性能を示しています。軸はlog2(FPKM)です。R2 値を示す。

ライブラリー調製 (2)

TruSeq® Stranded mRNA Library Prep (48 Samples)

20020594

先行polyAキャプチャーステップ用のRNA精製ビーズ、mRNAをcDNAに転写するためのPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターは別売りです。精製ビーズはポリAキャプチャーステップ後に必要であり、別売りです。

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TruSeq Stranded mRNA Library Prep (96 Samples)

20020595

先行polyAキャプチャーステップ用のRNA精製ビーズ、mRNAをcDNAに転写するためのPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターは別売りです。精製ビーズはpolyAキャプチャーステップ後に必要であり、別売りです。

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インデックスアダプター (4)

TruSeq RNA Single Indexes Set A (12 Indexes, 48 Samples)

20020492

48の個別RNAサンプルを調製するための24のインデックス(インデックス:2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18、19)のうち12を含みます。

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TruSeq RNA Single Indexes Set B (12 Indexes, 48 Samples)

20020493

48の個別RNAサンプルを調製するための24のインデックス(インデックス:1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25、27)のうち12が含まれます。

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TruSeq RNA CD Index Plate (96 Indexes, 96 Samples)

20019792

TruSeq Stranded RNA HT Kit 96 Samples Adapter Plate Box

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お問い合わせ

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IDT for Illumina – TruSeq RNA UD Indexes v2 (96 Indexes, 96 Samples)

20040871

96サンプルにラベルを貼るのに十分な96、8 bpのインデックスを含み、TruSeq Stranded mRNAおよびTruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kitと互換性があります。バージョン2には、プレート20022371内の192のインデックスオリゴのうち8つの改善が含まれており、残りの184は変更されていません。ライブラリー調製およびプローブパネルは別売りです。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

Unit Price

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

本製品とその使用は、Max Planck Gesellschaft氏が所有する米国および米国外で発行済みおよび/または申請中の1件以上の特許出願の対象であり、New England Biolabs, Inc.に独占的にライセンス供与され、Illumina, Inc.に二次ライセンス供与されています。Illumina, Inc.、その関連会社、またはその認定再販業者および販売業者から本製品を購入すると、購入者(購入者が学術団体であるか営利団体であるかは問わず)が購入した製品数および製品の構成品を使用する譲渡不可の権利が購入者に譲渡されます。本製品の購入は、前述の特許または製品の製造を意図する特許出願のいかなる主張に基づくライセンスも譲渡するものではありません。購入者は、本製品またはその構成品を第三者あるいはその他の者に販売または譲渡したり、以下の商業目的で使用することはできません。(1)製品またはその構成品を製造に使用する、または(2)ヒトまたは動物の治療または予防目的で製品またはその構成品を使用する。

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