mRNAシーケンス
mRNAシーケンスの概要
mRNAシーケンス（mRNA-Seq）は、疾患状態や生物学的プロセスのトランスクリプトームの解析メソッドとして、また広範な研究デザインにおいて、急速に注目を集めています。mRNA-Seqは、遺伝子発現を定量化する高感度で正確な手段であることに加え、既知および新規の転写物アイソフォーム、融合遺伝子、その他の特徴や、アリル特異的発現を同定することが可能です。mRNA-Seqは既知情報のみのフィルターによって狭められない、コーディングトランスクリプトームの詳細な情報を提供します。
シングルセルmRNA-Seq
Norma Neff博士が、スタンフォード大学の研究者が、早期開発を理解するために、どのようにシングルセルmRNA-Seqを使用しているかについて説明します。
インタビューはこちらmRNAシーケンスの利点
mRNA-Seqには、トランスクリプトームの解析において、遺伝子発現アレイと比較して多くの利点があります
- より広いダイナミックレンジを提供し、遺伝子発現の倍率変化をより高感度かつ高精度に測定
- 既知の特徴だけでなく、新規の特徴もキャプチャー
- 幅広い生物種に適用可能
トランスクリプトームの正確で高解像度な情報
比率圧縮は遺伝子発現アレイのよく知られた技術的制限であり、ダイナミックレンジを減少させ、測定された転写変化をマスキングまたは変化させることがあります1–3。一方、mRNA-Seqはこのバイアスに左右されず、より包括的で正確な遺伝子発現変化の測定が可能です。
さらに、mRNA-Seqではストランドの情報を得ることができるため、アンチセンス発現の検出が可能になり、オーバーラップする転写物をより正確に定量化でき、アライメント可能なリードの割合が増加します。
自閉症とmRNA-Seq
SynapDx社の社長、CEO、創設者であるStanley Lapidus氏が、同社がどのようにmRNA-Seqを利用して自閉症を研究しているかについて論じています。
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With over 75 breakthrough innovations, these sequencing systems offer dry instrumentation, easier run setup, and fast secondary analysis with DRAGEN software onboard. Experience our simplest workflows yet, and perform a broad range of emerging and mid-throughput sequencing applications.
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標準サンプルに対する推奨mRNA-Seqワークフロー
ライブラリー調製
Illumina Stranded mRNA Prep
インプット量わずか25 ngの標準（未分解）RNAを利用してコーディングトランスクリプトームを解析できるシンプルで拡張性が高くコスト効率の良い、1日で完了できる迅速ソリューション
シーケンス
NextSeq 1000および2000システム
これらの費用対効果が高く、ユーザーフレンドリーなミッドスループットのベンチトップシーケンサーは、mRNA-Seqに加えて、現在および将来のさまざまなアプリケーションにも対応しています。
MiSeq i100シリーズ
mRNAシーケンス用の最速で最もシンプルなベンチトップシステム。
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DRAGEN RNAパイプライン
アライメント、定量化、および融合遺伝子検出を行います。
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Dr. Colin Trapnellが、自身のラボにおけるシングルセルmRNA-Seqの実績と、バイオインフォマティクスツールを誰もが利用できるようにするための取り組みについて論じます。
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Sequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界のシーケンスデータの約90％を作成しています。*
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参考文献
- Shi L, Tong W, Su Z, et al. Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC Bioinformatics. 2005;6 Suppl 2:S11.
- Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations. Bioinformatics. 2003;19:178-184.
- Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2002;30:e48.
*社内計算データ Illumina, Inc., 2015