mRNAシーケンス
mRNAシーケンスの概要
mRNAシーケンス（mRNA-Seq）は、疾患状態や生物学的プロセスのトランスクリプトームの解析メソッドとして、また広範な研究デザインにおいて、急速に注目を集めています。mRNA-Seqは、遺伝子発現を定量化する高感度で正確な手段であることに加えて、既知および新規の転写アイソフォーム、遺伝子融合、その他の特徴、ならびにアリル特異的発現を同定することができます。次世代シーケンサー（NGS）ベースのmRNA-Seqは、過去の知識のフィルターによって制限されないコーディングトランスクリプトームの包括的なビューを提供します。
mRNAシーケンスの利点
mRNA-Seqには、トランスクリプトームの解析において、遺伝子発現アレイと比較して多くの利点があります
- より広いダイナミックレンジを提供し、遺伝子発現の倍率変化をより高感度かつ高精度に測定
- 既知の特徴だけでなく、新規の特徴もキャプチャー
- 幅広い生物種に適用可能
トランスクリプトームの正確で高解像度な情報
比率圧縮は遺伝子発現アレイのよく知られた技術的制限であり、ダイナミックレンジを減少させ、測定された転写変化をマスキングまたは変化させることがあります1–3。一方、mRNA-Seqはこのバイアスに左右されず、より包括的で正確な遺伝子発現変化の測定が可能です。
さらに、mRNA-Seqではストランドの情報を得ることができるため、アンチセンス発現の検出が可能になり、オーバーラップする転写物をより正確に定量化でき、アライメント可能なリードの割合が増加します。
自閉症とmRNA-Seq
SynapDx社の社長、CEO、創設者であるStanley Lapidus氏が、同社がどのようにmRNA-Seqを利用して自閉症を研究しているかについて論じています。
動画を視聴Explore the NextSeq 1000 & 2000 Systems
75以上の画期的なイノベーションを備えたこれらのシーケンシングシステムは、ドライ装置、より簡単なランセットアップ、およびオンボードの DRAGEN ソフトウェアによる高速二次解析を提供します。これまでで最もシンプルなワークフローを体験し、幅広い新興およびミッドスループットシーケンスアプリケーションを実行します。
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標準サンプルに対する推奨mRNA-Seqワークフロー
ライブラリー調製
Illumina Stranded mRNA Prep
インプット量わずか25 ngの標準（未分解）RNAを利用してコーディングトランスクリプトームを解析できるシンプルで拡張性が高くコスト効率の良い、1日で完了できる迅速ソリューション
シーケンス
NextSeq 1000および2000システム
これらの費用対効果が高く、ユーザーフレンドリーなミッドスループットのベンチトップシーケンサーは、mRNA-Seqに加えて、現在および将来のさまざまなアプリケーションにも対応しています。
MiSeq i100 Series
mRNAシーケンスのための最速で最もシンプルなベンチトップシステム。
データ解析
DRAGEN RNAパイプライン
アライメント、定量化、および融合遺伝子検出を行います。
RNA-Seq Differential Expression
差次的な遺伝子発現解析が可能です。
RNAシーケンス手法ガイド
本ガイドでは、ターゲットパネルからmRNA、全トランスクリプトームまで、RNAプロファイリングのためのイルミナのソリューションを提供します。イルミナのRNAシーケンスワークフローは、ライブラリー調製、シーケンスデータ解析をシームレスに統合し、トランスクリプトーム研究をサポートします。
ガイドをダウンロードRNAライブラリー調製
RNA-Seqライブラリー調製の進歩は、トランスクリプトーム研究に革命をもたらしています。当社の強化されたRNAシーケンスライブラリー調製ポートフォリオは、mRNA-SeqからトータルRNA-Seqまで、複数のタイプのシーケンス研究に及びます。これらのソリューションは、迅速なターンアラウンドタイム、幅広い研究の柔軟性、およびシーケンスのスケーラビリティを可能にします。
RNAライブラリー調製の詳細はこちら包括的なmRNA-Seqのワークフロー
Sequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界のシーケンスデータの約90％を作成しています。*
イルミナは、業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析、生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合型mRNA-Seqワークフローを提供します。
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RNA-Seq データ解析
ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールが、バイオインフォマティクスの経験がなくても、生物学者のためのmRNA-Seqデータ解析を簡素化させます。
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参考文献
- Shi L, Tong W, Su Z, et al. Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC Bioinformatics. 2005;6 Suppl 2:S11.
- Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations. Bioinformatics. 2003;19:178-184.
- Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2002;30:e48.
*社内計算データ Illumina, Inc., 2015