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mRNA sequencing

はじめに: mRNAシーケンス

mRNAシーケンス(mRNA Seq)は、プローブやプライマーの設計を必要とすることなく、バイアスのないトランスクリプトームの情報を取得することができます。

"ストランド特異的"手法では、どちらのDNA鎖からRNAが転写されるかを同定することができます。特にヒト以外のサンプルでは、転写産物アノテーションに高い信頼性を与え、リードのアライメントを向上し、サンプルあたりのシーケンスコストを低減することが可能です。

ストランドの情報は、これ以外の手法では見逃してしまうようなアンチセンス発現の検出といった発現制御を観察することができます。

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kitは、明確で完全なmRNAトランスクリプトーム情報を提供します。このキットにより、精確なストランド情報や均一なカバレッジ、さらには新しい転写産物のマッピングや遺伝子の融合状態が得られます。Poly-AがついたRNAをシーケンスすることで、新しい転写産物やアイソフォーム、選択的スプライスサイト、稀な転写産物、そしてcSNPといったものが1回の実験で簡単に解析できます。

低品質サンプルのRNAシーケンスの新しいオプションは、こちら をご覧ください。

3ステップで行うmRNA-Seq

一連のワークフローソリューションで標準mRNAサンプルのコーディング転写産物を解析

推奨ワークフローを見る

mRNAシーケンスの利点

mRNA-Seqは遺伝子発現アレイと比べて、トランスクリプトームを解析するうえで多くの利点をもたらします。

  • 幅広いダイナミックレンジで感度と測定された遺伝子発現倍数変化を改良
  • 既知および新規特性を捉えることができる
  • 多くの生物種に対応可能
アレイからmRNA-Seqへの移り変わり

開発された発現解析ツールにより、mRNA-Seqの結果と以前のアレイデータを比較しやすくなりました。

インタビューを読む

高精度、高解像度なトランスクリプトーム像

遺伝子発現アレイの技術的な課題は発現比の圧縮でした。これによりダイナミックレンジが限られ、測定する転写産物変化を見えなくしたり、変えてしまうことがありました1–3。対照的に、mRNA-Seqではこのバイアスが見られず、遺伝子発現変化の包括的で高精度な測定を提供します。

また、mRNA-Seqはストランド情報をもたらし、アンチセンス発現検出を可能にします。これによりオーバーラップする転写産物のより正確な定量が可能となり、アライン可能なリードの率も向上します。

自閉症とmRNA-Seq

SynapDxのプレジデントでCEOおよび創立者でもあるStanley Lapidusが、自閉症研究にどのようにmRNA-Seqを用いているか話しています。

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包括的なmRNA-Seq ワークフロー

イルミナの1塩基合成(SBS)ケミストリーは最も広く使われているNGSテクノロジーで、世界のシーケンスデータの約90%を産出しています。*

業界をリードするデータクオリティに加えて、イルミナは統合的なmRNA-Seqワークフローを提供し、ライブラリー調製からデータ解析、そして生物学的な解釈まで、全プロセスを簡素化します。

各ワークフローステップの製品を見るには、下記のをクリックください。

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がんは多数の遺伝的変化の蓄積ですが、通常、いくつかのドライバーが腫瘍形成を進めます。mRNA-Seqで遺伝子発現の変化をモニターすることで、疾患進行あるいは治療応答の予測バイオマーカーの同定の助けとなります。mRNA-Seqはまた遺伝子発現と疾患原因の特徴づけをサポートし、腫瘍分類と進行に影響する変異の理解も行えます。
がんにおけるRNA-Seq >>.

複雑な疾患研究における遺伝子発現プロファイリング

遺伝子発現プロファイリングと制御の研究は、どのようにゲノム、エピゲノム、そして環境要因がよくある疾患に寄与するかを明らかにします。mRNA-Seqは実績があり効率よく探索とプロファイリングを行えるツールで、精神、免疫、代謝、そして心臓血管など多岐にわたる複雑な疾患において、高いインパクトをもつ知見をもたらし、興味のある下流解析のためのターゲットを同定します。
遺伝子発現プロファイル >>.

RNA Drug Response Biomarker Discovery

Find out how to utilize RNA-Seq to identify novel RNA-based drug response biomarkers. Access resources designed to help new users adopt this application. Learn more about drug response RNA biomarker analysis.

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追加リソース

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ライブラリー調製から解析用シーケンサーの選択まで、お客様に必要な情報がすべて入っています。 お客様のラボに最適なツールを選択してください。

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イルミナは生物学の深い洞察をもたらす包括的なmRNA-Seqを提供しています。

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プロジェクトに適したシーケンスパネルまたはマイクロアレイを使用してさらに研究を進めてください。

References
  1. Shi L, Tong W, Su Z, et al. Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC Bioinformatics. 2005;6 Suppl 2:S11.
  2. Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations. Bioinformatics. 2003;19:178-184.
  3. Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2002;30:e48.

*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015