mRNAシーケンス
mRNAシーケンスの概要
mRNAシーケンス（mRNA-Seq）は、疾患状態や生物学的プロセスのトランスクリプトームの解析メソッドとして、また広範な研究デザインにおいて、急速に注目を集めています。mRNA-Seqは、遺伝子発現を定量化する高感度で正確な手段であることに加え、既知および新規の転写物アイソフォーム、融合遺伝子、その他の特徴や、アリル特異的発現を同定することが可能です。mRNA-Seqは既知情報のみのフィルターによって狭められない、コーディングトランスクリプトームの詳細な情報を提供します。
mRNAシーケンスの利点
mRNA-Seqには、トランスクリプトームの解析において、遺伝子発現アレイと比較して多くの利点があります
- より広いダイナミックレンジを提供し、遺伝子発現の倍率変化をより高感度かつ高精度に測定
- 既知の特徴だけでなく、新規の特徴もキャプチャー
- 幅広い生物種に適用可能
トランスクリプトームの正確で高解像度な情報
比率圧縮は遺伝子発現アレイのよく知られた技術的制限であり、ダイナミックレンジを減少させ、測定された転写変化をマスキングまたは変化させることがあります1–3。一方、mRNA-Seqはこのバイアスに左右されず、より包括的で正確な遺伝子発現変化の測定が可能です。
さらに、mRNA-Seqではストランドの情報を得ることができるため、アンチセンス発現の検出が可能になり、オーバーラップする転写物をより正確に定量化でき、アライメント可能なリードの割合が増加します。
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参考文献
- Shi L, Tong W, Su Z, et al. Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC Bioinformatics. 2005;6 Suppl 2:S11.
- Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations. Bioinformatics. 2003;19:178-184.
- Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2002;30:e48.
*社内計算データ Illumina, Inc., 2015