ペアエンドシーケンスとは？
ペアエンドシーケンスでは、断片の両端をシーケンスし、高品質でアライメント可能なシーケンスデータを生成できます。ペアエンドシーケンスは、遺伝子融合や新規転写産物だけでなく、ゲノム再構成や反復配列要素の検出を容易にします。
ライブラリー調製において、同じ時間と労力で2倍のリード数を生成することに加えて、リードペアとしてアライメントされたシーケンスにより、より正確なリードアライメントが可能になり、シングルリードデータでは不可能な挿入欠失（indel）バリアントを検出できます。1すべてのイルミナ次世代シーケンス（NGS）システムはペアエンドシーケンスが可能です。
ペアエンドシーケンスのハイライト
- シンプルなペアエンドライブラリー：シンプルなワークフローにより、さまざまなインサートサイズを生成可能
- 効率的なサンプル使用：シングルリードゲノムDNAまたはcDNAシーケンスと同量のDNAが必要
- 幅広いアプリケーション：DNAのメチル化や制限消化が不要で、バイサルファイトシーケンスに使用できます
- シンプルなデータ解析：ショートインサートライブラリーで高品質のシーケンスアセンブリ を可能にします。標準的なシングルリードライブラリー調製プロセスに簡単な変更を加えることで、ペアエンドリード中に各クラスターのフォワードテンプレート鎖とリバーステンプレート鎖の両方を読み取りやすくなります。どちらのリードにもロングレンジの位置情報が含まれており、リードの高精度なアライメントが可能です。
ペアエンドDNAシーケンス
ペアエンドDNAシーケンスリードは、反復シーケンスを含むDNA領域全体で高品質のアライメントを提供し、コンセンサスシーケンスのギャップを埋めることでde novoシーケンス用の長いコンティグを生成します。また、ペアエンドDNAシーケンスでは、挿入、欠失、逆位などの一般的なDNA再構成も検出します。
ペアエンドRNAシーケンス
ペアエンドRNAシーケンス（RNA-Seq）は、がんにおける遺伝子融合の検出や新規スプライスアイソフォームの特性解析などの発見アプリケーションを可能にします。2
ペアエンドRNA-Seqでは、代替の断片化プロトコールとともに以下のキットを使用し、その後に標準的なイルミナのペアエンドクラスターの生成とシーケンスを行います。
mRNA-Seqライブラリー調製には、以下を使用します。
ストランド型トータルRNAライブラリー調製には、以下を使用します。
シングルリードシーケンス
シングルリードシーケンスは、一端のみのDNAシーケンスであり、イルミナシーケンスを利用する最もシンプルな方法です。このソリューションは、迅速かつ経済的に大量の高品質データを提供します。シングルリードシーケンスは、Small RNA-Seqやクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）などの特定の手法に適しています。
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補足資料
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参考文献
- Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive. PLoSOne. 2013;8(10):e77910。
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.