ペアエンドDNAシーケンスリードは、反復シーケンスを含むDNA領域全体で高品質のアライメントを提供し、コンセンサスシーケンスのギャップを埋めることでde novoシーケンス用の長いコンティグを生成します。また、ペアエンドDNAシーケンスでは、挿入、欠失、逆位などの一般的なDNA再構成も検出します。
ペアエンドRNAシーケンス(RNA-Seq)は、がんにおける遺伝子融合の検出や新規スプライスアイソフォームの特性解析などの発見アプリケーションを可能にします。2
ペアエンドRNA-Seqでは、代替の断片化プロトコールとともに以下のキットを使用し、その後に標準的なイルミナのペアエンドクラスターの生成とシーケンスを行います。
シングルリードシーケンスは、一端のみのDNAシーケンスであり、イルミナシーケンスを利用する最もシンプルな方法です。このソリューションは、迅速かつ経済的に大量の高品質データを提供します。シングルリードシーケンスは、Small RNA-Seqやクロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)などの特定の手法に適しています。