NGSリード長の計算方法
シーケンスリード長とは？
次世代シーケンス（NGS）リード長は、DNA断片からシーケンスされた塩基対（bp）の数を指します。シーケンス後、リード間のオーバーラップ領域を使用してリードをアセンブルし、リファレンスゲノムにアライメントし、DNAシーケンス全体を再構成します。シーケンスリード長は、NGS装置で使用されているシーケンス試薬に直接対応しており、より多くのケミストリーサイクルで長いリードが生成されます。
NGSリード長が重要な理由
適切なシーケンスリード長の選択は、サンプルタイプ、アプリケーション、カバレッジ要件によって異なります。ロングリードはより多くのシーケンスオーバーラップを可能にするため、de novoアセンブリやゲノムの反復領域をより確実に解決するのに有用です。発現プロファイリングやカウント研究などの他のアプリケーションでは、短いリードで十分であり、長いリードよりもコスト効率が高くなります。
シーケンスリードオプション
シングルリードとペアエンドシーケンスの2種類のシーケンスリードがあります。シングルリードシーケンスでは、DNA断片を一方の端から他方の端にシーケンスします。小型RNAシーケンスなどの一部のアプリケーションに有用で、迅速で経済的なオプションです。
ペアエンドシーケンスでは、DNA断片が一方の端から読み取られた後、プロセスが他方の方向に再び開始されます。この方法では、2倍の数のシーケンスリードを生成するだけでなく、より正確なリードアライメントと構造的再構成の検出が可能になります。現在、ほとんどの研究者はペアエンドアプローチを使用しています。
詳細はこちらイルミナのリード長の計算方法
すべてのイルミナシーケンス試薬には、一定数のシーケンスサイクルがあります。これらのサイクルはシーケンスリード長に直接関係しています。サイクルごとに1塩基のシーケンスが行われるため、サイクルの総数はシーケンスできる最大塩基数を示します。シーケンス試薬を使用して、シングル連続リードを生成したり、両方向のペアエンドシーケンスに使用することができます。（例えば、300サイクルキットは、1 × 300 bpシングルリードランまたは2 × 150 bpペアエンドランに使用できます。）
| 応募 | 推奨リード長 |
|---|---|
| 全ゲノムシーケンス | 2 × 150 bp |
| 全エクソームシーケンス | 2 × 150 bp |
| ターゲットエンリッチメントシーケンス | 2 × 150 bp |
| アンプリコンシーケンス | アンプリコンインサート全体の長さ |
| De novoシーケンス | 2 × 150～2 × 300 bpの範囲 |
| 応募 | 推奨リード長 |
|---|---|
| トランスクリプトーム解析 | 2 × 75 bp |
| 遺伝子発現プロファイリング | 1 × 50 bp |
| 低分子RNAシーケンス | 1 × 50 bp |
RNAシーケンスリード長に関する考慮事項
異なるRNA-Seq実験タイプには、固有のシーケンスリード長と深度要件があります。この資料では、リード長と深度に関する考慮事項を確認し、実験計画のためのリソースを提供します。
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参考文献
- Lander ES, Waterman MS. ランダムクローンの指紋によるゲノムマッピング：数学的解析。Genomics. 1988;2(3):231-239。