シーケンスにおけるクオリティスコアとは？
シーケンス品質スコアは、塩基が誤って呼び出される確率を測定します。合成によるシーケンス（SBS）テクノロジーでは、リードの各塩基に、サンガーシーケンス実験用に開発されたものと類似したフレッド様アルゴリズム1,2によるクオリティスコアが割り当てられます。
シーケンステクノロジーの動画
イルミナSBSの仕組みをご覧ください。
Qスコアの定義
所与の塩基Qのシーケンス品質スコアは、以下の方程式によって定義されます。
Q = -10log10（e）
ここで、eはベースコールが間違っている確率の推定値です。
- Qスコアが高いほど、エラーの確率が低くなります。
- Qスコアが低いと、リードの大部分が使用できなくなる可能性があります。また、偽陽性のバリアントコールが増加し、不正確な結論につながる可能性もあります。
クオリティスコアが20（Q20）の場合、エラー率は100分の1（100 bpのシーケンスリードごとにエラーが発生する可能性があることを意味します）で、対応するコール精度は99%です。
シーケンス品質がQ30に達すると、エラーや曖昧さがなく、ほぼすべてのリードが完璧になります。そのため、Q30は次世代シーケンス（NGS）の品質のベンチマークと見なされています。
| クオリティスコア | 不正確なベースコールの確率 | 推定ベースコール精度 |
|---|---|---|
| 10（Q10） | 10分の1 | 90% |
| 20（Q20） | 100人に1人 | 99% |
| 30（Q30） | 1000人に1人 | 99.9% |
イルミナシーケンスクオリティスコア
イルミナのシーケンスケミストリーは、QQ30以上のスコアリングを行うほとんどの塩基で高精度を実現します。この精度レベルは、臨床研究を含むさまざまなシーケンスアプリケーションに最適です。
クオリティスコアの詳細
シーケンス品質スコアの詳細については、以下のテクニカルノートをお読みください。
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参考文献
- Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P.（1998年）：フレッドを使用した自動シーケンサートレースのベースコーリング。I. 精度評価。Genome Res. 8(3):175-185
- Ewing B, Green P.（1998年）：フレッドを使用した自動シーケンサートレースのベースコーリング。II. エラー発生確率。Genome Res. 8(3):186-194