メイトペアシーケンスでは、以下を含めた数多くのアプリケーションに有用なロングインサートのペアエンドDNAライブラリーが作成されます：
メイトペアライブラリーのシーケンスから得られたデータとショートインサートのペアエンドリードから得られたデータを組み合わせることにより、ゲノム全体でシーケンスカバレッジを最大化させるために必要なリード長の組み合わせが得られます。
断片化されたDNAは、標識されたdNTPで末端修復を行います。 DNA断片の環状化を行います。環状化されなかったDNAは除去します。 環状化されたDNAは、その後、断片化を行い、ビオチン標識をもつDNA断片（元のDNAの両端がライゲーションされたもの）のみを選択的に濃縮します。 濃縮されたDNA断片は、さらに末端修復を行い、次世代シーケンサー用のアダプターを付加します。
フローセル上のオリゴヌクレオチドに補完的な付加配列は、tailed PCRプライマーを用いてアダプター配列に付加します。 最終的に調製されたライブラリーは、元は数キロベース離れていた2つのDNAセグメントからなる短い断片で構成されます。 このライブラリーにより、クラスター形成後、イルミナの次世代シーケンサー（NGS）プラットフォームを使用したペアエンドのシーケンスを行うと、元の2‐5KbのDNA末端に由来する配列情報が得られます。
効率の良いプロトコールで次世代シーケンサーの中でも非常に高いゲノムカバレッジを実現
短い操作時間と複数設けられた停止ポイントが特徴のシンプルなワークフロー
少ないDNAスタート量： 必要なスタート量はわずか1μg
キーウィ鳥ゲノムのde novoアセンブルでイルミナのメイトペアシーケンスがどのように使用されたかをご覧ください。
