発見への価格の見直し
ヒトゲノムプロジェクトが完了して以来、次世代シーケンス（NGS）の費用はムーアの法則をしのぐ劇的な割合で低下しています。継続的な技術革新を通じてイルミナはNGS費用の低減に寄与し、$1,000というヒトゲノムの費用を実現しました。
次世代シーケンスの費用は引き続き低下しており、イルミナはNGSをより安価により利用しやすくするための取り組みをリードしています。あらゆる規模のラボがこの高性能テクノロジーの可能性を受けられるよう務めています。これらの資料を用いて、NGS予算を組む際に考慮するべき重要な要素をご案内します。
次世代シーケンス費用の比較
NGSの費用を評価する場合、研究で用いるサンプル量を検討します。通常、数少ないサンプルで少数のターゲット（20未満）のみを解析する場合、サンガー法やqPCRのような従来の方法が有用です。20箇所を超えるターゲット領域や多数のサンプルをシーケンスする場合には、NGSが好ましくなります。
また、NGSでは新規または希少なバリアントを検出する発見力と感度がより高くなります。NGSは塩基配列情報に関する予備知識が不要な仮説フリーのアプローチです。これらの知見は発見を実現し、研究発表を推進するために非常に貴重となることがあります。
詳細はこちら：
NGS対qPCR
NGS対サンガー法
NGS対マイクロアレイ
次世代シーケンス費用の検討
NGSの費用を見積もる際は、以下の要素を考慮します。
- 装置の購入
- 1サンプルあたりの費用（DNA単離、ライブラリー調製、シーケンス試薬など）
- データ解析と保管
- オプションの装置サポートプラン
- オプションのトレーニングとシステム点検
さらに以下のようなラボ機器も考慮します。
- 核酸の定量装置
- 核酸の品質アナライザー
- サーマルサイクラー
- 超音波破砕装置（一部のライブラリー調製法で使用）
- 遠心分離機
- 一般的なラボ消耗品（ピペッター、96ウェルプレート、遠心チューブ）
1サンプルあたりのNGS費用の例
| アプリケーション | サンプルあたりの推定費用 | 実験パラメーター |
|---|---|---|
| ターゲット遺伝子発現プロファイリング | $23 | サンプルあたりの費用の計算は、以下を使用した1回のランに基づくものです。
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| 16Sメタゲノムシーケンス | $18 | サンプルあたりの費用の計算は、以下を使用した1回のランに基づくものです。
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NGSデータ解析の費用
NGSデータの保管と解析にかかる費用は、導入をお考えの方からの最も多い質問の1つです。3つの要素がデータ解析予算に影響します。
- データ解析ソフトウェアプラットフォームのライセンス
- データの保管（ライセンス料の一部になることが多い）
- データ解析アプリの運用（計算処理費用とも呼ぶ）
計算処理費用は解析するシーケンスデータの量によって変わります。お客様の研究にかかるNGSデータ解析費用の算出の参考として、一般的な方法で作出したデータ容量を推定しました。
| アプリケーション | 推定データ出力量 |
|---|---|
| ヒト全ゲノムシーケンス（30×カバレッジの場合） | 約120 Gb |
| ヒトエクソームシーケンス（100×カバレッジの場合） | 約8 Gb |
| 微生物の全ゲノムシーケンス | 約300 Mb |
| 16S rRNAシーケンス | 約60 Mb |
1メガベース（Mb） = 1,000,000ベース
1ギガベース（Gb） = 1,000,000,000ベース
作出したデータの容量は実験でのシーケンスカバレッジレベルとも関連します。
詳細はこちら
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装置を購入せずに、BaseSpace Sequence Hubのデータ解析アプリを30日間無料でお試しいただけます。追加の保管費用または計算処理費用を賄うために使用できる250 iCreditも受け取れます。
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