次世代シーケンスのコスト
発見の価格の再定義
ヒトゲノムプロジェクトの完了以来、次世代シーケンサー（NGS）のコストは劇的に減少し、ムーアの法則を上回っています。継続的なイノベーションを通じて、イルミナはNGSのコスト削減に貢献し、1,000ドルのヒトゲノムを可能にしました。
次世代シーケンサー（NGS）のコストが低下し続ける中、イルミナはNGSをより安価でアクセスしやすいものにするための先導的な役割を果たしています。当社は、あらゆる規模のラボがこの強力なテクノロジーの可能性を利用できるように支援するよう努めています。これらのリソースにより、お客様のNGSの予算を計画する際に考慮すべき主要な要因をご案内します。
次世代シーケンスコストの比較
NGSコストを評価する際には、研究のサンプル量を考慮してください。一般的に、少数のサンプルで少数（<20）のターゲットのみを解析する場合、サンガーシーケンスやqPCRなどの従来の手法が有用です。20を超えるターゲット領域または大量のサンプルシーケンスでは、NGSが推奨されます。
NGSは、新規または希少なバリアントを検出するためのより高い検出力と感度も提供します。シーケンス情報の事前知識を必要としない仮説のないアプローチを提供します。これらの洞察は、発見を可能にし、研究論文の推進に非常に貴重なものです。
次世代シーケンスコストに関する考慮事項
NGSのコストを見積もる際は、以下の要因を考慮してください。
- 装置購入
- サンプルあたりのコスト（例：DNA単離、ライブラリー調製、シーケンス試薬）
- データ解析と保管
- オプションの装置サポートプラン
- オプションのトレーニングと予防メンテナンス
また、以下のような追加のラボ機器も検討してください。
- 核酸定量装置
- 核酸品質分析装置
- サーマルサイクラー
- 超音波処理装置（一部のライブラリー調製方法で使用）
- 遠心機
- 一般的なラボ用品（ピペッター、96ウェルプレート、遠心チューブなど）
サンプルあたりのNGSコストの例
| 応募 | サンプルあたりの推定コスト | 実験パラメーター |
|---|---|---|
| ターゲット遺伝子発現プロファイリング | 23米ドル | サンプルあたりのコスト計算は、以下を使用したランに基づいています。
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| 16Sメタゲノムシーケンス | 18米ドル | サンプルあたりのコスト計算は、以下を使用したランに基づいています。
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低コストNGS装置
iSeq 100シーケンスシステムは、シンプルさを重視して設計されており、次世代シーケンスをより簡単かつ手頃な価格で行うことができます。コストをかけずに詳細をご覧ください。
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NGSデータ解析のコスト
NGSデータの保存と解析のコストは、初心者にとって最も一般的な質問の1つです。3つの要因がデータ解析予算に影響を与えます。
- データ解析ソフトウェアプラットフォームのライセンス
- データの保存（多くの場合、ライセンス費用の一部）
- データ解析アプリの実行（コンピューティングコストとも呼ばれます）
計算コストは、解析するシーケンスデータの量によって異なります。研究におけるNGSデータ解析のコスト計算に役立つように、一般的な手法で生成されるデータ量を推定しました。
| 応募 | 推定データ出力 |
|---|---|
| ヒト全ゲノムシーケンス（30倍カバレッジ） | ～120 Gb |
| ヒトエクソームシーケンス（100×カバレッジ） | ～8 Gb |
| 微生物全ゲノムシーケンス | ～300 Mb |
| 16S rRNAシーケンス | ～60 Mb |
1メガ塩基（Mb）=1,000,000塩基
1ギガベース（Gb）=1,000,000,000塩基
生成されるデータ量は、実験のシーケンスカバレッジレベルに関連しています。
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