次世代シーケンサーのコスト
NGSのコスト
継続的なイノベーションによるコスト削減により、シーケンスはかつてないほど簡単かつ手頃な価格になりました
発見の価格の再定義
ゲノミクス研究の規模とディスカバリーパワーを拡大することを目的に、NGSへの移行が進んでいます。ベンチトップシーケンスシステムのシンプルさと費用対効率により、NGS装置はあらゆる規模のラボで利用できるようになりました。
多くのラボが、ラボの効率を高め、時間を節約し、データプライバシーとNGSプロジェクトの管理を強化するために、ラボ内へのNGSの導入を選択しています。NGSは他の方法と比べて高価すぎると考える人もいますが、実際にはNGSは他の分子方法を補完または置き換える、非常に費用対効果の高い方法である場合もあります。NGSは、専門知識を必要とせずに、ラボに相当な価値と有用性を与えることができます。
検討すべき重要な質問
意思決定プロセスを開始するにあたり、まず研究目標とラボのニーズを評価します。NGSシステムを購入する前に、以下の重要な質問を検討してください。
- どのような方法やアプリケーションを最も多く使用するか？
- 手法や研究規模に最適な装置オプションは何か？
- データ、装置、ワークフローの品質をどのように確保するか？
- 最初の購入後にかかるランニングコストは？
- NGSデータをどのように解析・保存するか？
- 他の研究者とどのように協働する予定か？
- どの程度の製品サポートを受けるか？
NGSコストの評価：全体像
NGSプラットフォームを購入する場合、装置の価格やコスト／Gbだけでなく、多くの要因を考慮する必要があります。これらの要因だけでも非常に誤解を招く可能性があります。総所有コストは綿密に評価する必要があります。これには、セットアップから補助機器、使いやすさ、サポートの程度／装置の稼働時間、会社の評判／寿命、トレーニングなど、あらゆるものが含まれます。
装置
ラボに最適なシーケンスシステムの種類は、主にお使いの手法とアプリケーションのスループットとデータ強度によって決まります。現在のニーズと将来のニーズの両方を考慮してください。ほとんどの研究者は、ベンチトップシーケンサーから始めます。
ランニングコスト
- 実験あたりのコスト
- サンプルあたりのコスト（例：DNA単離、ライブラリー調製、シーケンス試薬）
- 高出力アプリケーションの場合、規模の経済性がコスト削減に役立つ
ラボスペースと補助機器
- ラボのスペースと施設システムを考慮する
- 核酸定量装置
- 核酸品質分析装置
- 個別のクラスター形成装置
- サーマルサイクラー
- 超音波処理装置（一部のライブラリー調製方法で使用）
- 遠心機
- 一般的なラボ用品（ピペッター、96ウェルプレート、遠心機チューブなど）
- 追加の専用機器
データの品質、解析、保管
- 反復操作を防止するデータ品質（Qスコア）
- ソフトウェアライセンス
- データの保管／サーバー（多くの場合ライセンス費用の一部）
- データ解析アプリの実行（コンピューティングコストとも呼ばれる）
- セキュリティおよびコンプライアンス要件
- 解析パイプラインスケーラビリティ
- データ圧縮およびアーカイブソリューション
装置サポート
- オンボーディングとスタッフトレーニング
- トラブルシューティング装置の機会コスト
- 予防的な装置モニタリングによる予防メンテナンス
- ハンズオンタイム：効率とワークフローの簡素化によりラボ技師の時間を解放
- 外注する場合、ターンアラウンドタイムのコストが高いことがある（機会コスト、実験回数の削減）
NGSシステムの選択：ステップバイステップガイド
この包括的なガイドでは、研究目標とラボのニーズを評価することで、意思決定プロセス全体について手順を追って説明します。
- NGSシステムを購入する前に尋ねるべき重要な質問
- シーケンスおよびデータ解析プラットフォームの主な考慮事項
- NGS購入者のチェックリスト
完全なシーケンスエコシステム
次世代シーケンサー（NGS）のコストが低下し続ける中、イルミナは、継続的な革新を通じてNGSをより安価でアクセスしやすいものにするための先導的な役割を果たしています。2013年以降、ゲノムあたりの平均コストは96%減少しています1,2。当社は、多くのラボがその規模にかかわらずこの強力なテクノロジーの潜在能力を利用できるよう支援することに努めています。
イルミナシーケンサーを購入すると、以下の利点が得られます。
合理化されたワークフローのための完全で接続されたポートフォリオエコシステム
運用の簡素化と迅速で簡単なオンボーディングを実現するイノベーション
96%の顧客満足度、<1日の平均修理時間、24時間365日のテクニカルサポートなど、包括的な製品サポート
エンジニア、テクニカルアプリケーションサイエンティスト、バイオインフォマティシャン、IT専門家など高度な資格を持つサービスチームによる装置サービスプラン
ベストプラクティスとアプローチを共有する主要な研究者のコミュニティ
パワフルで使いやすいデータ解析とストレージソリューション
"コストの障壁は大幅に減少しました。これまで多くの人がコストを理由に導入を妨げられていましたが、イルミナは、低コストでシーケンス技術をより利用しやすくするために大きな進歩を遂げました。そこには専門知識があります。"
参考文献
- National Human Genome Research Institute. DNA Sequencing Costs: Data. genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data. 2023年4月10日にアクセス。
- 3billion. Whole Genome Sequencing cost 2023 3billion.io/blog/whole-genome-sequencing-cost-2023. 2023年4月10日にアクセス。