他の分子解析手法に対するNGSの利点

NGSの主な利点

NGSには卓越した精度と偏りのないレンズが備わっており、研究者たちはそれを活かし、ゲノミクス研究の規模と探索力を拡大しています。一度にシーケンスできるのが1つまたは数個の領域に限定されることなく、実験研究の範囲と影響を拡大できるようになりました。

NGSの主な利点：

速度とパワー：NGSは、1回の実験で数千のターゲット領域（単一塩基の解像度まで）のバリアントを同定できます。^1-3
範囲の拡張:NGSを活用すれば分子エンティティのより広範にわたる状況が明らかになり、新しい薬物ターゲット、シグナル伝達ネットワーク、疾患マーカーの発見を可能にします。²
バイアスのない研究：NGSは、複数の「オメ」（マルチオミクス）のバイアスのないアプローチを可能にし、生物学的現象、パスウェイ、システムのこれまでにない洞察が得られます。⁴

多数のサンプルを用いるバリアントスクリーニング研究の場合、NGSは、従来法に比べ、数十から数千の遺伝子のシーケンスにおいて最も効率的かつ費用対効果の高いアプローチとなります。

"全く新しいものや特徴のないものを研究する場合、より大きな全体像が必要です。私たちのプロジェクトでは、どのようなメカニズムがパスウェイに影響を与えているかについて多くの不確実性がありました。メカニズムについてほとんど知識がなかったため、NGSのようなより広範なアプローチを用いてメカニズムの全体をより完全に理解する必要がありました。」

Amanda Touey（Cornell University博士号課程在籍中[Dr Paula Cohen指導]）

従来の手法と比較したNGSの利点

NGSでは、従来の手法と比べてわずかな時間とコストで膨大な量の遺伝物質をシーケンスすることができ、ラボでのより深い探索を可能にします。^2-5 NGSと以下の従来の分子生物学手法との比較の詳細はこちら：

転写物研究におけるサンガーシーケンスとqPCRと比較したNGSの利点。サンガーシーケンスのシーケンス読み取り能力とqPCRの転写物カウント能力と比較したNGSのコンビナトリアル読み取りとカウント能力を強調したベン図。

転写物研究におけるサンガーシーケンスとqPCRと比較したNGSの利点。イルミナのNGSには、従来の読み取りとカウントアプリケーションのパワーが組み合わさっています。NGSを用いた1回のアッセイで、何千もの転写産物の完全なシーケンスを同定し、発現変化を定量化。^6-10

次のステップ

NGSが適している場合、次にすべきことは、どのアプリケーションと手法を実行したいか検討し、期待される出力とアプリケーションのニーズに合った装置を選択することです。

NGSのアプリケーションと手法

大きな規模と偏りのない探索力を有するNGSは、さまざまな基礎研究やトランスレーショナル研究分野で使用することができます。多様なサンプルタイプを使用してさまざまな生物学的システムへの理解を深めることで、研究の範囲を広げ、どんな大胆な研究アプリケーションに対する答えも見つけることができます。

NGSアプリケーションの詳細を見る

ベンチトップ装置

ベンチトップシーケンサーは、新規ユーザーに適した出発点です。操作の簡便性、事前設定済みのデータ解析ワークフロー、オンボード二次解析、ターゲットシーケンシングなど様々な人気アプリケーション向けの高速ワークフローなどの各機能を提供します。シーケンサーの種類と選択方法の詳細はこちら。

ベンチトップ機器の詳細を見る

ご相談をお待ちしております。

現在ご利用中のシーケンシング手法について、NGSがどのように補完または置き換えできるかをご説明いたします。研究目標やNGSに関するご質問も承りますので、お気軽にお問い合わせください。

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参考文献

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The Scientist. 現代マルチオミクス：なぜ必要か、どのように活用するか、そして次なる方向性は？ May 15, 2023 https://www.the-scientist.com/modern-multiomics-why-how-and-where-to-next-71113. アクセス日：2023年5月22日
Arteche-López A, Ávila-Fernández A, Romero R, et al. Sanger sequencing is no longer always necessary based on a single-center validation of 1,109 NGS variants in 825 clinical exomes. Sci Rep. 2021;11(1):5697. 2021年3月11日発表。doi:10.1038/s41598-021-85182-w
Illumina. Advantages of next-generation sequencing vs. qPCR. https://www.illumina.com/science/ technology/next-generation-sequencing/ngs-vs-qpcr.html. アクセス日：2023年5月22日
Wolff HB, Steeghs EMP, Mfumbilwa ZA, et al. Cost-Effectiveness of Parallel Versus Sequential Testing of Genetic Aberrations for Stage IV Non-Small-Cell Lung Cancer in the Netherlands. JCO Precis Oncol. 2022;6:e2200201. doi:10.1200/PO.22.00201
Illumina. High-impact discovery through gene expression and regulation research. https://www.illumina. com/content/dam/illumina-marketing/documents/gated/gene-expression-profiling-e-book-web.pdf. Accessed March 23, 2023.
Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq data analysis [published correction appears in Genome Biol. 2016;17(1):181]. Genome Biol. 2016;17:13. 2016年1月26日発表。Doi:10.1186/s13059-016-0881-8
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Technology Networks Genomics Research. RNA-Seq: Basics, Applications, and Protocol. https:// www.technologynetworks.com/genomics/articles/rna-seq-basics-applications-and-protocol-299461. 2018年4月6日発表。2023年6月1日にアクセス。
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NGSと他の分子解析手法の比較