次世代シーケンサー(NGS)とqPCRテクノロジーを比較する際、主な違いは発見力です。どちらも高感度で信頼性の高いバリアント検出を提供しますが、qPCRは既知のシーケンスのみを検出できます。対照的に、NGSは、シーケンス情報の事前知識を必要としない仮説のないアプローチです。NGSは、新規遺伝子を検出するためのより高い発見力と、希少バリアントや転写産物を定量化するためのより高い感度を提供します。
NGSテクノロジーとqPCRテクノロジーも、スケーラビリティとスループットが異なります。qPCRはターゲット数が少ない場合に効果的ですが、複数のターゲットではワークフローが煩雑になることがあります。ターゲットやサンプルの多い研究にはNGSが推奨されます。1回のNGS実験で、数千のターゲット領域にわたるバリアントを単一塩基分解能で同定できます。
それぞれの方法の利点と限界を探り、ニーズに最適な方法を見つけてください。
バリアントの同定において、ヒットとミスの遺伝子関連研究がどのように行われているかが明らかになりました。漁業の遠征のようなものでした。NGSにより、ゲノムのはるかに大きな部分を同時に観察できることに気づきました。
qRT-PCRは少数の遺伝子の発現を定量化するのに有用ですが、既知のシーケンスしか検出できません。対照的に、NGSを用いたRNAシーケンス(RNA-Seq)では、既知の転写産物と新規の転写産物の両方を検出できます。RNA-Seqは事前に設計されたプローブを必要としないため、データセットに偏りがないため、仮説のない実験デザインが可能になります。
遺伝子発現プロファイリングなどのリードカウント法では、NGSのデジタル特性により、実質的に無制限のダイナミックレンジが可能です。RNA-Seqは、リファレンスシーケンスにアライメントされた個々のシーケンスリードを定量化し、相対発現値ではなく絶対発現値を生成します。この幅広いダイナミックレンジにより、発現のわずかな変化を10%まで検出できます。RNA-Seqは、遺伝子発現の定量化以外にも、新規転写物、あるいはスプライシングされたアイソフォーム、スプライス部位、および低分子RNAとノンコーディングRNAを同定することができます。1,2
アプリケーションノートを読むNGSとqPCRのどちらを選択するかは、サンプル数、ターゲット領域のシーケンス合計量、予算上の検討事項、研究目標など、いくつかの要因によって異なります。ターゲット領域数が少ない場合(≤ 20ターゲット)や研究の目的が既知のバリアントのスクリーニングまたは同定に限定されている場合、qPCRは通常良い選択です。そうでなければ、NGSはニーズに合っている可能性が高くなります。ターゲットNGSメソッドは、複数のサンプルで複数の遺伝子を同時にシーケンスできるので、従来の反復法に比べて時間とリソースを節約できます。また、NGSは発見力を高め、新規バリアントの検出を可能にします。
ターゲットNGSが、qPCRやその他の従来の手法と比較して、どのように洞察を得て、時間を節約し、結果に自信を持つことができるかをご覧ください。
qPCRジェノタイピングのアプローチが“Hit-and-miss”の結果をもたらしたとき、研究者はNGSに切り替え、ゲノムのより大きな部分を調べることができました。
インタビューを読むFrank Middleton博士は、RNA-Seqを使用して、1回のアッセイで370の関心遺伝子を解析しました。これは、カスタムqPCRまたはqPCRアレイではコストがかかる研究でした。
インタビューを読むqRT-PCRからRNA-Seqへの切り替えにより、Bosiljka Tasic博士はこれまでに発見されなかったマーカーを特定できました。
インタビューを読むシーケンスランの作成、ランステータスのモニタリング、データの解析のためのオンサイトソフトウェアソリューション。
BaseSpace Correlation Engineは、20,000を超えるゲノム研究をマイニングし、研究のための遺伝子、実験、薬剤、表現型のデータ駆動型の回答を得ます。
ターゲットリシーケンスでは、遺伝子のサブセットまたはゲノム領域を単離しシーケンスすることで、ラボのリソースを節約できます。ターゲットリシーケンスの詳細はこちら。
ターゲットRNA-Seqにより、研究者は目的の特定の転写産物をシーケンスすることができ、定量的および定性的情報の両方を得ることができます。ターゲットRNA-Seqの詳細はこちら。