NGSは、膨大な量の遺伝物質をシーケンスするために使用されます。研究者は、さまざまなアプリケーションや生物学的システムにおける科学研究において、幅広く偏りのないアプローチを取ることができます。
選択マーカーをプロファイリングするのではなく、1回の実験で、数千の領域から単一塩基の解像度までバリアントを同定できます。NGSは、実験研究の範囲を拡大し、どんな大胆な研究の質問を投げかけることもできます。
NGSは、多様なサンプルタイプに対して発表されているさまざまな手法を用いて、さまざまな生物学的疑問に対する答えを追求する上で重要な役割を果たします。NGSは、プロテオーム、トランスクリプトーム、エピゲノム、ゲノムなどの複数の生物学的な「オメ」を偏りなく調査できます。NGSでは、マルチオミクスと呼ばれる複数の「オメ」を一度に調べる組み合わせアプローチも達成可能です。
NGSは、腫瘍をバルクシーケンスし、腫瘍内の遺伝子変異を同定するために使用され、標的療法の開発を支援し、リキッドバイオプシーを通じてがんの進行を監視します。
がん研究手法に関するガイドは、幅広いがん研究アプリケーションのためのシンプルなワークフローを紹介した40ページ以上にわたるリソースです。このガイドには、シングルセルシーケンス、空間シーケンス、メチル化プロファイリング、マルチオミクス、セルフリーRNAシーケンスなどが含まれます。
この20ページ以上にわたるeBookでは、NGSおよびマイクロアレイを使用したリキッドバイオプシーサンプルの詳細な特性評価のための発表済みの包括的なワークフローを紹介しています。リキッドバイオプシー検体の概要、研究例、ダイアグラムなど。
NGSでは、細菌、ウイルス、その他の微生物のゲノムをシーケンスすることで、病原体の同定、感染拡大の追跡、抗菌薬耐性の研究に役立てます。
何百もの生物を同時にシーケンスし、正確なリファレンスゲノムを生成し、比較ゲノム研究を実行します。
NGSは、ゲノムやエクソームを迅速にシーケンスでき、希少疾患に関連する新しいSNPを同定します。
アプリケーション | 関心領域/分野 | 推奨装置 |
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遺伝子発現プロファイリング ゲノムのコーディング領域のサブセットの遺伝子発現を調べます。 |
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中小規模のベンチトップ機器 |
微生物ゲノム 新規の微生物の発見、感染拡大の監視、食料源の分析などを行います。 |
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中小規模のベンチトップ機器 |
ターゲット遺伝子シーケンス 特定のサンプル中の特定のバリアントを解析するための有用なツールです。 |
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中小規模のベンチトップ機器 |
Small RNAシーケンス microRNAなどのSmall RNA種を検出してシーケンスする技術。 |
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中小規模のベンチトップ機器 |
濃縮ゲノム 特定のサンプル中の特定の遺伝的バリアントの解析に使用されます。 |
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中小規模のベンチトップ機器 |
トランスクリプトーム (バルク、シングルセル、空間) 個々の細胞または組織内、バルク、または空間分解能で見られるすべてのRNA分子を含むトランスクリプトームの完全なプロファイリング。 |
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中型ベンチトップ機器 |
免疫レパートリー (バルクセルおよびシングルセル) 自己免疫疾患やその他の疾患の影響を受けやすい個人に見られる固有の受容体バリアントを同定するために使用されます。 |
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中型ベンチトップ機器 |
主なアプリケーション
サポートされているアプリケーション
*小さなターゲットパネル< 50 genes, Large targeted panels >50遺伝子 |
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手法 | ||||
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小規模全ゲノムシーケンス (微生物、ウイルス) 細菌、ウイルス、その他の微生物の全ゲノムをシーケンスします。 |
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ターゲットDNAシーケンス ターゲット遺伝子シーケンスパネルは、与えられたサンプル中の特定の変異を解析するのに有用なツールです。 |
小さなターゲットパネルによる主なアプリケーション* |
小さなターゲットパネルによる主なアプリケーション* |
小さなターゲットパネルによる主なアプリケーション* |
小さなターゲットパネルによる主なアプリケーション* |
mRNAシーケンス poly-Aキャプチャーを用いたメッセンジャーRNA濃縮後の遺伝子発現の高感度で正確な測定。 |
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トータルRNAシーケンス コーディングRNAと複数のノンコーディングRNAを解析し、トランスクリプトームの全体像を把握することができます。 |
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16S rRNAシーケンス 複雑な微生物叢や研究が困難な環境からの細菌を同定して比較するための培養不要の手法です。 |
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エクソームシーケンス 遺伝子のコーディング領域を解析して遺伝的バリアントを同定するDNA技術です。 |
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ショットガンメタゲノミクス 数千もの生物を並行してシーケンスします。培養不可能な微生物や低存在量の微生物を同定したり、微生物の多様性を評価します。 |
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ATAC-Seq ATAC-Seq(Assay for transposase-accessible chromatin with sequencing)は、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティを決定するための一般的な方法です。 |
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メチル化シーケンス シーケンサーを用いたDNAメチル化解析により、高いカバレッジ密度と柔軟性を実現し、エピジェネティクス研究を強化します。 |
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ターゲットプロテオミクス 特定のタンパク質を分析し、生物学的システムにおけるその機能と相互作用を理解します。 |
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単一細胞シーケンス より大きな組織を構成する明確な細胞ニッチの探索。 |
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空間解析 組織切片内の転写活性の包括的なマップを取得します。 |
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リキッドバイオプシー研究 非侵襲的ながんバイオマーカーとしてセルフリー血中循環腫瘍DNAを調べます。 |
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免疫レパートリーシーケンス 免疫システムの多様性と応答性を理解するために免疫細胞受容体を解読します。 |
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大規模全ゲノムシーケンス (ヒト) ゲノム全体を広範にシーケンスし、研究で必要な遺伝情報を明らかにします。 |
この20ページ以上にわたるeBookでは、NGSの手法とアプリケーション、ワークフロー、データ解析ソリューションなどを紹介しており、NGSを始めるための手順を1つ1つ説明した包括的でわかりやすいガイドです。
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NGSの概要に関するバーチャルコースで、シーケンスのワークフロー、サンプル調製、データ解析などについて知ることができます。
全ゲノムシーケンスと全エクソームシーケンスの重要な違いと、次の発見を効率的に行うために各方法を使用するタイミングについて学びます。
リード長、カバレッジ、クオリティスコア、その他の実験的考察について学び、シーケンスランの実行計画を立てるのにお役立てください。
イルミナのベンチトップシーケンサーは、ロースループットおよびミッドスループットのアプリケーションや、大規模研究前のライブラリー品質管理(QC)のためのコスト効率の高いソリューションです。こちらで詳細をご覧ください。
このアプリケーションノートでは、16S遺伝子のV3およびV4可変領域のシーケンスにNextSeq 2000およびMiSeqシステムを使用した場合の同等の性能を示しています。
このアプリケーションノートでは、WGS用のNextSeq 1000およびNextSeq 2000システムの性能をMiSeqシステムの性能と比較します。NextSeq 1000およびNextSeq 2000システムは、小規模から中規模のゲノムのWGSを必要とする場合に最適な選択肢です。