RNA-Seqとマイクロアレイのテクノロジー比較
RNAシーケンスとマイクロアレイの比較
RNA-Seqテクノロジーは、トランスクリプトームの偏りのないビューを生成し、マイクロアレイと比較して多くのメリットを提供します
マイクロアレイと比較したRNA-Seqの利点
RNAシーケンス（RNA-Seq）テクノロジーは、あらゆる種について、トランスクリプトームの迅速なプロファイリングと深い調査を可能にします。このアプローチは、マイクロアレイ解析と比較して多くのメリットがあり、遺伝子発現研究でしばしば使われる歴史あるテクノロジーです。
- 新規転写産物の検出が可能：アレイとは異なり、RNA-Seqテクノロジーでは、生物種や転写産物に特異的なプローブを必要としません。新規転写産物、融合遺伝子、1塩基変異（SNV）、Indel（小さな挿入・欠失）、およびアレイでは検出できないその他の未知の変化を検出することができます1,2。
- より広いダイナミックレンジ：アレイハイブリダイゼーションテクノロジーでは、遺伝子発現測定は低シグナル領域でのバックグラウンドと高シグナル領域でのシグナル飽和による影響があります。RNA-Seqテクノロジーは、個別のデジタルシーケンスリードカウントを生成し、より広いダイナミックレンジで発現を定量します。（RNA-Seqでは105より少ないのに対し、アレイでは103）1,2,3
- より高い特異性と感度：マイクロアレイと比較して、RNA-Seqテクノロジーは、より高い割合の発現差のある遺伝子、特に低発現の遺伝子を検出することができます。4-6
- 希少で少量の転写産物の簡単な検出：シーケンスカバレッジの深度を簡単に増やして、希少な転写産物、細胞あたりの単一転写産物、または発現の弱い遺伝子を検出できます。
最初のRNA-Seqプロジェクトの開始方法
多くの研究者は、まずサンプルタイプ全体の遺伝子発現レベルに対する洞察が得られるRNAシーケンスでNGSを使い始めます。この動画では、RNAシーケンスワークフローの概要を説明します。
"mRNA-Seqは特異性が向上しているため、転写産物、特にアイソフォームの検出に、マイクロアレイよりも適しています。また、発現差を検出する感度が高く、ダイナミックレンジも拡大されています。"
イルミナのトータルRNA-Seqワークフロー動画
このアニメーションビデオでは、イルミナのトータルRNAシーケンスワークフローについて解説し、遺伝子発現マイクロアレイやqPCRなどの他のRNA解析法と比較した場合のRNA-Seqの利点について説明します。RNA-Seqは、これまで検出できなかった遺伝子発現の変化を可視化する強力なシーケンス手法です。その理由をご説明します。
アレイからRNA-Seqに切り替えるべきその他の理由
NGSベースのRNAシーケンスに移行するその他の利点には、生物学者向けに設計された直感的なRNA-Seqデータ解析ツールの開発や助成金の傾向などがあります。
使いやすいデータ解析ツール
NGSデータ解析では、バイオインフォマティクスに関する広範な専門知識が必要となり、生物学者によるRNAシーケンス技術の採用のハードルとなりました。最新のユーザーフレンドリーなソフトウェアツールは、解析プロセスを大幅に簡素化し、バイオインフォマティクスのバックグラウンドを持たない研究者が遺伝子発現アレイの代わりにRNA-Seqを採用するためのアクセス可能なソリューションを提供します。
RNA-Seqの助成金がアレイの助成金を上回る
NIHの助成金において、新しいRNAシーケンスと遺伝子発現マイクロアレイを含む助成金に割り当てられる割合は、ここ数年RNA-Seqテクノロジーに傾く傾向にあります。発表論文の傾向は、RNA-Seqベースの研究の迅速な採用と影響の増大を示しています。
RNAシーケンスビデオシリーズ
イルミナRNAライブラリー調製ワークフローの紹介
このビデオでは、RNAインプットの実験計画とライブラリー調製キットのオプションに関する重要な考慮事項について説明します。
Illumina RNA Prepプロトコールのベストプラクティス
当社のRNA-Seqビデオウェビナーシリーズの第2部では、イルミナRNAライブラリー調製キットのベストプラクティスについて掘り下げます。
RNA-Seq解析の概要
このビデオでは、データ解析および管理ハブであるBaseSpace Sequence Hubで利用できる使いやすいRNA-Seq解析オプションについて説明します。
補足資料
新着NGS eBook
NGSとその他の手法の比較の詳細については、NGSの導入eBookをダウンロードしてください。このeBookでは、主な違い、推奨される手法／アプリケーション、サンプルワークフローなどについて概説しています。
遺伝子発現や制御についてのバイオインフォマティクス（eBook）
このeBookでは、現代のトランスクリプトミクスとエピジェネティクス手法による、生物学と疾患の理解に影響を与えている発見に焦点を当てています。
RNA-Seqを始める
ゲノムによって生成されるRNA転写産物の完全セットまたは指定されたサブセットの特性解析であるトランスクリプトミクスは、NGSの使用へのアクセス可能なエントリーポイントです。ユースケースと確立されたワークフローにわたる汎用性があるからです。
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特定の研究分野におけるNGSについてご質問がございましたら、お気軽にお問い合わせください。専門スタッフがご質問にお答えし、お客様の環境に最適なソリューションをご提案いたします。
参考文献
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- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
- Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
- Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
- Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
- Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.