RNAシーケンスデータ解析ソフトウェア
生物学者向けに設計されたユーザーフレンドリーなRNA-Seq解析ツール
RNA-Seqデータの直感的解析
かつてはバイオインフォマティクス専門家の領域であったRNAシーケンス（RNA-Seq）データ解析は、かつてないほどアクセスしやすくなっています。イルミナは、生物学者向けに設計された直感的ユーザーインターフェースにパッケージ化されたプッシュボタン式のRNA-Seqソフトウェアソリューションを提供しています。
こうした使いやすいツールは、遺伝子発現解析からトータルRNA発現プロファイリングまで幅広い次世代シーケンサー（NGS）研究をサポートしています。
イルミナのツールによるRNA-Seqデータ解析の利点
RNA-Seqデータは、イルミナのクラウドコンピューティングプラットフォームであるIllumina Connected AnalyticsまたはBaseSpace Sequence Hubを使って迅速かつ安全に転送、保存、解析することできます。 どちらのプラットフォームも、DRAGEN二次解析へのクラウド内アクセスを提供し、RNA-Seqやその他のNGSデータの精確で超高速な解析を行うことができます。
DRAGENは、ゲノムデータの可逆圧縮を使用することで、データの完全性を保ちつつデータ保存量を5倍程度も削減します。Partek Flowソフトウェアは、RNA-Seqおよびマルチオミクスデータのユーザーフレンドリーな解析と視覚化を提供し、DRAGEN二次解析または第三者プラットフォームからの入力ファイルに対応して最大限の柔軟性を実現します。詳細はこちら：
当社のRNA-Seq解析アプリ：
- バイオインフォマティクスの経験の有無にかかわらず、研究者にアクセスできます
- 専門家が望むRNA-Seqソフトウェアツールのパッケージ。イルミナまたは成長を続ける第三者アプリプロバイダーのエコシステムによって開発または最適化されたものです
- 遺伝子発現の定量化から、新規転写の検出、コーディング領域の一塩基多型（cSNP）、融合遺伝子などにわたる共通のトランスクリプトーム研究をサポートするよう設計されています
- ヒト、マウス、ラットのRNA-Seq解析に適しています（アプリによっては、これ以外の生物種にも対応します）
- イルミナのすべてのシーケンスシステムと互換性があります
コアラボ、メッセンジャーRNA（mRNA）Seqデータの解析にBaseSpaceを使用
ブリティッシュコロンビア大学のBRC-Seqコアシーケンス施設では、データの解析・共有にBaseSpace Sequence Hubを使用しています。同大学での研究は多くの場合、トランスクリプトームに対するさまざまな実験的処理の影響を評価するために、メッセンジャーRNA（mRNA）シーケンスデータの解析が必要となります。BaseSpaceワークフローは、お客様がBRC-Seqがサンプルを追跡し、クオリティの高いシーケンスデータを得るのに役立ちます。
インタビューを読む主なRNA-Seq解析ソフトウェア
頻繁に引用されるRNA-Seqデータ解析パイプラインに基づいて、これらのソフトウェアツールとアプリケーションは、幅広いトランスクリプトームデータ解析のニーズをサポートします。
| 方法 | 主なツール |
|---|---|
| mRNAシーケンス | |
| ターゲットRNAシーケンス | |
| Small RNAシーケンス | |
| 感染症シーケンス |
BaseSpaceアプリを使ったRNA-Seqデータの解析方法
シーケンスランの選択から解析パラメーターの選択や結果解析まで、BaseSpace Sequence HubのRNAシーケンスデータ解析の典型的なワークフローを順を追ってご説明します。
差次的発現、融合遺伝子検出、バリアントコーリング、および原稿に組み込まれうるその他のレポートの説明など、ソフトウェアが生成する解釈しやすい表やグラフの例をご覧ください。
テクニカルノートを確認する
RNA-Seqデータの解釈
データ解析後、機能アノテーションのために結果をCorrelation Engineに簡単に送信して、遺伝子発現変化の生物学的影響を理解することが可能です。このオミクス研究データベースと一連のツールには、生物学的解釈に役立つ数千もの公開研究からのデータセットが含まれています。 この情報はキュレーションされ、正規化されるため、研究者が組織、疾患、化合物、および/または遺伝子の摂動によって関連性を定義するのに役立つデータをさらに活用できます。
Correlation Engineの一般的なアプリケーションには、RNA-Seq 実験からの差分遺伝子発現データを疾患との関連性と関連付けることや、相関遺伝子とmicroRNAターゲットを視覚化することなどがあります。
Correlation Engineの詳細生物学的背景の提供
Correlation Engineがどのようにしてピッツバーグ大学の研究者たちに遺伝子の発現上昇と抑制、遺伝子機能、薬剤活性、その他のメカニズムの理解を支援し、研究成果を論文や助成金申請の文脈に沿って解釈するのに役立つかご覧ください。
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サンプルデータセットを表示
BaseSpace Sequence Hubにおいてさまざまな手法でサンプルデータセットを見たり、BaseSpaceアプリをテストして結果をインタラクティブに評価します。
BaseSpace Sequence Hubへのアクセスや特定のデータセットを閲覧するには、お客様によるログインが必要となることにご注意ください。
マルチオミクスプロファイリング
RNA-Seqデータを、エピジェネティックスやプロテオミクスなどのその他の手段からのデータと組み合わせて、遺伝子発現、遺伝子制御およびタンパク質レベルを測定することができます。
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