RNA-Seqデータの直感的解析
かつてはバイオインフォマティクス専門家の領域であったRNAシーケンス（RNA-Seq）データ解析は、かつてないほどアクセスしやすくなっています。イルミナは、生物学者向けに設計された直感的ユーザーインターフェースにパッケージ化されたプッシュボタン式のRNA-Seqソフトウェアソリューションを提供しています。
こうした使いやすいツールは、遺伝子発現解析からトータルRNA発現プロファイリングまで幅広い次世代シーケンサー（NGS）研究をサポートしています。
イルミナのツールによるRNA-Seqデータ解析の利点
イルミナのマルチオミクス用のクラウドコンピューティングプラットフォームであるIllumina Connected AnalyticsまたはBaseSpace Sequence Hubでは、RNA-Seqデータを迅速かつ安全に送信、保存、解析できます。どちらのプラットフォームも、RNA-Seqデータや他のNGSデータの正確かつ超迅速な二次解析用のDRAGEN Bio-IT Platformへのクラウド内アクセスを提供します。
DRAGENは、ゲノムデータの可逆圧縮を使用することで、データの完全性を保ちつつデータ保存量を5倍程度も削減します。詳細：
当社のRNA-Seq解析アプリ：
- バイオインフォマティクスの経験の有無にかかわらず、研究者にアクセスできます
- 専門家が望むRNA-Seqソフトウェアツールのパッケージ。イルミナまたは成長を続ける第三者アプリプロバイダーのエコシステムによって開発または最適化されたものです
- 遺伝子発現の定量化から、新規転写の検出、コーディング領域の一塩基多型（cSNP）、融合遺伝子などにわたる共通のトランスクリプトーム研究をサポートするよう設計されています
- ヒト、マウス、ラットのRNA-Seq解析に適しています（アプリによっては、これ以外の生物種にも対応します）
- イルミナのすべてのシーケンスシステムと互換性があります
コアラボ、メッセンジャーRNA（mRNA）Seqデータの解析にBaseSpaceを使用
ブリティッシュコロンビア大学のBRC-Seqコアシーケンス施設では、データの解析・共有にBaseSpace Sequence Hubを使用しています。同大学での研究は多くの場合、トランスクリプトームに対するさまざまな実験的処理の影響を評価するために、メッセンジャーRNA（mRNA）シーケンスデータの解析が必要となります。BaseSpaceワークフローは、お客様がBRC-Seqがサンプルを追跡し、クオリティの高いシーケンスデータを得るのに役立ちます。
インタビューを読む注目のRNA-Seq解析アプリ
よく引き合いに出されるRNA-Seq解析のパイプラインに基づき、これらのアプリは幅広いトランスクリプトームデータ解析のニーズをサポートします。
| 手法 | 注目のアプリ |
|---|---|
| mRNAシーケンス | |
| ターゲットRNAシーケンス | BaseSpace RNA Ampliconアプリ |
| 小分子RNAシーケンス | BaseSpace Small RNAアプリ |
| 感染症シーケンス |
BaseSpaceアプリを使ったRNA-Seqデータの解析方法
シーケンスランの選択から解析パラメータの選択や結果解析まで、BaseSpace Sequence HubのRNAシーケンスデータ解析の典型的なワークフローを順を追ってご説明します。
差次的発現、融合遺伝子検出、バリアントコーリング、および原稿に組み込まれうるその他のレポートの説明など、ソフトウェアが生成する解釈しやすい表やグラフの例をご覧ください。
テクニカルノートを読む
RNA-Seqデータの解釈
データ解析後、機能アノテーションのために結果をBaseSpace Correlation Engineに簡単に送信して、遺伝子発現変化の生物学的影響を理解することが可能です。BaseSpace Correlation Engineには、生物学の解釈に情報を提供する数千件もの公共研究からのデータセットが含まれます。RNA-Seq実験からの差次的遺伝子発現データと疾患関連性とを紐づけ、あるいは相関する遺伝子やmicroRNAターゲットを視覚化します。
BaseSpace Correlation Engineを調べるゲノムデータマイニングの簡素化
BaseSpace Correlation Engineがゲノムデータの解釈をどのように促進するかについての詳細はこちら。査読付き論文でこのツールを引用した著名な大学や製薬会社の例をご覧ください。
ブログ記事を読む
サンプルデータセットを見る
BaseSpace Sequence Hubにおいてさまざまな手法でサンプルデータセットを見たり、BaseSpaceアプリをテストして結果をインタラクティブに評価します。
BaseSpace Sequence Hubへのアクセスや特定のデータセットを閲覧するには、お客様によるログインが必要となることにご注意ください。
マルチオミクスプロファイリング
RNA-Seqデータを、エピジェネティックスやプロテオミクスなどのその他の手段からのデータと組み合わせて、遺伝子発現、遺伝子制御およびタンパク質レベルを測定することができます。
詳細はこちらゲノム解析技術に関する最新のニュース、事例研究、情報を提供します。ぜひご登録ください。
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