コロナウイルスのソフトウェア

堅牢で効率的なコロナウイルスソフトウェアスイート

堅牢で効率的なコロナウイルスソフトウェアツール

イルミナは、重症急性呼吸器症候群コロナウイルスの感染拡大に伴う研究者間のゲノムデータの解析と共有を支援するため、突然変異の特定、新規系統の特性評価、ウイルスとそれに関連する宿主応答の研究に役立つ一連のツールをリリースしてきました。

研究者はこれらのツールを使用することにより、変異の検出、サンプル中のSARS-CoV-2ウイルス配列の同定、宿主の免疫反応の調査、その結果の重要な公共データベースへのアップロードを容易かつ柔軟に行うことができます。

当社のソフトウェアツールがどのように役立つかをご覧ください。

ウイルスの検出と同定

臨床への応用

宿主応答の研究

ワークフロー管理

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキット
新しい病原体の検出 DRAGEN Metagenomocs DRAGEN Metagenomocsアプリ    
検出とサーベイランス DRAGEN Metagenomocs DRAGEN RNA病原体検出アプリ DRAGEN Metagenomocs DRAGEN COVID Lineageアプリ
共有と連携 DRAGEN Metagenomocs SRA Importアプリ DRAGEN Metagenomocs GISAID Submissionアプリ
イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットはBaseSpace Sequence Hubで入手できます。

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットについて

SARS-CoV-2の検出とサーベイランスのためのコロナウイルスソフトウェア解析ソリューションスイートは、アマゾンウェブサービス(AWS)で稼働するBaseSpace Sequence Hub上で無料にてご使用いただけます。このツールキットは、イルミナDRAGEN Bio-ITプラットフォーム上に構築された複数のツールと、BaseSpace Sequence Hub上のデータ送信アプリで構成され、研究者は研究成果を公共のデータベースにシームレスに提出することができます。

DRAGEN Metagenomics Pipeline

DRAGENコロナウイルスソフトウェアツール

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットは、DRAGENの速度と正確性を利用して感染症のサーベイランスと感染拡大対応を加速します。このツールキットには、新規感染症病原体を同定するためのDRAGEN Metagenomics Pipeline、ウイルス病原体を検出するためのDRAGEN RNA病原体パイプライン、疫学上の目的でSARS-CoV-2変異を検出するためのDRAGEN Lineageアプリが含まれています。DRAGENコロナウイルスツールにはBaseSpace Sequence Hubからアクセスできます。DRAGENプラットフォームによるコロナウイルスの検出とサーベイランスに関するより詳しい情報は、このソフトウェアのブログ記事で見ることができます。

ウイルス病原体の検出とサーベイランスのためのDRAGEN RNA Pathogen Detectionパイプライン

DRAGEN RNA Pipelineの更新版が入手可能になりました。更新版を使用するとウイルス病原体をより迅速に検出できます。このパイプラインは、アプリケーションに関係なく、どのDRAGEN RNA-Seq Pipelineを実行中であってもSARS-CoV-2の検出に役立ちます。このパイプラインには次の機能が含まれています。

  • カバレッジとk-merベースのアプローチの両方を活用してウイルス病原体を検出する包括的な検出機能
  • イルミナ呼吸器ウイルスターゲットエンリッチメントワークフローとの互換性
  • ヒトゲノムリファレンス(hg38)と選別されたウイルスリファレンスシーケンスとの組み合わせを用いたヒトおよびウイルスリファレンス
  • GISAIDなどのパブリックデータベースにアップロードするためのFASTAによる統合的なデータ生成

DRAGEN RNA病原体検出パイプラインへのアクセス

新たな病原体の検出と特性評価のためのDRAGEN Metagenomics Pipeline

この新しいパイプラインは、ショットガンメタゲノミクスのサンプルにおける種レベルの検出を迅速かつ簡素に行うのに役立ちます。このパイプラインはメタゲノミクス分類ワークフローであり、SARS-CoV-2シーケンスを高い感度と特異性で検出して定量化するとともに、他の一般的なウイルスおよび微生物病原体のリードを提供することができます。

このパイプラインは、コロナウイルスに固有のリードを含む最新のデータベースを活用して、クローナプロット、生物検出、品質管理(QC)レポートなど、幅広いアウトプットを提供します。一度に複数のサンプルを解析できるBaseSpaceアプリを使用すると、研究者はクラスターを見ることができます。

DRAGEN Metagenomics Pipelineへのアクセス

このパイプラインによって生成されたサンプルデータをご覧ください:

クローナ分類チャート
生物検出チャート
DRAGEN COVID Lineageアプリ

このアプリは、SARS-CoV-2リファレンスゲノムに対するリードをアライメントし、ターゲット領域のカバレッジを報告します。アプリが実行する機能は以下の通りです:

  • K-merベースの検出
  • マップ/アライメント、バリアントコール
  • コンセンサスシーケンス生成
  • PangolinとNextCladeを用いた系統/クレード解析
 

 

堅牢で効率的なコロナウイルスソフトウェアスイート

臨床応用のためのコロナウイルスソフトウェア

症状のある患者が新型コロナウイルスに感染しているかどうかを診断するためSARS-CoV-2検出の臨床レポートを作成したいユーザーは、DRAGEN COVIDSeq Test PipelineをイルミナCOVIDSeq Testと組み合わせて使用することができます。

ショットガンメタゲノミクスの臨床レポートを作成したいユーザーには、弊社のシーケンサーが生成したデータを実用的な洞察に変換するシンプルで強力なバイオインフォマティクスソフトウェアがIDbyDNAによって提供されます。IDbyDNAの定評ある自動Explifyプラットフォーム解析は、SARS-CoV-2のゲノム特性評価を含む35種類の呼吸器ウイルスの検出に対応しています。詳細については、IDbyDNAクライアントサービス(833-397-5439またはclientservices@idbydna.com)にお問い合わせください。

 

BaseSpace Clarity LIMSによる包括的なワークフロー管理とサンプル追跡

宿主応答研究のためのCorrelation Engine

イルミナは、宿主の応答を制御する重要な要因をより深く理解し、潜在的な治療法のバイオマーカーの特定を容易にするため、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)研究コミュニティに協働的な研究環境を提供しています。

BaseSpace Correlation Engineがお客様の研究をどのように前進させるか:

  • 世界的な研究の流れの中に位置づける:相関検索エンジンには数千件のゲノム研究が格納されており、研究者はこのエンジンを使用して自分のデータを世界のゲノム知識ベースと統合し、データ主導の答えを導き出すことができます。
  • 研究を加速する:相関検索エンジンを使って数千件の研究を瞬時に照会し、データ主導の照会をリアルタイムで行うことで仮説が検証されるため、発見までの時間が短縮されます。
  • 最新の状態に維持する:イルミナは、厳選されたCOVID-19データによって相関検索エンジンを最新の状態に維持する専任チームを擁し、研究コミュニティのメンバーが調査結果をCOVID-19研究の進歩に役立てることを歓迎しています。
  • 統合:Correlation Engineは当社のトランスクリプトーム製品のすべてのスタックを統合した拡張機能であり、研究者がサンプルから答えをシームレスに導き出すのに役立ちます。
  • コラボレーション:当社はCOVID-19との戦いに全社一丸となって参加しています。Correlation Engineは、研究者が自分のデータを研究コミュニティに提供して共有し、COVID-19宿主応答に関する私たちの理解を深めることを可能にします。

Correlation Engineの詳細を学ぶ
無料お試し版の使用を開始する

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットについて

研究者は、Clarity LIMSを使用してサンプルを処理できます。シーケンスが完了すると、研究者は新しいツールキットを使ってデータをBaseSpace Sequence Hubに自動的に流し込むことができます。


SARS-CoV-2検出のためのエンドツーエンドソリューションを支える

イルミナは、包括的で統合されたワークフローにより、NGSを使用したSARS-CoV-2の検出と同定をより容易なものにしています。

研究者は、イルミナ呼吸器ウイルスのターゲットエンリッチメントワークフローと互換性のあるこの新しいツールキットを使用することにより、当社のシーケンサーの全ポートフォリオからBaseSpace Sequence Hubにデータを直接かつ安全に流し込み、DRAGEN RNA病原体検出アプリを使用して迅速かつ包括的に解析することができます。解析が完了すると、研究者はBaseSpace Sequence HubからGlobal Initiative on Sharing All Influenza Data(GISAID)にデータを直接提出することができます。

ラボの効率を高めたい研究者は、Clarity LIMSを使用してCOVID-19サンプルを追跡およびモニタリングする包括的なエンドツーエンドソリューションをご使用いただけます。

 

BaseSpace Clarity LIMSによる包括的なワークフロー管理とサンプル追跡

Clarity LIMS呼吸器系ウイルスパネルワークフロー

包括的なワークフロー管理とサンプル追跡

BaseSpace Clarity LIMSでは以下の2つの新しいワークフローをご利用いただけます:

  1. 米国疾病予防管理センター(CDC)の勧告に基づくCDC COVID-19 RT-PCRワークフロー
  2. Nextera Flex for Enrichmentライブラリー調製キットを使用した呼吸器ウイルスパネルワークフロー

これらの新しいワークフローは、サンプルが解析に使用できることを確認するのに役立ちます。これによりラボは、サンプルのアクセッションとライブラリの準備からシーケンス実行に関するQCの実施に至るまで、コロナウイルスサンプルの処理をすぐに開始できます。

Clarity LIMS COVID-19ツールの詳細については、このソフトウェアのブログ記事をご参照ください。

BaseSpace Clarity LIMSにアクセスする
コロナウイルスシーケンスソリューション

NGS法の詳細を学び、SARS-CoV-2および/またはその他の呼吸器病原の検出と特性評価、感染経路の追跡、同時感染の研究、ウイルスの進化の調査に役立つソリューションを見つけてください。

詳細はこちら
簡単で安全な共有、コラボレーション、公開データベースへの提出

簡単で安全な共有、コラボレーション、公開データベースへの提出

BaseSpace Sequence Hubは、研究グループ間の安全で監査制御されたコラボレーションを促すように設計されています。ワークグループなどのデータ管理および共有機能を使用すると、ファイルのダウンロードを要求されることなく、プロジェクトとシーケンス実行を協働相手と安全に共有できます。

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットには、コラボレーションのためのBaseSpace Sequence Hubアプリがいくつか組み込まれています。GISAID提出アプリは、複数のVCFまたはFASTAファイルと、同じサンプルのメタデータCSVを読み込むことができます。アプリは、GISAIDにデータを送信してさらなる品質保証(QA)と処理を行う前にデータを検証します。

BaseSpaceのセキュリティおよびプライバシーに関する情報をダウンロードする

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットへのアクセス方法

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットはBaseSpace Sequence Hubで入手できます。更新されたDRAGEN COVID-19ツールはDRAGENサーバーでも利用でき、さらに開発者がDRAGEN APIを介して利用できるようになります*。

イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットはBaseSpace Sequence Hubで入手できます

研究者は、イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットをBaseSpace Sequence Hubで今すぐ無料にて使用を開始いただけます。研究者は、自分の機器からBaseSpaceの安全なクラウド環境に直接データを流し込み、ツールキット全体のプッシュボタンを使って処理することができます。

BaseSpace Sequence Hubの詳細

主な製品

BaseSpace Sequence HubとiCredits

アマゾンウェブサービスが提供するBaseSpace Sequence Hubを使用すると、厳選された一連の解析アプリを使用してデータを簡単に管理および解析できます。iCreditsは、イルミナのゲノムデータのストレージと解析オプションを購入するために使用される通貨です。

DRAGEN Bio-ITプラットフォーム

イルミナDRAGEN Bio-ITプラットフォームは、シーケンスデータの正確な超高速二次ゲノム解析を実行します。

NextSeq 2000システムと試薬

NextSeq 2000システムは、新たに登場した中間的なスループットシーケンスアプリケーションだけでなく、エクソームシーケンス、ターゲットエンリッチメント、シングルセルプロファイリング、トランスクリプトームシーケンスなどの幅広い方法に対応しています。

To request access to the DRAGEN API, please complete the form below.
COVID-19宿主リスクと反応

宿主の遺伝的差異とSARS-CoV-2ウイルスに対する個別の反応を理解すると、病気のかかりやすさと重症度への理解が深まります。宿主リスクおよび免疫応答研究の方法に関する詳細をお読みください。

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イルミナコミュニティ

追加のコロナウイルスソフトウェアツール

ターゲットエンリッチメントパイプライン

DRAGEN Enrichment PipelineはSARS-CoV-2の検出と同定にもご利用いただけます。このパイプラインは、BaseSpace Sequence Hubで低いサンプル当たりコストでご利用いただけ、DRAGENサーバーからアクセスできます。

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