新しい病原体の検出 | DRAGEN Metagenomocsアプリ | |||
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検出とサーベイランス | DRAGEN RNA Pathogen Detectionアプリ | DRAGEN COVID Lineageアプリ | ||
共有と連携 | SRA Importアプリ | GISAID Submissionアプリ | ||
イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットはBaseSpace Sequence Hubで入手できます。 |
SARS-CoV-2の検出とサーベイランスのためのコロナウイルスソフトウェア解析ソリューションスイートは、アマゾンウェブサービス(AWS)で稼働するBaseSpace Sequence Hub上で無料にてご使用いただけます。このツールキットは、Illumina DRAGEN Bio-IT Platform上に構築された複数のツールと、BaseSpace Sequence Hub上のデータ送信アプリで構成され、研究者は研究成果を公共のデータベースにシームレスに提出することができます。
イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットは、DRAGENの速度と正確性を利用して感染症のサーベイランスと感染拡大対応を加速します。このツールキットには、新規感染症病原体を同定するためのDRAGEN Metagenomics Pipeline、ウイルス病原体を検出するためのDRAGEN RNA病原体パイプライン、疫学上の目的でSARS-CoV-2変異を検出するためのDRAGEN Lineageアプリが含まれています。DRAGENコロナウイルスツールにはBaseSpace Sequence Hubからアクセスできます。DRAGEN Platformによるコロナウイルスの検出とサーベイランスに関するより詳しい情報は、このソフトウェアのブログ記事で見ることができます。
DRAGEN RNA Pipelineの更新版が入手可能になりました。更新版を使用するとウイルス病原体をより迅速に検出できます。このパイプラインは、アプリケーションに関係なく、どのDRAGEN RNA-Seq Pipelineを実行中であってもSARS-CoV-2の検出に役立ちます。このパイプラインには次の機能が含まれています。
この新しいパイプラインは、ショットガンメタゲノミクスのサンプルにおける種レベルの検出を迅速かつ簡素に行うのに役立ちます。このパイプラインはメタゲノミクス分類ワークフローであり、SARS-CoV-2シーケンスを高い感度と特異性で検出して定量化するとともに、他の一般的なウイルスおよび微生物病原体のリードを提供することができます。
このパイプラインは、コロナウイルスに固有のリードを含む最新のデータベースを活用して、クローナプロット、生物検出、品質管理(QC)レポートなど、幅広いアウトプットを提供します。一度に複数のサンプルを解析できるBaseSpaceアプリを使用すると、研究者はクラスターを見ることができます。
DRAGEN Metagenomics Pipelineへのアクセス
このパイプラインによって生成されたサンプルデータをご覧ください:
クローナ分類チャートこのアプリは、SARS-CoV-2リファレンスゲノムに対するリードをアライメントし、ターゲット領域のカバレッジを報告します。アプリが実行する機能は以下の通りです:
症状のある患者が新型コロナウイルスに感染しているかどうかを診断するためSARS-CoV-2検出の臨床レポートを作成したいユーザーは、DRAGEN COVIDSeq Test PipelineをIllumina COVIDSeq テストと組み合わせて使用することができます。
ショットガンメタゲノミクスの臨床レポートを作成したいユーザーには、弊社のシーケンサーが生成したデータを実用的な洞察に変換するシンプルで強力なバイオインフォマティクスソフトウェアがIDbyDNAによって提供されます。IDbyDNAの定評ある自動Explifyプラットフォーム解析は、SARS-CoV-2のゲノム特性評価を含む35種類の呼吸器ウイルスの検出に対応しています。詳細については、IDbyDNAクライアントサービス(833-397-5439またはclientservices@idbydna.com)にお問い合わせください。
イルミナは、宿主の応答を制御する重要な要因をより深く理解し、潜在的な治療法のバイオマーカーの特定を容易にするため、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)研究コミュニティに協働的な研究環境を提供しています。
BaseSpace Correlation Engineがお客様の研究をどのように前進させるか:
研究者は、Clarity LIMSを使用してサンプルを処理できます。シーケンスが完了すると、研究者は新しいツールキットを使ってデータをBaseSpace Sequence Hubに自動的に流し込むことができます。
イルミナは、包括的で統合されたワークフローにより、NGSを使用したSARS-CoV-2の検出と同定をより容易なものにしています。
研究者は、イルミナ呼吸器ウイルスのターゲットエンリッチメントワークフローと互換性のあるこの新しいツールキットを使用することにより、当社のシーケンサーの全ポートフォリオからBaseSpace Sequence Hubにデータを直接かつ安全に流し込み、DRAGEN RNA Pathogen Detectionアプリを使用して迅速かつ包括的に解析することができます。解析が完了すると、研究者はBaseSpace Sequence HubからGlobal Initiative on Sharing All Influenza Data(GISAID)にデータを直接提出することができます。
ラボの効率を高めたい研究者は、Clarity LIMSを使用してCOVID-19サンプルを追跡およびモニタリングする包括的なエンドツーエンドソリューションをご使用いただけます。
Clarity LIMS呼吸器系ウイルスパネルワークフロー
BaseSpace Clarity LIMSでは以下の2つの新しいワークフローをご利用いただけます:
これらの新しいワークフローは、サンプルが解析に使用できることを確認するのに役立ちます。これによりラボは、サンプルのアクセッションとライブラリの準備からシーケンス実行に関するQCの実施に至るまで、コロナウイルスサンプルの処理をすぐに開始できます。
Clarity LIMS COVID-19ツールの詳細については、このソフトウェアのブログ記事をご参照ください。
BaseSpace Clarity LIMSにアクセスするNGS法の詳細を学び、SARS-CoV-2および/またはその他の呼吸器病原の検出と特性評価、感染経路の追跡、同時感染の研究、ウイルスの進化の調査に役立つソリューションを見つけてください。
詳細はこちらBaseSpace Sequence Hubは、研究グループ間の安全で監査制御されたコラボレーションを促すように設計されています。ワークグループなどのデータ管理および共有機能を使用すると、ファイルのダウンロードを要求されることなく、プロジェクトとシーケンス実行を協働相手と安全に共有できます。
イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットには、コラボレーションのためのBaseSpace Sequence Hubアプリがいくつか組み込まれています。GISAID Submissionアプリは、複数のVCFまたはFASTAファイルと、同じサンプルのメタデータCSVを読み込むことができます。アプリは、GISAIDにデータを送信してさらなる品質保証(QA)と処理を行う前にデータを検証します。
BaseSpaceのセキュリティおよびプライバシーに関する情報をダウンロードするイルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットはBaseSpace Sequence Hubで入手できます。更新されたDRAGEN COVID-19ツールはDRAGENサーバーでも利用でき、さらに開発者がDRAGEN APIを介して利用できるようになります*。
研究者は、イルミナSARS-CoV-2 NGSデータツールキットをBaseSpace Sequence Hubで今すぐ無料にて使用を開始いただけます。研究者は、自分の機器からBaseSpaceの安全なクラウド環境に直接データを流し込み、ツールキット全体のプッシュボタンを使って処理することができます。
BaseSpace Sequence Hubの詳細アマゾンウェブサービスが提供するBaseSpace Sequence Hubを使用すると、厳選された一連の解析アプリを使用してデータを簡単に管理および解析できます。iCreditsは、イルミナのゲノムデータのストレージと解析オプションを購入するために使用される通貨です。
Illumina DRAGEN Bio-IT Platformは、シーケンスデータの正確な超高速二次ゲノム解析を実行します。
NextSeq 2000システムは、新たに登場した中間的なスループットシーケンスアプリケーションだけでなく、エクソームシーケンス、ターゲットエンリッチメント、シングルセルプロファイリング、トランスクリプトームシーケンスなどの幅広い方法に対応しています。
宿主の遺伝的差異とSARS-CoV-2ウイルスに対する個別の反応を理解すると、病気のかかりやすさと重症度への理解が深まります。宿主リスクおよび免疫応答研究の方法に関する詳細をお読みください。
詳細はこちらDRAGEN Enrichment PipelineはSARS-CoV-2の検出と同定にもご利用いただけます。このパイプラインは、BaseSpace Sequence Hubで低いサンプル当たりコストでご利用いただけ、DRAGENサーバーからアクセスできます。
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