オーストラリアが初の国立COVID-19追跡システムを構築

画期的な取り組みの下、オーストラリアの公衆衛生研究所は、オーストラリアのCOVID-19陽性検査のすべてのウイルスゲノムをシーケンスし、州ごとではなく、全国から集まるゲノム情報を活用してCOVID-19を追跡することを目指しています。

COVID-19パンデミックが始まって以来、イルミナの次世代ゲノムシーケンス技術（NGS）は、治療法やワクチン開発、診断、スクリーニング、サーベイランスなどの研究支援に活用されてきました。現在、イルミナはCommunicable Disease Genomics Network（CDGN）と共同で、NGSを使用してオーストラリアにおけるCOVID-19の追跡を行っており、これによりリアルタイムのデータ共有と統合が可能となり、ウイルスの伝播と広がりをよりよく理解することができるようになっています。

UNSW Conjoint教授の上級医学ウイルス学者であるビル・ローリンソンは、この研究プロジェクトは、オーストラリアにおけるCOVID-19ゲノミクスの全国的な実施の緊急の必要性に対応するものであると述べています。

「この研究は、次世代シークエンシング技術の精度のおかげで、COVID-19の行動、広がり、進化についての理解を深めることができるでしょう。このプロジェクトにより、COVID-19パンデミックだけでなく、将来の対応にこの技術を利用することの影響を測定することが可能になります」とローリンソン教授は述べています。

ニューサウスウェールズ大学（UNSW）シドニー校を通じた330万豪ドルの医療研究未来基金（MRFF）の助成金をもとに、200万豪ドル以上のイルミナのゲノムシーケンスシステムと関連消耗品がプロジェクトに使用されます。これらのシステムは来週、ドハーティ研究所、ウェストミード病院、プリンスオブウェールズ病院内のUNSW、およびクイーンズランド保健法医学・科学サービスに納入される予定で、ニューサウスウェールズ州、ビクトリア州、クイーンズランド州の4つの主要な公衆衛生研究所の能力を拡大し、COVID-19サンプルを含む病原体のシーケンスを行うことになります。

「これは、COVID-19パンデミックの理解と制御に役立つ、ゲノミクスサーベイランスのユニークな価値を示す世界的な先進事例であり、イルミナはこの取り組みの重要なパートナーとなることに興奮しています」と、イルミナの最高医療責任者であるフィル・フェボ博士は述べています。「このプログラムでは、バイオインフォマティクスを活用した重要な病原体データの共有が可能となり、ウイルスやその他の病原体の配列決定が今回のパンデミックに限らず、学術研究と公衆衛生システムの両方で今後も拡大していくこととなります」と述べています。

このプロジェクトのその他の利点としては、オーストラリアの集団におけるCOVID-19の変異を特定して治療法やワクチンの設計に役立てることができること、持続感染と再感染や不活性感染を正確に特定できることなどが挙げられます。これは医療従事者にとって特に重要であり、現場の労働者や脆弱性のある患者の保護に役立てることができます。

"CDGNは、このプロジェクトの迅速な実施を促進し、ゲノミクス解析における全国的なアクセスと一貫性を確保する全国的に統合された病原体ゲノミクスイニシアチブの確立に取り組んできました。"と、CDGNの共同議長であり、ドハーティ研究所の微生物診断ユニット公衆衛生研究所の所長であるメルボルン大学のベン・ハウデン教授は述べています。"COVID-19の原因となるウイルスの全国的な伝播に関する情報は、オーストラリアにおける将来の公衆衛生対応を知らせる上で重要なものとなるでしょう"

世界中のパンデミックの最前線で、イルミナのNGS技術は活躍しており、COVID-19や将来の病原体に対する公衆衛生の接触者追跡やパンデミック対策に革命を起こす可能性を秘めた大規模シークエンシングに活用されています。英国ケンブリッジのイルミナの研究室はジェノミクス・イングランドと協力して、35,000人ものCOVID-19患者のゲノムをシーケンスし、ニューデリーのジェノミクス統合生物学研究所はイルミナのCOVIDSeqアッセイを検証し、上海公衆衛生臨床センターとイルミナは最近、中国の上海にSPHCC-イルミナ微生物シーケンス研究・応用実証センターを開設しました。また、イルミナは、検査の規模拡大を支援するために、米国国立衛生研究所のRADxSM（Rapid Acceleration of Diagnostics）イニシアチブに参加し、独自のCOVID検査サービスを開始する予定です。

「フェボ博士は、「COVID-19の発生は、国際社会が将来の疾病発生の早期発見と対応のために、国内および国際的なプログラムを強化しなければならないことを想起させる重大な出来事です」と述べています。

病原体ゲノミクスは、COVID-19の行動、広がり、進化に関する迅速な洞察を含め、ともすれば見過ごされていた情報を明らかにすることを可能にします。オーストラリアの全国的なCOVID-19追跡システムは、コミュニティでの感染を減らす努力の一環として、新たに発生したアウトブレイクや感染イベントの特定を含め、アウトブレイクの調査に迅速に応用されるでしょう。