高感度で包括的な呼吸器病原体の同定と抗菌剤耐性に関する洞察を提供するライブラリー調製および濃縮キット。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel（RPIP）キットは、次世代シーケンサー（NGS）をベースとした呼吸器病原体パネルおよびライブラリー調製と濃縮キットで、1回のアッセイで280種類を超える呼吸器病原体と2000種類を超える抗菌剤耐性（AMR）マーカーをターゲットとし、病原体の同定と関連するAMR情報の両方を提供します。
イルミナのシーケンスシステムとExplify RPIP Data Analysisアプリを併用することで、柔軟でスケーラブルなサンプルから結果までのワークフローを実現し、臨床研究環境において気道感染症に関連する病原体を同定するための迅速で費用対効果の高いソリューションを提供します。
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| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間<9時間 |
|---|---|
| Automation capability | Liquid handling robots |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る |
| コンテンツ仕様 | 呼吸器病原体のDNAとRNAを同時に検出し、抗菌薬耐性（AMR）遺伝子発現を同時にプロファイリングします。 |
| 説明 | 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。 |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 |
| インプット量 | 容量に基づく（濃度に依存しない） |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeqシステム |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| Nucleic acid type | DNA, RNA |
| Species category | Fungal, Virus, Bacteria |
| 生物種詳細 | 呼吸器病原体（180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス）および抗菌薬耐性アリル（1200以上）を検出します。 |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kitに加えて、文書セクションのユーザーガイドに記載されているシーケンス装置、互換性のあるシーケンス試薬、および追加の製品が必要です。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
| 装置 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| MiniSeq System | MiniSeq Rapid Kit: 20 samples per run based on 1M single reads per sample. MiniSeq High-Output Kit: 25 samples per run based on 1M single reads per sample. |
ラピッドキット：1 × 100 bp 高出力キット：1 × 75 bp |
| MiSeq System | MiSeq v3 Kit: 25 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. MiSeq v2 Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. |
MiSeq v3キット：2 × 75 bp MiSeq v2キット：2 × 150 bp |
| NextSeq 550 System | NextSeq 550 High-Output Kit: 384 (available indexes) samples per run based on 2M paired-end reads per sample. NextSeq 550 Mid-Output Kit: 130 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. |
NextSeq 550高出力キット：2 × 75 bp NextSeq 550高出力キット：2 × 150 bp NextSeq 550中間出力キット：2 × 75 bp NextSeq 550中間出力キット：2 × 150 bp |
NGSは、新型コロナウイルスのバリアントの同定、COVID-19伝播トラッキングなどを可能にします。コロナウイルスシーケンスの様々な目的に応じたNGS法を比較してください。
NGSは、コロナウイルスやその他の新たな感染症病原体の新規株を特定することにより、効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。
コロナウイルスの検出と同定を加速し、宿主応答研究を実施し、サンプル追跡を簡素化し、研究成果を公開データベースに提供するソフトウェアを無料にてご利用いただけます。
| Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間<9時間 | ライブラリー調製時間9時間未満 | |||
| Automation capability | Liquid handling robots | Liquid handling robots | |||
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る | |||
| コンテンツ仕様 | 呼吸器病原体のDNAとRNAを同時に検出し、抗菌薬耐性（AMR）遺伝子発現を同時にプロファイリングします。 | SARS-CoV-2、インフルエンザA型およびB型ウイルス、アデノウイルス、ライノウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを含む、約40の一般的な呼吸器系ウイルスをターゲットとし、特性を明らかにします。 | |||
| 説明 | 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。 | SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 | |||
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 | ライブラリー調製時間<2時間 | |||
| インプット量 | 容量に基づく（濃度に依存しない） | 10～100 ng | |||
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeqシステム | |||
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | |||
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment | Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment | |||
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | |||
| Nucleic acid type | DNA, RNA | DNA, RNA | |||
| Species category | Fungal, Virus, Bacteria | ヒト, Virus | |||
| 生物種詳細 | 呼吸器病原体（180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス）および抗菌薬耐性アリル（1200以上）を検出します。 | 最近のインフルエンザウイルス株やSARS-CoV-2を含む一般的な呼吸器系ウイルスを検出します。このパネルには、品質機能としてヒトターゲットへのプローブが含まれているため、アッセイに使用したすべてのサンプルでヒトターゲットを検出できます。 | |||
| テクノロジー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー |
ターゲットエンリッチメントプローブとRespiratory Pathogen ID/AMR Panel Kitワークフローは、プローブで完全にタイル化されたパネル内の2つのウイルスを均一にカバーします。
Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kitを用いて、A. fumigatusを除く100ゲノムコピーまでの病原体を検出しました。インフルエンザAの検出は感度が高く、10のゲノムコピーに対して検出されました。
Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kitは、スパイクインコントロールを使用した病原体レベルの定量と、その後のExplify RPIP Data Analysis Appを使用した解析を可能にします。この図は、qPCRとNGSによって測定された臨床研究サンプルにおけるSARS-CoV-2ウイルス量の比較を示しています。この2つの手法は、Spearman r = 0.87の有意な相関を示しています。重要なのは、このNGSアプローチではqPCRのような検量線の生成が不要である点です。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20047050
96サンプルからライブラリーを調製し、その後32回の3プレックス濃縮反応を行う、イルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、イルミナDNA/RNA UDインデックスセットAのIDT、呼吸器病原体ID/AMRパネルなど、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20046969
96サンプルからライブラリーを調製し、その後32の3プレックス濃縮反応を行うため、イルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set B用IDT、呼吸器病原体ID/AMRパネルなど、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047051
96サンプルからライブラリーを調製し、その後32の3プレックス濃縮反応を行う、イルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set C、呼吸器病原体ID/AMRパネルなど、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047052
96サンプルからライブラリーを調製し、その後32の3プレックス濃縮反応を行うため、イルミナRNA Prep with Enrichmentキット試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set D、呼吸器病原体ID/AMRパネルなど、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
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製品名
数量
Unit Price
製品名
カタログ番号
量
単価
結果は、サンプル中に存在する可能性があることを示す最低限の裏付けがある、対象となる呼吸器系病原体をリストアップします。この決定は、生成された病原体のシーケンスデータに基づいており、サポートするリード数と機械学習に基づいて解釈されます。
AMR遺伝子は、関連する細菌および耐性となる抗生物質とともにリストアップされています。
通常、最低 1 × 100 bp または 2 × 100 bpのシーケンス化学を使用して、サンプルごとに1Mシングルリードまたは2Mペアエンドリードから開始することを推奨しています。これらの数値は出発点であり、サンプルタイプやターゲット量に基づいて最適化する必要があります。
このロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイにより、あらゆる規模のラボで、新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを準備するための、高速で統合されたワークフロー。
このロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイにより、あらゆる規模のラボで、新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。
Reagent v2.5 Kitは、初期の蛍光強度を維持する耐久性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性と性能が向上しています。
MiniSeqシステム試薬キットは、2チャンネルのSBSケミストリーを備えたすぐに使えるカートリッジで、サンプル数が少ない場合でもコスト効率の高いシーケンスが可能です。
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
このハイスループットのNGSアッセイにより、ラボは新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。
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