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COVIDSeq テスト（RUOバージョン）

このハイスループットのNGSアッセイにより、ラボは新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。

概要

COVIDSeq テスト（RUO版）は、研究者がSARS-CoV-2の新規バリアントを検出し、特徴づけることができる次世代シーケンサー（NGS）アッセイです。

  • ARTIC  v5.4.2プライマーを使用してSARS-CoV-2 RNAのゲノムを検出 

  • シームレスで柔軟なエンドツーエンドワークフローをサポート 

迅速でスケーラブルなシーケンス

Illumina COVIDSeqテスト（RUO版）は、スループットのニーズに応じて384～3072のサンプルに対応します。 

均一なゲノムカバレッジ

96のアンプリコンは、SARS-CoV-2ゲノム全体を完全にカバーし、新しいバリアントの詳細な特性評価を行います。

統合ソリューション

キットには、cDNA変換、増幅、ライブラリー調製に必要な試薬がすべて含まれています。PCR中の63°Cのアニール温度は、バリアント解析と洞察を向上させます。 

合理化されたデータ解析

BaseSpace Sequence HubのIllumina  DRAGEN Microbial Amplicon Appなどのオープンソフトウェアツールで系統を評価し、変異にアノテーションを付けます。  

仕様

自動化機能 Liquid handling robot(s)
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
Content specifications Whole viral genome coverage including the spike protein locus 
説明 COVIDSeq テスト（RUO版）は、研究アプリケーション用のスケーラブルなハイスループットNGSアッセイ（最大3,072サンプル）です。  
システム MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System
手法 アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス
マルチプレックス NextSeqの384プレックス NovaSeqの384プレックス
核酸の種類 RNA
サンプルタイプの詳細 鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル 
生物種カテゴリー ウイルス
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3）
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス

必要な製品

Illumina COVIDSeq テスト (3072 Samples)に加えて、以下が必要です。 

  • IDT for Illumina PCR Indexes Sets 1–4（384インデックス、384サンプル） 
  • シーケンスシステム用のフローセル  
  • シーケンスシステム用のシーケンス試薬キット 
  • ウイルスRNA抽出キット（例：QIAamp Viral RNA Mini Kit） 

COVIDSeq Positive Controlはオプション製品です。

/ 件

アプリケーション

COVIDSeq テスト（RUO版）は、SARS-CoV-2の検出と特性評価のための統合NGS研究ソリューションです。診断手順や患者管理には使用できません。 

ワークフローの例

1
ワークフローの管理
2
ライブラリー調製

Illumina COVIDSeqテスト（RUO版） 

3
シーケンス
4
解析

アプリケーションノート

廃水ベースの疫学を用いた感染症サーベイランス
Illumina COVIDSeq テスト（RUO版）を使用したCOVID-19サーベイランスのガイドライン

関連するアプリケーションとメソッド

コロナウイルスのシーケンス

NGSは、新型コロナウイルスのバリアントの同定、COVID-19伝播トラッキングなどを可能にします。コロナウイルスシーケンスの様々な目的に応じたNGS法を比較してください。

感染症のためのNGS

仮説の不要なメソッドとして、NGSは、わずか1つのSNPだけ異なる感染症株を区別し、複数の検査の必要性に置き換えることができます。

宿主遺伝学および免疫応答プロファイリング

SARS-CoV-2ウイルスに対する宿主の遺伝的差異と個々の免疫応答を研究することで、COVID-19の発病しやすさと重症度を明らかにすることができます。

本製品の用途例
イルミナとHelixが国家サーベイランスインフラストラクチャの開発で協力
イスラエルに最先端の臨床研究用シーケンスラボを設立
Territory Pathologyは、NGSを用いてオーストラリアの農村部のCOVID-19と闘っています

ドキュメント

製品資料
  • テクニカルノート PDF 1 MB
    2 バージョン
サポートドキュメント

比較する

COVIDSeq テスト（RUOバージョン） COVIDSeq Assay (96サンプル) Pan-Coronavirus Panel Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
自動化機能 Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s)
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
Content specifications Whole viral genome coverage including the spike protein locus  Whole viral genome coverage including the spike protein locus  呼吸器病原体のDNAとRNAを同時に検出し、抗菌薬耐性（AMR）遺伝子発現を同時にプロファイリングします。
説明 COVIDSeq テスト（RUO版）は、研究アプリケーション用のスケーラブルなハイスループットNGSアッセイ（最大3,072サンプル）です。   COVIDSeq Assay（96サンプル）は、研究アプリケーション用のイルミナのベンチトップシーケンスシステムで処理することを目的とした、ロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイです。 Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物宿主における200を超える既知および新型コロナウイルス株の検出と全ゲノムシーケンスを可能にする統合ワークフローの一部です。 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。
システム MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, MiniSeq System, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム
手法 アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス 全ゲノムシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス NextSeqの384プレックス NovaSeqの384プレックス iSeqシステム上の8プレックス MiSeqシステムの30～48プレックス MiniSeqシステムの48プレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 RNA RNA RNA DNA, RNA
サンプルタイプの詳細 鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル  鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル 
生物種カテゴリー ウイルス ウイルス ウイルス 真菌, ウイルス, 細菌
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） 呼吸器病原体（180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス）および抗菌薬耐性アリル（1200以上）を検出します。
ストランド特異性 ストランド情報なし ストランド情報なし ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス シーケンス

選択ツール：

ライブラリー調製とアレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

図

ゲノムカバレッジ性能

リード長と深度の関数としてのヒートマッププロット性能は、シングルリードよりもペアエンドリードで大幅に改善しています。確実に0.99を超えるゲノムの割合が示されており、1に近い値はSARS-CoV-2ゲノムのより完全なカバレッジを表します。 

よくある質問（FAQ）

COVIDSeqテスト（RUO版）はNovaSeq 6000 システムを対象としています。また、iSeq 100、MiniSeq、MiSeq、MiSeqDx in Research Mode、NextSeq 500、NextSeq 550、NextSeq 550Dx in Research Mode、NextSeq 1000、またはNextSeq 2000システムで実行することもできます。

主な違いは、各アッセイで実行できるサンプル数です。COVIDSeq Assay（96サンプル）は、イルミナのベンチトップシーケンスシステムで96サンプルを実行できるため、小規模の基礎研究室に対応します。一方、COVIDSeqテスト（RUO）は、NovaSeq 6000 システムまたはNextSeqシーケンスシステムのラインで最大3,072のサンプルを実行できます。

SARS-CoV-2が変異するにつれ、ゲノム全体の完全なカバレッジと、SARS-CoV-2バリアント検出の分析感度を向上させるために、プライマープールの更新が必要になることがあります。v5.4.2プライマーは、最近のOmicron変異株のカバレッジを向上させます。

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NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500 v2

FFPE組織から、すべての主要バリアントクラスに加え、重要なバイオマーカー（TMB、MSI、HRD）を網羅する大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現します。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

COVIDSeq Assay (96サンプル)

このロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイにより、あらゆる規模のラボで、新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。

Pan-Coronavirus Panel

このパネルは、ヒトおよび動物のリザーバーから得られた既知および新規のコロナウイルス225種の特性評価とゲノムサーベイランスをサポートします。

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