Pan-Coronavirus Panel

このパネルは、ヒトおよび動物のリザーバーから得られた既知および新規のコロナウイルス225種の特性評価とゲノムサーベイランスをサポートします。

ライブラリー調製時間9時間未満

アッセイ時間

ライブラリー調製時間<2時間

ハンズオンタイム

10~100 ng

インプット量

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概要

Pan-Coronavirus Panel(Pan-CoV)は、既知のヒトおよび動物コロナウイルスと、ヒトに感染する可能性のある近縁の新型コロナウイルスの検出とシーケンスを可能にします。これには、複数のコロナウイルス株やさまざまな既知の動物宿主のリファレンスゲノムにまたがるハイブリッドキャプチャーオリゴが含まれます。 

Illumina RNA Prep with Enrichmentと組み合わせることで、Pan-Coronavirus Panelは、既知の225種類のヒトおよび動物コロナウイルスの全ゲノムシーケンス(WGS)を可能にします。ターゲットエンリッチメントアプローチは、ウイルスゲノム全体の変異とバリアントを捕捉し、新型コロナウイルス株のシーケンスと株間の組み換えの検出を可能にします。 

このパネルは、以下を含む複数のアプリケーションに使用できます。

  • 動物宿主におけるコロナウイルスの同定とモニタリングのためのサーベイランス

  • 感染パターンとウイルス変異の追跡

  • ワクチンと治療法の開発指針

統合されたウイルスシーケンスソリューション

Pan-Coronavirus Panelは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、次世代シーケンサー(NGS)、強力なデータ解析を含む包括的なワークフローに統合でき、堅牢で信頼性の高いウイルス結果を得るためのシンプルな手段を提供します。


仕様


必要な製品

Illumina RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation(16または96サンプル)は、インデックスアダプターとともに別途注文する必要があります。イルミナDNA/RNAインデックスセットA、B、C、またはDを使用できます。

IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654, , 2009165620091658, 20091660)は製造中止となるため20027214、イルミナDNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213, , 20042666, 20042667)の注文をお勧めします。

 

/ 結果

アプリケーション

ハイブリッドキャプチャーによるターゲットエンリッチメントにより、既知のヒトおよび動物コロナウイルス225種と、密接に関連する新型コロナウイルスの検出とシーケンスが可能になり、動物リザーバーのサーベイランス・感染の追跡・治療やワクチンの開発が可能になります。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Pan-Coronavirus Panel

3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiSeq System

6–12 samples using MiSeq Reagent Kit v2 (1–2M reads/sample) 

2 × 150 bp

NextSeq 550 System

65–130 samples using NextSeq 500/550 Mid-Output Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp

NextSeq 1000 System

100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp

NextSeq 2000 System

100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

比較する

Pan-Coronavirus Panel Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間9時間未満
Automation capability Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots
説明 Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物宿主における200を超える既知および新型コロナウイルス株の検出と全ゲノムシーケンスを可能にする統合ワークフローの一部です。

Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10~100 ng 10~100 ng 10~100 ng
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeqシステム
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 Whole-genome sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Whole-genome sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
Nucleic acid type RNA DNA, RNA DNA, RNA
Species category Virus Virus ヒト, Virus
Strand specificity Non-stranded Non-stranded
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー

選択ツール:

パネルでカバーされたコロナウイルス株

Pan-Coronavirus Panelには、ヒトおよび動物の既知のコロナウイルス225種を捕捉するハイブリッドキャプチャーオリゴが含まれています。

宿主関連コロナウイルスゲノム

Pan-Coronavirus Panelには、さまざまな既知の動物宿主が含まれます。

コロナウイルスリードの濃縮

Pan-Coronavirus Panelは、さまざまなウイルスコピー数入力でテストされたすべてのライブラリーでコロナウイルスのリードを濃縮しました。

コロナウイルスゲノムカバレッジの向上

Pan-Coronavirus Panelによる濃縮後の10 ng UHRにおける合成ウイルスRNAコントロール(SARS-CoV-2およびHCoV229E)のカバレッジ中央値。リード深度(上)とリード長(下)の増加により、ゲノムカバレッジが改善されました。リード長は36、74、100、149 bpにトリミングしました。

パネル (1)

Pan-Coronavirus Panel, RUO 96 Rxns

20088155

イルミナRNA Prep with Enrichmentキットとペアにすると、32、3プレックスの濃縮反応に十分なウイルスサーベイランスパネルが含まれます。ライブラリー調製およびエンリッチメントキットとインデックスアダプターは別売りです。

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ライブラリー調製 (2)

Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (16 Samples)

20040536

16のライブラリー(16、1プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

96ライブラリー(32、3プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

Unit Price

よくある質問(FAQ)

パネルはエンリッチメントプローブで構築されており、ほとんどのバリアントを効果的にキャプチャーできます。さらに、Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物由来の225種類のコロナウイルスの遺伝型を濃縮するように設計されており、ほとんどの新型コロナウイルスをキャプチャーすることが期待されます。例えば、Pan-Coronavirus Panelは、Omicronバリアントより前に設計されましたが、高いカバレッジで全ゲノムを濃縮することが明らかになりました(詳細はデータシートを参照)。

はい、Pan-Coronavirus Panelは、環境サンプルやさまざまな動物由来のサンプルに対応するように設計されています。実際、このパネルはコウモリ、廃水、コロナウイルスの宿主候補など、さまざまな種類のサンプルからコロナウイルスのシーケンスに使用されます。パネルの成功を最大化するには、入手できる最高品質のRNAを使用してください。

DRAGEN Microbial Enrichment BaseSpaceアプリは無料で、コンティグを組み立て、他の出力に加えてゲノムカバレッジ/深度を探索することができます。 

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

製品情報のリクエスト

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