このパネルは、ヒトおよび動物のリザーバーから得られた既知および新規のコロナウイルス225種の特性評価とゲノムサーベイランスをサポートします。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
Pan-Coronavirus Panel（Pan-CoV）は、既知のヒトおよび動物コロナウイルスと、ヒトに感染する可能性のある近縁の新型コロナウイルスの検出とシーケンスを可能にします。これには、複数のコロナウイルス株やさまざまな既知の動物宿主のリファレンスゲノムにまたがるハイブリッドキャプチャーオリゴが含まれます。
Illumina RNA Prep with Enrichmentと組み合わせることで、Pan-Coronavirus Panelは、既知の225種類のヒトおよび動物コロナウイルスの全ゲノムシーケンス（WGS）を可能にします。ターゲットエンリッチメントアプローチは、ウイルスゲノム全体の変異とバリアントを捕捉し、新型コロナウイルス株のシーケンスと株間の組み換えの検出を可能にします。
このパネルは、以下を含む複数のアプリケーションに使用できます。
Pan-Coronavirus Panelは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、次世代シーケンサー（NGS）、強力なデータ解析を含む包括的なワークフローに統合でき、堅牢で信頼性の高いウイルス結果を得るためのシンプルな手段を提供します。
| Automation capability | Liquid Handling Robots |
|---|---|
| Method | Target Enrichment, Whole-Genome Sequencing |
| Strand specificity | Non-Stranded |
| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間9時間未満 |
| インプット量 | 10～100 ng |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 核酸の種類 | RNA |
| 生物種 | Virus |
| 説明 | Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物宿主における200を超える既知および新型コロナウイルス株の検出と全ゲノムシーケンスを可能にする統合ワークフローの一部です。 |
Illumina RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation（16または96サンプル）は、インデックスアダプターとともに別途注文する必要があります。イルミナDNA/RNAインデックスセットA、B、C、またはDを使用できます。
IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654, , 2009165620091658, 20091660)は製造中止となるため20027214、イルミナDNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213, , 20042666, 20042667)の注文をお勧めします。
ハイブリッドキャプチャーによるターゲットエンリッチメントにより、既知のヒトおよび動物コロナウイルス225種と、密接に関連する新型コロナウイルスの検出とシーケンスが可能になり、動物リザーバーのサーベイランス・感染の追跡・治療やワクチンの開発が可能になります。
Pan-Coronavirus Panel
| 装置 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| MiSeq System | 6–12 samples using MiSeq Reagent Kit v2 (1–2M reads/sample) |
2 × 150 bp |
| NextSeq 550 System | 65–130 samples using NextSeq 500/550 Mid-Output Kit (1–2M reads/sample) |
2 × 150 bp |
| NextSeq 1000 System | 100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample) |
2 × 150 bp |
| NextSeq 2000 System | 100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample) |
2 × 150 bp |
NGSは、コロナウイルスやその他の新たな感染症病原体の新規株を特定することにより、効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。
NGSは、新型コロナウイルスのバリアントの同定、COVID-19伝播トラッキングなどを可能にします。コロナウイルスシーケンスの様々な目的に応じたNGS法を比較してください。
NGSを使用して、新規の微生物の発見、感染拡大の監視、食料源の分析などを行うことができます。
| Pan-Coronavirus Panel | Viral Surveillance Panel | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | |
|---|---|---|---|
| Automation capability | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots |
| Method | Target Enrichment, Whole-Genome Sequencing | Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing | Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing |
| Strand specificity | Non-Stranded | Non-Stranded | |
| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間9時間未満 | ライブラリー調製時間9時間未満 | ライブラリー調製時間9時間未満 |
| インプット量 | 10～100 ng | 10～100 ng | 10～100 ng |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeqシステム |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 | ライブラリー調製時間<2時間 | ライブラリー調製時間<2時間 |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 核酸の種類 | RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 生物種 | Virus | Virus | ヒト, Virus |
| 説明 | Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物宿主における200を超える既知および新型コロナウイルス株の検出と全ゲノムシーケンスを可能にする統合ワークフローの一部です。 |
Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。 |
SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 |
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
パネルでカバーされたコロナウイルス株
Pan-Coronavirus Panelには、ヒトおよび動物の既知のコロナウイルス225種を捕捉するハイブリッドキャプチャーオリゴが含まれています。
宿主関連コロナウイルスゲノム
Pan-Coronavirus Panelには、さまざまな既知の動物宿主が含まれます。
コロナウイルスリードの濃縮
Pan-Coronavirus Panelは、さまざまなウイルスコピー数入力でテストされたすべてのライブラリーでコロナウイルスのリードを濃縮しました。
コロナウイルスゲノムカバレッジの向上
Pan-Coronavirus Panelによる濃縮後の10 ng UHRにおける合成ウイルスRNAコントロール（SARS-CoV-2およびHCoV229E）のカバレッジ中央値。リード深度（上）とリード長（下）の増加により、ゲノムカバレッジが改善されました。リード長は36、74、100、149 bpにトリミングしました。
Pan-Coronavirus Panel, RUO 96 Rxns
20088155
イルミナRNA Prep with Enrichmentキットとペアにすると、32、3プレックスの濃縮反応に十分なウイルスサーベイランスパネルが含まれます。ライブラリー調製およびエンリッチメントキットとインデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (16 Samples)
20040536
16のライブラリー（16、1プレックスエンリッチメント反応）を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)
20040537
96ライブラリー（32、3プレックスエンリッチメント反応）を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20091654
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20091656
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20091658
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20091660
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20027213
96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20027214
96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20042666
96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)
20042667
96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
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製品名
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単価
DRAGEN Microbial Enrichment BaseSpaceアプリは無料で、コンティグを組み立て、他の出力に加えてゲノムカバレッジ/深度を探索することができます。
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。
包括的で最新のエクソームエンリッチメントパネルを含む、高性能で高速かつ信頼性の高いヒト全エクソームシーケンスソリューションです。
NextSeq 1000/2000システム用の試薬は、使いやすいカートリッジと複数のフローセル構成を備えており、柔軟なシーケンスオプションが可能です。
ユニークデュアル（UD）インデックスにより、スループットの向上とコスト削減メリットをもたらすマルチプレックス可能なハイクオリティなライブラリーの調製が可能になります。
90分間のワークフローで、DNAインプットの必要性が低く、小さなゲノム、PCRアンプリコン、プラスミド、cDNAシーケンス用のDNAライブラリーを調製できます。
幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフロー。
SARS-CoV-2、インフルエンザ、ポリオを含む66種類のウイルスの全ゲノムシーケンスと特性評価（ターゲット濃縮機能付き）。
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