製品

Viral Surveillance Panel

SARS-CoV-2、インフルエンザ、ポリオを含む66種類のウイルスの全ゲノムシーケンスと特性評価（ターゲット濃縮機能付き）。

ライブラリー調製時間9時間未満

アッセイ時間

ライブラリー調製時間<2時間

ハンズオンタイム

10～100 ng

インプット量

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Illumina Viral Surveillance Panel v1は、マイイルミナまたはカスタマーサービスから引き続きご利用いただけます。詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください。

概要

Viral Surveillance PanelとIllumina RNA Prep with Enrichmentキットにより、研究者は、SARS-CoV-2、インフルエンザ、ポリオウイルスなど、幅広いウイルスの特性評価ができる全ゲノムシーケンス（WGS）データを取得できます。

  • 公衆衛生に対するハイリスクと特定された66種のウイルスのカバレッジ 

  • RNAウイルスとDNAウイルスの同時濃縮 

  • 廃水、環境、臨床後など、さまざまなサンプルに対応 

ウイルス検出のためのターゲット濃縮

ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントは、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要な高いリード深度を必要とせずに、複数のウイルスのWGSを可能にし、ウイルスの進化や幅広いウイルスサーベイランスに対する洞察を提供します。1さらに、アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス法と比較して、ハイブリッドキャプチャーは変異のキャプチャー・シーケンス・同定の能力を高め、急速に進化するウイルスの感染拡大サーベイランスに最適です。　

ウイルスアプリケーション向けの合理化されたソリューション

この包括的なワークフローは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、およびデータ解析を統合し、研究者と公衆衛生科学者が1つのパネル/ワークフローで複数の高リスクウイルスをモニタリングできるようにします。 

仕様

アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満
自動化機能 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
説明 Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10～100 ng
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 ターゲットDNAシーケンス, 全ゲノムシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 DNA, RNA
生物種カテゴリー ウイルス
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス

必要な製品

ライブラリー調製、プローブパネル、インデックスアダプターを含む2つの完全なキットをご利用いただけます。 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A（インデックスセットA） 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B（インデックスセットB） 

インデックスセットCおよびD、またはマルチプレックスの場合は、 Viral Surveillance Panel、Illumina RNA Prep with Enrichment、 およびインデックスアダプターを別途注文する必要があります。 

/ 件

アプリケーション

Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

ウイルスサーベイランスパネル 

2
シーケンス
3
解析

関連するアプリケーションとメソッド

廃水サーベイランス

廃水サーベイランスが、新たな感染症、変異追跡、バリアントトレンド追跡のコミュニティレベルのモニタリングにどのように役立つかをご覧ください。

ドキュメント

製品資料
サポートドキュメント

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Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間<9時間
自動化機能 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。 SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10～100 ng 10～100 ng 容量に基づく（濃度に依存しない）
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, MiniSeq System MiSeqシステム, NextSeq 550システム, MiniSeq System
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 ターゲットDNAシーケンス, 全ゲノムシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
生物種カテゴリー ウイルス ヒト, ウイルス 真菌, ウイルス, 細菌
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス

選択ツール：

ライブラリー調製＆アレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングでき、キットの比較や共有も可能です。

図

リードカウントとウイルスゲノムカバレッジの向上

すべてのRNA/DNAがシーケンスされるショットガンメタゲノムシーケンスと比較して、ターゲットハイブリッドキャプチャーは、宿主および非ターゲット微生物の不要なシーケンスを減らします。

均一なウイルスゲノムカバレッジ

Viral Surveillance Panelのターゲットエンリッチメントプローブは、ウイルスゲノム全体を均一にカバーします。ウイルスコントロールは、既知のコピー数で10 ngのヒトRNA/DNAミックスとウイルスコントロールを混合して調製しました。ライブラリーを調製し、ウイルスサーベイランスパネルワークフローに従ってシーケンスしました。

 

廃水サーベイランス

ウイルスサーベイランスパネルまたはショットガンシーケンスを使用して廃水で検出されたウイルス。aウイルス濃度の低いサンプルは、ウイルスサーベイランスパネルを使用すると簡単に検出できます。  

a. サンプルはコロラド州立大学の研究者によって収集され、精製された全核酸は検査のためにイルミナに出荷されました。ライブラリーを調製し、100 ngの全核酸を用いてシーケンスしました 

ウイルスサーベイランスパネルで検出されたウイルス

世界保健機関（WHO）により公衆衛生に対する重要なリスクとして特定された66種類のウイルスのリスト。2

ウイルスサーベイランスパネルに含まれる
アデノウイルス B型肝炎ウイルス パレコウイルス
愛知ウイルス C型肝炎ウイルス パルボウイルス
アストロウイルス E型肝炎ウイルス ポリオウイルス
Chapareウイルス ヒト免疫不全ウイルス1 ポリマウイルス
チクングニアウイルス ヒト免疫不全ウイルス2 呼吸器合胞体ウイルス
Coronavirus-229E A型インフルエンザウイルス ライノウイルス
Coronavirus-HKU1 B型インフルエンザウイルス リフトバレー熱ウイルス
Coronavirus-OC43 日本脳炎ウイルス ロタウイルス
Coronavirus-NL63 ジュニンウイルス 風疹ウイルス
コクサッキーウイルス カヤサヌール森林病ウイルス サビアウイルス
クリミア・コンゴ出血熱ウイルス ラッサ熱ウイルス サリウイルス
デングウイルス1型 Lujoヘモリファジー熱ウイルス サポウイルス
デングウイルス2型 マチュポウイルス SARS-COV
デングウイルス3型 マールブルクウイルス SARS-COV-2
デングウイルス4 MERS-CoV ダニ媒介性脳炎ウイルス
東ウマ脳炎ウイルス メタニューモウイルス トルクテノウイルス
エボラウイルス サル痘ウイルス バリオラウイルス
エンテロウイルス ニパウイルス ベネズエラウマ脳炎ウイルス
グアナリトウイルス ノロウイルス 西ナイルウイルス
ハンタウイルス Omsk出血熱ウイルス 西ウマ脳炎ウイルス
ヘンドラヘニパウイルス 腫瘍溶解性ヒトパピローマウイルス 黄熱ウイルス
A型肝炎ウイルス パラインフルエンザウイルス ジカウイルス
 

ライブラリー調製 (4)

Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples)

20108081

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples)

20108082

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples)

20108083

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples)

20108084

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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インデックスアダプター (1)

Illumina Viral Surveillance Panel v2 (96 samples)

20123403

Oligo probe panel for hybrid capture whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes. Library prep and indexes sold separately.

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よくある質問（FAQ）

Viral Surveillance Panel v1は、公衆衛生上の懸念がある66種類のウイルスについて結果を提供します。 Viral Surveillance Panel v2は、このターゲットリストを200種類以上のウイルスと亜型に拡大しました。 Viral Surveillance Panel v2にはイルミナ精製ビーズが含まれ、Viral Surveillance Panel v1には含まれません。

良質なサンプルの場合、リード深度はサンプルあたり最低2Mペアエンドリード、リード長は150 bpです。廃水のような複雑なサンプルでは、サンプルあたり最低4Mのペアエンドリードを推奨します。

はい。Viral Surveillance Panelを使用して、一度に複数のウイルスの全ゲノムシーケンスを行うことができます。このため、このパネルはウイルスサーベイランスとウイルス進化の解析に最適です。 

はい。dsRNA、ssRNA、dsDNA、およびssDNAウイルスは、ライブラリー調製を使用して検出されます。

Standardワークフローでは、1回のハイブリダイゼーション（3プレックス）につき3サンプルをプールします。
/ 件

よく購入される製品

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

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幅広いシーケンスアプリケーションに対応する、高速で、統合されたライブラリー調製のワークフロー。

参考文献
  1. Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencingとそのヒト感染症への応用。前面の微生物。2018;9:2924。2018年11月27日発行。doi:10.3389/fmicb.2018.02924
  2. Bloom DE, Cadarette D. 21世紀における感染症の脅威：グローバル対応の強化。フロント免疫 2019;10:549。2019年3月28日発行。doi:10.3389/fimmu.2019.00549

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