NextSeq 1000システムとNextSeq 2000シーケンスシステムの注文
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Viral Surveillance Panel v2キットにより、研究者は、SARS-CoV-2、インフルエンザ、アルボウイルス、肝炎など、幅広いウイルスの特性評価ができる全ゲノムシーケンス（WGS）データを取得できます。
Viral Surveillance Panel
SARS-CoV-2、インフルエンザ、アルボウイルス、肝炎を含む200種類のウイルスおよび亜型の全ゲノムシーケンスと特性評価（ターゲットエンリッチメント機能付き）。
ライブラリー調製時間9時間未満
アッセイ時間
ライブラリー調製時間<2時間
ハンズオンタイム
10～100 ng
インプット量
Illumina Viral Surveillance Panel v1は、マイイルミナまたはカスタマーサービスから引き続きご利用いただけます。詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください。
概要
ウイルス検出のためのターゲット濃縮
ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントは、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要な高いリード深度を必要とせずに、複数のウイルスのWGSを可能にし、ウイルスの進化や幅広いウイルスサーベイランスに対する洞察を提供します。1さらに、アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス法と比較して、ハイブリッドキャプチャーは変異のキャプチャー・シーケンス・同定の能力を高め、急速に進化するウイルスの感染拡大サーベイランスに最適です。
ウイルスアプリケーション向けの合理化されたソリューション
この包括的なワークフローでは、ライブラリー調製・ターゲットエンリッチメント・シーケンス・データ解析を統合しており、研究者や公衆衛生サイエンティストは、1つのパネル/ワークフローで複数のハイリスクウイルスをモニタリングすることができます。
仕様
| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間9時間未満 |
|---|---|
| Automation capability | Liquid handling robots |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る |
| 説明 | Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。 |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 |
| インプット量 | 10～100 ng |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Whole-genome sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| Nucleic acid type | DNA, RNA |
| Species category | Virus |
| Strand specificity | Non-stranded |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
必要な製品
完全なキットには、精製ビーズやインデックスアダプターなど、ライブラリー調製や濃縮に必要なすべてのものが含まれます。最大384サンプルまでの大量ランには、最大4キットを使用します。
- Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットA（96サンプル）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットB（96サンプル）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットC（96サンプル）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットD（96サンプル）
/
結果
アプリケーション
Viral Surveillance Panel v2キットは、200種類を超えるRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。
ワークフローの例
ライブラリー調製
Viral Surveillance Panel v2キット（A～Dセット）
関連するアプリケーションとメソッド
NGSは、コロナウイルスやその他の新たな感染症病原体の新規株を特定することにより、効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。
NGSは、新型コロナウイルスのバリアントの同定、COVID-19伝播トラッキングなどを可能にします。コロナウイルスシーケンスの様々な目的に応じたNGS法を比較してください。
廃水サーベイランスが、新たな感染症、変異追跡、バリアントトレンド追跡のコミュニティレベルのモニタリングにどのように役立つかをご覧ください。
ドキュメント
製品資料
サポートドキュメント
この製品では専用サポートセクションは現在ご利用いただけません
比較する
| Viral Surveillance Panel | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | |
|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | ライブラリー調製時間9時間未満 | ライブラリー調製時間9時間未満 | ライブラリー調製時間<9時間 |
| Automation capability | Liquid handling robots | Liquid handling robots | Liquid handling robots |
| 自動化の詳細 | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る | 利用可能な自動化方法を見る |
| 説明 | Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。 | SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 | 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。 |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製時間<2時間 | ライブラリー調製時間<2時間 | ライブラリー調製時間<2時間 |
| インプット量 | 10～100 ng | 10～100 ng | 容量に基づく（濃度に依存しない） |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeqシステム |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Whole-genome sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment | Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment | Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| Nucleic acid type | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| Species category | Virus | ヒト, Virus | Fungal, Virus, Bacteria |
| Strand specificity | Non-stranded | ||
| テクノロジー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー |
選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
図
リードカウントとウイルスゲノムカバレッジの向上
すべてのRNA/DNAをシーケンスするショットガンメタゲノミクスシーケンスと比較して、ターゲットハイブリッドキャプチャーは、宿主微生物と非ターゲット微生物の不要なシーケンシングを減らします。
均一なウイルスゲノムカバレッジ
Viral Surveillance Panel v2キットのターゲットエンリッチメントプローブが、ウイルスゲノム全体を均一にカバーします。ウイルスコントロールは、既知のコピー数のウイルスコントロールと10 ngのヒトRNA/DNAミックスを混合して調製しました。Viral Surveillance Panel v2キット のワークフローに従ってライブラリーを調製し、シーケンスしました。
廃水サーベイランス
Viral Surveillance Panel v2キット またはショットガンシーケンスを使用して、廃水中に検出されたウイルス。aViral Surveillance Panel v2キットを使用すると、ウイルス濃度の低いサンプルでも簡単に検出できます。
検出されたウイルスの全リストについては、データシートまたはウイルスリストスプレッドシートを参照してください。
Viral Surveillance Panel v2ウイルスリストスプレッドシートをダウンロードする
a. サンプルはコロラド州立大学の研究者が採取し、精製された総核酸が検査のためにイルミナに送られました。ライブラリーを調製し、総核酸100 ngを用いてシーケンスしました
Viral Surveillance Panel v2キットで検出されたウイルス
このパネルは、世界保健機関（WHO）によって公衆衛生に対する重要なリスクとして同定された66種類のウイルスを含む、200種類以上のウイルスと亜型を検出します。2
| ウイルスサーベイランスパネルに含まれるもの | ||||
| アデノ随伴ウイルス2型 | ヒトアデノウイルス（A～G種） | マムアストロウイルス | "ロタウイルス（A、B、C、H種） | |
| アイチウイルス1 | ヒトボカウイルス | マールブルグウイルス | 風疹ウイルス | |
| アイガイウイルス | ヒトコロナウイルス（4種） | マヤロウイルス | サビアウイルス | |
| ボンバリウイルス | ヒトサイトメガロウイルス | 麻しんウイルス | サリウイルスA | |
| バーボンウイルス | ヒト免疫不全ウイルス（1および2型） | メナングルウイルス | シチリア型サシチョウバエ熱ウイルス | |
| キャッシュバレーウイルス | ヒトメタニューモウイルス | MERS-CoV | サポウイルス | |
| カリフォルニア脳炎ウイルス | ヒトパピローマウイルス（28種類） | エムポックスウイルス | SARS-CoV | |
| チャパレウイルス | ヒトパラインフルエンザウイルス（1～4型） | ムンプスウイルス | SARS-CoV-2 | |
| チクングニアウイルス | ヒトパレコウイルス | マレーバレー脳炎ウイルス | セムリキ森林ウイルス | |
| コロラドダニ熱ウイルス | ヒトパルボウイルスB19 | ニパウイルス | 重症熱性血小板減少症候群ウイルス | |
| コクサッキーウイルス（AおよびB群） | A型インフルエンザウイルス（亜型20種類） | ノロウイルス | シンドビスウイルス | |
| クリミア・コンゴ出血熱ウイルス | B型インフルエンザウイルス（両系統） | オムスク出血熱ウイルス | カンジキウサギウイルス | |
| デングウイルス（4種類） | C型インフルエンザウイルス | オニョンニョンウイルス | ソスガウイルス | |
| エボラウイルス（6種） | ジェームズタウンキャニオンウイルス | オロプーシェウイルス | セントルイス脳炎ウイルス | |
| エコーウイルス | 日本脳炎ウイルス | ポリオウイルス | 塔城ダニウイルス2 | |
| エンテロウイルス（A～D） | フニンウイルス | ポリオーマウイルス（13種） | タヒナウイルス | |
| エプスタイン・バーウイルス | キャサヌル森林病ウイルス | ポワッサンウイルス | ダニ媒介性脳炎ウイルス | |
| ウマ脳炎ウイルス（3種） | ラクロスウイルス | プンタトロウイルス | トークテノウイルス（アネロウイルス） | |
| グアナリトウイルス | ラッサウイルス | 狂犬病ウイルス | トスカーナウイルス | |
| ハンタウイルス（22種） | リョビュウイルス | ラブンウイルス | ウスツウイルス | |
| ハートランドウイルス | ルジョウイルス | RSウイルス（AおよびB型） | 水痘帯状疱疹ウイルス | |
| ヘンドラウイルス | リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス | ライノウイルス（A～C種） | バリオラウイルス | |
| 肝炎ウイルス（A～E型） | リッサウイルス | リフトバレー熱ウイルス | ウエストナイルウイルス | |
| 単純ヘルペスウイルス（1および2型） | マチュポウイルス | ロスリバーウイルス | 黄熱ウイルス | |
| ジカウイルス | ||||
ライブラリー調製 (4)
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples)
20108081
Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples)
20108082
Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples)
20108083
Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples)
20108084
Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.
List Price:
Discounts:
インデックスアダプター (1)
Illumina Viral Surveillance Panel v2 (96 samples)
20123403
Oligo probe panel for hybrid capture whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes. Library prep and indexes sold separately.
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よくある質問（FAQ）
Viral Surveillance Panel v1は、公衆衛生上の懸念がある66種類のウイルスについて結果を提供します。 Viral Surveillance Panel v2は、このターゲットリストを200種類以上のウイルスと亜型に拡大しました。 Viral Surveillance Panel v2にはイルミナ精製ビーズが含まれ、Viral Surveillance Panel v1には含まれません。
良質なサンプルの場合、リード深度はサンプルあたり最低2Mペアエンドリード、リード長は150 bpです。廃水のような複雑なサンプルでは、サンプルあたり最低8Mのペアエンドリードを推奨します。
はい。Viral Surveillance Panelを使用して、一度に複数のウイルスの全ゲノムシーケンスを行うことができます。このため、このパネルはウイルスサーベイランスやウイルス進化の解析に最適です。
はい。dsRNA、ssRNA、dsDNA、およびssDNAウイルスが検出されます。
Standardワークフローでは、1回のハイブリダイゼーション（3プレックス）につき3サンプルをプールします。
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結果
よく購入される製品
MiSeq Reagent Kit v3
クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
高感度で包括的な呼吸器病原体の同定と抗菌剤耐性に関する洞察を提供するライブラリー調製および濃縮キット。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。
参考文献
- Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. Published 2018 Nov 27. doi:10.3389/fmicb.2018.02924
- Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. Published 2019 Mar 28. doi:10.3389/fimmu.2019.00549
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