製品

Viral Surveillance Panel

SARS-CoV-2、インフルエンザ、アルボウイルス、肝炎を含む200種類を超えるウイルスおよび亜型の全ゲノムシーケンスと特性評価。

ライブラリー調製時間9時間未満

アッセイ時間

ライブラリー調製時間<2時間

ハンズオンタイム

10～100 ng

インプット量

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Illumina Viral Surveillance Panel v1は、マイイルミナまたはカスタマーサービスから引き続きご利用いただけます。詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください。

概要

Viral Surveillance Panel v2キットにより、研究者は、SARS-CoV-2、インフルエンザ、アルボウイルス、肝炎など、幅広いウイルスの特性評価ができる全ゲノムシーケンス（WGS）を実行できます（ターゲットエンリッチメント機能付き）。

  • 公衆衛生上のリスクが高いとして同定される200以上のウイルスをカバー

  • RNAウイルスとDNAウイルスの同時濃縮 

  • 廃水・環境・臨床後など、さまざまなサンプルに対応 

ウイルス検出のためのターゲット濃縮

ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントは、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要な高いリード深度を必要とせずに、複数のウイルスのWGSを可能にし、ウイルスの進化や幅広いウイルスサーベイランスに対する洞察を提供します。1さらに、アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス法と比較して、ハイブリッドキャプチャーは変異のキャプチャー・シーケンス・同定の能力を高め、急速に進化するウイルスの感染拡大サーベイランスに最適です。　

ウイルスアプリケーション向けの合理化されたソリューション

この包括的なワークフローでは、ライブラリー調製・ターゲットエンリッチメント・シーケンス・データ解析を統合しており、研究者や公衆衛生サイエンティストは、1つのパネル/ワークフローで複数のハイリスクウイルスをモニタリングすることができます。 

仕様

アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満
自動化機能 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
説明 Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10～100 ng
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 ターゲットDNAシーケンス, 全ゲノムシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 DNA, RNA
生物種カテゴリー ウイルス
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス

必要な製品

完全なキットには、精製ビーズやインデックスアダプターなど、ライブラリー調製や濃縮に必要なすべてのものが含まれます。最大384サンプルまでの大量ランには、最大4キットを使用します。

  • Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットA（96サンプル）
  • Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットB（96サンプル）
  • Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットC（96サンプル）
  • Illumina Viral Surveillance Panel v2キット、セットD（96サンプル）
/ 件

アプリケーション

Viral Surveillance Panel v2キットは、200種類を超えるRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Viral Surveillance Panel v2キット（A～Dセット）

2
シーケンス
3
解析

関連するアプリケーションと手法

ゲノムサーベイランス

NGS supports effective genomic surveillance strategies through identification of novel strains of coronavirus and other emerging infectious disease agents.

コロナウイルスのシーケンス

NGS can identify novel coronavirus variants, track COVID-19 transmission, and more. Compare NGS methods for various coronavirus sequencing goals.

廃水サーベイランス

Learn about wastewater surveillance with NGS for community-level monitoring of infectious diseases, mutation tracking, and variant trend tracking.

ドキュメント

製品資料
  • アプリケーションノート PDF 7 MB
    2 バージョン
サポートドキュメント

この製品では専用サポートセクションは現在ご利用いただけません

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Viral Surveillance Panel イルミナ呼吸器ウイルス濃縮キット Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間<9時間
自動化機能 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 Illumina RNA Prep with EnrichmentによるViral Surveillance Panelは、66種類のRNAおよびDNAウイルス病原体のウイルス感染拡大の検出とモニタリングをサポートする最適化されたワークフローを提供します。 SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10～100 ng 10～100 ng 容量に基づく（濃度に依存しない）
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, MiniSeq System, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, MiniSeq System, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 ターゲットDNAシーケンス, 全ゲノムシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
生物種カテゴリー ウイルス ヒト, ウイルス 真菌, ウイルス, 細菌
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス

選択ツール：

Library Prep and Array Kit Selector

Find the right sequencing library preparation kit or microarray for your needs. Filter by method, species, and more. Compare, share, and order kits.

図

リードカウントとウイルスゲノムカバレッジの向上

すべてのRNA/DNAをシーケンスするショットガンメタゲノミクスシーケンスと比較して、ターゲットハイブリッドキャプチャーは、宿主微生物と非ターゲット微生物の不要なシーケンシングを減らします。

均一なウイルスゲノムカバレッジ

Viral Surveillance Panel v2キットのターゲットエンリッチメントプローブが、ウイルスゲノム全体を均一にカバーします。ウイルスコントロールは、既知のコピー数のウイルスコントロールと10 ngのヒトRNA/DNAミックスを混合して調製しました。Viral Surveillance Panel v2キットのワークフローに従ってライブラリーを調製し、シーケンスしました。

 

廃水サーベイランス

Viral Surveillance Panel v2キットまたはショットガンシーケンスを使用して、廃水中に検出されたウイルス。aViral Surveillance Panel v2キットを使用すると、ウイルス濃度の低いサンプルでも簡単に検出できます。

検出されたウイルスの全リストについては、データシートまたはウイルスリストスプレッドシートを参照してください。

Viral Surveillance Panel v2ウイルスリストスプレッドシートをダウンロードする

a. サンプルはコロラド州立大学の研究者が採取し、精製された総核酸が検査のためにイルミナに送られました。ライブラリーを調製し、総核酸100 ngを用いてシーケンスしました

Viral Surveillance Panel v2キットで検出されたウイルス

このパネルは、世界保健機関（WHO）によって公衆衛生に対する重要なリスクとして同定された66種類のウイルスを含む、200種類以上のウイルスと亜型を検出します。2

ウイルスサーベイランスパネルに含まれるもの  
  アデノ随伴ウイルス2型 ヒトアデノウイルス（A～G種） マムアストロウイルス "ロタウイルス（A、B、C、H種）
  アイチウイルス1 ヒトボカウイルス マールブルグウイルス 風疹ウイルス
  アイガイウイルス ヒトコロナウイルス（4種） マヤロウイルス サビアウイルス
  ボンバリウイルス ヒトサイトメガロウイルス 麻しんウイルス サリウイルスA
  バーボンウイルス ヒト免疫不全ウイルス（1および2型） メナングルウイルス シチリア型サシチョウバエ熱ウイルス
  キャッシュバレーウイルス ヒトメタニューモウイルス MERS-CoV サポウイルス
  カリフォルニア脳炎ウイルス ヒトパピローマウイルス（28種類） サル痘（Mpox）ウイルス SARS-CoV
  チャパレウイルス ヒトパラインフルエンザウイルス（1～4型） ムンプスウイルス SARS-CoV-2
  チクングニアウイルス ヒトパレコウイルス マレーバレー脳炎ウイルス セムリキ森林ウイルス
  コロラドダニ熱ウイルス ヒトパルボウイルスB19 ニパウイルス 重症熱性血小板減少症候群ウイルス
  コクサッキーウイルス（AおよびB群） A型インフルエンザウイルス（亜型20種類） ノロウイルス シンドビスウイルス
  クリミア・コンゴ出血熱ウイルス B型インフルエンザウイルス（両系統） オムスク出血熱ウイルス カンジキウサギウイルス
  デングウイルス（4種類） C型インフルエンザウイルス オニョンニョンウイルス ソスガウイルス
  エボラウイルス（6種） ジェームズタウンキャニオンウイルス オロプーシェウイルス セントルイス脳炎ウイルス
  エコーウイルス 日本脳炎ウイルス ポリオウイルス 塔城ダニウイルス2
  エンテロウイルス（A～D） フニンウイルス ポリオーマウイルス（13種） タヒナウイルス
  エプスタイン・バーウイルス キャサヌル森林病ウイルス ポワッサンウイルス ダニ媒介性脳炎ウイルス
  ウマ脳炎ウイルス（3種） ラクロスウイルス プンタトロウイルス トークテノウイルス（アネロウイルス）
  グアナリトウイルス ラッサウイルス 狂犬病ウイルス トスカーナウイルス
  ハンタウイルス（22種） リョビュウイルス ラブンウイルス ウスツウイルス
  ハートランドウイルス ルジョウイルス RSウイルス（AおよびB型） 水痘帯状疱疹ウイルス
  ヘンドラウイルス リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス ライノウイルス（A～C種） バリオラウイルス
  肝炎ウイルス（A～E型） リッサウイルス リフトバレー熱ウイルス ウエストナイルウイルス
  単純ヘルペスウイルス（1および2型） マチュポウイルス ロスリバーウイルス 黄熱ウイルス
  ジカウイルス

ライブラリー調製 (4)

Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples)

20108081

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples)

20108082

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples)

20108083

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples)

20108084

Viral Surveillance Panel V2 Kit (VSP V2) is a hybrid capture enrichment kit that provides whole genome sequencing of over 200 viruses and subtypes of public health concern.

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よくある質問（FAQ）

Viral Surveillance Panel v1は、公衆衛生上の懸念がある66種類のウイルスについて結果を提供します。Viral Surveillance Panel v2は、このターゲットリストを200種類以上のウイルスと亜型に拡大しました。Viral Surveillance Panel v2にはイルミナ精製ビーズが含まれ、Viral Surveillance Panel v1には含まれません。

良質なサンプルの場合、リード深度はサンプルあたり最低2Mペアエンドリード、リード長は150 bpです。廃水のような複雑なサンプルでは、サンプルあたり最低8Mのペアエンドリードを推奨します。

はい。Viral Surveillance Panelを使用して、一度に複数のウイルスの全ゲノムシーケンスを行うことができます。このため、このパネルはウイルスサーベイランスやウイルス進化の解析に最適です。

はい。dsRNA、ssRNA、dsDNA、およびssDNAウイルスが検出されます。

Standardワークフローでは、1回のハイブリダイゼーション（3プレックス）につき3サンプルをプールします。

VSPv2のウイルスとサブタイプの全リストはこちらからダウンロードできます。

/ 件

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参考文献
  1. Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. Published 2018 Nov 27. doi:10.3389/fmicb.2018.02924
  2. Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. Published 2019 Mar 28. doi:10.3389/fimmu.2019.00549

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