Viral Surveillance Panel with Illumina RNA Prep with Enrichmentキットを使用すると、研究者は、SARS-CoV-2、インフルエンザ、サル痘ウイルス、ポリオウイルスなど、公衆衛生に高リスクの66のウイルスを特徴づける全ゲノムシーケンス(WGS) データを取得できます。この設計により、プロアクティブで広範な病原体サーベイランスが可能になります。ハイブリッドキャプチャーパネルは、ウイルスゲノムのバリエーションを可能にし、変異や新規株の検出を可能にします。
ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメント により、ショットガンメタゲノムシーケンスに必要な高いリード深度を必要とせずに、複数のウイルスの全ゲノムシーケンスが可能になります。同時に複数のウイルスのWGSにより、ウイルスの進化と幅広いウイルスサーベイランスを理解することができます。1
アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス法と比較して、ハイブリッドキャプチャーによるエンリッチメントにより、複数のウイルスを一度により包括的に特性化し、シーケンスが難しいゲノムを持つ、より大きなタイル状のプローブパネルが可能になります。さらに、ハイブリッドキャプチャープロトコールに使用されるオリゴプローブは、非常に変異原性の強い領域でも有効であり続け、RNAウイルスなどの急速に進化するウイルスをターゲットにすることができます。
この包括的なワークフローにより、研究者と公衆衛生サイエンティストは、1つのパネル/ワークフローで複数の高リスクウイルス(両方のDNA & RNA)を監視できます。このワークフローでは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、データ解析を統合します。このワークフローは、全核酸抽出から 全ウイルスゲノムを濃縮することを目的としています。対応するデータ解析は、DRAGEN Microbial Enrichmentアプリで完了できます。
1. Gaudin M and Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencingとそのヒト感染症への応用。前面の微生物。2018; 9:2924。
ウイルスサーベイランスパネル | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | |
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テクノロジー | シーケンス | シーケンス | シーケンス |
核酸タイプ | RNA, DNA | RNA, DNA | RNA, DNA |
生物種カテゴリー | ウイルス | ウイルス, ヒト | 細菌, ウイルス |
自動化に関する互換性 | 自動液体分注システム | 自動液体分注システム | 自動液体分注システム |
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