Respiratory Virus Oligo Panel with Illumina RNA Prep with Enrichmentを使用すると、研究者はSARS-CoV-2の存在を確認し、バリアント解析研究を進めることができる次世代シーケンス(NGS)データを取得できます。アグノスティックなデザインにより、病原性呼吸器系ウイルスの広範な同定が可能です。
ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントにより、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要となるような高いリード深度がなくとも、高感度な検出が可能です。さらに、この方法ではターゲットのほぼ完全なシーケンスデータが得られ、ウイルスの進化やウイルスサーベイランスのためのバリアント解析などのアプリケーションが開かれます。1
アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス手法と比較して、ハイブリッドキャプチャーによるエンリッチメントでは、ターゲット領域のより包括的なプロファイリングにより、大幅に大規模なプローブパネルを作成することが可能です。さらに、ハイブリッドキャプチャープロトコールに使用されるオリゴプローブは、高度に変異原性の領域内であっても効果的であり、RNAウイルスなどの急速に進化するウイルスをターゲットにすることができます。
この包括的なワークフローは、サンプル調製、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、データ解析を統合します。このワークフローは、全核酸抽出からウイルスターゲットを濃縮することを目的としています。
抽出されたRNAの逆転写とライブラリー調製は、Illumina RNA Prep with Enrichmentを使用して行い、その後Illumina Respiratory Virus Oligo Panelで濃縮します。イルミナのNGSシステムでシーケンスした後、DRAGEN Pathogen DetectionパイプラインとIDbyDNA Explifyプラットフォームを使用してデータ解析が進められます。
呼吸器ウイルスオリゴパネル | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit |
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Surveillance of infectious disease through wastewater sequencing
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