Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit

SARS-CoV-2株を含む一般的な呼吸器系ウィルスを高感度で検出し、特性評価を提供する合理的なワークフロー。

ライブラリー調製時間9時間未満

アッセイ時間

ライブラリー調製時間<2時間

ハンズオンタイム

10~100 ng

インプット量

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Respiratory Virus Oligos Panel v2 (RVOP v2、カタログ番号:20044311) は、Respiratory Virus Oligos Panel V2、ライブラリー調製および濃縮試薬、インデックスアダプターを含む包括的なキット(セットA~D)で販売されています。スタンドアロンのRVOP v2製品または個々のコンポーネントは、MyIlluminaから購入できます。

概要

 以前はRespiratory Virus Oligo Panel(RVOP)として知られていたイルミナのRespiratory Virus Enrichment Kitは、SARS-CoV-2やインフルエンザA/Bなどの一般的な呼吸器系ウイルスを検出するための効果的で合理化された方法を提供します。 

  • ウイルス進化またはウイルスサーベイランスのためのバリアント解析を理解する1

  • ウイルス感染パターンを特定し、ウイルスの再流行を予測する

  • 複雑な疾患における複数感染とその役割の同定と特徴付け

呼吸器系ウイルス検出のためのターゲットエンリッチメント

ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントにより、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要となるような高いリード深度がなくとも、高感度な検出が可能です。さらに、この方法では、アンプリコンシーケンスと比較して、包括的なプロファイリングのための劇的に大型化したプローブパネルが可能になり、ターゲットウイルスの全ゲノムシーケンスデータを生成できます。

ウイルスアプリケーション向けの合理化されたソリューション

この包括的なワークフローは、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、およびデータ解析を統合し、研究者と公衆衛生サイエンティストが1つのワークフローで複数のウイルスやバリアントをモニタリングできるようにします


仕様


必要な製品

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kitsには、Respiratory Virus Oligo Panel(RVOP)v2、Illumina RNA Prep with Enrichment、および4種類のユニークデュアルインデックスプレートのいずれかが含まれています。384サンプルを一度にランするには、4セット(A、B、C、D)すべてをご注文ください。追加で必要なイルミナ試薬には、イルミナシーケンサー、適切なシーケンス試薬およびフローセルが含まれます。
/ 結果

アプリケーション

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit、Illuminaシーケンス、DRAGEN二次解析は、40を超える一般的なヒト呼吸器ウイルスの検出と特性評価を可能にする合理化されたワークフローを提供します。 

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Llumina Respiratory Virus Enrichment Kit


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System Rapid: 20 samples, 1M clusters and a minimum of 1M single-end reads per sample 1 × 100 bp
MiSeq System v3 reagents: ~20 samples, 1M clusters and a minimum of 1 M single-end reads per sample 1 × 150 bp
NextSeq 550 System High output: 384 samples, 1M clusters and a minimum of 1M single-end reads per sample 1 × 150 bp

関連するアプリケーションとメソッド

比較する

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
アッセイ時間 ライブラリー調製時間9時間未満 ライブラリー調製時間<9時間
Automation capability Liquid handling robots Liquid handling robots
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
コンテンツ仕様 SARS-CoV-2、インフルエンザA型およびB型ウイルス、アデノウイルス、ライノウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを含む、約40の一般的な呼吸器系ウイルスをターゲットとし、特性を明らかにします。 呼吸器病原体のDNAとRNAを同時に検出し、抗菌薬耐性(AMR)遺伝子発現を同時にプロファイリングします。
説明 SARS-CoV-2およびその他の一般的な呼吸器系ウイルスを検出および解析するための合理化されたワークフロー。アグノスティックなデザインにより、関心のある複数のサンプルタイプにわたる病原性ウイルスの広範な同定が可能です。 呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体(SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス)の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。
ハンズオンタイム ライブラリー調製時間<2時間 ライブラリー調製時間<2時間
インプット量 10~100 ng 容量に基づく(濃度に依存しない)
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeqシステム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeqシステム
作用機序 オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ
手法 Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
マルチプレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
Nucleic acid type DNA, RNA DNA, RNA
サンプルタイプの詳細

鼻腔用綿棒、洗浄液、廃水など

Species category ヒト, Virus Fungal, Virus, Bacteria
生物種詳細 最近のインフルエンザウイルス株やSARS-CoV-2を含む一般的な呼吸器系ウイルスを検出します。このパネルには、品質機能としてヒトターゲットへのプローブが含まれているため、アッセイに使用したすべてのサンプルでヒトターゲットを検出できます。 呼吸器病原体(180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス)および抗菌薬耐性アリル(1200以上)を検出します。
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels)

選択ツール

呼吸器系ウイルス検出のためのエンリッチメントワークフロー

呼吸器系ウイルス検出のための合理化されたNGSワークフローは、サンプル調製、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、データ解析を統合します。

高感度SARS-CoV-2検出

ヒト唾液RNAに規定量のウイルスコピーを添加した滴定実験では、イルミナのRespiratory Virus Enrichment Kitにより、SARS-CoV-2ウイルスRNAのわずか2コピーからウイルスリードを検出できました。

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kitで検出されたウイルス

Respiratory Virus Oligo Panelには、一般的な呼吸器ウイルス、最近のインフルエンザ株、SARS-CoV-2、陽性対照として機能するヒトプローブを検出する7800プローブが含まれています。すべてのプローブは80-merのオリゴで、非常に近くに間隔があいており、パネル内のすべてのウイルスの完全なゲノムカバレッジを提供します。

ヒトコロナウイルス229E ヒトパラインフルエンザウイルス1型 ヒトボカウイルス4型NI株HBoV4-NI-385 A型インフルエンザウイルス(A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))
ヒトコロナウイルスNL63 ヒトパラインフルエンザウイルス2型 KIポリオーマウイルスストックホルム60 A型インフルエンザウイルス(A/Hong Kong/1073/99(H9N2))
ヒトコロナウイルスOC43 ヒトパラインフルエンザウイルス3型 WUポリオーマウイルス A型インフルエンザウイルス(A/Texas/50/2012(H3N2))
ヒトコロナウイルスHKU1 ヒトパラインフルエンザウイルス4a型 ヒトパレコウイルス1型PicoBank/HPeV1/a A型インフルエンザウイルス(A/Michigan/45/2015(H1N1))
SARS-CoV-2 ヒトメタニューモウイルス(CAN97-83) ヒトパレコウイルス6型 B型インフルエンザウイルス(B/Lee/1940)
ヒトアデノウイルスB1 呼吸器合胞体ウイルス(タイプA) ヒトライノウイルスA89 B型インフルエンザウイルス(B/Wisconsin/01/2010)
ヒトアデノウイルスC2 ヒトRSウイルス9320(タイプB) ヒトライノウイルスC(024株) B型インフルエンザウイルス(B/Brisbane/60/2008)
ヒトアデノウイルスE4 A型インフルエンザウイルス(A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) ライノウイルスB14 B型インフルエンザウイルス(B/Colorado/06/2017)
ヒトボカウイルス1型(霊長目ボカパルボウイルス1型分離株st2) A型インフルエンザウイルス(A/Korea/426/1968(H2N2)) ヒトエンテロウイルスC104株:AK11 B型インフルエンザウイルス(B/Washington/02/2019)
ヒトボカウイルス2c型PK分離株PK-5510 A型インフルエンザウイルス(A/New York/392/2004(H3N2)) ヒトエンテロウイルスC109分離株NICA08-4327 人間制御遺伝子
ヒトボカウイルス3型 A型インフルエンザウイルス(A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1))    

Illlumina Respiratory Virus Enrichment Kit Set A (96 indexes, 96 samples)

20100469

イルミナRNA Prep with Enrichmentライブラリー調製およびハイブリダイゼーション試薬、Respiratory Virus Oligo Panel v2、IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set Aを含む、ハイブリダイゼーションベースのエンリッチメントキット一式。各キットには、ハイブリダイゼーション反応1回につき3ライブラリーの32ハイブリダイゼーション反応で96サンプルに十分な試薬が入っています。SARS-CoV-2やインフルエンザを含む40の一般的なヒト呼吸器系ウイルスの濃縮を可能にし、各ターゲットウイルスの全ゲノムシーケンスを生成します。

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Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Set B (96 indexes, 96 samples)

20100470

Illumina RNA Prep with Enrichmentライブラリー調製およびハイブリダイゼーション試薬、Respiratory Virus Oligo Panel v2、IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set Bを含む、ハイブリダイゼーションベースのエンリッチメントキット一式。各キットは、ハイブリダイゼーション反応ごとに3つのライブラリーを含む32のハイブリダイゼーション反応で96サンプルに十分な試薬を提供します。SARS-CoV-2やインフルエンザを含む40の一般的なヒト呼吸器系ウイルスの濃縮を可能にし、各ターゲットウイルスの全ゲノムシーケンスを生成します。

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Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Set C (96 indexes, 96 samples)

20100471

イルミナRNA Prep with Enrichmentライブラリー調製およびハイブリダイゼーション試薬、Respiratory Virus Oligo Panel v2、IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set Cを含むハイブリダイゼーションベースのエンリッチメントキット一式。各キットは、ハイブリダイゼーション反応ごとに3つのライブラリーを含む32のハイブリダイゼーション反応で96サンプルに十分な試薬を提供します。SARS-CoV-2やインフルエンザを含む40の一般的なヒト呼吸器系ウイルスの濃縮を可能にし、各ターゲットウイルスの全ゲノムシーケンスを生成します。

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Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Set D (96 indexes, 96 samples)

20100472

イルミナRNA Prep with Enrichmentライブラリー調製およびハイブリダイゼーション試薬、Respiratory Virus Oligo Panel v2、IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set Dを含むハイブリダイゼーションベースのエンリッチメントキット一式。各キットは、ハイブリダイゼーション反応ごとに3つのライブラリーを含む32のハイブリダイゼーション反応で96サンプルに十分な試薬を提供します。SARS-CoV-2やインフルエンザを含む40の一般的なヒト呼吸器系ウイルスの濃縮を可能にし、各ターゲットウイルスの全ゲノムシーケンスを生成します。

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よくある質問(FAQ)

Respiratory Virus Enrichment Kitは、ホルマリン固定・鼻腔スワブ・鼻腔洗浄・廃水サンプルなど、幅広いサンプルソースに対応しています。

Respiratory Virus Enrichment Kitライブラリー調製および濃縮プロトコールは、ハンズオンタイムが<2時間で<9時間かかります。

MiniSeq Rapid Reagent Kit、MiniSeq Sequencing System、DRAGEN RNA Pathogen Detectionアプリと併用すると、全プロセスが< 24時間で完了します。fast detection of respiratory viruses(呼吸器系ウイルスの迅速な検出)の詳細はこちら。

はい。このキットはハイブリダイゼーションベースのエンリッチメントを使用し、40種類以上の異なるウイルスのプローブが含まれているため、複数のウイルスを検出できます。Illumina RNA Prep with Enrichmentを使用した呼吸器系ウイルスの検出と特性評価の詳細はこちら。

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kitには、 DRAGEN RNA Pathogen Detectionアプリ とDRAGEN Targeted Microbialアプリの無料使用が含まれており、どちらも病原体データを解析し、コンセンサスシーケンスを生成します。

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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