Respiratory Virus Oligo Panel with Illumina RNA Prep with Enrichmentを使用すると、研究者はSARS-CoV-2の存在を確認し、バリアント解析研究を進めることができる次世代シーケンス（NGS）データを取得できます。アグノスティックなデザインにより、病原性呼吸器系ウイルスの広範な同定が可能です。
ハイブリッドキャプチャー法によるターゲットエンリッチメントにより、ショットガンメタゲノミクスシーケンスに必要となるような高いリード深度がなくとも、高感度な検出が可能です。さらに、この方法ではターゲットのほぼ完全なシーケンスデータが得られ、ウイルスの進化やウイルスサーベイランスのためのバリアント解析などのアプリケーションが開かれます。1
アンプリコンシーケンスなどの他のターゲットリシーケンス手法と比較して、ハイブリッドキャプチャーによるエンリッチメントでは、ターゲット領域のより包括的なプロファイリングにより、大幅に大規模なプローブパネルを作成することが可能です。さらに、ハイブリッドキャプチャープロトコールに使用されるオリゴプローブは、高度に変異原性の領域内であっても効果的であり、RNAウイルスなどの急速に進化するウイルスをターゲットにすることができます。
この包括的なワークフローは、サンプル調製、ライブラリー調製、ターゲットエンリッチメント、シーケンス、データ解析を統合します。このワークフローは、全核酸抽出からウイルスターゲットを濃縮することを目的としています。
抽出されたRNAの逆転写とライブラリー調製は、Illumina RNA Prep with Enrichmentを使用して行い、その後Illumina Respiratory Virus Oligo Panelで濃縮します。イルミナのNGSシステムでシーケンスした後、DRAGEN Pathogen DetectionパイプラインとIDbyDNA Explifyプラットフォームを使用してデータ解析が進められます。
| 呼吸器ウイルスオリゴパネル | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit |
|---|
ヒト唾液RNAにスパイクされたウイルスの2コピーまでの1,000の滴定実験で、Illumina RNA Prep with EnrichmentはSARS-CoV-2の2コピーという低いウイルスリードを検出しました。
| システム | サイクル数 | リード（M） | ランタイム（時間） | ランあたりのサンプル数（サンプルあたり100万リード） |
|---|---|---|---|---|
| NextSeq 550システム（高出力） | 150 | 400 | 18 | 最大400a |
| NextSeq 550システム（中出力） | 150 | 130 | 15 | 130 |
| MiSeqシステム（v3ケミストリー | 150 | 25 | 21 | 25 |
| MiniSeqシステム（高出力） | 150 | 25 | 17 | 25 |
| a. ランあたりのサンプル数が利用可能なインデックス数を超えていることを示します。 | ||||
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Surveillance of infectious disease through wastewater sequencing
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NextSeq 1000/2000試薬キットには、試薬カートリッジ、フローセル、およびTween 20含有懸濁バッファーが含まれます。複数のフローセル構成により、プロジェクトのニーズに合わせた出力が調整可能です。
Provides a reproducible, economical solution for sequencing RNA from FFPE tissues and other low-quality samples. Accuracy from as little as 10 ng total RNA.
カスタムパネル、固定パネル、および全エクソームエンリッチメントのためのターゲットリシーケンスを提供する、幅広いアプリケーションのための高速で統合されたワークフロー。
