2020年7月9日
COVID-19のパンデミックに対処するため、SARS-CoV-2に対するヒト宿主応答の研究が重要な役割を果たしています。イルミナは本日、BaseSpace Correlation Engine（BSCE）を活用してCOVID-19宿主応答を研究するための新しいコラボレーション環境を発表しました。このリソースは、COVID-19研究者が 結果を状況に当てはめ、発見を加速し、重要なパスウェイ、バイオマーカー、および潜在的な薬剤候補リードに関する仮説検証を可能にし、COVID-19の危機に対処するのに役立つ環境を提供します。イルミナは、COVID-19の世界的研究コミュニティに、パンデミックとの闘いを支援するBSCEを評価する機会を提供するために、このリソースを無料で提供しています。
この環境には、BSCEツール一式が組み込まれており、コロナウイルスの動物モデルシステムから事前に処理されたデータセットと、最近リリースされたヒトSARS-CoV-2データを組み合わせています。追加の関連する科学的データは、利用可能になった時点でリソースに提供されます。データの共有は必須ではありませんが、研究者は、コミュニティリソースに追加するためにデータセットを提出するか、SARS-CoV-2宿主応答の理解を深めるために追加すべきと考える公開データセットを強調することが推奨されます。
バイオインフォマティクス以外のサイエンティストとして、私の研究に関連する公開データの海を探し、理解することは非常に大きな仕事でした。Correlation Engineは、このプロセスを明確かつ簡潔にしました。今では、私が好む解析パイプラインの一部となっています。私のデータと他の研究者からの公開されたデータで発見できることを楽しみにしています。そうすることで、確固たる基盤に基づいて新しい質問をする能力が広がります。コロラド大学ゲイツ再生医療センター 皮膚科学助教授のEnrique Torchiaが共有しました。
このプラットフォームは、イルミナのシーケンスおよびアレイプラットフォームから生成された結果、ならびに他の実験手法からの補完データをサポートします。遺伝子発現、メチル化、GWAS、タンパク質相互作用など、相関解析のためにさまざまなデータセットをBSCEシステムにインポートできます。
SARS-CoV-2の研究者は、こちらから6か月間無料でリソースを利用することができます。研究者は、こちらからイルミナに連絡してアクセスを申請することをお勧めします。
ビデオチュートリアル
SARS-CoV-2宿主応答をより良く理解するためにBSCEがどのように活用されるかの例を見るために、関心のある研究者は、BSCEユーザーであるMike Edwards, Ph.D.、Enrique Torchia, Ph.D.、および共同研究者が作成した一連のビデオをここで確認できます。これらのビデオで開発されたデータは、リソースで入手できます。
BaseSpace Correlation Engineは、パスウェイの単純なテキストマイニングにとどまらず、自分のシステムをそのリポジトリにある数千ものキュレーションされた研究の実際の実験結果と比較することができます。ファーマコアトラスで関心のある遺伝子に影響を与える薬剤や化合物を見つけたり、疾患アトラスで同様の表現型を探したり、メタ解析機能を使って自分のデータセットをその場で生成したりするためにも使用できます。私のバイオインフォマティクス資料に不可欠なツールとなり、私の協力者やクライアントから高く評価されています。
