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Low-Quality/FFPE RNA-Seq Solutions

FFPEサンプルのRNA-Seq解析を実現

FFPEサンプルや低品質サンプルのRNAシーケンス(RNA-Seq)解析からは、疾患研究のための貴重な洞察が得られます。 残念なことに、この貴重なデータのほとんどはこれまで入手不可能でした。 現在はイルミナが最近開発したFFPE RNA-Seqソリューションにより、重要なデータの入手が可能になり、分解したサンプルから高品質な結果が得られるようになりました。

ウェビナー: FFPE RNA-Seq

FFPE RNAシーケンスにおける障壁を克服する方法についてはこちら。

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FFPEサンプルおよび低品質サンプルのmRNA-Seq

mRNAシーケンス (mRNA-Seq) は、コーディングトランスクリプトームを解析する正確かつ費用効果の高い方法です。 シーケンス予算をメッセンジャーRNAだけに集中させることにより、選択的スプライシング、融合転写産物、およびコーディングバリアントなどの新規特性の発見を可能にする一方で、サンプルスループットが向上し、サンプルあたりの費用を削減できます。

TruSeq RNA Exome は、従来のポリAを用いてコーディングトランスクリプトームを捕捉する方法の限界を克服しています。これらの従来法はFFPE RNA-Seq解析には役に立ちません。 ポリアデニル化された転写産物の存在に頼らない配列特異的濃縮法を適用しているため、TruSeq RNA AccessはFFPEサンプル、分解したサンプル、出発物質の量が限られるサンプルのmRNA-Seqに最適です。

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FFPEサンプルおよび低品質サンプルのtotal RNA-Seq

Total RNAシーケンス では、トランスクリプトームの全体像を非常に良好に把握することができるため、1回の実験でコーディングRNAとさまざまな形態のノンコーディングRNAの両方を解析することが可能です。

Total RNA-Seqでは、非常に正確な転写産物存在量情報が得られ、さらに遺伝子融合、転写産物アイソフォーム、cSNPs、およびアリル特異的発現などの新規特性の検出も可能になります。

TruSeq Stranded Total RNA Library Preparation Kits は、実証されたサンプル調製とリボソームRNA除去ケミストリーを一つにした効率的なソリューションで、FFPEやその他の低品質サンプルおよび通常のサンプルを対象としたRNA-Seqによる頑健な全トランスクリプトーム解析です。

QC Recommendations for FFPE RNA-Seq

Extraction methods for FFPE tissue generally yield highly degraded RNA. Read our FFPE quality control recommendations to determine whether your FFPE samples are viable input material for Illumina library preparation kits.

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QC Recommendations for FFPE RNA-Seq

ターゲットRNAシーケンス

ターゲットRNAシーケンス は、目的の転写産物の発現を測定するための非常に正確で特異的な方法で、定量的情報と定性的情報の両方が得られます。 差次発現解析、アリル特異的発現測定、そして融合遺伝子の存在の検証を可能にします。

TruSight Tumor 170 は、固形腫瘍の悪化に寄与する融合およびスプライスバリアント(およびその他のバリアントクラス)を40 ngの核酸から検出でき、低品質FFPEサンプルにも対応する包括的なパネルです。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel により、1385の遺伝子融合および遺伝子発現の変化を包括的に検出して、がんにおける機能的に重要な変化の発生を重点的に観察することができます。 このパネルはFFPE組織に対応しており、わずか20 ngのFFPE由来total RNAで解析を行うことができます。 TruSight RNA Pan-Cancerパネルは、発現ダイナミクスおよびがんの機能的メカニズムの研究に適した、精度および再現性の高い経済的なソリューションです。

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