ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル解析

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルのシンプルな解析

イルミナのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)ソリューションのポートフォリオは、ゲノム解析にFFPEサンプルを利用する際の難しさに対応するために特に設計されており、FFPEシーケンスとマイクロアレイの幅広いアプリケーション提供しています。このソリューションは、一部劣化しているゲノム標品や限られたゲノム標品を含むことが多いFFPEサンプルについて最適化されたワークフローとテクノロジーを活用します。研究者は以前にはアクセスできなかったサンプルを解析することができ、高品質のゲノムデータや洞察を得ることができます。この次世代シーケンサー(NGS)とアレイのプラットフォームはシンプルな準備手法で革新的であるだけではなく直感的なデータ解析ツールであり、FFPEサンプルシーケンスとアレイの研究を促進します。

FFPEシーケンス用のQC手法

新しいQCのアプローチによって、FFPE腫瘍サンプルから劣化したDNAのシーケンスが可能になります。

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ターゲットDNAシーケンス

ターゲットシーケンスでは、先験的な知識に基づいて選ばれた一連の遺伝子や遺伝子領域に注目します。ターゲットDNA領域のシーケンスにより、研究者はコスト効率に優れた方法で深度の深いシーケンスを実施できるほか、データ解析パイプラインも合理化できます。

ターゲットがんFFPEシーケンスの研究を進めるために、イルミナはパフォーマンスの保証された固定パネルやカスタムのアンプリコンソリューションを提供しており、研究者は関心のあるアンプリコンをお選びいただけます。

TruSight Oncology 500:低品質のサンプルでも、腫瘍変異負荷(TMB)やマイクロサテライト不安定性(MSI)など、複数のバリアントタイプをターゲットにしたアッセイ。

TruSight Tumor 15は、FFPE組織検体からの腫瘍検体に関する分子プロファイル研究が可能で、微量のアリル検出を高感度で実現します。

AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2:がんとの関連性が確認されている50個の遺伝子のホットスポットを調べるターゲット研究パネル。

AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panel:がんとの関連性が確認されている409個の遺伝子のエクソン領域を調べるターゲット研究パネル。

FFPEサンプルのQCに関する推奨

FFPE組織の抽出手法は一般的にDNAとRNAを大きく劣化させます。FFPEのQCに関する当社の推奨をお読みになり、お手元のFFPEサンプルがイルミナのライブラリー調製キットにインプットできるサンプルであるかどうかをご判断ください。

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FFPEサンプルのQCに関する推奨

RNAシーケンス

弊社のFFPEシーケンス研究向けのRNAシーケンス(RNA-Seq)ライブラリー調整キットのポートフォリオを利用して、転写物レベルにおいて遺伝子発現を正確に測定し、遺伝子融合を発見してください。

FFPE RNA-Seqについての詳細はこちら
FFPE腫瘍サンプルのシーケンス

研究者は解析が困難なFFPEがんサンプルをシーケンスして、ドライバー遺伝子や新規バイオマーカーを同定しています。

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主なRNA-Seqソリューション

TruSight RNA腫瘍横断型パネルでは、1385個の遺伝子融合と遺伝子発現の変化を総合的に検出でき、研究者はがんに起きている機能に関連する変化を集中的にとらえることができます。このパネルはFFPE組織との互換性があり、FFPEからのわずか20 ngのトータルRNAのインプットに対応しています。TruSight RNA腫瘍横断型パネルは、がんにおける発現ダイナミックスと機能メカニズムの研究において高感度で再現可能かつ経済的なソリューションを提供します。

TruSight Oncology 500:低品質のサンプルでも、腫瘍変異負荷(TMB)やマイクロサテライト不安定性(MSI)など、複数のDNAとRNAのバリアントタイプをターゲットにしたアッセイ。

Illumina RNA Prep with Enrichmentは、卓越したキャプチャ効率とカバレッジの均一性で、膨大な数の標的遺伝子の迅速なターゲット探索を実現します。

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusは、コーディングおよびノンコーディングトランスクリプトーム研究用の広範な種類のサンプルから迅速にライブラリーを調製して、他に類を見ない柔軟性を持って研究を行うことができます。

ターゲットRNAシーケンスは、十数個から何千個におよぶRNAターゲットを同時に測定できる正確かつ経済的な手法で、遺伝子発現アレイおよびRNA-Seq研究の調査結果を確認するのに理想的です。

ジェノタイピングFFPEサンプル

遺伝型FFPEサンプルにはイルミナのカスタム、セミカスタム、市販のアレイをご利用いただけます。このワークフローはInfinium FFPE DNA修復ソリューションを利用しており、十分な品質を備えたサンプルを同定し、サンプル内で損傷を受けたDNAを下流のジェノタイピング用に修復するなど、サンプルの事前処理を簡素化します

ジェノタイピングの詳細はこちら

メチル化アレイ

メチル化アレイにより、1塩基の解像度でゲノム全体の特定のメチル化部位を定量化できるようになります。イルミナのメチル化アレイは、専門家が選定した包括的なカバレッジを独自に組み合わせて、FFPEサンプルとの互換性を備えつつサンプルスループットを向上させ、手頃な価格を実現しています。

メチル化アレイの詳細はこちら

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