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FFPE Sample Analysis

FFPEサンプルのシームレスな解析

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルのゲノム解析での使用という課題に特化してデザインされたイルミナのFFPEソリューションは、包括的なFFPEシーケンスとマイクロアレイのアプリケーションを実現します。 これらのソリューションでは、ほとんどの場合ゲノムサンプルが部分的に分解したり量が限られているFFPEサンプルのために最適化されたワークフローとテクノロジーを利用しています。 これまでは利用できなかったサンプルを解析して高品質なゲノムデータと洞察を得ることができるようになりました。 革新的な調製法、業界をリードする次世代シーケンサーとアレイのプラットフォーム、そして直感的なデータ解析ツールを備えたシームレスなソリューションにより、FFPEのシーケンス研究やアレイ研究がこれまでになく簡単になりました。

FFPEシーケンスのための新しいQC法

新しいQCアプローチにより、FFPE腫瘍サンプルからの分解DNAのシーケンスを成功させることができます。

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ターゲットDNAシーケンス

ターゲットシーケンスでは、演繹的知識に基づいて選択された一連の遺伝子または遺伝子領域に注目します。 ターゲットDNA領域をシーケンスすることで、より効率化されたデータ解析パイプラインを用いて高い費用効果で高深度のシーケンスを実施することができます。

がんFFPEのターゲットシーケンス研究を推進するために、イルミナは性能が保証されている固定パネルと、研究者が目的のアンプリコンを選択できるカスタムアンプリコンソリューションをご提供します。

TruSight Tumor 170は、固形腫瘍の悪化に寄与する一塩基変異(SNV)、増幅、およびindelを40 ngの核酸から検出でき、低品質FFPEサンプルにも対応する包括的なパネルです。

TruSight Tumor 15 では、FFPE組織サンプルから固形腫瘍試料の分子プロファイリングが可能で、マイナーアリル検出で高いレベルの感度を達成します。

AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2: Targeted research panel for investigating hotspot regions of 50 genes with known associations to cancer.

AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panel: Targeted research panel for investigating the exonic regions of 409 genes with known associations to cancer.

TruSight Oncology 500: Assay targeting multiple variant types, including tumor mutational burden (TMB) and microsatellite instability (MSI), even from low-quality samples.

 

FFPE Sample QC Recommendations

Extraction methods for FFPE tissue generally yield highly degraded DNA and RNA. Read our FFPE quality control recommendations to determine whether your FFPE samples are viable input material for Illumina library preparation kits.

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FFPE Sample QC Recommendations
ライブラリー調製キットとアレイキットセレクター

お客様のプロジェクトのタイプ、お持ちの試料、ご興味のある手法に基づいて、お客様のニーズに最適なシーケンスライブラリー調製キットやマイクロアレイを決定します。

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ライブラリー調製キットとアレイキットセレクター

RNAシーケンス

イルミナのFFPEシーケンス用RNAシーケンス(RNA-Seq)ライブラリー調製キットを使って、転写レベルで遺伝子発現を正確に測定し、遺伝子融合を発見または検証することができます。

FFPE RNA-Seqの詳細はこちらから
FFPE腫瘍サンプルのシーケンス

Yasser Riazalhosseini(Ph.D.)がドライバー遺伝子と新規バイオマーカーを特定するために難しいFFPEがんサンプルをシーケンスしている例をご覧ください。

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注目のRNA-Seqソリューション

TruSight RNA Pan-Cancer Panelにより、1385の遺伝子融合および遺伝子発現の変化を包括的に検出して、がんにおける機能的に重要な変化の発生を重点的に観察することができます。 このパネルはFFPE組織に対応しており、わずか20 ngのFFPE由来total RNAで解析を行うことができます。 TruSight RNA Pan-Cancerパネルは、発現ダイナミクスおよびがんの機能的メカニズムの研究に適した、精度および再現性の高い経済的なソリューションです。

TruSight Tumor 170は、固形腫瘍の悪化に寄与する融合およびスプライスバリアント(およびその他のバリアントクラス)を40 ngの核酸から検出でき、低品質FFPEサンプルにも対応する包括的なパネルです。

TruSeq RNA Exomeは、高い価値を持つコーディングRNAに対するシーケンス能力に注目して、お客様の解析予算を最も有効に活用するとともに、わずか20 ngのRNA量から卓越したデータ品質を達成できます。

TruSeq Stranded Total RNAでは、トランスクリプトームの全体像を非常に良好に把握することができるため、リボソームRNAなどの存在量の多いRNA種を排除しながらコーディングRNAとノンコーディングRNAを捕らえることができます。

Targeted RNA Sequencingは、何十から何千ものRNAターゲットを同時に測定するための正確かつ経済的な方法であり、遺伝子発現アレイやRNA-Seq研究のバリデーションに最適です。

ジェノタイピング

イルミナのカスタムアレイ、セミカスタムアレイ、および市販アレイはすべて効率的なワークフローを採用しており、FFPEサンプルのジェノタイピングに使用できます。 このワークフローでは Infinium FFPE DNA Restorationソリューションが使用されており、このソリューションは品質が十分なサンプルを特定し、サンプルに含まれる損傷DNAを下流ジェノタイピングのために修復することで、最初のサンプル処理をシンプルにします。

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メチル化アレイ

メチル化アレイは、ゲノム全体にわたる選択されたメチル化部位を一塩基解像度で定量的に調べることができます。 イルミナのメチル化アレイは、専門家が選択した包括的なカバレッジ、FFPEサンプルへの対応、高いサンプルスループット、手頃な値段を兼ね備えています。

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