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TruSight RNA Pan-Cancer Panel

血液、骨髄、ホルマリン固定パラフィン包埋組織など、多種多様なRNAサンプルタイプを用いる遺伝子発現・バリアント検出・融合検出の研究のために、1,385のがん遺伝子をターゲットとします。

2.5日

アッセイ時間

11時間

ハンズオンタイム

10 ngトータルRNA、20～100 ng FFPE RNA

インプット量

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MiniSeqシステムで利用可能な試薬およびライブラリー調製キットバンドル

MiniSeq試薬とライブラリー調製キットを一緒にご注文いただくと、さらにお得で便利です（カタログ番号20005611）。

概要

TruSight RNA Pan-Cancer Panelは、ベンチトップシーケンスシステム上で、限定および分解サンプル中のがん関連RNA転写産物を詳細かつ費用対効果の高い方法で評価します。

  • がんパスウェイに関与する1,385の遺伝子の包括的ビューを提供する業界検証済みコンテンツ

  • 遺伝子発現レベル、バリアント、および融合遺伝子の精査を可能にするがんパスウェイの包括的ビュー

  • ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルを含む、ほとんどのサンプルタイプに対応する低いインプットプロトコール

困難なサンプルの効率的な解析

ライブラリーは、わずか10 ngのトータルRNAインプット（またはFFPEサンプルから20 ng）から調製できます。関連する遺伝子のサブセットに焦点を合わせることで、感度の高いRNA-Seqを実現します。

直感的なクラウドベースのデータ解析

BaseSpace RNA-Seq Alignment アプリを使用して解析することで、遺伝子発現プロファイルの提供、融合遺伝子の特定、1塩基変異と小さなインデルの報告など、がん研究者に包括的で直感的なソリューションを提供します。

サンプルデータセット

BaseSpace Sequence Hubに登録またはサインインすることで、MiSeqシステムデータおよびMiniSeqシステムデータにアクセスできます（ランまたはプロジェクトを表示）。

仕様

アッセイ時間 2.5日
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
がんの種類 汎がん (Pan-cancer), 血液学, 固形腫瘍
コンテンツ仕様 1,385のターゲット遺伝子と21,043の標的エクソン領域を有する腫瘍横断型パネルです。がん遺伝子融合に関与する507の遺伝子を含みます。
説明 複数のがんタイプにおける遺伝子融合、バリアント、遺伝子発現の変化に関する研究を可能にするがん関連RNA転写産物の包括的な評価。
ハンズオンタイム 11時間
インプット量 10 ngトータルRNA、20～100 ng FFPE RNA
システム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NextSeq 500システム, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム
手法 ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮, カスタムシーケンス
核酸の種類 RNA
対応サンプルタイプ 少量インプットサンプル, FFPE組織
生物種カテゴリー ヒト
テクノロジー シーケンス
バリアントクラス 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 新規点転写産物, 転写産物バリアント

必要な製品

TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Aおよび/またはBの購入が必要です。各セットには、12のインデックスを持つ48サンプル用のライブラリー調製試薬とオリゴが含まれます。各インデックスは4つの個別のサンプルに十分です。両セットを合わせて使用することで、最大24サンプルまでプールできます。

MiniSeqシステムを使用する場合、試薬とライブラリー調製キットはTruSight Pan-Cancer Set A MiniSeqキットと一緒に注文できます。

/ 件

アプリケーション

TruSight RNA Pan-Cancer Panelは、FFPE組織およびその他の研究用腫瘍学サンプルにおけるがん関連RNA転写産物の包括的評価と融合遺伝子検出を提供します。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製
2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 推奨サンプル数 リード長
MiniSeqシステム

1ランあたりのサンプル数：中出力：2～3、高出力：8（1サンプルあたり300万リードに基づく）

2 × 75 bp（推奨最大値）
MiSeqシステム

v3試薬で1ランあたり8サンプル（1サンプルあたり300万リードに基づく）

2 × 75 bp（推奨最大値）

関連するアプリケーションと手法

腫瘍横断型解析

がん発生部位に関係なくさまざまな一般的ながんにともなう遺伝子変異と異常を総合的に評価するNGSによる汎がん解析。

がんRNAシーケンス

RNA次世代シーケンサー（RNA-Seq）により、がんの遺伝子発現とトランスクリプトームの変化を検出し、新しいがん遺伝子転写物を同定します。

低品質/FFPE RNA-Seqソリューション

劣化したFFPE組織やその他の低品質サンプルから高品質の結果を得るFFPE RNAシーケンスソリューションを見つけてください。

本製品の使用例
小児白血病におけるがんパスウェイに関する新たな見解

ドキュメント

製品資料
Support documentation

製品比較

TruSight RNA Pan-Cancer Panel TruSight RNA Fusion Panel
アッセイ時間 2.5日 2.5日
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
がんの種類 汎がん (Pan-cancer), 血液学, 固形腫瘍 汎がん (Pan-cancer), 血液学, 固形腫瘍
コンテンツ仕様 1,385のターゲット遺伝子と21,043の標的エクソン領域を有する腫瘍横断型パネルです。がん遺伝子融合に関与する507の遺伝子を含みます。
説明 複数のがんタイプにおける遺伝子融合、バリアント、遺伝子発現の変化に関する研究を可能にするがん関連RNA転写産物の包括的な評価。 がん研究のための費用対効果の高いNGSソリューションを提供し、固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍など、複数のがんタイプに関与する507の遺伝子を深くカバーします。 
ハンズオンタイム 11時間 11時間
インプット量 10 ngトータルRNA、20～100 ng FFPE RNA 10 ngトータルRNA、20～100 ng FFPE RNA
システム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NextSeq 500システム, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NextSeq 500システム
手法 ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮, カスタムシーケンス ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮
核酸の種類 RNA RNA
対応サンプルタイプ 少量インプットサンプル, FFPE組織 少量インプットサンプル, FFPE組織
生物種カテゴリー ヒト ヒト
テクノロジー シーケンス シーケンス
バリアントクラス 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 新規点転写産物, 転写産物バリアント 融合遺伝子

選択ツール：

ライブラリー調製とアレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

図

TruSight Pan-Cancerキャプチャーケミストリー

TruSight RNA PanCancer Panelは、対象領域をトータルRNAから分離するためのシンプルで合理化された方法を提供します。

新規遺伝子融合パートナーの同定

（A）バイオアナライザーに表示される、メラノーマに由来する3つの異なるFFPEサンプルからのトータルRNAのサイズ分布。（B）表は、融合ペアの1つの遺伝子（ハイライトされた）のみがターゲットの場合のFFPEサンプル中の遺伝子融合パートナーの検出を示しています。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set A

RS-303-1002

ライブラリー調製試薬およびオリゴ（48サンプル、12インデックス）を含みます。各インデックスは4つの個別サンプル分です。TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Bと併用すれば、最大24サンプルのプーリングが可能です。

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TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set B

RS-303-1003

ライブラリー調製試薬およびオリゴ（48サンプル、12インデックス）を含みます。各インデックスは4つの個別サンプル分です。TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Aと併用すれば、最大24サンプルのプーリングが可能です。

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TruSight RNA Pan-Cancer Set A MiniSeq Kit

20005611

ライブラリー調製試薬およびオリゴ（48サンプル、12インデックス）に加えて、6個のMiniSeq High Output Kit（150 Cycles）が含まれます。

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Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panel

20046104

Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panelには、1プレックス濃縮を使用する場合はシーケンス用の96のトータルRNAサンプルに、3プレックス*濃縮を使用する場合はシーケンス用の288のトータルRNAサンプルに十分なオリゴが含まれます。このパネルには、ライブラリー調製は含まれていません。*マルチプレックス濃縮が可能なライブラリー調製ワークフローにのみ適用されます。

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よくある質問

TruSight RNA Pan-Cancerワークフローには6つの主要なステップがあります。

  • 鎖RNA-Seqライブラリーの生成
  • ビオチン化プローブのターゲット領域へのハイブリダイゼーション
  • ストレプトアビジンビーズを使用したターゲットのキャプチャー
  • ビーズからキャプチャーされた断片の溶出
  • クラスターの生成とシーケンス
  • BaseSpace RNA Alignmentアプリによるデータの解析と融合遺伝子の呼び出し

詳細はこちら

プローブは、1,385のがん遺伝子をターゲットとし、すべての遺伝子のすべてのエクソンにまたがって融合を検出するように設計されています。

MiSeqシステム上でRNA-Seqワークフロー（FASTQのみ）を実行し、データをBaseSpace Sequence Hubにストリーミングします。BaseSpace RNA-Seq Alignmentアプリは、TruSight RNA Pan-Cancer Panelからのデータを解析し、融合遺伝子表、バリアント表、遺伝子発現表を含むシンプルな結果サマリーを提供します。また、独自のパイプラインを使用して解析することもできます。

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NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

Nextera XT DNA Library Preparation Kit

低DNAインプット要件で、小規模ゲノム、PCR アンプリコン、プラスミド、cDNA シーケンス用のDNAライブラリーを調整するための90分のワークフローを提供します。

NextSeq 500/550 v2.5 Kit

Reagent v2.5 Kitは、初期の蛍光強度を維持する耐久性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性と性能が向上しています。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

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