TruSight RNA Pan-Cancer Panel
FFPEを含むあらゆる種類のRNAサンプルにおける遺伝子発現、変異および融合について1,385に及ぶがん遺伝子をターゲットとします。
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TruSight RNA Pan-Cancer Panelは、がんトランスクリプトームの包括的な解析が可能です。この製品は以下を特長としています：
TruSight RNA Pan-Cancer Panelでは、遺伝子発現を定量的に測定することだけでなく、既知および新規の遺伝子融合因子からの遺伝子融合を検出することもできます。このパネルは、わずか10 ngのtotal RNAのインプット量（FFPEサンプルの場合は20 ng）に対応しています。関連遺伝子のサブセットにフォーカスすることにより、高精度なRNA-Seqがデスクトップ型シーケンサーにおいてランあたり8サンプルで行うことができるため、あらゆるラボでNGSをコスト効率よく利用することができます。
解析はRNA-Seq Alignment BaseSpaceアプリを使って行うことができます。この直感的なツールは、融合コールと変異検出を行い、遺伝子発現プロファイルを捉えることができるため、あらゆるがん研究に役立つ包括的なソリューションとなっています。
ヒトリファレンスRNA（UHR）10 ng、ヒトリファレンス脳RNA（脳）10 ng、細胞株RNA（MCF7）10 ng、および乳がんFFPE RNA（BT）20mgを、TruSight RNA Pan-Cancer Panelを用いて調製し、MiSeqシステムでシーケンスしました。リードのマッピングおよび融合コールはBaseSpace Sequence HubにおいてRNA-Seq AlignmentアプリとSTAR alignerを併用して実施しました。
ヒトリファレンスRNA（HBRRおよびUHRR）、細胞株RNA（MCF7）、および乳がんRNAのサンプルをTruSight RNA Pan-Cancer Panelを用いて調製し、8サンプルをMiniSeqシステムにおいてシングルインデックスによりリード長2x76bpでシーケンスしました。全収量は、Q30以上の塩基の96.8%が含まれた4.2 Gbでした。
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| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| MiniSeq System | Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample) | 2 × 75 bp (max recommended) |
| MiSeq System | 8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample) | 2 × 75 bp (max recommended) |
Evaluating RNA Quality from FFPE Samples
Technical Note | PDF 1 MB
Data Sheet | PDF < 1 MB
TruSight RNA Pan-Cancer Sequencing Panel Gene List
Product Information Sheet | EXCEL < 1 MB
Sequencing Library qPCR Quantification Guide Documentation
TruSight RNA Pan-Cancer Panel Documentation
Illumina Experiment Manager User Guide Documentation
カスタムプロトコルセレクタ
Generates customized, end-to-end instructions
TruSight RNA Fusion Panelでは、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルやその他のがんサンプルにおいて融合遺伝子を包括的に検出できます。
ケミストリーの最適化により、以前のMiSeq試薬キットバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善されました。
骨髄がんと関連する40のDNA遺伝子、29のRNAドライバー融合遺伝子、および5つの遺伝子発現レベルを調べるためのターゲットパネル。
