MiniSeq試薬とライブラリー調製キットを一緒に注文すると、さらなる節約と利便性が実現します。アイテム20005611 を選択し、カートに追加します。
TruSight RNA Pan-Cancerパネルは、がんトランスクリプトームの包括的な解析を提供します。以下を提供します。
TruSight RNA Pan-Cancerパネルは、遺伝子発現の定量的測定だけでなく、既知の遺伝子融合パートナーと新規の遺伝子融合パートナーの両方による遺伝子融合の検出を可能にします。このパネルは、わずか10 ngのトータルRNAインプット(またはFFPEサンプルから20 ng)に対応しています。関連遺伝子のサブセットに焦点を合わせることで、ベンチトップシーケンサーで高感度のRNA-Seqが可能になり、あらゆるラボでコスト効率の高いNGSへのアクセスが可能になります。
解析はBaseSpace RNA-Seq Alignment Appを使って行うことができます。この直感的なツールは、融合コールとバリアント検出を実行し、遺伝子発現プロファイルを提供し、がん研究者に包括的なソリューションを提供します。
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10 ngのヒトリファレンスRNA(UHR)、ヒトリファレンス脳RNA(Brain)、細胞株RNA(MCF7)、および20 ngの乳房腫瘍FFPE RNA(BT)を、TruSight RNA Pan-Cancer Panelを使用して調製し、MiSeqシステムシーケンスしました。BaseSpace Sequence Hub上のSTARアライナーとRNA-Seq Alignmentアプリを使用して、リードマッピングと融合コールを実施しました。
ヒトリファレンスRNA(HBRRおよびUHRR)、細胞株RNA(MCF7)、および乳がんRNAサンプルを、TruSight RNA Pan-Cancerパネルを使用して調製し、8サンプルを、シングルインデックスで2x76bpのリード長でMiniSeqシステムシーケンスしました。総収量は4.2 Gbで、塩基の96.8%がQ30以上でした。
装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
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MiniSeq System | ランあたりのサンプル数:中出力:2~3、高出力:8(サンプルあたり300万リードに基づく) | 2 × 75 bp(最大推奨) |
MiSeq System | v3試薬で1ランあたり8サンプル(1サンプルあたり300万リードに基づく) | 2 × 75 bp(最大推奨) |
TruSight RNA Pan-Cancer | TruSight RNA Fusion Panel | |
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アッセイ時間 | 2.5日 | |
インプット量 | 10 ngトータルRNA, 20~100 ng FFPE RNA | |
コンテンツ仕様 | 1,385のターゲット遺伝子と21,043の標的エクソン領域を有する腫瘍横断型パネルです。がん遺伝子融合に関与する507の遺伝子を含みます。 | |
ハンズオンタイム | 11時間 | |
生物種カテゴリー | ヒト | ヒト |
説明 | 複数のがんタイプにおける遺伝子融合、バリアント、遺伝子発現の変化に関する研究を可能にするがん関連RNA転写産物の包括的な評価。 |
Evaluating RNA Quality from FFPE Samples
Technical Note | PDF 1 MB
Data Sheet | PDF < 1 MB
TruSight RNA Pan-Cancer Sequencing Panel Gene List
Product Information Sheet | EXCEL < 1 MB