TruSight RNA Pan-Cancer Panel

血液、骨髄、ホルマリン固定パラフィン包埋組織など、多種多様なRNAサンプルタイプを用いる遺伝子発現・バリアント検出・融合検出の研究のために、1,385のがん遺伝子をターゲットとします。

2.5日

アッセイ時間

11時間

ハンズオンタイム

10 ngトータルRNA、20~100 ng FFPE RNA

インプット量

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Reagent and library prep kit bundles available for the MiniSeq System

Order MiniSeq reagents and library prep kits together for additional savings and convenience (Catalog no. 20005611).

概要

TruSight RNA Pan-Cancer Panelは、ベンチトップシーケンスシステム上で、限定および分解サンプル中のがん関連RNA転写産物を詳細かつ費用対効果の高い方法で評価します。

  • がんパスウェイに関与する1,385の遺伝子の包括的ビューを提供する業界検証済みコンテンツ

  • 遺伝子発現レベル、バリアント、および融合遺伝子の精査を可能にするがんパスウェイの包括的ビュー

  • ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルを含む、ほとんどのサンプルタイプに対応する低いインプットプロトコール

困難なサンプルの効率的な解析

ライブラリーは、わずか10 ngのトータルRNAインプット(またはFFPEサンプルから20 ng)から調製できます。関連する遺伝子のサブセットに焦点を合わせることで、感度の高いRNA-Seqを実現します。

直感的なクラウドベースのデータ解析

BaseSpace RNA-Seq Alignment アプリを使用して解析することで、遺伝子発現プロファイルの提供、融合遺伝子の特定、1塩基変異と小さなインデルの報告など、がん研究者に包括的で直感的なソリューションを提供します。

サンプルデータセット

BaseSpace Sequence Hubに登録またはサインインすることで、MiSeqシステムデータおよびMiniSeqシステムデータにアクセスできます(ランまたはプロジェクトを表示)。


仕様


必要な製品

TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Aおよび/またはBの購入が必要です。各セットには、12のインデックスを持つ48サンプル用のライブラリー調製試薬とオリゴが含まれます。各インデックスは4つの個別のサンプルに十分です。両セットを合わせて使用することで、最大24サンプルまでプールできます。

MiniSeqシステムを使用する場合、試薬とライブラリー調製キットはTruSight Pan-Cancer Set A MiniSeqキットと一緒に注文できます。

/ 結果

アプリケーション

TruSight RNA Pan-Cancer Panelは、FFPE組織およびその他の研究用腫瘍学サンプルにおけるがん関連RNA転写産物の包括的評価と融合遺伝子検出を提供します。

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample)

2 × 75 bp(推奨最大値)

MiSeq System

8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample)

2 × 75 bp(推奨最大値)


関連するアプリケーションとメソッド

比較する

TruSight RNA Pan-Cancer Panel TruSight RNA Fusion Panel
アッセイ時間 2.5日 2.5日
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
Cancer type Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor Pan-cancer, Hematologic, Solid tumor
コンテンツ仕様 1,385のターゲット遺伝子と21,043の標的エクソン領域を有する腫瘍横断型パネルです。がん遺伝子融合に関与する507の遺伝子を含みます。
説明 複数のがんタイプにおける遺伝子融合、バリアント、遺伝子発現の変化に関する研究を可能にするがん関連RNA転写産物の包括的な評価。

がん研究のための費用対効果の高いNGSソリューションを提供し、固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍など、複数のがんタイプに関与する507の遺伝子を深くカバーします。 

ハンズオンタイム 11時間 11時間
インプット量 10 ngトータルRNA、20~100 ng FFPE RNA 10 ngトータルRNA、20~100 ng FFPE RNA
システム MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer
手法 Targeted RNA sequencing, Target enrichment, Custom sequencing Targeted RNA sequencing, Target enrichment
Nucleic acid type RNA RNA
サンプルタイプ Low-input samples, FFPE tissue Low-input samples, FFPE tissue
Species category ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Transcript variants Gene fusions

選択ツール:

TruSight Pan-Cancerキャプチャーケミストリー

TruSight RNA PanCancer Panelは、対象領域をトータルRNAから分離するためのシンプルで合理化された方法を提供します。

新規遺伝子融合パートナーの同定

(A)バイオアナライザーに表示される、メラノーマに由来する3つの異なるFFPEサンプルからのトータルRNAのサイズ分布。(B)表は、融合ペアの1つの遺伝子(ハイライトされた)のみがターゲットの場合のFFPEサンプル中の遺伝子融合パートナーの検出を示しています。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set A

RS-303-1002

ライブラリー調製試薬およびオリゴ(48サンプル、12インデックス)を含みます。各インデックスは4つの個別サンプル分です。TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Bと併用すれば、最大24サンプルのプーリングが可能です。

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TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set B

RS-303-1003

ライブラリー調製試薬およびオリゴ(48サンプル、12インデックス)を含みます。各インデックスは4つの個別サンプル分です。TruSight RNA Pan-Cancer Panel Set Aと併用すれば、最大24サンプルのプーリングが可能です。

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TruSight RNA Pan-Cancer Set A MiniSeq Kit

20005611

ライブラリー調製試薬およびオリゴ(48サンプル、12インデックス)に加えて、6個のMiniSeq High Output Kit(150 Cycles)が含まれます。

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Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panel

20046104

Trusight RNA Pan-Cancer Oligo Panelには、1プレックス濃縮を使用する場合はシーケンス用の96のトータルRNAサンプルに、3プレックス*濃縮を使用する場合はシーケンス用の288のトータルRNAサンプルに十分なオリゴが含まれます。このパネルには、ライブラリー調製は含まれていません。*マルチプレックス濃縮が可能なライブラリー調製ワークフローにのみ適用されます。

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よくある質問(FAQ)

TruSight RNA Pan-Cancerワークフローには6つの主要なステップがあります。

  • 鎖RNA-Seqライブラリーの生成
  • ビオチン化プローブのターゲット領域へのハイブリダイゼーション
  • ストレプトアビジンビーズを使用したターゲットのキャプチャー
  • ビーズからキャプチャーされた断片の溶出
  • クラスターの生成とシーケンス
  • BaseSpace RNA Alignmentアプリによるデータの解析と融合遺伝子の呼び出し

詳細はこちら

プローブは、1,385のがん遺伝子をターゲットとし、すべての遺伝子のすべてのエクソンにまたがって融合を検出するように設計されています。

MiSeqシステムワークフロー(FASTQのみ)を実行し、データをBaseSpace Sequence Hubにストリーミングします。BaseSpace RNA-Seq Alignmentアプリは、TruSight RNA Pan-Cancer Panelからのデータを解析し、融合遺伝子表、バリアント表、遺伝子発現表を含むシンプルな結果サマリーを提供します。また、独自のパイプラインを使用して解析することもできます。

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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