分子プロファイリングによる汎がん研究

腫瘍の分類と対象になる治療法の可能性を探る、がんの種類に横断的な分子解析。

汎がん解析

がんはすべて分子的に明確に違いがありますが、その多くに共通のドライバー変異があります。1汎がん解析では、がん発生部位に関係なく、頻繁に変異した遺伝子と、多くの異なるがんに共通するその他のゲノム異常を評価します。さまざまながんの種類におけるDNAバリアントとRNAバリアントの研究では、がんゲノムアトラス2などの汎腫瘍プロジェクトが、次世代シーケンサー(NGS)を使用して大きな貢献を果たしてきました。

NGSパネルによる汎がんプロファイリングにより、固形腫瘍と血液系腫瘍のいずれも対象とした多くの一般的ながんに見られる遺伝子の変異と異形を定義した集まりを総合的に分類する研究が可能になりました。

さまざまながんの種類に共通の分子解析

ターゲットシーケンスでは、シンプルで経済的な手法によるがん種横断的プロファイリングの研究が可能です。専門家が定義した汎がんパネルでは、NGSの遺伝子ターゲットを別々に分離する必要がなく、マルチプレックスにより腫瘍の種類を問わず多くのサンプルを同時に処理できます。マルチプレックスでは、総合的な腫瘍プロファイルDNA研究と平行して汎がんRNA研究を実施できます。

NGSベースの汎がん解析では、大量のサンプルにも簡単に対応できるシンプルなワークフローを採用しました。汎がん解析では、1つのアッセイにさまざまな種類のがんのマーカーを組み込むことができ、ワークフローとターンアラウンドタイムに好結果をもたらします。

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NGSベースの汎がんパネルとライブラリー調製キットの包括的なポートフォリオにより、がん研究者たちはDNAアッセイとRNAアッセイを同時に実行して腫瘍メカニズムを広くとらえることができます。

イルミナシーケンサーは業界最先端の精度を備え、世界のシーケンスデータの最大90%を生み出しています。*その効率的なレポート機能により、研究者たちは標準フォーマットで重要な発見に注釈をつけ、分類し、情報交換をすることができ、データ解析と傾向把握に貢献することができます。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップに対応する製品をご覧ください。

TruSight Oncology 500

臨床研究に必要ながん種横断的なコンテンツを包括的にカバーしています。523個のがん関連遺伝子のほか、腫瘍変異負荷とマイクロサテライト不安定性を評価します。

TruSight RNA Pan-Cancer

FFPEなど、あらゆる種類のRNAサンプルにおける遺伝子発現、バリアント、融合検出のための1385個の腫瘍学遺伝子を対象とした研究パネル。

AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2

がんとの関連性が確認されている50個の遺伝子のホットスポットを調べる標的研究パネル。

TruSight RNA Fusion

多くのがん種における融合関連遺伝子をターゲットとし、既知および新規の融合遺伝子パートナーを検出する能力を有する遺伝子融合検出パネルです。

TruSight Oncology UMI Reagents

TruSight Oncology UMI ReagentsとUMI Error Correction Appは、サンプルのエラー率を≦0.007%まで低減し、頻度の低いバリアントの検出を可能にします。

MiniSeqシステム

汎がんプロファイリングのロースループットターゲットシーケンス向けのシンプルで手頃なソリューション。

MiSeqシステム

シンプルなNGSワークフロー、統合されたデータ解析ソフトウェア、および比類のない精度を備えたデスクトップシーケンサー。

MiSeqDxシステム

FDA認証の体外診断NGSシステム。研究(RUO)モードでは高精度な信頼性の高いデータを生成することもできます。

NextSeq 550システム

ターゲットプロファイリングから、全ゲノムシーケンスまで、多用途サポートの柔軟性に富んだデスクトップシーケンサー。

BaseSpace Sequence Hub

NGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。

MiSeq Reporter

MiSeqシステムで使用する解析とバリアントコール向けの使いやすいソフトウェア。

BaseSpace Variant Interpreter

ゲノムバリアントデータで生物学的な洞察機能を発揮する強力な解析、レポートツール。

Local Run Manager

装置上でデータ解析を自動的に実行する、使いやすいソフトウェア。

イルミナDRAGEN Bio-ITプラットフォーム

体細胞データセットなどのシーケンスデータの高精度な超高速処理の二次解析。

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血液疾患研究のターゲットシーケンス

Munich Leukemia Laboratory長のDr. Torsten Haferlachが語る血液疾患の分子評価

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Natureジャーナルの焦点:汎がん解析

このイニシアチブでは、がんゲノムアトラスコンソーシアムによってプロファイリングされたさまざまながんの種類でゲノム変異同士の類似について調べました。

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参考文献
  1. Ciriello G, Miller ML, Aksoy BA, Senbabaoglu Y, Schultz N, Sander C. Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers(ヒトのがんにおける発がん性シグネチャーの新しい状況) Nat Genet. 2013;45:1127-1133.
  2. Nature TCGA | TCGA Pan-Cancer Analysis (www.nature.com/tcga)

社内計算データにより Illumina, Inc. 2015.