TruSight Oncology UMI Reagents

次世代シーケンスライブラリー用の固有の分子識別子(UMI)によるエラー修正。 続きを読む...
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TruSight Oncology UMI Reagents(16インデックス、48サンプル)

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TruSight® Tumor 170コンテンツセット

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HiSeq 2500用TruSight cfDNA UMI(48サンプル)

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HiSeq 4000用TruSight cfDNA UMI(48サンプル)

20023395

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NovaSeq S2用TruSight cfDNA UMI(48サンプル)

20023396

製品のハイライト

これらの試薬はシーケンスデータのバックグラウンドノイズを低減し、セルフリーDNA(cfDNA)に見られるような低頻度バリアントの検出を可能にします。

エラー率の低減

循環腫瘍DNA(ctDNA)は、次世代シーケンサー(NGS)の検出限界に近いcfDNAのごく一部を表す可能性があります。TruSight Oncology UMI Reagentsは、UMIとエラー修正ソフトウェアを使用してこの課題に対処し、エラー率を< 0.007%に低減し、低頻度バリアントの検出を可能にします。エラー率が低いと、解析の特異性が高まり、NGSデータの信頼性が高まります。

ワークフローの統合

TruSight Oncology UMI Reagentsには、UMIアダプターとインデックス、DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬が含まれます。これらの試薬は、TruSight Tumor 170 DNAオリゴと組み合わせることもできます。UMIを統合しても、ライブラリー調製ワークフローに余分なステップは作成されません。

エラー修正のための直感的ソフトウェア

UMIエラー訂正アプリはリードをアライメントし、その後、UMIを使用して偽陽性を除外し、バリアントコーリングエラーを減らします。UMIエラー修正アプリは、クラウドベースのBaseSpace Sequence Hubまたはローカルインストールで利用できます。

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Frequently Purchased Together

仕様

メソッド別のワークフロー例

 

サポートデータと図

バックグラウンド低減により、正確なバリアントコーリングを促進
バックグラウンド低減により、正確なバリアントコーリングを促進

希少バリアントの正確な検出を可能にするために、UMIはエラー修正ソフトウェアと統合されており、真の変異をバックグラウンドノイズと区別することができます。下のパネルは、偽陽性につながる固有のエラーを除去することで、エラー率の低下によって真の変異(赤色の点)をバックグラウンドノイズ(灰色の点)と区別する方法を示しています。

 
Reduction of Error Rates with UMIs
Sequencing Run Mean Error Rate (Uncollapsed Reads) Mean Error Rate (Collapsed Reads)
1 0.038% 0.0023%
2 0.043% 0.0024%
3 0.035% 0.0024%
4 0.084% 0.0019%

Library preparation was performed using the TruSight Oncology UMI Reagents paired with DNA content from the TruSight Tumor 170 DNA assay, and 31 samples were distributed among four independent sequencing runs on the HiSeq 4000 System. Mean error rates are shown with and without collapsed reads using the UMI Error Correction App.

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* NovaSeq 6000システムの性能は実証されましたが、広範囲にわたるテストは行われませんでした。