NovaSeq Xシリーズの注文
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
これらの試薬はシーケンスデータのバックグラウンドノイズを低減し、セルフリーDNA（cfDNA）に見られるような低頻度バリアントの検出を可能にします。
TruSight Oncology UMI Reagents
次世代シーケンスライブラリー用の固有の分子バーコード（UMI）によるエラー補正。
1.5日
アッセイ時間
5時間
ハンズオンタイム
30 ngのセルフリーDNA
インプット量
概要
エラー率の低減
血中循環腫瘍DNA（ctDNA）は、次世代シーケンサー（NGS）の検出下限に近い、ごく少数のcfDNAである可能性があります。TruSight Oncology UMI Reagentsは、UMIとエラー補正ソフトウェアを使用してこの課題に対処し、エラー率を0.007%未満に下げ、低頻度バリアントの検出を可能にします。低いエラー率により、解析の特異性が高まり、NGSデータの信頼度が高まります。
ワークフローの統合
TruSight Oncology UMI Reagentsには、UMIアダプターとインデックス、DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬が含まれます。これらの試薬は、TruSight Tumor 170 DNAオリゴと組み合わせることもできます。UMIを統合しても、ライブラリー調製ワークフローに余分なステップは作成されません。
エラー補正向けの直感的ソフトウェア
UMIエラー補正アプリはリードをアライメントし、その後、UMIを使用して偽陽性を除外し、バリアントコーリングエラーを減らします。UMIエラー補正アプリは、クラウドベースのBaseSpace Sequence Hubまたはローカルインストールで利用できます。
仕様
| アッセイ時間 | 1.5日 |
|---|---|
| Cancer type | Pan-cancer |
| ハンズオンタイム | 5時間 |
| インプット量 | 30 ngのセルフリーDNA |
| システム | NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NovaSeq 6000 System |
| 手法 | Targeted DNA sequencing |
| Nucleic acid type | DNA |
| Specialized sample types | Not FFPE-compatible, Cell-free DNA |
| Species category | ヒト |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
必要な製品
TruSight Oncology UMI Reagentsにはエンリッチメントプローブは含まれていません。TruSight Tumor 170 DNAプローブセットを使用したい場合は、TruSight Tumor 170 Content Setを別途ご購入ください。
便宜上、TruSight cfDNAシステムバンドルには、選択した装置上のセルフリーDNA（cfDNA）ライブラリーの推奨シーケンス深度でのライブラリーの生成と、48のサンプルのシーケンスに必要なすべての試薬が含まれています。
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件
アプリケーション
ワークフローの例
ライブラリー調製
TruSight Oncology UMI Reagents
解析
ローカルUMIエラー補正アプリ
ローカルUMIエラー補正アプリにアクセスするには、お近くのイルミナサポートチームまでお問い合わせください。
* NovaSeq 6000 システムの性能は実証されましたが、徹底的な試験は実施されていません。
関連するアプリケーションとメソッド
私たちのがん臨床研究ソリューションでは、正確なゲノム情報を提供しており、研究所では複数の遺伝子を1回の試験で解析できます。
ターゲットリシーケンスでは、遺伝子のサブセットまたはゲノム領域を単離しシーケンスすることで、ラボのリソースを節約できます。
次世代シーケンサー（NGS）ベースのがんシーケンス法は、単一遺伝子およびアレイベースのアプローチと比較して、より短い時間でより多くの情報を提供します。
ドキュメント
製品資料
図
バックグラウンドノイズの低減により、正確なバリアントコールを促進
希少バリアントの正確な検出を可能にするために、UMIはエラー補正ソフトウェアと統合されており、真の変異をバックグラウンドノイズと区別することができます。下のパネルは、偽陽性をもたらす固有のエラーを除去することで、エラー率の低下によって真の変異（赤色の点）をバックグラウンドノイズ（灰色の点）と区別する方法を示しています。
UMIによるエラー率の削減
ライブラリー調製は、TruSight Tumor 170 DNAアッセイのDNA含有量とペアになったTruSight Oncology UMI Reagentsを使用して行われ、31サンプルがHiSeq 4000システム上で4回の独立したシーケンスランに分配されました。平均エラー率は、UMIエラー補正アプリを使用して、コラプスされたリードの有無で表示されます。
| シーケンスラン | 平均エラー率（未コラプスのリード） | 平均エラー率（コラプスされたリード） |
|---|---|---|
| 1 | 0.038% | 0.0023% |
| 2 | 0.043% | 0.0024% |
| 3 | 0.035% | 0.0024% |
| 4 | 0.084% | 0.0019% |
TruSight Oncology UMI Reagents (16 indexes, 48 samples)
20024586
TruSight Oncology DNA Library Prep試薬および濃縮試薬、ならびにTruSight UMIツールキットが含まれます。16のユニークなインデックスペアを持つ48のUMI含有ライブラリーの生成に十分な試薬を提供します。低エラー率でライブラリーを生成し、低頻度バリアントの検出を可能にします。エンリッチメントプローブは含まれていません。TST170コンテンツは別途購入できます。
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TruSight® Tumor 170 Content Set
20010188
TST170キットの170遺伝子のDNAおよびRNAプローブ。
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MiSeq Reagent Kit v3
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
TruSight Tumor 170
固形腫瘍に関連する170の遺伝子をターゲットとする包括的な次世代シーケンサー（NGS）アッセイ。
BaseSpace Sequence Hub | ラン管理と簡略化されたバイオインフォマティクス
安全で高性能なシーケンス操作のための使いやすいクラウドベースのゲノムラン管理とバイオインフォマティクスコンピューティングおよびストレージ環境。
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