これらの試薬はシーケンスデータのバックグラウンドノイズを低減し、セルフリーDNA（cfDNA）に見られるような低頻度バリアントの検出を可能にします。
循環腫瘍DNA（ctDNA）は、次世代シーケンサー（NGS）の検出限界に近いcfDNAのごく一部を表す可能性があります。TruSight Oncology UMI Reagentsは、UMIとエラー修正ソフトウェアを使用してこの課題に対処し、エラー率を< 0.007%に低減し、低頻度バリアントの検出を可能にします。エラー率が低いと、解析の特異性が高まり、NGSデータの信頼性が高まります。
TruSight Oncology UMI Reagentsには、UMIアダプターとインデックス、DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬が含まれます。これらの試薬は、TruSight Tumor 170 DNAオリゴと組み合わせることもできます。UMIを統合しても、ライブラリー調製ワークフローに余分なステップは作成されません。
UMIエラー訂正アプリはリードをアライメントし、その後、UMIを使用して偽陽性を除外し、バリアントコーリングエラーを減らします。UMIエラー修正アプリは、クラウドベースのBaseSpace Sequence Hubまたはローカルインストールで利用できます。
希少バリアントの正確な検出を可能にするために、UMIはエラー修正ソフトウェアと統合されており、真の変異をバックグラウンドノイズと区別することができます。下のパネルは、偽陽性につながる固有のエラーを除去することで、エラー率の低下によって真の変異（赤色の点）をバックグラウンドノイズ（灰色の点）と区別する方法を示しています。
| Sequencing Run | Mean Error Rate (Uncollapsed Reads) | Mean Error Rate (Collapsed Reads) |
|---|---|---|
| 1 | 0.038% | 0.0023% |
| 2 | 0.043% | 0.0024% |
| 3 | 0.035% | 0.0024% |
| 4 | 0.084% | 0.0019% |
Library preparation was performed using the TruSight Oncology UMI Reagents paired with DNA content from the TruSight Tumor 170 DNA assay, and 31 samples were distributed among four independent sequencing runs on the HiSeq 4000 System. Mean error rates are shown with and without collapsed reads using the UMI Error Correction App.
Detection of low-frequency variants in cfDNA using TruSight Tumor 170 with the TruSight UMI Toolkit
Application Note | PDF 2 MB
Application Note | PDF 2 MB
Options for Circulating cfDNA Control Materials with NGS Analysis
Technical Note | PDF < 1 MB
TruSight Oncology UMI Reagents
Data Sheet | PDF < 1 MB
次世代シーケンサー（NGS）の運用を開始し、急速に拡大するラボのためのデータ管理および簡素化されたバイオインフォマティクス。
* NovaSeq 6000システムの性能は実証されましたが、広範囲にわたるテストは行われませんでした。
