TruSight Oncology UMI Reagents

次世代シーケンスライブラリー用の固有の分子バーコード(UMI)によるエラー補正。

1.5日

アッセイ時間

5時間

ハンズオンタイム

30 ngのセルフリーDNA

インプット量

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概要

これらの試薬はシーケンスデータのバックグラウンドノイズを低減し、セルフリーDNA(cfDNA)に見られるような低頻度バリアントの検出を可能にします。

エラー率の低減

血中循環腫瘍DNA(ctDNA)は、次世代シーケンサー(NGS)の検出下限に近い、ごく少数のcfDNAである可能性があります。TruSight Oncology UMI Reagentsは、UMIとエラー補正ソフトウェアを使用してこの課題に対処し、エラー率を0.007%未満に下げ、低頻度バリアントの検出を可能にします。低いエラー率により、解析の特異性が高まり、NGSデータの信頼度が高まります。

ワークフローの統合

TruSight Oncology UMI Reagentsには、UMIアダプターとインデックス、DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬が含まれます。これらの試薬は、TruSight Tumor 170 DNAオリゴと組み合わせることもできます。UMIを統合しても、ライブラリー調製ワークフローに余分なステップは作成されません。

エラー補正向けの直感的ソフトウェア

UMIエラー補正アプリはリードをアライメントし、その後、UMIを使用して偽陽性を除外し、バリアントコーリングエラーを減らします。UMIエラー補正アプリは、クラウドベースのBaseSpace Sequence Hubまたはローカルインストールで利用できます。


仕様


必要な製品

 

TruSight Oncology UMI Reagentsにはエンリッチメントプローブは含まれていません。TruSight Tumor 170 DNAプローブセットを使用したい場合は、TruSight Tumor 170 Content Setを別途ご購入ください。

便宜上、TruSight cfDNAシステムバンドルには、選択した装置上のセルフリーDNA(cfDNA)ライブラリーの推奨シーケンス深度でのライブラリーの生成と、48のサンプルのシーケンスに必要なすべての試薬が含まれています。

/

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

TruSight Oncology UMI Reagents

3
解析

ローカルUMIエラー補正アプリ

ローカルUMIエラー補正アプリにアクセスするには、お近くのイルミナサポートチームまでお問い合わせください。

* NovaSeq 6000 システムの性能は実証されましたが、徹底的な試験は実施されていません。


関連するアプリケーションとメソッド

バックグラウンドノイズの低減により、正確なバリアントコールを促進

希少バリアントの正確な検出を可能にするために、UMIはエラー補正ソフトウェアと統合されており、真の変異をバックグラウンドノイズと区別することができます。下のパネルは、偽陽性をもたらす固有のエラーを除去することで、エラー率の低下によって真の変異(赤色の点)をバックグラウンドノイズ(灰色の点)と区別する方法を示しています。

UMIによるエラー率の削減

ライブラリー調製は、TruSight Tumor 170 DNAアッセイのDNA含有量とペアになったTruSight Oncology UMI Reagentsを使用して行われ、31サンプルがHiSeq 4000システム上で4回の独立したシーケンスランに分配されました。平均エラー率は、UMIエラー補正アプリを使用して、コラプスされたリードの有無で表示されます。

シーケンスラン 平均エラー率(未コラプスのリード) 平均エラー率(コラプスされたリード)
1 0.038% 0.0023%
2 0.043% 0.0024%
3 0.035% 0.0024%
4 0.084% 0.0019%

TruSight Oncology UMI Reagents (16 indexes, 48 samples)

20024586

TruSight Oncology DNA Library Prep試薬および濃縮試薬、ならびにTruSight UMIツールキットが含まれます。16のユニークなインデックスペアを持つ48のUMI含有ライブラリーの生成に十分な試薬を提供します。低エラー率でライブラリーを生成し、低頻度バリアントの検出を可能にします。エンリッチメントプローブは含まれていません。TST170コンテンツは別途購入できます。

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TruSight® Tumor 170 Content Set

20010188

TST170キットの170遺伝子のDNAおよびRNAプローブ。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

Unit Price

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

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