これらの試薬はシーケンスデータのバックグラウンドノイズを低減し、セルフリーDNA(cfDNA)に見られるような低頻度バリアントの検出を可能にします。
循環腫瘍DNA(ctDNA)は、次世代シーケンサー(NGS)の検出限界に近い、ごくわずかなcfDNAの割合を示す可能性があります。TruSight Oncology UMI Reagentsは、UMIとエラー修正ソフトウェアを使用してこの課題に対処し、エラー率を< 0.007%に低減し、低頻度バリアントの検出を可能にします。エラー率が低いと、解析の特異性が高まり、NGSデータの信頼性が高まります。
TruSight Oncology UMI Reagentsには、UMIアダプターとインデックス、DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬が含まれます。これらの試薬は、TruSight Tumor 170 DNAオリゴと組み合わせることもできます。UMIを統合しても、ライブラリー調製ワークフローに余分なステップは作成されません。
UMIエラー修正アプリはリードをアライメントし、その後、UMIを使用して偽陽性を除外し、バリアントコーリングエラーを減らします。UMIエラー修正アプリは、クラウドベースのBaseSpace Sequence Hubまたはローカルインストールで利用できます。
シーケンスラン | 平均エラー率(未折り畳みリード) | 平均エラー率(Collapsed Read) |
---|---|---|
1 | 0.038% | 0.0023% |
2 | 0.043% | 0.0024% |
3 | 0.035% | 0.0024% |
4 | 0.084% | 0.0019% |
ライブラリー調製は、TruSight Tumor 170 DNAアッセイのDNA含有量とペアになったTruSight Oncology UMI Reagentsを使用して行われ、31サンプルがHiSeq 4000システム上で4回の独立したシーケンスランに分配されました。平均エラー率は、UMIエラー修正アプリを使用して、折りたたまれたリードの有無で表示されます。
Detection of low-frequency variants in cfDNA using TruSight Tumor 170 with the TruSight UMI Toolkit
Application Note | PDF 2 MB
Application Note | PDF 2 MB
Options for Circulating cfDNA Control Materials with NGS Analysis
Technical Note | PDF < 1 MB
TruSight Oncology UMI Reagents
Data Sheet | PDF < 1 MB
* NovaSeq 6000システムの性能は実証されましたが、広範囲にわたるテストは行われませんでした。