血中循環腫瘍DNAの解析
NGSによる血中循環腫瘍DNA分析
セルフリー血中循環腫瘍DNA（ctDNA）は、非侵襲的腫瘍バイオマーカーとして、侵襲的組織バイオプシーに変わる可能性があります。トランスレーショナルがん研究者は、腫瘍由来のctDNAを検出するために液体生検の利用を研究しています。1将来的に、ctDNAシーケンスは、治療反応のリアルタイムモニタリングや治療対象の同定のための非侵襲的アプローチとして役立つ可能性があります。2
次世代シーケンシング（NGS）では、研究者が血流内の低レベルctDNAを検出するために必要とする感受性と特異性が得られます。NGSは、単一遺伝子や一部の遺伝子をターゲットすることに加え、ctDNAでゲノムワイドの腫瘍由来の変化も同定することができます。
体細胞系列バリアント検出のためのctDNA
これまで、血清ベースのタンパク質ががんバイオマーカーとして利用されてきましたが、変異や腫瘍不均一性に関する情報が得られないためにこの方法は用途が限られていました。1 腫瘍DNAにおける体細胞変異では、はるかに具体的で正確なバイオマーカーが得られます。
NGSが出現し、がんに伴うゲノム変異に関する知見が蓄積されたことで、僅かな体細胞変異を高い感度と精度で同定しやすくなりました。
液体バイオプシーのためのNGSのメリット
がん研究における液体バイオプシーのためのNGS利用のメリットを紹介します。固体組織バイオプシーに優る液体バイオプシーのメリットを把握し、血中循環腫瘍DNA（ctDNA）分析で利用されている代表的な分子テクノロジーについて調べてみましょう。
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NGSによるctDNAモニタリングの可能性
血中循環腫瘍DNA（ctDNA）シーケンシングは、いずれ、がんの診断、予後、治療反応測定で一定の役割を果たすことになるでしょう。
がんにおけるctDNAシーケンスの将来性
がんコンパニオン診断
- 侵襲的バイオプシーを行わずに腫瘍のアクショナブル変異を同定する
- 腫瘍不均一性の測定
治療効果のモニタリング
- 治療効率の判定
- 新たな遺伝子変異の試験
残存病変のモニタリング
- 寛解や進行の評価
スクリーニング
- 前兆のない病変の存在の判定
ctDNAとRNAの解析の価値
Professor Jo Vandesompele, PhDによれば、DNAをベースとしてリキッドバイオプシーシーケンスは、がん分野で急速に発展しつつあるとのことです。また、RNA解析に大きな成長の機会があると考えています。博士は、がんにおける長鎖ノンコーディングRNAの役割を解読することを目指す、現在進行中の研究について語ります。
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ctDNA定量化の超高感度手法
Newman et al. introduce cancer personalized profiling by deep sequencing (CAPP-Seq) for quantifying ctDNA.
TruSight Oncology 500 ctDNA v2 on the NextSeq 2000 System
Uncompromised CGP performance with the benefits of a benchtop system.
参考文献
- Bettegowda C, Sausen M, Leary RJ, et al. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014;6:224ra24.
- DeMartin T (2014) Gene Trek: Clinical Impacts of Next Generation Sequencing. AG Scientific (info.agscientific.com/blog/bid/203182/Gene-Trek-Clinical-Impacts-of-Next-Generation-Sequencing)