TruSight Oncology 500 ctDNA v2

主要な免疫腫瘍学遺伝子シグネチャ(TMB、MSI)に加えて、血漿中のctDNAからすべての主要なバリアントクラスを検出できる腫瘍横断型パネルでCGPを可能にします。

精製された核酸からバリアントレポートまで<4日

アッセイ時間

ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間

ハンズオンタイム

cfDNA 20 ng(血漿4 ml)

インプット量

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新たにリリースされた感度が向上したTruSight Oncology 500 ctDNA v2では、より少ないcfDNAインプット量でターンアラウンドタイムを短縮し、ワークフローを合理化できます。

概要

TruSight Oncology 500 ctDNA v2は、汎がんNGSアッセイで、研究用の血漿中循環腫瘍DNA(ctDNA)の社内包括的ゲノムプロファイリング(CGP)を可能にします。 

  • 組織生検の補完または代替として低侵襲血液サンプルを活用

  • 主要なバリアントクラス(SNV、MNV、インデル、CNV、遺伝子再構成)にわたるDNAバリアントと、主要ながん免疫遺伝子シグネチャ(TMB、MSI)を評価する523の遺伝子をターゲット

  • 最小限のcfDNAインプットで超高感度検出を実現

  • 合理化されたワークフローにより、cfDNAから4日以内に最終レポートを取得

低レベルのバイオマーカー検出

UMIベースのハイブリッドキャプチャーライブラリー調製とディープシーケンスを使用して、低インプット(20 ng)で高感度かつ正確な検出(SNVでは0.2% VAF)を実現します。

統合バイオインフォマティクス

DRAGEN二次解析は、Illumina Connected Analyticsにより、オンプレミスまたはクラウドでの高速バリアントコーリングアルゴリズムを強化。イルミナのConnected Insights*またはVelseraの統合レポートを使用して洞察にアクセス。

合理的なワークフロー

高度なケミストリーと広範なワークフローの最適化により、ライブラリー調製を1日で完了し、さらに濃縮することで4日未満のトータルターンアラウンドタイムを実現します。自動化に適したキットと手法で効率性の向上を実現。

*国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。


包括的なポートフォリオでCGPを実現

TruSight Oncology 500製品ラインで、実行可能な変更を同定する可能性を最大化します。

TruSight Oncology 500 ctDNA v2

TruSight Oncology 500アッセイと同様のDNAパネル内容で、血漿中の血中循環腫瘍DNA(ctDNA)を解析します。

 

HRDは、TruSight Oncology 500 HRDキットをTruSight Oncology 500キットに追加した場合にのみ利用できます。日本ではご利用いただけません。


仕様


必要な製品

TruSight Oncology 500 ctDNA v2をランするには、以下が必要です。

DRAGENパイプラインで解析するには、以下が必要です。

  • ローカル解析用のDRAGENサーバーライセンス、または
  • クラウド解析のためのIllumina Connected AnalyticsサブスクリプションとiCredit

最終的なバリアントレポートを作成するには、以下が必要です。

* 国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。

 Velseraの旧称はPierianです。その他の市販オプションもあります。

/ 結果

アプリケーション

ワークフローの例

*Novaseq XとNovaSeq 6000Dx(RUOモード)の互換性は2024年にリリース予定です。

国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

24 samples per run (S4 flow cell), 800M paired-end reads, 35,000x coverage

2 × 150 bp

NovaSeq 6000 System

8 samples per run (S2 flow cell), 800M paired-end reads, 35,000x coverage

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 TruSight Oncology 500 TruSight Oncology 500 High Throughput
分析感度 95%以上(小さなバリアント、VAF0.5%以上)
分析特異度 99.995%以上(小さなバリアント、VAF0.5%以上)
アッセイ時間

精製された核酸からバリアントレポートまで<4日

サンプルから結果まで4~5日

サンプルから結果まで4~5日

Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
コンテンツ仕様 合計1.94 Mbのパネルサイズに対する523遺伝子(完全コード配列)をターゲットとして選択。
• 免疫腫瘍学バイオマーカーのカバレッジ:TMBおよびMSI
• ガイドラインの適用範囲:複数の固形腫瘍タイプに関する主要ガイドラインを幅広く網羅
• 臨床試験のカバレッジ:600件を超える臨床試験(2023年2月現在、Pierian臨床ナレッジベースに基づく)

523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

オプションのTruSight Oncology 500 HRDキット(日本ではご利用いただけません)には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア(LOH+TAI+LST)により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。 

523の対象遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

説明

液体生検サンプル(血漿からのctDNA)の包括的ゲノムプロファイリングにより、がん研究アプリケーション用の固形腫瘍のプロファイリングのための非侵襲的方法を提供します。この液体生検アプローチは、組織ベースのCGPを補完する低侵襲性サンプル収集アプローチを使用して、腫瘍内および腫瘍間の不均一性に関する洞察を提供します。

FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行し、一度に最大8サンプルをバッチ処理できるアッセイ。

NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)を使用した合理化されたワークフローから、ガイドラインおよび>1,000件の臨床試験における主要なバイオマーカーを同定するためのハイスループットの包括的なNGSアッセイ。免疫腫瘍学バイオマーカーのMSIおよびTMBのカバレッジが含まれます。

遺伝子カウント DNA遺伝子523個
ハンズオンタイム

ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間

自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
インプット量

cfDNA 20 ng(血漿4 ml)

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40~80 ng

システム NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System
作用機序 ハイブリッドキャプチャー化学
手法 Targeted DNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
マルチプレックス Xp-4レーンワークフローを使用して、S2で最大8、S4で最大24、最大16インデックス 最大8プレックス

最大16プレックス(SPフローセル)、32プレックス(S1フローセル)、72プレックス(S2フローセル)、192プレックス(S4フローセル)

Nucleic acid type DNA DNA, RNA DNA, RNA
サンプルタイプ Circulating Tumor DNA, Blood FFPE Tissue FFPE Tissue
Species category ヒト ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Novel transcripts, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Structural variants, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

* Pierianの臨床ナレッジベースに基づく(2023年2月現在)。

* RUOモードのNovaSeq 6000Dx システムには、二次解析用に別途、スタンドアロンのDRAGENサーバーが必要です。

* NovaSeq XとNovaSeq 6000 Dxの互換性は2024年にリリース予定です。

低VAFでの小型ヌクレオチドバリアント検出

一塩基変異ごとに既知のバリアントアリル頻度(VAF)の合成コントロールサンプルを0.20%~0.50%の範囲のVAFになるよう希釈し、TruSight Oncology 500 ctDNA v2で解析。

 

低VAFでのインデル検出

挿入または欠失ごとに既知のVAFの合成コントロールサンプルを0.20%~0.50%の範囲のVAFになるよう希釈し、TruSight Oncology 500 ctDNA v2で解析。

 

腫瘍/正常コールと比較して高いTMB相関

TSO 500 ctDNA v2のTumor-onlyワークフローでは、生殖細胞系列およびCHバリアントのフィルターに高度なバイオインフォマティクスを活用することで、腫瘍/正常ワークフローと比較して、非常に一致率の高いbTMBが得られます。

 

免疫腫瘍学研究のための高感度MSI検出

マイクロサテライト不安定性(MSI)を既知の高MSIステータス(サンプル1~3)の3つの細胞株で評価したところ、0.3%の腫瘍分画まで検出され、最大約2,300のホモポリマー部位を評価することができました。

 

CNVの分析性能、増幅の場合はLOD ≥1.3倍、欠失の場合は≤0.6倍

開始コピー数が少ないことから、検出下限により速く到達し、相対的なMYC検出率は低下。 イルミナ社内データ、2023年

 

LODで検出した遺伝子再構成の分析性能(0.5%)

VAFは、支持リードの総数をブレークポイントの2つの側面の高い方の深度で割ることで算出。イルミナ社内データ、2023年

 

リソース

サムネール

TruSight Oncology 500 ctDNA v2

イルミナは、TruSight Oncology 500 ctDNA v2により、循環腫瘍の解析を改善しました。動画で新機能と利点をご覧ください。

 

TruSight Oncology 500ポートフォリオパンフレット

TruSight Oncology 500製品ポートフォリオの詳細について興味をお持ちですか?

マニュアル調製 (12)

TruSight Oncology 500 ctDNA v2 (24 samples)

20105899

TSO 500 ctDNA v2マニュアルキット

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 for Use with NovaSeq 6000 S2 Flow Cell (24 samples)

20105901

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC Manual Kit

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 for Use with NovaSeq 6000 S4 Flow Cell (24 samples)

20105902

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC Manual Kit

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 (24 samples) plus Velsera Interpretation Report

20105905

TSO 500 ctDNA v2 Manual Kit + Velsera Interpretation Report

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera Interpretation Report, for Use with NovaSeq 6000 S2 Flow Cell (24 samples)

20105907

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC Manual Kit + Velsera Interpretation Report

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera Interpretation Report, for Use with NovaSeq 6000 S4 Flow Cell (24 samples)

20105908

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC Manual Kit + Velsera Interpretation Report

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit (48 samples)

20039252

TruSight Oncology 500 ctDNA Kit(DNAライブラリー調製および濃縮試薬を含む)にNovaSeq用試薬は含まれていません。

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit plus Velsera Interpretation Report (16 indexes, 48 Samples) 

20043410

ライブラリー調製と濃縮試薬、およびデータ解釈レポート(Velsera Clinical Genomics Workspaceソフトウェア使用)が含まれます。NovaSeqシステム用試薬は含まれていません。

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit, for use with NovaSeq 6000 S2 (48 samples)

20101995

TSO500 ctDNAとNovaSeq 6000 S2 Core消耗品のコンビネーションSKU

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit, for use with NovaSeq 6000 S4 (48 samples)

20101998

TSO500 ctDNAとNovaSeq 6000 S4 Core消耗品のコンビネーションSKU

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit for use with NovaSeq 6000 S2 plus Velsera interpretation report (16 indexes, 48 samples)

20102000

Combination SKU for TSO500 ctDNA and the NovaSeq 6000 S2 Core consumables + Velsera report

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TruSight Oncology 500 ctDNA Kit for use with NovaSeq 6000 S4 plus Velsera interpretation report (16 indexes, 48 samples)

20102001

Combination SKU for TSO500 ctDNA and the NovaSeq 6000 S4 Core consumables + Velsera report

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インデックスアダプター (4)

IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034701

UMI DNA Index Anchors(プレート = 20031416、箱 = 20032620) + Nextera対応 Unique Dual Index A(販売キット = 20027213、プレート = 20025019、箱 = 20026121)

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IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034702

IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors Set B

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set A for Automation

20066404

96 IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automationの箱1箱が同梱されており、96サンプルにラベル表示でき、96 IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automationの箱1箱が同梱されています。

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set B for Automation

20063213

イルミナの96 IDT - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automationの1箱入りで、イルミナの96 IDT - UMI DNA Index Anchors for Automationのラベルに十分な量です。

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試薬 (2)

NovaSeq 6000 S2 Reagent Kit v1.5 (300 cycles)

20028314

NovaSeq 6000システムの300サイクルランをサポートするS2フローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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NovaSeq 6000 S4 Reagent Kit v1.5 (300 cycles)

20028312

NovaSeq 6000システムでの300サイクルランをサポートするS4フローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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ソフトウェアおよびインフォマティクスオプション (15)

Illumina DRAGEN Server v4

20051343

初年度Avance Exchangeサポートが含まれます。年間DRAGENライセンスの購入が必要です。

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ICA Basic Annual Subscription

20044874

Illumina Connected Analytics (ICA) Basic Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセスなど、TSO500をご使用のお客様を対象としたICAへの一年間のアクセスが含まれています。

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ICA Professional Annual Subscription

20044876

Illumina Connected Analytics (ICA) Professional Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセス、およびツール、パイプライン、データウェアハウス、ノートブックで構成されるカスタマイズされたワークフローの作成機能を含むICAへの一年間のアクセスが含まれます。

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ICA Enterprise Annual Subscription

20038994

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、カスタムおよびパッケージ化された解析ツール、データ保管およびマイニング用のベースモジュールなどを含むICA Enterpriseへの一年間のアクセスが含まれます。ICA Enterpriseには、オプションとしてHIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)も含まれます。

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ICA Enterprise Service and Compliance Add-on (applies to Basic only)

20066830

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Service and Compliance Add-on。本製品は、ICA Basic Annual Subscriptionを対象とした一年間のサービスで、HIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)が含まれます。

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Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 50,000 iCredits

20042041

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics - 100,000 iCredits

20042042

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Connected Insights-Annual Subscription

20090137

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Illumina Connected Insights - Research – Trial Subscription

20112516

Free trial subscription for Illumina Connected Insights - Research for oncology.

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Illumina Connected Insights‒Oncology Genome Equivalent Sample-VCF

20090138

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Illumina Connected Insights‒Training and Onboarding

20092376

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Informatics Professional Services

20071787

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オートメーション (6)

TruSight Oncology 500 ctDNA v2 for Automation (48 samples)

20105900

TSO 500 ctDNA v2 AutomatedKit

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Automation Kit, for Use with NovaSeq 6000 S2 Flow Cell (48 samples)

20105903

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC Automated Kit

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Automation Kit, for Use with NovaSeq 6000 S4 Flow Cell (48 samples)

20105904

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC Automated Kit

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 for Automation (48 samples) plus Velsera Interpretation Report

20105906

TSO 500 ctDNA v2 AutomatedKit + Velsera Interpretation Report

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Automation Kit plus Velsera Interpretation Report, for Use with NovaSeq 6000 S2 Flow Cell (48 samples)

20105909

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC Automated Kit + Velsera Interpretation Report

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TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Automation Kit plus Velsera Interpretation Report, for Use with NovaSeq 6000 S4 Flow Cell (48 samples)

20105910

Mixed Workflow TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC Automated Kit + Velsera Interpretation Report

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サービス (2)

Informatics Professional Services

20071787

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Illumina Connected Insights‒Training and Onboarding

20092376

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よくある質問(FAQ)

TruSight Oncology 500 ctDNA v2は超高感度かつ合理的な固形腫瘍用リキッドバイオプシーアッセイで、4日以内に血漿サンプルからのCGPを可能にします。TruSight Oncology 500 ctDNA v2は、従来のTruSight Oncology 500 ctDNAアッセイと比較して、低いcfDNAインプットを使用するだけでなく、より短いターンアラウンドタイム、より合理化されたワークフローにより、感度を向上させます。TruSight Oncology 500およびTruSight Oncology 500 High-Throughputは、組織サンプルからのCGPを可能にします。その他の違いについては、TruSight Oncologyアッセイの比較表を参照してください。

TruSight Oncology 500 ctDNA v2解析ワークフローでは、DRAGEN v4またはv3サーバーまたはIllumina Connected Analyticsプラットフォームで実行される装置外のソフトウェアを使用して、高レベルのサンプルメトリクス、検出されたバリアント、TMBおよびMSIスコアなどのサンプル結果を出力します。三次解析は、Illumina Connected InsightsまたはVelsera CGWのいずれかで実行できます。

BaseSpace Sequence Hub評価アプリは、評価にのみ使用できます。イルミナは、このアプリのテクニカルサポートを提供する義務を負いません。アクセスは30日間に制限されています。

互換性のある解析ソフトウェア製品の詳細はこちらをご覧ください。

DRAGENサーバー上での解析には、24ライブラリーのS4ランで約20~24時間、8ライブラリーのS2ランで約9~12時間かかります。

はい、ご自身のソフトウェアで解析できます。ただし、その場合は、イルミナからテクニカルサポートを直接提供することはできません。

>90%の感度と>95%の特異性で、SNVに対して約0.2%のVAF検出を達成するには、約20 ngのcfDNAインプットが推奨されます。ただし、アッセイが受容可能なcfDNAのインプット範囲は10~30 ngです。

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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