Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment

高感度変異検出のための迅速で柔軟、かつスケーラブルなcfDNAライブラリー調製キット

約8.5~9.5時間

アッセイ時間

約2.5〜3時間

ハンズオンタイム

cfDNA 10~30 ng

インプット量

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概要

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichmentは、cfDNAサンプルから少量の変異を検出するための高感度ライブラリー調製ソリューションです。このワークフローには、エラー補正と偽陽性を減らすための分子バーコード(UMI)が含まれており、低頻度変異の正確で高感度な検出を可能にします。合成ケミストリーによる当社の最速、最高品質、最もロバストなシーケンス、XLEAP-SBSケミストリーは、NextSeq 2000(P4フローセル)およびNovaSeq Xシステムで使用可能になりました。 

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichmentは、保管期間を6か月に延長したり、詳細な変更通知が可能になり、ラボの効率を高める製品特性を強化しています。

迅速なワークフロー

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichmentは、わずか約2.5~3時間のハンズオンタイムで、約8.5~9.5時間でシーケンス対応ライブラリーを調製するための高速ワークフローを提供します。研究者は、cfDNAの抽出からシーケンスまで1日で完了できます。NextSeq 550システムでのシーケンスに推奨されるリード長は2 × 149 bpです。NextSeq 2000、NovaSeq 6000、およびNovaSeq Xシステムでのシーケンスの場合、推奨されるリード長は2 × 151 bpです。

高性能ライブラリー調製

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichmentは、SNV、CNV、バリアントとしてのIndel、遺伝子融合などの低頻度バリアントを検出します。このキットは、わずか20 ngのcfDNAから90%以上の感度で、たった0.2%のアリル頻度を持つ小さなバリアントを同定します。

サンプルから洞察までのワークフローを合理化

このキットは、シーケンサーから洞察まで手動タッチポイントがないオプションを備えた統合ワークフローの一部です。(1)cfDNAから始まり、(2)イルミナのミディアムスループットおよびハイスループットシステムでシーケンスし、(3)DRAGEN for ILMN cfDNA Prep with Enrichmentアプリを使用して高精度のバリアントコールを行い、(4)Illumina Connected Insightsを使用した自動研究レポート案の作成によるバリアント解釈のオプションがあります。

柔軟なコンテンツオプション

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichmentは、コンテンツの移植性向上において、イルミナ、またはIntegrated DNA Technologies(IDT)社の一本鎖DNA(ssDNA)やTwist Bioscience社の二本鎖DNA(dsDNA)などのサードベンダーのユーザー指定濃縮オリゴヌクレオチドと互換性があります。本キットは、55~2,000 kb ssDNAおよび70~2,000 kb dsDNAのパネルコンテンツに対応し、柔軟な試験デザインを可能にします。

Illumina Custom Enrichment Panel v2 は、ターゲットカバレッジを最適化するための動的なフィードバックを提供し、関心のあるコンテンツに固有のパネルを作成するために推奨されるソリューションです。DesignStudio ソフトウェアは、カスタムシーケンスパネルを作成するための、無料で使いやすいウェブベースのアッセイデザインツールです。

仕様

必要な製品

ワークフローを完了するには、上記のインデックスプレートが必要です。手動および自動ワークフローには専用のSKUがあります。Illumina Custom Enrichment Panel v2は、DesignStudioを使用して設計された120 bpの二本鎖プローブパネルで、ハイブリダイゼーションキャプチャー用のエンリッチメントオリゴが含まれています。

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アプリケーション

ワークフローの例

関連するアプリケーションと手法

ドキュメント

製品資料

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Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment Illumina DNA Prep with Enrichment TruSight Oncology 500 ctDNA v2
Analytical sensitivity Analytical Sensitivity at 20ng: ≥ 90% (SNVs ≥0.2% and indels ≥0.5%) 95%以上(小さなバリアント、VAF0.5%以上)
Analytical specificity Analytical Specificity at 20ng: ≥ 99.98% (SNVs ≥0.2% and indels ≥0.5%) 99.995%以上(小さなバリアント、VAF0.5%以上)
アッセイ時間 約8.5~9.5時間 約6.5時間 精製された核酸からバリアントレポートまで<4日
ハンズオンタイム 約2.5〜3時間 約2時間, 約2時間 ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間
インプット量 cfDNA 10~30 ng 高品質ゲノムDNA 10~1,000 ng、FFPE DNA 50~1,000 ng (血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 cfDNA 20 ng(血漿4 ml)
システム NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System
手法 Targeted DNA sequencing, Custom sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Custom sequencing, Exome sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Target enrichment
Nucleic acid type DNA DNA DNA
Specialized sample types Cell-free DNA Blood, Low-input samples, FFPE tissue, Saliva Circulating tumor DNA, Blood
Species category ヒト Other, ヒト ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Gene fusions, Somatic variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Germline variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

*システム互換性:P4およびP3フローセルはテスト済み

リソース

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リキッドバイオプシーサンプルのマルチオミクス解析
Cell-Free DNA Prep with Enrichmentライブラリー調製キット
転移性前立腺がんにおけるcfDNAの全エクソームシーケンス – 顧客向けプレゼンテーション資料

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment: A custom enrichment assay that provides high sensitivity for somatic variants detection

必要とするDNAインプット量を減らし、ハンズオンタイムを短縮しながら、小さなヌクレオチドバリアント検出の感度を向上

High sensitivity somatic variant detection from formalin-fixed, paraffin-embedded samples using a versatile custom enrichment cell-free DNA (cfDNA) Library Preparation assay

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment | バリアント検出用

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マルチアナライトのリキッドバイオプシーは、前立腺がんの治療抵抗性の解析を可能にします。

Illumina® cfDNA Prep, Ligation (16 Samples)

20104105

Includes ligation-based library prep for preparation of 16 libraries prepared by automation, or 24 libraries prepared manually. Enrichment reagents not included. Analyze data on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub for free. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes are purchased separately and required for library preparation. Choose UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes based on automation or manual workflow. Enrichment Panel Content not included.

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Illumina® cfDNA Prep, Ligation (96 Samples)

20104106

Includes ligation-based library prep for preparation of 96 libraries intended for automation, or 120 libraries prepared manually. Enrichment reagents not included. Analyze data on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub for free. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes are purchased separately and required for library preparation. Choose UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes based on automation or manual workflow. Enrichment Panel Content not included.

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Illumina® cfDNA Enrichment (16 Reactions)

20104107

Includes fast enrichment reagents for enrichment of Illumina cfDNA Prep libraries for a total of 16 reactions prepared by automation, or 24 reactions prepared manually. Enrichment plexity of 1-plex and 4-plex recommended (pooling of 4 libraries in a single enrichment). Analyze data on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub for free. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes are purchased separately and required for library preparation. Choose UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes based on automation or manual workflow. Enrichment Panel Content not included.

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Illumina® cfDNA Prep with Enrichment, Ligation (192 Samples, 4-plex), Cloud Analysis

20104103

Includes ligation-based library prep and fast enrichment reagents for preparation of 192 libraries prepared by automation, or 240 libraries prepared manually, using 4-plex enrichment (pooling of 4 libraries in a single enrichment). Analyze data on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub for free. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes are purchased separately and required for library preparation. Choose UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes based on automation or manual workflow. Enrichment Panel Content not included.

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ILMN cfDNA Prep ENR, On-prem (192/240)

20104104

Includes ligation-based library prep and fast enrichment reagents for preparation of 192 libraries prepared by automation, or 240 libraries prepared manually, using 4-plex enrichment (pooling of 4 libraries in a single enrichment). 10,000 Gb, 1 yr DRAGEN Server License included. Sufficient for analyzing sequencing output for up to 400 kb content at 30,000x sequencing depth. Illumina DRAGEN Server required. UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes are purchased separately and required for library preparation. Choose UMI Index Adapters and Unique Dual Indexes based on automation or manual workflow. Enrichment Panel Content not included.

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パネル (3)

Illumina Custom Enrichment Panel V2 (32 µl, 120 bp)

20073953

Illumina Custom Enrichment Panel V2は、DesignStudioまたはConcierge Servicesを使用して、100から1,000,000プローブまでの120 bpの2本ストランドカスタムパネル設計を可能にし、32 µl(Illumina DNA Prep with Enrichmentと組み合わせて使用すると濃縮反応8回分に十分な量)の材料を提供します。別途、ライブラリー調製、濃縮、インデックスアダプター試薬を注文する必要があります。

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Illumina Custom Enrichment Panel V2 (384 µl, 120 bp)

20073952

Illumina Custom Enrichment Panel V2は、DesignStudioまたはConcierge Servicesを使用して、100から1,000,000プローブまでの120 bpの2本ストランドカスタムパネル設計を可能にし、384 µl(Illumina DNA Prep with Enrichmentと組み合わせて使用すると濃縮反応96回分に十分な量)の材料を提供します。別途、ライブラリー調製、濃縮、インデックスアダプター試薬を注文する必要があります。

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Illumina Custom Enrichment Panel V2 (1536 µl, 120 bp)

20111339

Illumina Custom Enrichment Panel V2 enables 120 bp double-stranded custom panel design from 100 up to 1,000,000 probes using DesignStudio or Concierge Services and provides 1536 µl of material (sufficient for 384 enrichment reactions when paired with Illumina DNA Prep with Enrichment). Library prep, enrichment, and index adapter reagents need to be ordered separately.

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アクセサリー製品 (6)

IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034701

UMI DNA Index Anchors(プレート = 20031416、箱 = 20032620) + Nextera対応 Unique Dual Index A(販売キット = 20027213、プレート = 20025019、箱 = 20026121)

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IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034702

IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors Set B

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set A for Automation

20066404

96 IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automationの箱1箱が同梱されており、96サンプルにラベル表示でき、96 IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automationの箱1箱が同梱されています。

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set B for Automation

20063213

イルミナの96 IDT - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automationの1箱入りで、イルミナの96 IDT - UMI DNA Index Anchors for Automationのラベルに十分な量です。

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Illumina UMI DNA/RNA UD v3 indexes Set A, Ligation (96 indexes, 96 Samples)

20126235

Includes one box of 96 Illumina DNA/RNA UD v3 Indexes Set A sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors.

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Illumina UMI DNA/RNA UD v3 indexes Set B, Ligation (96 indexes, 96 Samples)

20126237

Includes one box of 96 Illumina DNA/RNA UD v3 Indexes Set B sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors.

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サービス (1)

Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment Training

20122119

This 2-day introductory course is designed to familiarize new users with the Illumina cfDNA Prep with Enrichment workflow through detailed hands- on instruction. Participants will learn all essential steps in the workflow, including manual library preparation, enrichment, sequencing, and data analysis.

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幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

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