DRAGEN Array

DRAGEN Array は、Infiniumマイクロアレイのための正確で包括的かつ効率的な二次解析を提供します。

概要

DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics)Array二次解析は、Infiniumアレイベースのアッセイのための強力なバイオインフォマティクスソフトウェアです。DRAGEN Arrayは、最先端のデータ解析ツールを使用して、精確かつ包括的で非常に効率的な二次解析を提供し、ゲノムに関する洞察を最大化して研究ニーズに応えます。

正確で効率的な解析

ジェノタイピング、CNVコール、ファーマコゲノミクス(PGx)解析、メチル化QCなど、複数のアプリケーションに対応する高品質で迅速な結果です。

包括的なワークフロー

DRAGEN Arrayは、包括的なInfiniumマイクロアレイソリューションの一部です。専門的に設計されたコンテンツを備えたカスタム、セミカスタム、またはすぐに使えるマイクロアレイから選んで、迅速なDNAからデータへのワークフローでデータを処理、スキャン、解析します。

クラウドとローカルの展開

DRAGEN Arrayは、ローカルのコマンドラインパッケージ(特殊なフィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)サーバーやハードウェアは不要です)と、直感的なグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)を備えたクラウドベースのパッケージを提供します。

仕様


ソフトウェアアップデート

DRAGEN Arrayの最近のアップデート内容:

  • Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGxのInfiniumマイクロアレイで利用可能なジェノタイピング、PGxコピー数バリアント(CNV)コール、スターアレルアノテーション 

  • 優先度の高いPGx遺伝子のカバレッジの向上:スターアレルアノテーションは現在、CYP2E1、CYP1A2、ABCG2、CYP2C8、HMGCR、UGT1A4、UGT2B15、F13A1、HLA-B*15:02をカバーしています。SULT1A1がCNVコールの対象となりました。

  • メチル化品質管理(QC):Infiniumメチル化アレイのQCメトリクスに関するハイスループットで定量的なレポート機能

  • あらゆるヒトInfiniumマイクロアレイからの1塩基変異(SNV)ジェノタイピング解析。

  • オプションのベッドグラフファイルによるゲノムワイドなCNVおよびLOH検出と視覚化機能

追加情報およびすべての機能リストは、DRAGEN Arrayリリースノートに記載されています。

アプリケーション

DRAGEN Array は、Infiniumマイクロアレイのための正確で包括的かつ効率的な二次解析を提供します。

  説明 検出されたバリアントタイプ ローカル解析 クラウド解析
ジェノタイピング ヒトのInfiniumジェノタイピングアレイ1に99.5%を超えるジェノタイピング精度を提供します。 1塩基変異(SNV)
Indel
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PGx – CNVコール 95%を超えるPGx CNV精度を提供します2。9つのターゲット領域にわたる6つのターゲット遺伝子のPGx CNVカバレッジ。 1塩基変異(SNV)
Indel
コピー数バリアント(CNV)
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PGx – 星型アリルアノテーション 1700以上のターゲットで50以上の遺伝子のPGxスターアリルとバリアントカバレッジを提供します。コールレートが98%を超える、CYP2D6がほとんど見られないなど、識別が困難なPGx遺伝子を評価します3 1塩基変異(SNV)
Indel
コピー数バリアント(CNV)
星アリルのディプロタイプ
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CNVコール オプションのベッドグラフファイルによるゲノムワイドなCNVおよびLOH検出と視覚化機能。 1塩基変異(SNV)
Indel
コピー数バリアント(CNV)
星アリルのディプロタイプ
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メチル化QC ハイスループットで定量的なメチル化品質管理を提供します。 メチル化メトリクス  
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詳細については、https://help.dragenarray.illumina.com/overview/our-featuresをご覧ください。

ワークフローの例

関連するアプリケーションと手法

DRAGEN Arrayクラウド解析、ステップ1:

「ラン – マイクロアレイ解析のセットアップ」に移動して解析を開始します

DRAGEN Arrayクラウド解析、ステップ2:

解析構成を設定する。

DRAGEN Arrayクラウド解析、ステップ3:

サンプルシートのインポート、BeadChipの選択、またはIDATファイルのインポートで解析するサンプルを選択します

DRAGEN Arrayクラウド解析、ステップ4:

結果を見る。

効率的な解析

ジェノタイピング、PGx CNVコール、スターアリルアノテーションを1つのプラットフォームで実現し、複数の出力オプションを生成します。

スターアレルアノテーション

ダウンストリーム処理で使用するスターアリルアノテーションJSONファイルの例。試験されたサポートバリアント、欠損バリアント、およびアリルを提供します。

閾値調整可能なメチル化QC

21のコントロールメトリクスが出力の品質を評価します。調整可能な合否閾値は、スキャナーの違い、サンプルタイプの違い、または試験デザインの設定に対応します。

ソフトウェアオプション (2)

DRAGEN Array Local – star allele annotation

20109885

解析費用はサンプルごとに計算されます。

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DRAGEN Array Cloud – star allele annotation

20109886

解析費用はサンプルごとに計算されます。

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データ解析および保存 (8)

Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 50,000 iCredits

20042041

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics - 100,000 iCredits

20042042

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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ICA Basic Annual Subscription

20044874

Illumina Connected Analytics (ICA) Basic Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセスなど、TSO500をご使用のお客様を対象としたICAへの一年間のアクセスが含まれています。

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ICA Professional Annual Subscription

20044876

Illumina Connected Analytics (ICA) Professional Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセス、およびツール、パイプライン、データウェアハウス、ノートブックで構成されるカスタマイズされたワークフローの作成機能を含むICAへの一年間のアクセスが含まれます。

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ICA Enterprise Annual Subscription

20038994

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、カスタムおよびパッケージ化された解析ツール、データ保管およびマイニング用のベースモジュールなどを含むICA Enterpriseへの一年間のアクセスが含まれます。ICA Enterpriseには、オプションとしてHIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)も含まれます。

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進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

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Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

参考文献

1,2,3 - イルミナ社内データ、2023年。続きを読む

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