TruSight Oncology 500 High Throughput

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSI)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現し、スケーラビリティを強化します。

サンプルから結果まで4~5日

アッセイ時間

自動ワークフロー約2.5時間。手動ワークフロー約10.5時間。

ハンズオンタイム

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40~80 ng

インプット量

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概要

TruSight Oncology 500 High-Throughput(HT)は、FFPE組織からのインハウスの包括的ゲノムプロファイリング(CGP)を可能にする、高度にスケーラブルな腫瘍横断型次世代シーケンス(NGS)アッセイです。  

  • 523の遺伝子をターゲットとし、すべてのDNAおよびRNAバリアントタイプ(SNV、CNV、Indel、融合遺伝子)のほか、MSIおよびTMBを評価します 

  • ハイブリッドキャプチャーケミストリーと高度なバイオインフォマティクスで正確な結果を提供 

  • オプションの自動化キットと手法により、ハンズオンタイムを短縮し、スケーラビリティを向上*

  • フローセルあたり16~192サンプルを対処

有意義な結果

ガイドラインや臨床試験に沿った500を超える腫瘍横断型バイオマーカーを評価し、1回のアッセイで陽性バイオマーカーを見つける可能性を高めます。  

合理的なワークフロー

Illumina Connected Analyticsにより、即時利用可能なDRAGEN二次解析パイプラインと統合された手動または自動ワークフローを使用して、オンプレミスサーバーまたはクラウドで4~5日で結果が得られます。Illumina Connected InsightsまたはPierianから統合解釈レポートにアクセスできます。 

*Beckman Coulter i-SeriesまたはHamilton Microlab STARによる自動化が可能。詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください。

国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。 


包括的なポートフォリオでCGPを実現

TruSight Oncology 500製品ラインで臨床研究に関連するバイオマーカーを同定します。 

TruSight Oncology 500 High Throughput

TruSight Oncology 500と同じパネル内容と組織インプットタイプを用いて、一度に最大192のサンプルをバッチ処理できます。

‡ HRDは、TruSight Oncology 500 HRDキットをTruSight Oncology 500に追加した場合にのみ利用できます。日本ではご利用いただけません。 

§研究(RUO)モードのNovaSeq 6000Dx システムには、二次解析用に別途、スタンドアロンのDRAGENサーバーが必要です。 


仕様


必要な製品

TruSight Oncology 500 High-Throughput(TSO 500 HT)のランには、以下が必要です。

  • NovaSeq 6000システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(RUOモード)§ 
  • TSO 500 HTライブラリー調製キットと手動または自動ワークフロー(DRAGENバリアントコーリングパイプラインを含む)
  • NovaSeq 6000 v1.5試薬キットおよびスループットのニーズに応じて4つのフローセルオプション
  • 手動または自動ワークフロー用のインデックスアダプター(別売り) 

DRAGENバリアントコーリングパイプラインで解析するには、以下が必要です。 

  • ローカル解析用のDRAGENサーバーライセンス、または
  • クラウド解析のためのIllumina Connected Analytics‬サブスクリプションとiCredit  

最終レポートを生成するには、以下が必要です。

§研究(RUO)モードのNovaSeq 6000Dx システムには、二次解析用に別途、スタンドアロンのDRAGENサーバーが必要です。

†国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。

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アプリケーション

TruSight Oncology 500 High-Throughputは、FFPE腫瘍サンプルの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、フローセルあたり16~192のサンプルという高いスケーラビリティで、幅広いバイオマーカーを評価します。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

TruSight Oncology 500 High Throughputアッセイ 

**国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

16 samples per run (SP flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

32 samples per run (S1 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

72 samples per run (S2 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

192 samples per run (S4 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

2 × 101 bp 

NovaSeq 6000Dx in Research Mode

16 samples per run (SP flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage

32 samples per run (S1 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage

72 samples per run (S2 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage

192 samples per run (S4 flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage

2 × 101 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

比較する

TruSight Oncology 500 High Throughput TruSight Oncology 500 TruSight Oncology 500 ctDNA v2
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue FFPE Tissue Circulating Tumor DNA, Blood
Variant class Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Structural variants, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Novel transcripts, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)
アッセイ時間

サンプルから結果まで4~5日

サンプルから結果まで4~5日

精製された核酸からバリアントレポートまで<4日

インプット量

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40~80 ng

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng

cfDNA 20 ng(血漿4 ml)

コンテンツ仕様

523の対象遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

オプションのTruSight Oncology 500 HRDキット(日本ではご利用いただけません)には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア(LOH+TAI+LST)により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。 

合計1.94 Mbのパネルサイズに対する523遺伝子(完全コード配列)をターゲットとして選択。
• 免疫腫瘍学バイオマーカーのカバレッジ:TMBおよびMSI
• ガイドラインの適用範囲:複数の固形腫瘍タイプに関する主要ガイドラインを幅広く網羅
• 臨床試験のカバレッジ:600件を超える臨床試験(2023年2月現在、Pierian臨床ナレッジベースに基づく)
サンプルスループット 1ランあたり16~192サンプル
システム NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer NovaSeq 6000 System
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム 自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。

ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間

マルチプレックス

最大16プレックス(SPフローセル)、32プレックス(S1フローセル)、72プレックス(S2フローセル)、192プレックス(S4フローセル)

最大8プレックス Xp-4レーンワークフローを使用して、S2で最大8、S4で最大24、最大16インデックス
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA
生物種 ヒト ヒト ヒト
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明

NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)を使用した合理化されたワークフローから、ガイドラインおよび>1,000件の臨床試験における主要なバイオマーカーを同定するためのハイスループットの包括的なNGSアッセイ。免疫腫瘍学バイオマーカーのMSIおよびTMBのカバレッジが含まれます。

FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行し、一度に最大8サンプルをバッチ処理できるアッセイ。

液体生検サンプル(血漿からのctDNA)の包括的ゲノムプロファイリングにより、がん研究アプリケーション用の固形腫瘍のプロファイリングのための非侵襲的方法を提供します。この液体生検アプローチは、組織ベースのCGPを補完する低侵襲性サンプル収集アプローチを使用して、腫瘍内および腫瘍間の不均一性に関する洞察を提供します。

DRAGEN TruSight Oncology v2とローカルアプリ間の腫瘍変異負荷(TMB)ステータスの高い一致率

DRAGEN TruSight Oncology v2とローカルアプリ間のマイクロサテライト不安定性(MSI)ステータスの高い一致率

DRAGEN TruSight Oncology v2とローカルアプリ間のコピー数バリアント(CNV)(遺伝子増幅)検出の高い一致率

融合遺伝子およびスプライスバリアントの堅牢な検出

この表の情報は、TruSight Oncology 500とTruSight Oncology 500 High-Throughputの一致の例を示しており、検出された融合遺伝子およびスプライスバリアントの包括的なリストではありません。これらのデータは、ローカルアプリのパイプライン(DRAGENソフトウェアではない)で生成されました。

DRAGENはTruSight Oncology 500の二次解析にスピードをもたらします

リソース

サムネール

TruSight Oncology 500 HTによる自動化

Intermountain Precision Genomicsのお客様がCGPをどう実現し、自動化によってワークフローをスケールアップしたかをお聞きください。 

マニュアル調製 (8)

TruSight Oncology 500 DNA High-Throughput (48 Samples)

20040765

最大48のDNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA High-Throughput (144 Samples)

20040767

最大144のDNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA High-Throughput (24 Samples)

20040764

最大24のDNAおよびRNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA High-Throughput (72 Samples)

20040766

最大72のDNAおよびRNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA High-Throughput Kit (24 Samples), plus Velsera

20040768

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大24のDNAおよびRNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA High-Throughput Kit (48 Samples), plus Velsera

20040769

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大48のDNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA High-Throughput Kit (72 Samples), plus Velsera

20040770

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大72のDNAおよびRNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA High-Throughput Kit (144 Samples), plus Velsera

20040771

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大144のDNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。インデックスアンカーとNovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。

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オートメーション (8)

TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA for Automation (64 Samples)

20049283

最大64のDNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA/RNA for Automation (32 Samples)

20049282

最大32のDNAおよびRNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA for Automation (64 Samples), Plus Velsera

20049277

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大64のDNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA/RNA for Automation (32 Samples), Plus Velsera

20049276

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大32のDNAおよびRNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA for Automation (144 Samples)

20049285

最大144のDNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA for Automation (144 Samples), Plus Velsera 

20049279

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大144のDNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 High-Throughput DNA/RNA for Automation (72 Samples)

20049284

最大72のDNAおよびRNAサンプルを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TSO500 DNA/RNA HT Auto (72 spls) + Velsera

20049278

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大72のDNAおよびRNAサンプルおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NovaSeq 6000シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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インデックスアダプター (4)

IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034701

UMI DNA Index Anchors(プレート = 20031416、箱 = 20032620) + Nextera対応 Unique Dual Index A(販売キット = 20027213、プレート = 20025019、箱 = 20026121)

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IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20034702

IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors Set B

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set A for Automation

20066404

96 IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automationの箱1箱が同梱されており、96サンプルにラベル表示でき、96 IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automationの箱1箱が同梱されています。

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IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set B for Automation

20063213

イルミナの96 IDT - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automationの1箱入りで、イルミナの96 IDT - UMI DNA Index Anchors for Automationのラベルに十分な量です。

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試薬 (4)

NovaSeq 6000 S4 Reagent Kit v1.5 (200 cycles)

20028313

NovaSeq 6000システムの200サイクルランをサポートするS4フローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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NovaSeq 6000 S2 Reagent Kit v1.5 (200 cycles)

20028315

NovaSeq 6000システムでの200サイクルランをサポートするS2フローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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NovaSeq 6000 S1 Reagent Kit v1.5 (200 cycles)

20028318

NovaSeq 6000システムの200サイクルランをサポートするS1フローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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NovaSeq 6000 SP Reagent Kit v1.5 (200 cycles)

20040719

NovaSeq 6000システムの200サイクルランをサポートするSPフローセル1個、バッファーカートリッジ1個、クラスターカートリッジ1個、シーケンスカートリッジ1個が含まれます。

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サービス (4)

Trusight Oncology 500 HT Training (DNA) - Customer Site

20042220

TruSight Oncology 500 HT(DNAのみ)に習熟するための3日間のハンズオンの指導を顧客サイトで行います。コースでは、ライブラリー調製、エンリッチメント、シーケンス、およびデータ解析に関するハンズオントレーニングを最大4人の受講者に提供しています。注記:簡単な説明も更新する必要があります。今後は、GeutyTSTは使用しません。他の人と一致させ、次のように言ってください。ツツォー500。ツォートスォー500。ツォート

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Trusight Oncology 500 HT Training (DNA and RNA) - Customer Site

20042219

TruSight Oncology 500 HT(DNAおよびRNA)に習熟するための3.5日間のハンズオンの指導を顧客サイトで実施。コースでは、ライブラリー調製、エンリッチメント、シーケンス、およびデータ解析に関するハンズオントレーニングを最大4人の受講者に提供しています。注記:簡単な説明も更新する必要があります。今後は、GeutyTSTは使用しません。他の人と一致させ、次のように言ってください。ツツォー500。ツォートスォー500。ツォート

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Illumina Connected Insights‒Training and Onboarding

20092376

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Informatics Professional Services

20071787

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ソフトウェアおよびインフォマティクスオプション (14)

Illumina DRAGEN Server v3

20040619

初年度Avance Exchangeサポートが含まれます。年間DRAGENライセンスの購入が必要です。

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Illumina DRAGEN Server v4

20051343

初年度Avance Exchangeサポートが含まれます。年間DRAGENライセンスの購入が必要です。

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ICA Basic Annual Subscription

20044874

Illumina Connected Analytics (ICA) Basic Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセスなど、TSO500をご使用のお客様を対象としたICAへの一年間のアクセスが含まれています。

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ICA Professional Annual Subscription

20044876

Illumina Connected Analytics (ICA) Professional Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセス、およびツール、パイプライン、データウェアハウス、ノートブックで構成されるカスタマイズされたワークフローの作成機能を含むICAへの一年間のアクセスが含まれます。

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ICA Enterprise Annual Subscription

20038994

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、カスタムおよびパッケージ化された解析ツール、データ保管およびマイニング用のベースモジュールなどを含むICA Enterpriseへの一年間のアクセスが含まれます。ICA Enterpriseには、オプションとしてHIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)も含まれます。

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ICA Enterprise Service and Compliance Add-on (applies to Basic only)

20066830

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Service and Compliance Add-on。本製品は、ICA Basic Annual Subscriptionを対象とした一年間のサービスで、HIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)が含まれます。

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Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 50,000 iCredits

20042041

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics - 100,000 iCredits

20042042

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Connected Insights-Annual Subscription

20090137

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Illumina Connected Insights‒Oncology Genome Equivalent Sample-VCF

20090138

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Illumina Connected Insights-Annual Subscription

20090137

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選択中の製品一覧

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よくある質問(FAQ)

アッセイの主な違いはスケールです。TruSight Oncology 500 HTは、NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)で実行され、一度に16~192のサンプルのバッチ処理が可能で、より高いサンプルスループットへのスケーラビリティを提供します。TruSight Oncology 500は、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行され、一度に最大8つのサンプルをバッチ処理できます。その他の違いについては、このページの比較表を参照してください。

はい。イルミナの認定自動化メソッドでTSO 500 HTワークフローを自動化できます。イルミナ認定メソッドは、Beckman Coulter Life Sciences i7およびHamilton STAR(MOA設定)自動液体分注システムで利用できます。イルミナの認定メソッドはイルミナとオートメーションパートナーによって共同開発されています。自動化プラットフォームに必要な試薬量に対応するために、イルミナは自動化に特化したライブラリー調製キットを提供しています。

TruSight Oncology 500 HRDは、TruSight Oncology 500 High-Throughputでの使用については現在検証されていません。代替ソリューションに関する情報については、お近くのイルミナの営業担当者またはサポート担当者にお問い合わせください。TruSight Oncology 500 HRDは、日本ではご利用いただけません。

イルミナのDRAGEN二次解析プラットフォームは、非DRAGENオプションの2倍の速度でより高いバリアントコール精度を実現します。1  精度の向上により、サンプルQC、複雑なバリアント、小さなバリアント、融合遺伝子、スプライスバリアント、およびBRCA1/BRCA2を呼び出すエクソンレベルのCNVで高いパフォーマンスを実現します。イルミナは引き続き、DRAGEN TruSight Oncology 500パイプラインに革新的な機能を提供します。

はい、ご自身のソフトウェアで解析できます。ただし、その場合は、イルミナからテクニカルサポートを直接提供することはできません。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

References

  1. Data calculations on file. Illumina, Inc. 2023.

製品情報のリクエスト

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