がん免疫研究

NGSは、がんゲノムの詳細な解析を提供できる強力なツールです。また、腫瘍増殖または治療に反応する免疫マーカー発現をモニタリングするために、高感度で腫瘍微小環境をリアルタイムで効率的に評価することも可能です。NGSは、免疫細胞のレパートリーを特徴付け、微小環境内のさまざまな細胞集団を同定し、同時に数千のターゲットにおける遺伝子発現を包括的に定量することができます。

NGSは、研究者らがネオアンチゲンを同定し、免疫反応を高める革新的な治療法を研究し、遺伝的変異がその効果に与える影響を解明するうえでも役立ちます。さらに、NGSは、腫瘍特異的な反応を誘発するために適用できる新規の腫瘍抗原の予測的な選択も可能にします。

空間トランスクリプトミクスにより、組織切片にマッピングされた遺伝子発現パターンのトポグラフィー配置が得られるほか、構造と活性を関連付けることが可能です。この能力により、研究者は細胞レベルで生物学的相互作用を明確にし、腫瘍微小環境などの複雑な組織に対する新しい洞察を得ることができます。

宿主微生物相互作用ががんの発生、進行、治療効果に及ぼす影響を研究するために、NGSを用いることができます。NGSにより、さまざまな状況で微生物群をプロファイルできるため、このプロファイリングは新たながん治療法の開発でターゲットとなりうる種や症状を同定するうえできわめて重要です。

シングルセルRNAシーケンス（scRNA-Seq）は、シングルセル解像度で、がんや腫瘍微小環境のトランスクリプトームプロファイルを調べるためにますます利用されるようになっています。免疫細胞研究は、シングルセルトランスクリプトミクスと組み合わせて、がんの免疫サーベイランスと免疫療法に対する耐性における主要な因子を理解するために適用されてきました。

免疫レパートリーシーケンス（IR-Seq）では、NGSを使用してB細胞およびT細胞受容体レパートリーをプロファイルします。IR-Seqにより、サイエンティストはさまざまながんにおけるリンパ球受容体バリアントの研究、血液悪性腫瘍研究などが可能となります。