DRAGEN Platformは、従来のCPUベースのシステムでは15時間以上かかっていたヒトゲノム全体のNGSデータ処理を、オンプレミスでは30×カバレッジで約25分以内に完了できます。ゲノムデータ解析の世界最速記録を2つ打ち立てました。1,2
DRAGEN Platformにより、サーバークラスターへのオンプレミス投資とクラウドリソースの利用を抑えることができます。
2018年のPrecisionFDAによるHidden Treasures – Warm Up Challengeにおいて、DRAGEN Platformは全50バリアントを検出したプラットフォームの中で、全ゲノムバリアントコールに関する6つの精度測定のうち5つで最高スコアを記録しました。3
DRAGEN Platformは、全ゲノム、全エクソーム、ターゲットパネル、生殖細胞系列および体細胞系列のデータセット、RNAシーケンス実験からのシーケンスデータを解析します。
DRAGEN Platformにより、あらゆる規模のラボでゲノムデータがさらに活用されるようになります。DRAGEN Platformは、高度に再構成可能なFPGA（フィールドプログラマブルゲートアレイ）テクノロジーを活用し、BCL変換、マッピング、アライメント、ソーティング、デュプリケートマーキング、およびハプロタイプのバリアントコールなどのゲノム解析アルゴリズムをハードウェアアクセラレーションにより実装します。DRAGEN Platformの基本的な機能により、非常に長い計算時間や膨大な量のデータといったゲノム解析において頻発する問題に対応できます。
DRAGEN Platformは、精確性を犠牲にすることなく、迅速、柔軟、コスト効率高く二次解析を実現します。DRAGEN Platformでは再プログラミングが可能なため、イルミナによるカスタムアルゴリズムの開発が可能となり、将来のアプリケーションに対応するための改善も行えます。
DRAGEN Platformにはオンプレミス版とクラウド版があり、お客様のニーズに最適なDRAGEN Platformを選択していただけます。
DRAGENパイプラインをオンプレミスで使用していただくことも、BaseSpace Sequence Hubでクラウドベースのオプションをお選びいただくこともできます。
名称 | 説明 |
|---|---|
| Illumina DRAGEN Germline Pipeline | DRAGEN Germline Pipelineは、BCLからVCFまでの包括的NGS解析を実現します。精度向上のための高度エラーモデルキャリブレーションおよびIllumina Expansion Hunterを用いた反復伸長検出やジェノタイピングを利用できます。 |
| Illumina DRAGEN Somatic Pipeline | DRAGEN Somatic Pipelineには腫瘍のみのモードと腫瘍 – 正常モードがあり、腫瘍サンプルに含まれる体細胞バリアントの検出のために設計されています。 |
| Illumina DRAGEN RNA Gene Fusion Detection Pipeline | DRAGEN RNA Gene Fusion Detection Pipelineは、スプライスジャンクションの検出とアライメントから遺伝子融合検出まで、トランスクリプトーム解析を実行します。 |
| Illumina DRAGEN Joint Genotyping/Population Pipeline | DRAGEN Joint Genotyping/Population Pipelineは、複数のゲノムを対象としてバリアントコールを行い、精度を損なわずに高速で何千ものサンプルに対応します。 |
| Illumina DRAGEN CNV Pipeline | DRAGEN CNV Pipelineは、生殖細胞系列および体細胞系列のエクソームおよびゲノムのコピー数多型（CNV）解析を実施します。さまざまなレベルのフィルタリングを適用して、最終コールを決定する前に偽陽性を低減することができます。 |
| Illumina DRAGEN Methylation Pipeline | DRAGEN Methylation Pipelineでは、リファレンスのみのアライメントモードやアノテーション支援モードなど、複数の操作モードを利用できます。 |
| Illumina DRAGEN Map + Align Pipeline | DRAGEN Map + Align Pipelineでは、エクソームとゲノムの両方を対象とする超高速マッピングおよびDNAとRNAのアライメントが可能です。 |
| DRAGEN Reference Builder | このアプリはFASTAファイルに対応しており、DRAGENアプリで使用される独自のリファレンスを構築します。 |
イルミナシーケンサーとGATKの統合、DRAGEN Platformの導入によりハードウェアアクセラレーションとデータ解析の標準化が促進される可能性について、共同研究者であるThe Broad InstituteのAnthony PhilippakisとイルミナのSusan Tousiが話します。
ビデオを見るDRAGEN Pipelineは、小児の1,000に及ぶ全ゲノムを2時間25分で処理しました。これは1,000のヒトゲノムを解析する最高速度のギネス世界記録となりました。1
記事を読む19時間半という、最速の遺伝子診断のギネス世界記録が打ち立てられました。DRAGEN Platformは、シーケンス後のゲノムデータのマッピングとアライメントのスピードを大幅に高めるために使用されました。2
記事を読む2018年のPrecisionFDAによるHidden Treasures – Warm Up Challengeにおいて、DRAGEN Platformは全50バリアントを検出したプラットフォームの中で、全ゲノムバリアントコールに関する6つの精度測定のうち5つで最高スコアを記録しました。3
記事を読むDRAGEN Platformは、生命科学分野の多数のアプリケーションに使用できます。
シーケンス済みゲノムを迅速に解析。経時的な計算ツールの向上に合わせて再解析を加速します。
迅速な結果が極めて重要となる場合に、ゲノム解析にかかる時間を短縮します。
ハードウェアが駆動するアルゴリズムで、絶え間ない解析の需要を先取りします。
多種多様で複雑なゲノムを持つ動物と植物を、提供されたリファレンスを用いて解析します。
再現性と高品質な結果を確保するために、短い所要時間と高い精度でターゲットエクソームデータを解析します。
DRAGEN Accuracy Application Note
Application Note | HTML
BaseSpace Sequence Hub Quick Apps Handout
Brochure | PDF< 1 MB
Benefits of whole-genome sequencing
Brochure | PDF< 1 MB
DRAGEN Bio-IT Platform on BaseSpace Sequence Hub
Data Sheet | PDF1 MB
DRAGEN Germline Pipeline Specification Sheet
Data Sheet | HTML
Data Sheet | HTML
BaseSpace Variant Interpreterにより、ゲノムラボではヒトゲノムデータから生物学的に重要なバリアントを迅速に同定することができます。
BaseSpace Correlation Engineは、20,000を超えるゲノム研究から遺伝子、実験、薬剤、および表現型に関するデータに基づく答えを引き出し、お客様の研究をサポートします。
