シーケンスワークフローの精度
イルミナシーケンスワークフロー全体の精度
典型的なシーケンスワークフローには、サンプル/ライブラリー調製、クラスター増幅、DNAシーケンス、画像解析/塩基コーリング、リードアライメント、バリアント発見が含まれます。これらのステップのいずれかで結果が悪い場合、最終データセットの品質が損なわれます。
イルミナのシーケンスでは、このプロセスの各ステップが最適化され、幅広いアプリケーションにわたって正確なデータを提供します。ライブラリー調製は、特に重要なステップです。TruSeqやその他の高品質のイルミナライブラリー構築テクノロジーを使用すると、あらゆる研究プロジェクトで高いサンプル品質と精度を確保できます。
イルミナのシーケンスワークフローの各ステップにおける精度に影響を与える要因
プラットフォームの精度
プラットフォームの精度は、サンプル/ライブラリー調製からバリアント発見までのプロセスの各ステップを説明するシーケンスワークフローの全体的な精度を示します。シーケンスワークフローは3つの主要なステージにセグメント化でき、それぞれが独自の精度を提供します。サンプル/ライブラリーの正確性、検出の正確性、アルゴリズムの正確性。
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サンプル/ライブラリーの精度
サンプルの精度は、シーケンスワークフローのライブラリー調製ステップに関連しています。この段階では、DNAはライブラリー構築のために断片化されます。 ライブラリー内の各断片は最終的にシーケンスリードに対応するため、ゲノム全体の均一なカバレッジを達成するためには高い断片サイズの均一性とライブラリーの多様性が重要です。
多様ではないライブラリーによる断片の欠損など、ライブラリー調製中に発生するエラーは、シーケンサーでは特定できません。ライブラリーにないゲノム部分はシーケンスされず、データセットにギャップが生じます。
さらに、シーケンスシグナルがクリーンでエラーのないように見えるため、品質スコアはこのステップ中に生じたエラーを反映していません。ほとんどのシーケンスプラットフォームで実現可能な最大精度は、サンプル精度によって制限されます。
そのため、TruSeqやその他のイルミナのテクノロジーなど、高品質のライブラリー構築ソリューションを利用することが非常に重要です。
正確なライブラリー調製テクノロジー
当社のアダプターライゲーションライブラリー調製テクノロジーは、TruSeqテクノロジーとしても知られており、高いカバレッジ均一性、正確な鎖情報、および信頼性で長年知られています。今はさらに良いです。最近のイノベーションにより、精製、サンプル移送、ピペット操作のステップ数が減少し、ワークフローの効率が向上しました。
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TruSeq製品
TruSeqキットは、ライブラリー調製のためのシンプルさ、利便性、信頼できる結果を提供します。マスターミックス試薬とシンプルで自動化しやすいワークフローにより、ハンズオンタイムが最小限に抑えられ、人的ミスが軽減されます。 一般的なTruSeqライブラリー調製製品には、以下のものがあります。
TruSeq製品やイルミナのその他のライブラリー調製オプションについては、ライブラリー調製キットリストページをご覧ください。
TruSeqライブラリー調製のベストプラクティス
TruSeqライブラリー調製およびエンリッチメントプロトコールを実行するための推奨ベストプラクティスをご覧ください。
2つのRNAライブラリー調製キットの物語
人気の高い2つのTruSeq RNAライブラリー調製キットの重要な比較により、RNAシーケンス研究を実施する研究者にとって関心のある新しい情報が明らかになります。
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検出精度
検出精度は、クラスター形成、DNAシーケンス、および一次データ解析で構成されるシーケンスワークフローの2番目の段階を占めます。この段階で発生したエラーは、通常、品質スコアに反映されます。
検出エラーは、サンプルエラーとは異なり、確立された塩基ごとの品質スコアを使用して追跡できます。
検出エラーは、再シーケンス、シングルリードエラー修正、またはエンコーディングスキームによって改善できます。
クオリティスコアの詳細はこちらアルゴリズムの精度
アルゴリズムの精度は、ワークフローの二次データ解析フェーズに関連し、通常はアライメントとバリアントコーリングが含まれます。アライメント法の精度は非常に重要です。
シーケンス装置からのデータの品質がどれほど高いかにかかわらず、最適でないアライメントは、最終データセットの不良につながり、ミスマッチの配置、不均一なカバレッジ、および多数のギャップが生じる可能性があります。その結果、高い偽陽性率と偽陰性率につながる可能性があります。バリアントコーリング法自体も、同じ理由で高精度である必要があります。
イルミナは、研究者が正確なアライメントとバリアントコーリングを実行できるようにする使いやすいバイオインフォマティクスツールを提供しています。
バイオインフォマティクスツールの詳細