Illumina Microbial Amplicon Prep

さまざまな公衆衛生サーベイランスおよび微生物研究アプリケーションを可能にする、柔軟で合理化されたNGSライブラリー調製キット。

<9時間

アッセイ時間

48サンプルで約3時間

ハンズオンタイム

サンプル源によって異なります

インプット量

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概要

Illumina Microbial Amplicon Prep (iMAP)は、COVIDSeqと同じ手法で構築されたアンプリコンベースのライブラリー調製キットです。ライブラリー調製は高速かつシンプルで、ほぼすべてのIlluminaシーケンスシステムと互換性のあるライブラリーが備わっています。キットは、ウイルス全ゲノムシーケンス、抗菌薬耐性マーカー解析、細菌や真菌の同定など、さまざまな感染症、公衆衛生サーベイランス、微生物研究のアプリケーションに使用できます。

微生物研究能力を拡大

ハンズオンタイムを短縮し、あらゆる規模で卓越したデータ品質と精度のシーケンス結果を得ることができます。

  • すぐに使えるまたはラボで設計されたオリゴでターゲットバリアントを検出

  • マルチプレックスPCR法ベースのワークフローを使用

  • シンプルな解析ソリューションでデータを解釈

  • 幅広いサンプルのシーケンス

このキットは、カスタム、公開済み、または市販のプライマーセット(プライマーオリゴは含まれません)と併用でき、培養、スワブ(鼻咽頭、皮膚、鼻)、廃水などのソースから抽出されたRNAまたはDNAと互換性があります。解析は、事前にロードされたターゲットを備えたBasespace Sequence Hub上のDRAGEN Targeted Microbial Appを使用して実施できます。カスタム解析用にファイルを簡単にアップロードすることもできます。

イルミナのテスト済みプロトコール
  • チクングニア1
  • デング熱1
  • Mpox1
  • RSV1
  • ジカ1

*プロトコールは情報提供のみを目的としています。これは、プロトコールがイルミナによって検証またはサポートされていることを意味するものではありません。

仕様

アプリケーション

ワークフローの例

関連するアプリケーションと手法

ドキュメント

製品資料

リソース

サムネール

IMAPによる高速かつ柔軟なライブラリー調製

この動画では、イルミナのサイエンティストであるJeff Koble氏が、Illumina Microbial Amplicon Prepアッセイの概要を説明するとともに、ライブラリー調製を確実に成功させるためのヒントやコツについても詳しく言及しています。

サムネール

DRAGEN Targeted Microbial Appによるシンプルかつ効率的なIMAP解析

イルミナのバイオインフォマティクスサイエンティストであるSoo Bin Kwon氏が、DRAGEN Targeted Microbialを使用してIMAPでシーケンスされた微生物ターゲットを包括的に解析する方法を紹介しています。

サムネール

PrimalScheme3によるIMAPプロトコールのプライマー設計

バーミンガム大学のChristopher Kent氏がPrimalScheme3を紹介し、IMAP実験の最適化に役立つプライマー設計のベストプラクティスについて解説します。

Illumina Microbial Amplicon Prep

20097857

cDNA変換、ライブラリー調製、インデックスを含む48サンプルアンプリコンキット。プライマーは含まれません。

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NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

注釈
  1. イルミナデータ。Accessed September 8, 2023, from Illumina Microbial Amplicon Prep for viral surveillance
  2. de La Roque, DGL, Santos EV, Policastro LR, et al. 2024. Exploring the Chikungunya virus landscape in a dengue-endemic Brazilian area. Journal of Infection and Public Health 17(7): 102442
  3. Vogels CB, Hill V, Breban MI, et al. 2024. DengueSeq: a pan-serotype whole genome amplicon sequencing protocol for dengue virus. BMC Genomics. 25(1): 433
  4. Naveca FG, Pires de Almeida TA, Souza V, et al. 2024. Human outbreaks of a novel reassortant Oropouche virus inthe Brazilian Amazon region. Nature Medicine Epub ahead of print. Accessed 19 Sep 2024 from https://www.nature.com/articles/s41591-024-03300-3.epdf
  5. Charles H, Hassett E, Vogels CBF, Shapley D, Grubaugh ND, Thangamani, S. 2023. Powassan Virus Lineage I in Field-Collected Dermacentor variabilis Ticks, New York, USA. Emerging Infectious Diseases. 29(2): 415-417
  6. Chen NFG, Chaguza C, Gagne L, et al. 2024. Development of an amplicon-based sequencing approach in response to the global emergence of human monkeypox virus(ヒトサル痘ウイルスの世界的出現に対応した、アンプリコンベースのシーケンス手法の開発)。PLOS Biology. 21(6): e3002151
  7. Maloney DM, Fernandes G, Jasim S, et al. 2024. ARTIC RSV amplicon sequencing reveals global RSV genotype dynamics. bioRxiv pre-print(ARTIC RSVアンプリコンシーケンスは、グローバルなRSV遺伝子型の動態を明らかにする。bioRxivプレプリント). Accessed 17 Sep 2024 from https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.23.609324v3
  8. Davina-Nunez C, Perez-Castro S, Cabrera-Alvargonzalez JJ, Montano-Barrientos J, Godoy-Diz M, Regueiro, B. 2023. The Modification of the Illumina® CovidSeq™ Workflow for RSV Genomic Surveillance(RSVゲノムサーベイランスのためのIllumina® CovidSeq™ワークフローの修正):The Genetic Variability of RSV during the 2022–2023 Season in Northwest Spain(2022~2023年シーズンのスペイン北西部におけるRSウイルスの遺伝的変異性). International Journal of Molecular Sciences. 24(22): 16055
  9. SARS-CoV-2 version 5.4.2 scheme release. Accessed 17 Sep 2024 from https://community.artic.network/t/scheme-release-artic-sars-cov2-400-v5-4-2/546
  10. Hikmat H, Le Targa L, Boschi C, et al. 2024. Sequencing and characterization of human bocavirus genomes from patients diagnosed in Southern France between 2017 and 2022(2017年から2022年に南フランスで診断された患者のヒトボカウイルスゲノムのシーケンスと特性評価). Journal of Medical Virology. 96(6): 10.1002/jmv.29706
  11. Sicilia P, Fantilli AC, Cuba F, et al. 2024. Hepatitis A virus whole genome sequencing strategy using NGS/Illumina technology(NGS/Illumina テクノロジーを使用した A 型肝炎ウイルス全ゲノムシーケンス戦略). medRxiv pre-print. Accessed 17 Sep 2024 from https://doi.org/10.1101/2024.05.05.24306642
  12. Bhoyar RC, Jolly B, Vignesh H, Bhatt L, Senthivel V, Israni R, Scaria V, Sivasubbu S. 2024. Protocol for next-generation sequencing of the LSD virus genome using an amplicon-based approach(アンプリコンベースのアプローチを使用した LSD ウイルスゲノムの次世代シーケンサーのプロトコール). STAR Protocols. 5(3):103020.
  13. Knecht CA, García AN, Álvarez VE, et al. 2022. Novel insights related to the rise of KPC-producing Enterobacter cloacae complex strains within the nosocomial niche(院内環境におけるKPC産生エンテロバクター・クロアカエ複合菌株の増加に関連した新たな知見). Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 12:951049
  14. Ferreira CM, Naveca FG, Ferreira GMA, et al. 2024. Whole-Genome Analysis of Extensively Drug-Resistant Enterobacter hormaechei Isolated from a Patient with Non-Hodgkin’s Lymphoma(非ホジキンリンパ腫患者から分離された高度薬剤耐性エンテロバクター・ホルマエケイの全ゲノム解析). Genes. 15(6): 814
  15. Rabies Virus Bat-Clade Sequencing. Accessed October 30, 2023, from https://www.protocols.io/view/rabies-virus-bat-clade-sequencing-8epv5x3bng1b/v1

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