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Illumina Microbial Amplicon Prep

さまざまな公衆衛生サーベイランスおよび微生物研究アプリケーションを可能にする、柔軟で合理化されたNGSライブラリー調製キット。

<9時間

アッセイ時間

48サンプルで約3時間

ハンズオンタイム

サンプル源によって異なります

インプット量

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概要

Illumina Microbial Amplicon Prep (iMAP)は、COVIDSeqと同じ手法で構築されたアンプリコンベースのライブラリー調製キットです。ライブラリー調製は高速かつシンプルで、ほぼすべてのIlluminaシーケンスシステムと互換性のあるライブラリーが備わっています。キットは、ウイルス全ゲノムシーケンス、抗菌薬耐性マーカー解析、細菌や真菌の同定など、さまざまな感染症、公衆衛生サーベイランス、微生物研究のアプリケーションに使用できます。

微生物研究の可能性を拡大

ハンズオンタイムを短縮し、あらゆる規模で卓越したデータ品質と精度のシーケンス結果を得ることができます。

  • すぐに使えるまたはラボで設計されたオリゴでターゲットバリアントを検出

  • マルチプレックスPCR法ベースのワークフローを使用

  • シンプルな解析ソリューションでデータを解釈

  • 幅広いサンプルのシーケンス

このキットは、カスタム、公開済み、または市販のプライマーセット（プライマーオリゴは含まれません）と併用でき、培養、スワブ（鼻咽頭、皮膚、鼻）、廃水などのソースから抽出されたRNAまたはDNAと互換性があります。解析は、事前にロードされたターゲットを備えたBasespace Sequence Hub上のDRAGEN Targeted Microbial Appを使用して実施できます。カスタム解析用にファイルを簡単にアップロードすることもできます。

イルミナのテスト済みプロトコール
  • チクングニア1
  • デング熱1
  • Mpox1
  • RSV1
  • ジカ1
お客様の実証済みプロトコール*

*プロトコールは情報提供のみを目的としています。これは、プロトコールがイルミナによって検証またはサポートされていることを意味するものではありません。

仕様

アッセイ時間 <9時間
自動化機能 Liquid handling robot(s)
説明 Illumina Microbial Amplicon Prep（IMAP）は、RT-PCR、ライブラリー調製、48サンプル用のインデックスを含むアンプリコンベースのライブラリー調製ソリューションです。COVIDSeqと同じケミストリーに基づいて構築されており、DNAおよびRNAのサンプルに使用できます。オリゴプライマーはキットに同梱されておらず、別途ご購入いただく必要があります。
ハンズオンタイム 48サンプルで約3時間
インプット量 サンプル源によって異なります
システム MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000 System, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム
作用機序 マルチプレックスPCR法
手法 アンプリコンシーケンス
核酸の種類 DNA, RNA
サンプルタイプの詳細 鼻腔スワブから廃水まで、幅広い種類のサンプルに対応
生物種カテゴリー その他, 酵母, ウイルス, 細菌
テクノロジー シーケンス
バリアントクラス 1塩基変異多型（SNP）, 1塩基変異（SNV）

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina Microbial Amplicon Prep

2
シーケンス
3
解析

関連するアプリケーションと手法

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ドキュメント

製品資料
サポートドキュメント

リソース

サムネール

IMAPによる高速かつ柔軟なライブラリー調製

この動画では、イルミナのサイエンティストであるJeff Kobleが、Illumina Microbial Amplicon Prepアッセイの概要を説明するとともに、ライブラリー調製を確実に成功させるためのヒントやコツについても詳しく言及しています。

サムネール

DRAGEN Targeted Microbial Appによるシンプルかつ効率的なIMAP解析

イルミナのバイオインフォマティクスサイエンティストであるSoo Bin Kwon氏が、DRAGEN Targeted Microbialを使用してIMAPでシーケンスされた微生物ターゲットを包括的に解析する方法を紹介しています。

サムネール

PrimalScheme3によるIMAPプロトコールのプライマー設計

バーミンガム大学のChristopher Kent氏がPrimalScheme3を紹介し、IMAP実験の最適化に役立つプライマー設計のベストプラクティスについて解説します。

Illumina Microbial Amplicon Prep

20097857

cDNA変換、ライブラリー調製、インデックスを含む48サンプルアンプリコンキット。プライマーは含まれません。

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NovaSeq Xシリーズのご購入

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COVIDSeq Assay (96サンプル)

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Illumina RNA Prep with Enrichment

幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフローです。

Viral Surveillance Panel

SARS-CoV-2、インフルエンザ、アルボウイルス、肝炎を含む200種類を超えるウイルスおよび亜型の全ゲノムシーケンスと特性評価。

参考文献
  1. Illumina. Accessed September 8, 2023, from Illumina Microbial Amplicon Prep for viral surveillance
  2. de La Roque, DGL, Santos EV, Policastro LR, et al. 2024. Exploring the Chikungunya virus landscape in a dengue-endemic Brazilian area. Journal of Infection and Public Health 17(7): 102442
  3. Vogels CB, Hill V, Breban MI, et al. 2024. DengueSeq: a pan-serotype whole genome amplicon sequencing protocol for dengue virus. BMC Genomics. 25(1): 433
  4. Naveca FG, Pires de Almeida TA, Souza V, et al. 2024. Human outbreaks of a novel reassortant Oropouche virus inthe Brazilian Amazon region. Nature Medicine Epub ahead of print. Accessed 19 Sep 2024 from https://www.nature.com/articles/s41591-024-03300-3.epdf
  5. Charles H, Hassett E, Vogels CBF, Shapley D, Grubaugh ND, Thangamani, S. 2023. Powassan Virus Lineage I in Field-Collected Dermacentor variabilis Ticks, New York, USA. Emerging Infectious Diseases. 29(2): 415-417
  6. Chen NFG, Chaguza C, Gagne L, et al. 2024. Development of an amplicon-based sequencing approach in response to the global emergence of human monkeypox virus（ヒトサル痘ウイルスの世界的出現に対応した、アンプリコンベースのシーケンス手法の開発）。PLOS Biology. 21(6): e3002151
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  8. Davina-Nunez C, Perez-Castro S, Cabrera-Alvargonzalez JJ, Montano-Barrientos J, Godoy-Diz M, Regueiro, B. 2023. The Modification of the Illumina® CovidSeq™ Workflow for RSV Genomic Surveillance: The Genetic Variability of RSV during the 2022–2023 Season in Northwest Spain.（RSVゲノムサーベイランスのためのIllumina® COVIDSeq™のワークフローの修正：スペイン北西部の2022～2023年シーズンにおけるRSウイルスの遺伝的変異性） International Journal of Molecular Sciences. 24(22): 16055
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  11. Sicilia P, Fantilli AC, Cuba F, et al. 2024. Hepatitis A virus whole genome sequencing strategy using NGS/Illumina technology（NGS/Illumina テクノロジーを使用した A 型肝炎ウイルス全ゲノムシーケンス戦略）. medRxiv pre-print. Accessed 17 Sep 2024 from https://doi.org/10.1101/2024.05.05.24306642
  12. Bhoyar RC, Jolly B, Vignesh H, Bhatt L, Senthivel V, Israni R, Scaria V, Sivasubbu S. 2024. Protocol for next-generation sequencing of the LSD virus genome using an amplicon-based approach（アンプリコンベースのアプローチを使用した LSD ウイルスゲノムの次世代シーケンサーのプロトコール）. STAR Protocols. 5(3):103020.
  13. Knecht CA, García AN, Álvarez VE, et al. 2022. Novel insights related to the rise of KPC-producing Enterobacter cloacae complex strains within the nosocomial niche（院内環境におけるKPC産生エンテロバクター・クロアカエ複合菌株の増加に関連した新たな知見）. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 12:951049
  14. Ferreira CM, Naveca FG, Ferreira GMA, et al. 2024. Whole-Genome Analysis of Extensively Drug-Resistant Enterobacter hormaechei Isolated from a Patient with Non-Hodgkin’s Lymphoma（非ホジキンリンパ腫患者から分離された高度薬剤耐性エンテロバクター・ホルマエケイの全ゲノム解析）. Genes. 15(6): 814
  15. Godinho FMS, Campos A, Huff R, et al. 2025. Development and validation of an all-in-one rabies virus Bat-Clade genomic sequencing and host identification protocol.（オールインワンの狂犬病ウイルスBat-Cladeゲノムシーケンスと宿主同定プロトコールの開発と検証。） J Virol Methods. 333:115097.
  16. Tomás G, Marandino A, Rodríguez S. et al. 2024. Diagnosis and genomic characterization of the largest western equine encephalitis virus outbreak in Uruguay during 2023–2024. npj Viruses 2, 70（2023～2024年にウルグアイで発生した最大の西ウマ脳炎ウイルスの感染拡大の診断とゲノム特性評価。）npj Viruses 2, 70 
  17. Kim I, Nam J, Kim C, Choi Y, Lee H, An B, et al. Pathogenicity of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Viruses Isolated from Cats in Mice and Ferrets, South Korea, 2023.（マウスおよびフェレットのネコから単離された高病原性鳥インフルエンザA（H5N1）ウイルスの病原性、韓国、2023年。） Emerg Infect Dis. 2024;30(10):2033-2041.
  18. Trecourt A, Rabodonirina M, Donzel M, et al. 2025. Cryptococcus neoformans/g attii and Histoplasma capsulatum var. capsulatum infections on tissue sections: Diagnostic pitfalls and relevance of an integrated histomolecular diagnosis.（組織切片におけるCryptococcus neoformans/g attiiおよびHistoplasma capsulatum var. capsulatum感染症：診断の落とし穴と統合組織分子診断の関連性。）  Medical Mycology 63, myae126
  19. Nath R, Choudhury G, Gogoi A, et al. 2024. Molecular characterization of human adenovirus associated with pediatric severe acute respiratory infections in a tertiary care hospital in North East India.（インド北東部の三次医療病院における小児の重症急性呼吸器感染症に関連するヒトアデノウイルスの分子特性。） 前面 ビロール。4:1462907.
  20. Hikmat H, Le Targa L, Boschi C, et al. 2025. Five‐Year (2017–2022) Evolutionary Dynamics of HumanCoronavirus HKU1 in Southern France With Emergenceof Viruses Harboring Spike H512R Substitution.（南フランスにおけるHumanCoronavirus HKU1の5年間（2017～2022年）の進化的ダイナミクスと、スパイクH512R置換ウイルスの出現。） J Med Virol 97:e70217
  21. Gurung S, Tewari D, Sherpa U, Chhophel TP, Siddique AI, Sarmah N, Borkakoty B. Fatal case of Leptospira wolffii infection in Sikkim, India: An autochthonous case from a new geographical region.（インドのシッキムにおけるレプトスピラ・ウルフフィ感染症の致死症例：新しい地理的地域からの自生症例。） Indian J Med Microbiol. 2025 Feb 25;54:100813. doi: 10.1016/j.ijmmb.2025.100813. Epub ahead of print. PMID: 39986467.

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