さまざまな公衆衛生サーベイランスおよび微生物研究アプリケーションを可能にする、柔軟で合理化されたNGSライブラリー調製キット。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
Illumina Microbial Amplicon Prep (iMAP)は、COVIDSeqと同じケミストリーで構築されたアンプリコンベースのライブラリー調製キットです。ライブラリー調製は高速かつシンプルで、ほぼすべてのIlluminaシーケンスシステムと互換性のあるライブラリーが備わっています。キットは、ウイルス全ゲノムシーケンス、抗菌薬耐性マーカー解析、細菌や真菌の同定など、さまざまな感染症、公衆衛生サーベイランス、微生物研究のアプリケーションに使用できます。
ハンズオンタイムを短くして、あらゆるスケールで卓越したデータ品質と精度でシーケンス結果を得ることができます。
このキットは、カスタム、公開済み、または市販のプライマーセット（プライマーオリゴは含まれません）と併用でき、培養、スワブ（鼻咽頭、皮膚、鼻）、廃水などのソースから抽出されたRNAまたはDNAと互換性があります。解析は、事前にロードされたターゲットを備えたBasespace Sequence Hub上のDRAGEN Targeted Microbial Appを使用して実施できます。カスタム解析用にファイルを簡単にアップロードすることもできます。
| Automation capability | Liquid Handling Robots |
|---|---|
| Method | Amplicon Sequencing |
| Variant class | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Single nucleotide variants (SNVs) |
| アッセイ時間 | <9時間 |
| インプット量 | サンプル源によって異なります |
| サンプルタイプの詳細 | 鼻腔スワブから廃水まで、幅広い種類のサンプルに対応 |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
| ハンズオンタイム | 48サンプルで約3時間 |
| 作用機序 | マルチプレックスPCR法 |
| 核酸の種類 | DNA, RNA |
| 生物種 | Other, Yeast, Virus, Bacteria |
| 説明 | Illumina Microbial Amplicon Prep（IMAP）は、RT-PCR、ライブラリー調製、48サンプル用のインデックスを含むアンプリコンベースのライブラリー調製ソリューションです。COVIDSeqと同じケミストリーに基づいて構築されており、DNAおよびRNAのサンプルに使用できます。オリゴプライマーはキットに同梱されておらず、別途ご購入いただく必要があります。 |
Illumina Microbial Amplicon Prep
廃水サーベイランスが、新たな感染症、変異追跡、バリアントトレンド追跡のコミュニティレベルのモニタリングにどのように役立つかをご覧ください。
NGSは、コロナウイルスやその他の新たな感染症病原体の新規株を特定することにより、効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。
PCRアンプリコンの超ディープシーケンスにより、目的のゲノム領域を特定した解析が可能です。アンプリコンシーケンスの詳細と包括的なソリューションをご覧ください。
*プロトコールは情報提供のみを目的としています。これは、プロトコールがイルミナによって検証またはサポートされていることを意味するものではありません。
1. イルミナ。2023年9月8日、 Illumina Microbial Amplicon Prep for viral surveillanceよりアクセス
2. DengueSeq：デングウイルスV.2の汎血清型全ゲノムアンプリコンシーケンスプロトコール。2023年9月8日、 https://www.protocols.io/view/dengueseq-a-pan-serotype-whole-genome-amplicon-seq-kqdg39xxeg25/v2
3. Bhatt L, Bhoyar RC, Jolly B, Israni R, Vignesh H, Scaria V, Sivasubbu S。インドでの感染拡大による皮膚疾患の塊ウイルスのゲノムシーケンスは、ウイルスの明確な系統を示唆しています。Arch Virol. 2023 Feb 5;168(3):81. doi: 10.1007/s00705-023-05705-w.
4. サル痘ウイルスマルチプレックスPCRアンプリコンシーケンス（PrimalSeq）V.4. 2023年9月8日、 https://www.protocols.io/view/monkeypox-virus-multiplexed-pcr-amplicon-sequencin-5qpvob1nbl4o/v4?step=2
5. 次世代シーケンスV.2用のイルミナCovidSeq試薬を使用した呼吸器合胞体ウイルス（RSV） の全ゲノム増幅 2023年9月8日、 https://www.protocols.io/view/whole-genome-amplification-of-respiratory-syncytia-eq2lyjzbrlx9/v2
6. SARS-CoV-2バージョン5.3.2スキームリリース。2023年9月12日、 https://community.artic.network/t/sars-cov-2-version-5-3-2-scheme-release/462
7. 狂犬病ウイルスバットクレードシーケンス。2023年10月30日、 https://www.protocols.io/view/rabies-virus-bat-clade-sequencing-8epv5x3bng1b/v1
Illumina Microbial Amplicon Prep
20097857
cDNA変換、ライブラリー調製、インデックスを含む48サンプルアンプリコンキット。プライマーは含まれません。
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進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
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幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフロー。
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