Illumina DNA PCR-Free Prep

高感度シーケンスアプリケーション用の高精度データを生成する効率的で高速な統合ライブラリー調製ワークフロー。

約1.5時間

アッセイ時間

約45分

ハンズオンタイム

25 ng 〜 300 ng

インプット量

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概要

イルミナDNA PCR-Free Prepは、ヒト全ゲノムシーケンス(WGS)、微生物ゲノムのde novoアセンブリ、腫瘍/正常バリアントコーリングなどの高感度全ゲノムシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための迅速で柔軟なワークフローを提供します。

  • ライブラリー前後の定量化ステップを排除することでコストを削減

  • 反復的または不均一なゲノム領域を非常に均一にカバー

  • 90分で自動化と互換性のある高速ワークフローを実現

ラボ運営の簡素化

イルミナのDNA PCR-Free Prepワークフローは、幅広いDNAインプット範囲、複数のサンプルタイプ、および小規模ゲノムと大規模ゲノムの両方をサポートします。ワークフローには、血液、唾液、または乾燥血液スポットからのDNA抽出も含まれます。

信頼できる結果を得る

PCRフリーのライブラリー調製と組み合わせたオンビーズタグメンテーションケミストリーは、PCRによるバイアスを排除し、エラーの可能性を減らし、高GCまたは-AT領域にわたって優れた均一なカバレッジを提供します。オンビーズタグメンテーションの詳細はこちら。

柔軟なスループットへのアクセス

イルミナDNA/RNA UDインデックスセットは、最大384のユニークデュアルインデックスを提供し、リードの正確な割り当てとフローセルの効率的な使用を可能にします。


イルミナDNA Prep製品ライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションを見つけてください。


仕様


必要な製品

NovaSeq 6000システムを除くすべての装置について、Illumina DNA PCR-Free Sequencing and Indexing Primer(カタログ番号:20041797)を購入してください。

インデックスアダプターはオプションですが、マルチプレックスに推奨されます。サンプルのスループットに合わせて必要なインデックス数を選択してください。 イルミナDNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654、20091656、20091658、20091660)を注文することをお勧めします。IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213, 20027214, 20042666, 20042667)は中止されています。

マルチプレックスの詳細はこちら

Illumina Lysis Kitは、血液サンプルの処理にのみ必要です。

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アプリケーション

Illumina DNA PCR-Free Prepは、腫瘍/正常バリアントの同定やヒト全ゲノムシーケンス(WGS)などの高感度アプリケーションに、PCRフリーのシーケンス対応ライブラリーを約1.5時間で提供します。

ワークフローの例



プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

S1: 3 (based on 607M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

S2: 6 (based on 663M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

S4: 16 (based on 669M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

比較する

Illumina DNA PCR-Free Prep Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Whole-Genome Sequencing, De Novo Sequencing Shotgun Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Genotyping by Sequencing Shotgun Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Genotyping by Sequencing
Specialized sample types Blood, Not FFPE-Compatible, Low-Input Samples, Saliva Not FFPE-Compatible Not FFPE-Compatible, Low-Input Samples
Variant class Short tandem repeats (STRs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)
アッセイ時間 約1.5時間 約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで) 合計アッセイ時間5時間

合計アッセイ時間約6時間

インプット量 25 ng 〜 300 ng 小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 DNA 1 ug 100 ng ゲノムDNA
ターゲットインサートサイズ 450 bp +/- 75 bp 約350 bp 350 bpまたは550 bp 350 bpまたは550 bp
ハンズオンタイム 約45分 1〜1.5時間 4時間 約4時間
マルチプレックス 最大384プレックス 最大384のユニークデュアル(UD)の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル(CD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ
作用機序 ビーズ結合トランスポソーム ビーズ結合トランスポソーム メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローでは、低バイアスPCRを使用し、ゲルフリーです。
核酸の種類 DNA DNA DNA
生物種 すべて, ヒト Drosophila, すべて, Mammalian, マウス Other, Mammalian, マウス, ヒト, ラット, Plant Other, Mammalian, マウス, ヒト, ラット, Plant
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明

PCRフリーケミストリーとオンビーズタグメンテーションのユニークな組み合わせを使用して、高感度アプリケーション用のシーケンスライブラリーを調製します。これにより、PCRによるバイアスを排除すると同時に、ライブラリー調製の合計時間が90分に短縮されます。

さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。 

ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 高いゲノムカバレッジ品質とバイアスの低減を実現するローインプット研究法。

選択ツール:

Illumina DNA PCR-Free Prepケミストリー

1回の迅速な反応で、オンビーズタグメンテーションとPCRフリーワークフローのユニークな組み合わせ。

GCリッチ領域にわたるリードカバレッジの比較

Illumina DNA PCR-Free Prepキットは、TruSeq DNA PCR-FreeおよびTruSeq DNA Nano Library Prepキットと比較して、ヒトRNPEPL1遺伝子のGCリッチプロモーター領域全体で優れたリードカバレッジを提供します。

イルミナDNA PCRフリープレップカバレッジの均一性

イルミナDNA PCR-Free Prepは、ヒトゲノムのさまざまなGC含量にわたって均一なカバレッジを提供します。

幅広いDNAインプットにわたるイルミナDNA PCRフリー調製性能

さまざまなDNAインプットから調製されたイルミナDNA PCR-Free Prepライブラリーは、(A)すべてのDNAインプットの品質仕様に合格し、(B)同等のコール性性能を示しています。

リソース

サムネール

このウェビナーでは、ライブラリー調製ワークフローとシーケンスに関する考慮事項について説明し、次世代シーケンスプロジェクトを成功させるためのヒントを提供します。

ライブラリー調製 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (24 Samples)

20041794

24ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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Discounts:

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (96 Samples)

20041795

96ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Illumina DNA PCR-Free Prep Training

20046010

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お問い合わせ

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アクセサリー製品 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Sequencing and Indexing Primer

20041797

iSeq VP10、MiniSeq、NextSeq 500/550、NextSeq 1000/2000、およびHiSeq 3000/4000システムで使用するための、VP10カスタムリード1プライマーの7.5 mLチューブ2本と、VP14カスタムインデックス2プライマーの7.5 mLチューブ2本が含まれます。

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Illumina® Lysis Kit

20042221

Illumina DNA PCR-Free Prepで血液サンプルを処理するための溶解キットが1つ含まれています。ライブラリー調製アダプターとインデックスアダプターは別売りです。

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選択中の製品一覧

製品名

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よくある質問(FAQ)

PCRフリーのライブラリー調製は、PCR増幅を使用せずにDNAライブラリーを構築するものです。イルミナのDNA PCRフリーケミストリーは、PCRによるバイアスを排除し、高感度アプリケーションのための高精度なシーケンス情報を提供します。

PCRフリーのライブラリー調製では、ビーズ結合トランスポソーム複合体を使用して、アダプタータグシーケンスを断片化し、1回の迅速な反応ステップで追加することでゲノムDNAにタグを付けます。単一反応ステップはオンビーズタグメンテーションと呼ばれます。ビーズ結合トランスポソームがDNAで飽和した後、追加のタグメンテーションは発生せず、一貫したライブラリー収量とインサートサイズが得られます。 オンビーズタグメンテーションの詳細はこちら

 

PCRフリーシーケンスは、PCR増幅ステップを排除し、一般的なPCRによるバイアスや不均一な増幅を大幅に低減します。

Illumina DNA PCR-Free Prepワークフローは、オンビーズタグメンテーションを使用しており、1回の迅速な反応で、DNAインプット量やゲノムサイズに関係なく、一貫したインサートサイズ、均一なカバレッジ、性能の向上を実現します。オンビーズタグメンテーションはPCR増幅ステップの必要性をなくし、偏った塩基組成とエラーの可能性を最小限に抑え、このキットは高感度シーケンスアプリケーションに最適です。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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