Illumina DNA PCR-Free Prep

高感度シーケンスアプリケーション用の高精度データが得られる、効率的で高速な統合ライブラリー調製ワークフロー。

約1.5時間

アッセイ時間

約45分

ハンズオンタイム

25 ng 〜 300 ng

インプット量

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概要

Illumina DNA PCR-Free Prepは、ヒト全ゲノムシーケンス(WGS)、微生物ゲノムのde novoアセンブリ、腫瘍/正常バリアントコーリングなどの高感度全ゲノムシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための迅速で柔軟なワークフローを提供します。

  • ライブラリー前後の定量化ステップを排除することでコストを削減

  • 反復的または不均一なゲノム領域全体にわたって非常に均一にカバー

  • 90分で自動化と互換性のあるワークフローを高速で実現

ラボ業務の簡略化

Illumina DNA PCR-Free Prepのワークフローは、広範なDNAインプット量、複数のサンプルタイプおよび小規模ゲノムと大規模ゲノムの両方に対応できます。  ワークフローには、血液、唾液、または乾燥血液スポットからのDNA抽出も含まれます。

信頼できる結果の取得

PCRフリーのライブラリー調製と組み合わせたオンビーズタグメンテーションケミストリーは、PCRによるバイアスを排除し、エラーの可能性を減らし、高GCまたは-AT領域にわたって優れた均一なカバレッジを提供します。オンビーズタグメンテーションの詳細はこちら。

柔軟なスループットへのアクセス

Illumina DNA/RNA UD Indexes Setは、最大384のユニークデュアルインデックスを提供し、読み取りを精確に割り当て、フロー セルの有効に利用できるようにします。

Illumina DNA Prep製品ライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションを見つけましょう。


仕様

必要な製品

NovaSeq 6000システムを除くすべての装置について、Illumina DNA PCR-Free Sequencing and Indexing Primer(カタログ番号:20041797)をご購入ください。

インデックスアダプターはオプションですが、マルチプレックスに推奨されます。サンプルのスループットに合わせて必要なインデックス数を選択してください。Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654, 20091656, 20091658, 20091660)を注文することをお勧めします。  IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213, 20027214, 20042666, 20042667)は製造中止となります。

マルチプレックスの詳細はこちら

Illumina Lysis Kitは、血液サンプルの処理にのみ必要です。

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アプリケーション

Illumina DNA PCR-Free Prepは、腫瘍/正常バリアントの同定やヒト全ゲノムシーケンス(WGS)などの高感度アプリケーションに、PCRフリーのシーケンス対応ライブラリーを約1.5時間で提供します。

ワークフローの例


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

S1 flow cell: 3 (based on 607M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

S2 flow cell: 6 (based on 663M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

S4 flow cell: 16 (based on 669M reads, 40× coverage, or > 160 Gb of total data passing filter)

2 x 150 bp

関連するアプリケーションと手法

本製品の用途例

ドキュメント

製品資料

比較する

Illumina DNA PCR-Free Prep Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano
アッセイ時間 約1.5時間 約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで) 合計アッセイ時間5時間 合計アッセイ時間約6時間
自動化機能 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 PCRフリーケミストリーとオンビーズタグメンテーションのユニークな組み合わせを使用して、高感度アプリケーション用のシーケンスライブラリーを調製します。これにより、PCRによるバイアスを排除すると同時に、ライブラリー調製の合計時間が90分に短縮されます。 さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。  ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 高いゲノムカバレッジ品質とバイアスの低減を実現するローインプット研究法。
ハンズオンタイム 約45分 1〜1.5時間 4時間 約4時間
インプット量 25 ng 〜 300 ng 小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 DNA 1 ug 100 ng ゲノムDNA
システム MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, 研究(RUO)モードのNextSeq 550Dx システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeq System, iSeq 100システム, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, 研究(RUO)モードのNextSeq 550Dx システム, NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム
作用機序 ビーズ結合トランスポソーム ビーズ結合トランスポソーム メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローでは、低バイアスPCRを使用し、ゲルフリーです。
手法 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス アンプリコンシーケンス, 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス
マルチプレックス 最大384プレックス 最大384のユニークデュアル(UD)の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル(CD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ
核酸の種類 DNA DNA DNA DNA
特殊なサンプルタイプ 血液, FFPE非対応, 少量インプットサンプル, 唾液, FFPE非対応 血液, FFPE非対応, 唾液 FFPE非対応 FFPE非対応, 少量インプットサンプル
生物種カテゴリー すべて, ヒト ショウジョウバエ, すべて, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物
ターゲットインサートサイズ 450 bp +/- 75 bp 約350 bp 350 bpまたは550 bp 350 bpまたは550 bp
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス ショートタンデムリピート(STR), 1塩基変異多型(SNP), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV)

選択ツール:

Illumina DNA PCR-Free Prepケミストリー

1回の迅速な反応で、PCRフリーのワークフローとオンビーズタグメンテーションのユニークな組み合わせ。

GCリッチ領域にわたるリードカバレッジの比較

Illumina DNA PCR-Free Prep Kitは、TruSeq DNA PCR-FreeおよびTruSeq DNA Nano Library Prep Kitsと比較して、ヒトRNPEPL1遺伝子のGCリッチプロモーター領域全体で優れたリードカバレッジを提供します。

Illumina DNA PCR-Free Prepカバレッジの均一性

Illumina DNA PCR-Free Prepは、ヒトゲノムのさまざまなGC含量にわたって均一なカバレッジを提供します。

幅広いDNAインプットに性能を発揮するIllumina DNA PCR-Free

さまざまなDNAインプットから調製されたIllumina DNA PCR-Free Prepライブラリーは、(A)すべてのDNAインプットの品質仕様に合格し、(B)同等のコール性能が実証されています。

追加のビーズ精製によるインサートサイズの増加

ビーズ精製をさらに行うと、未修飾プロトコール(青色とオレンジ色の線)と比較して、インサートサイズ(灰色と黄色の線)が増加します。

リソース

サムネール

このウェビナーでは、ライブラリー調製ワークフローとシーケンスに関する考慮事項について説明し、次世代シーケンスプロジェクトを成功させるためのヒントを提供します。

ライブラリー調製 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (24 Samples)

20041794

24ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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Discounts:

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (96 Samples)

20041795

96ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Illumina DNA PCR-Free Prep Training

20046010

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お問い合わせ

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アクセサリー製品 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Sequencing and Indexing Primer

20041797

iSeq VP10、MiniSeq、NextSeq 500/550、NextSeq 1000/2000、およびHiSeq 3000/4000システムで使用するための、VP10カスタムリード1プライマーの7.5 mLチューブ2本と、VP14カスタムインデックス2プライマーの7.5 mLチューブ2本が含まれます。

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Illumina® Lysis Kit

20042221

Illumina DNA PCR-Free Prepで血液サンプルを処理するための溶解キットが1つ含まれています。ライブラリー調製アダプターとインデックスアダプターは別売りです。

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よくある質問(FAQ)

PCRフリーライブラリー調製は、PCR増幅を使用せずにDNAライブラリーを構築するものです。イルミナDNA PCRフリーケミストリーは、PCRによるバイアスを排除し、高感度アプリケーションのための高精度なシーケンス情報を提供します。

PCRフリーのライブラリー調製では、ビーズ結合トランスポソーム複合体を使用して、アダプタータグシーケンスを断片化し、1回の迅速な反応ステップで追加することでゲノムDNAにタグ付けします。単一反応ステップはオンビーズタグメンテーションと呼ばれます。ビーズ結合トランスポソームがDNAで飽和した後、追加のタグメンテーションは発生せず、一貫したライブラリー収量(ng)とインサートサイズが得られます。 オンビーズタグメンテーションの詳細はこちら

 

PCRフリーシーケンスは、PCR増幅ステップを排除し、一般的なPCRによるバイアスや不均一な増幅を大幅に低減します。

Illumina DNA PCR-Free Prepワークフローは、オンビーズタグメンテーションを使用しており、1回の迅速な反応で、DNAインプット量やゲノムサイズに関係なく、一貫したインサートサイズ、均一なカバレッジ、性能の向上を実現します。オンビーズタグメンテーションはPCR増幅ステップの必要性をなくし、偏った塩基組成とエラーの可能性を最小限に抑え、このキットは高感度シーケンスアプリケーションに最適です。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

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