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Earth BioGenome Projectが生物のシーケンスの基礎を築く

イルミナは相補的ショートリードデータにより貢献

Earth BioGenome Projectが生物のシーケンスの基礎を築く
2019/08/28

Earth BioGenome Project(EBP、地球バイオゲノム計画)は、地球上で確認されている全150万種に及ぶ真核生物のゲノムシーケンスとアノテーションを10年以内に完了するという共通の目的に向け、パートナー組織と関連プロジェクトで構成された協働ネットワークです。  EBPは、生物学、保全、農業、医学、そして拡大する世界のバイオエコノミーの重要なインフラとなるシーケンスのデジタルバックボーンを系統樹から作製することを目指しています。

EBPの初年度では、プロジェクトのフェーズI完了へとつながる基礎が確立されました。フェーズIは、次の3年間における植物、動物、原生動物、真菌類、その他の微生物を含む既知の真核生物の約9,300の分類学上の科それぞれの代表的な種のシーケンスのステップです。

8月27日~30日にニューヨークのロックフェラー大学で開催されたEBPのパートナー組織および関連プロジェクトのミーティングにおいて、次のとおり進捗状況のハイライトが報告されました。まず、ウェルカムサンガー研究所(英国、ヒンクストン)において、800万ポンド(1千万米ドル)の資金でDarwin Tree of Lifeプログラムが開始され、今後2年間でプログラムの確立を進める方針です。プログラムリーダーとしてMark Blaxter教授が迎えられました。次に、カリフォルニアの絶滅危惧種の保護を主要ミッションとするCalifornia Conservation Genomics Projectを支援する資金として、カリフォルニア州から1,000万ドルの助成金が提供されました。さらには、イルミナのコミットメントとして、基礎科学および保存科学のため、100のアノテーション付きゲノムをリファレンス品質で作製するのに役立つ相補的ショートリードデータを提供することが発表されました。また、Vertebrate Genomes Projectによる101のリファレンスゲノムが公開され、高品質ゲノムを大規模で作製できることが初めて実証されました。そして最後に、2018年11月のEBPの開始以来、組織会員数が約50%増加して25組織となり、関連プロジェクト数が25%増加の19プロジェクトとなったことが発表されました。  関連プロジェクトは、分類学に基づいて生物多様性のゲノムシーケンスを行っている専門家が参加する科学コミュニティーと国および地域レベルのプロジェクトです。

 

地球上のあらゆる真核生物の多様性解明を目指す、この世界最大のシーケンスプロジェクトに参加できることを光栄に思います。 この助成金は、ゲノミクスへのアクセスを拡大するプログラムを通じて生活の改善を支えるという当社のコミットメントを支えてくれるものです。

基礎を築くことの利点

会員数が増えることで、さまざまな規模、構成、専門、活動場所を持つ団体が集まり、EBPの活動範囲が広がります。「ネットワークのネットワーク」アプローチをとることで、地球の生物多様性の保全や責任のある資源管理など、世界中の多くの問題を解決するための共同体が構築できます。

EBP基準を作り、国際的なゲノミクス科学コミュニティーと共有することで、個々の国々やグループがEBPの目標を反映するプロジェクトを立ち上げるよう促し、同時にすでにEBPに参加している既存の大規模ゲノムプロジェクトにも指針を与えることができます。

EBPのリーダーであるHarris Lewin博士は次のように話します。「今年はEBPにとって、科学コミュニティー、資金提供機関、慈善団体、そして一般の人々からの関心と支援が高まったすばらしい発展の1年間でした。EBPメンバーと関連プロジェクトは、EPB基準の整備ならびに予算内での大規模な高品質リファレンスゲノムの提供を実行してきました。3年間で約9,300の分類学上の科それぞれから1つの種のシーケンスというEBPフェーズIの目標達成に向け、積極的なアプローチを進める強固な基礎が整いました。」

財政支援により関連プロジェクトの国際的プラットフォームが実現

重要な助成金を複数獲得することで、EBPフェーズIの目標達成に向けて勢いを保つことができます。  ウェルカムサンガー研究所におけるDarwin Tree of Life Projectは、英国の60,000種の遺伝子コードのシーケンスを目指しています。このEBP関連プロジェクトにより、EBPの全3フェーズにおいて高品質のリファレンスゲノムが得られることが期待されます。

カリフォルニア大学ロサンゼルス校のBrad Shaffer教授が率いるCalifornia Conservation Genomics Projectは、カリフォルニア州から1,000万ドルの助成金を得ました。これは、州に生息する種やその生息地の保全と管理に関する意思決定において情報源となるゲノムデータを州や連邦機関に提供するためのものです。  プログラムの全体の目標は、カリフォルニア大学10校すべてが持つゲノム専門知識を活用し、天然資源のより一層の保護につなげるとともに、カリフォルニアに生息する植物、動物、またそれらの生息地が現在のみならず将来においても気候や人間が介在する他の変化に対して高いレジリエンス(回復力)を発揮できるよう戦略的計画を作成することです。

100のリファレンス品質のゲノムの作製に役立つ相補的ショートリードデータの提供、ならびに単細胞生物や小型多細胞生物のゲノムシーケンスの技術開発への関与というイルミナの貢献は、EBPと関連プロジェクトにとって大きな推進力となっています。  

イルミナのバイスプレジデントで、著名な科学者でもあるGary Schrothは次のように話します。「地球上のあらゆる真核生物の多様性解明を目指す、この世界最大のシーケンスプロジェクトに参加できることを光栄に思います。  この助成金は、ゲノミクスへのアクセスを拡大するプログラムを通じて生活の改善を支えるという当社のコミットメントを支えてくれるものです。」

こうした基礎プロジェクトが合わさって、今後の技術的な発展を支え、他の政府団体、慈善団体、民間セクターからより多くの資金を得るための土台が作られます。

「地球バイオゲノム計画は全人類の将来にとって非常に重要なものです。このようにプロジェクトが勢いを増しているのを目の当たりにして非常に期待を膨らませています。今後10年でこのプログラムからどれほどの豊富な科学的洞察がもたらされるのか、とても楽しみです。」英国のウェルカムサンガー研究所の所長であるMike Stratton教授はこう話します。

来年のEBPでは、EBPフェーズIの目標達成のためのサンプルの収集と標本化、全分類群にわたるサンプルの取得、処理、サンプルメタデータ、DNAシーケンス、およびゲノムアノテーションのための基準の採用、ならびに参加組織と関連組織によるリファレンス品質の1,000のゲノムの作製といった活動が重点的に進められる予定です。  

EBPリーダー

Harris A. Lewin、プロジェクト長、EBPワーキンググループ、カリフォルニア大学デービス校

W. John Kress、共同プロジェクト長、EBPワーキンググループ、スミソニアン協会

Gene E. Robinson、共同プロジェクト長、EBPワーキンググループ、イリノイ大学アーバナシャンペーン校

現在のパートナー組織(25)

オーストラリア博物館、ベイラー医科大学、Beijing Genomics Institute(深圳市)、BioPlatforms Australia、ブリティッシュコロンビア州がん研究センター、ダルハウジー大学、Earlham Insitute(英国)、サンパウロ州研究財団(FAPESP)、ジョージワシントン大学、キングアブドゥルアズィーズ大学、韓国極地研究所、マックスプランク分子細胞生物学遺伝学研究所(ドイツ)、デンマーク自然史博物館、Novim Group、キュー王立植物園、SpaceTime Ventures、ポンペウファブラ大学、チリ大学、カリフォルニア大学デービス校、カリフォルニア大学サンタクルーズ校、フロリダ大学、イリノイ大学アーバナシャンペーン校、オスロ大学、シドニー大学、ウェルカムサンガー研究所。

関連コミュニティー、地域プロジェクト、国家プロジェクト(19)

1000 Fungal Genomes Project(1KFG)、Global Invertebrate Genomics Alliance(GIGA)、Global Ant Genomics Alliance(GAGA)、5,000 Insect Genome Project(i5K)、Ag100 Pests、10,000 Plant Genomes Project(10KP)、10,000 Bird Genomes(B10K)、Genome 10K Project、200 Mammals Project、DNA Zoo、Australian Mammals Genome Project(OMG)、Darwin Tree of Life、LOEWE-Centre for Translational Biodiversity Genomics、The California Conservation Genomics Project、1000 Chilean Genomes Project、Taiwan BioGenome Project、Smithsonian Global Genome Initiative(GGI)、Global Genome Biodiversity Network(GGBN)。

詳細はこちら:

https://www.earthbiogenome.org/

https://twitter.com/EBPgenome

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