コンソーシアムベースのコラボレーションとマイクロアレイによるアグリゲノムの理解の促進
農業コンソーシアムでは、メンバーは個人的または公的に協力して、アグリゲノミクスの総合的な理解を深めます。イルミナは、ブリーダーと研究者の間の数多くのコンソーシアムベースのコラボレーションを促進し、農業に関連する種のマイクロアレイの開発を可能にしています。当社の最先端マイクロアレイ技術は、以下の種のために開発されたものを含め、多くの農業コンソーシアム製品や既製のアレイの基盤となっています。
Barley 50K Consortia Arrayは、厳選された170のオオムギ系統のエクソームキャプチャデータから得られた約44,000のSNPを備えています。これは、ヨーロッパの遺伝資源の広い範囲に存在する遺伝的変異をカバーしています。Barley 50K Consortia Arrayは、最近公開された大麦擬似分子ゲノムアセンブリを参照して、James Hutton Instituteによって設計されました。
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Barley 50K SNP Platform（James Hutton Institute）
Barley 50k iSelect SNP Arrayの開発と評価
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Cotton 30K Arrayには27,349のSNPがあります。遺伝的多様性解析、遺伝子マッピング、QTL解析、候補遺伝子の発見、マーカー支援選択、ゲノム選択、ゲノム配列アセンブリなどの用途に使用されています。
このアレイには、Gossypium hirsutum、G. barbadense、G. tomentosum、およびG. mustelinumからのSNPを使用して開発された70,000個のマーカーを持つ国際綿花コンソーシアムのサブセットが含まれます。少数の試みられたビーズタイプは、G. longicalyxとG. armourianumです。種内SNPは、オーストラリア、米国、インド、中国の品種のGossypium hirsutumを含む遺伝資源系統で発見され、検証されました。
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国際コンソーシアムベースのコラボレーションによるコットンSNPチップの開発
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このアレイには合計約30,000のSNPがあり、レンズ豆とエンドウ豆がそれぞれ10,000、ひよこ豆とルパン豆がそれぞれ5,000です。アプリケーションには、ゲノム選択、集団遺伝学、ゲノムワイド関連解析、全ゲノムへのインピュテーションなどがあります。
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USDA Multispecies Arrayは、Small Grains Arrayとも呼ばれ、大麦、オート麦、大豆、小麦にそれぞれ約3,000のSNPを備えています。アプリケーションには、ゲノム選択、遺伝的多様性、指紋、純度評価/QC、およびインピュテーションが含まれます。アレイの内容は、大豆6,000、小麦9,000、大麦50,000、オート麦3,000の従来のコンソーシアムアレイから、USDAの主要オピニオンリーダーによって選択されました。
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小穀物における分子育種のためのマルチ種、低コスト、ゲノムワイドジェノタイピングプラットフォーム
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Sorghum Consortia Arrayは、Sorghum bicolor遺伝子の97%以上をカバーする約50,000のSNPを備えており、平均して13.5kbごとにSNPがあります。このアレイにより、研究者は低コストで世界のモロコシ集団全体で一般的/まれな変異体を検出できます。これには、Sorghum bicolor基準からの約34,000の遺伝子、繁殖用の約8,500のSNP、エクソン遺伝子の約22,700のSNP、残りの遺伝子の5kb上流/下流内の約4,200のSNP、キーオピニオンリーダーによって特定された追加のターゲットが含まれます。
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バイオエネルギーのためのモロコシの開発、改善、利用を目的としたゲノム資源
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このアレイには約40,000のマーカーがあります。アプリケーションには、ゲノム選択、遺伝的多様性、指紋、純度評価/QC、インピュテーション、マーカー支援選択、形質マッピングなどがあります。
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高密度90,000SNPアレイを使用した倍数体コムギゲノム多様性の特性化
ゲノムワイドな比較多様性は、六倍体コムギ在来種および栽培品種の改善のための選択の複数のターゲットを明らかにします
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このアレイは、ミツバチのゲノムワイド関連解析用に約70,000のSNPを備えています。アプリケーションには、遺伝子発見、遺伝的多様性、複雑な形質のゲノムワイド関連研究、ゲノム選択などがあります。
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これらの既製BeadChipアレイを使用することで、研究者はあらゆる品種の牛のゲノム全体にわたる遺伝的変異を調べることができます。イルミナはさまざまなコンソーシアムと連携して、Bos taurus taurus（Btt）、Bos taurus indicus（Bti）、いくつかのBti x Btt品種、さらにこれらのグループ内の温帯および熱帯に適応した品種を含む、肉牛と乳牛の3つの集団の遺伝的多様性を表すSNP遺伝子座が含まれるアレイを開発しました。
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BovineHD BeadChip：この包括的なゲノムワイドジェノタイピングアレイは、ウシゲノム全体に均一に広がる777,962のSNPを備えています。このアレイは、USDA-ARS、UNCEIA-INRA、Pfizer Animal Genetics、およびミズーリ大学と共同で開発されました。
BovineSNP50 BeadChip：この受賞歴のあるアレイは、ウシゲノム全体に均等に配置された54,609の有益なSNPプローブを備えています。このアレイは、USDA-ARS、USDA-MARC、ミズーリ大学、アルバータ大学との共同開発で誕生しました。
このアレイには約56,000のマーカーがあります。アプリケーションには、ゲノムワイド関連解析、ゲノム選択、集団遺伝学、保因者スクリーニング、親子検証などがあります。
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このアレイには約172,000のマーカーがあります。アプリケーションには、全ゲノム関連解析（複雑な形質）、単一遺伝子形質スクリーニング、親子検証、遺伝的多様性、品種の純度/組成、およびインピュテーションが含まれます。
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このアレイは、約76,000のSNPを備えています。アプリケーションには、ゲノム選択、親子検証、遺伝的多様性、品種の純度/組成、全ゲノムインピュテーション、SNPからSTRへのインピュテーションが含まれます。
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このアレイは、約79,000のマーカーを備えています。アプリケーションには、ゲノム選択、全ゲノム関連解析（複雑な形質）、単一遺伝子形質スクリーニング、親子検証、遺伝的多様性、品種の純度/組成、およびインピュテーションが含まれます。
ヤギジェノタイピングパネルは、International Goat Genome Consortiumによって開発されました。コンソーシアムによって生成されたいくつかのデータセットは、ヤギゲノムスキャフォールドのde novoシーケンス、次世代シーケンス（NGS）からのSNP発見シーケンスデータ、発現（EST）シーケンスからのシーケンスデータを含む、SNP発見で考慮されました。ヤギのジェノタイピングのSNPは、ヒツジゲノムからのデータと一緒に発現されたシーケンスを使用して注釈が付けられました。ヤギの候補SNPは、アルパイン、アンゴラ、ボーア、クレオール、ジンラン、ハタササゲ、ザーネン、サバンナ、スコペロスの各品種で検証されました。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の迅速な自動分析に適したクラスターファイルを提供しています。このアレイは、カスタマイズされたヤギジェノタイピングアレイの30,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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このアレイには約52,000のマーカーがあります。アプリケーションには、全ゲノム関連解析（複雑な形質）、単一遺伝子形質スクリーニング、親子検証、遺伝的多様性、ゲノム選択、およびインピュテーションが含まれます。
羊産業では、最も重要な動物は「種親を繁殖させる種親」、つまり業界全体で使用される雄を生み出す動物です。何千もの種親をジェノタイピングすることにより、研究者は経済的に重要な形質について膨大な数のバリアントを評価することができます。イルミナは、Ovine BeadChipを開発するために、AgResearch、ベイラー大学、UCSC、オーストラリア連邦科学産業研究機構（CSIRO）の主要な研究者で構成されるInternational Sheep Genomics Consortium（ISGC）と協力しました。
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このアレイには約75,000のマーカーがあります。アプリケーションには、全ゲノム関連解析（複雑な形質）、単一遺伝子形質スクリーニング、親子検証、遺伝的多様性、品種の純度/組成、およびインピュテーションが含まれます。
Porcine BeadChipアレイの開発において、イルミナは、ヴァーヘニンゲン大学、デンマーク農業科学研究所、USDA-ARS、USMARC、ロスリン研究所、イリノイ大学、アイオワ州立大学、INRA、ミズーリ大学、ケンブリッジ大学の研究者で構成されるInternational Porcine SNP Chip Consortiumと協力しました。
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次の種にアレイが必要な場合は、イルミナが提供していた過去のコンソーシアムアレイの1つを再現してください。リンゴ、ブラッシカ/菜種、チェリー、カウピー、ネコ、ブドウ、オート麦、ピーチ、コショウ、ジャガイモ、大豆、トマト、小麦。さらに、新しいジャガイモアレイが現在開発中です。以前のコンソーシアムベースのアレイを再現したい場合、または開発中の新しいアレイの詳細を知りたい場合は、営業担当者にお問い合わせいただくか、このページの最後にあるフォームに記入してください。
幅広い植物や動物種の研究のためのジェノタイピングおよびシーケンス製品をご覧ください。生物種、手法、装置などでフィルタリングします。
イルミナはNaked Geneticsと提携し、次世代シーケンサーの世界にオーディエンスを惹きつけています
The group sequences environmental DNA to detect which organisms live in an ecosystem, assist in biodiversity audits, identify invasive species, contribute to the conservation of rare and elusive organisms, and more.
ワゲニンゲン大学のOPTIBOV、2024年度イルミナ農業大善イニシアチブ助成金を受賞
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